拜見康格先生後沒多久的9月21日，也就是光緒二十四年八月初六日的早晨，慈禧太后發動宮廷政變，宣布重新訓政，囚禁光緒帝於中南海瀛台的涵元殿，並下令緝捕康有為等維新派人士，「戊戌政變」發生。康有為在政變發生的前一天逃離北京，譚嗣同、楊銳、林旭、劉光第、康廣仁、楊深秀「六君子」於八月十三日（9月28日）被殺於菜市口。轟動一時的「百日維新」被慈禧太后為代表的頑固守舊勢力所扼殺。
變法宣告失敗以後，作為維新產物的京師大學堂，一時也處於風雨飄搖之中，雖然八月十一日（9月26日）頒發了《著停止變法京師大學堂仍行開辦諭旨》，但人心惶惶，不可終日。
以吏部尚書、協辦大學士管理京師大學堂的孫家鼐，為人謹慎，處事低調，在戊戌變法期間立場較溫和，在激進派和保守勢力之間常取中間立場：一方面主張向歐美學習，建議增設中心學堂、速成學校及醫學校，並向光緒皇帝推薦馮桂芬、鄭觀應等人的著作；另一方面又指出「中國以禮教為建邦之本，綱常名義，萬古常新」，認為固有制度不可打破，同時奏稱康有為「學術不端」。所以在變法失敗後，能在朝中繼續留任，但更加小心翼翼，謹言謹行。
作為京師大學堂里芝麻粒兒般存在的孫元起，雖然曾被孫家鼐保奏為京師大學堂的格致教習，一時半會兒是不會追究到他頭上的。本著「小心無大錯」的原則，除了去崇實中學上課，一律躲在馬神廟裡，專心致志地把前世學的物理知識，系統地整理出來。在細節上，孫元起也做了一些檢討：比如上課時絕不提物理外的任何一事；自己對著鏡子把前半個腦袋剃光了，雖然幾寸長的頭髮編不成辮子，但戴著假辮子，倒真有幾分清朝人的模樣；出門絕對是布鞋、長衫、假辮子的裝束。
西曆9月30日是中國的中秋節，雖然崇實中學是西式中學堂，學校也循例放假半天，另外每位老師還發了一盒月餅、四個柿子、四個蘋果。回來路上，孫元起又沽了二斤酒、幾樣熟食，儘管是孤家寡人，城裡也有些凄風苦雨，節還是要過的。
進馬神廟的時候，正看見老佟在門口坐著，便道：「老佟，八月半了，怎麼過呀？」
這一兩個月，每日里抬頭不見低頭見，總要見上幾回，對老佟也漸漸了解，知道他是個光棍兒，上面有個親哥哥，住的遠些，一年難得見上一回。
老佟見是他，連番站起來：「是啊，中秋了都。還能怎麼過？一個人過唄。」
「那今晚上去我那兒，正好喝一盅！」孫元起覺得這段時間來沒少麻煩人家，便邀請道。
老佟訥訥的笑說：「那這麼好意思叨擾呢？」
「這麼說不就見外了么？」孫元起說，「我也是一個人，過著中秋節也挺沒滋味的。」
見孫元起說得誠摯，老佟答應下了。
圓圓的月亮掛在樹頂上的時候，老佟拎著一包東西，走進孫元起的院子。孫元起早已收拾好了酒肴，擺在院子中的條石上，旁邊放了兩個馬扎兒，這樣正好透過柳枝的空隙看見月兒。
老佟遠遠的就大聲叫道：「孫先生，我來蹭飯了！」
孫元起哈哈大笑：「歡迎歡迎啊。」
老佟到了近前，把東西遞給孫元起，打開一看，卻是一盒桂花糕：「說是我請客，怎麼還帶東西來？打平伙么？」
「打平伙？我老佟可佔個大便宜！」老佟得意的說，「以前聽說過，孫先生是江蘇人。聽人說，南方人過中秋都要吃桂花糕，就琢磨著買了一盒。等會兒您嘗嘗，看看正宗不？糕點店的老闆可是向我打了包票的。」
孫元起一陣感動。然後招呼老佟坐下，一邊喝酒吃菜，一邊說些閑話。
兩個人的共同話題本來就不多，說著說著，就說到京師大學堂的事情上去了。老佟打著酒嗝兒，說：「自從太后訓政，這馬神廟修葺的事兒也松下來，不知道什麼時候能修好了。」
「那大學堂一時半會兒是開不了學啦？」孫元起推測道。
「估計是。內務府的那班兔崽子消息靈通得很，宮內剛聳屁股，他們就知道要放什麼屁。」老佟是旗人，說什麼都無所謂。
孫元起想了一會兒，又道：「那麼他們會不會修到我這個院子？」
「這個院子算是整齊的，本來不用修。」老佟端起酒碗，咋了一口，放下酒碗接著說：「我跟他們說，孫先生是孫大學士的侄孫，房子有些破漏。他們聽了，都趕不及的要修呢，估計就是這幾天。修完了，還得是你住。」
孫大學士說的是孫家鼐，現任協辦大學士，大約等同於後世的國務院副總理，絕對的高官。於是，孫元起莫名其妙的成了「太子黨」。
孫元起一想，也就安心了，估計暫時還沒人敢找他的刺兒。
老佟喝得歪歪斜斜的走了，孫元起一個人坐在中庭，這時，才真實地感覺到凄清。定定地看著天上的圓月，想起了異時空的父母，還有女友、同學、老師，一口一口地喝酒，酒水都化作眼淚，從眼角大顆大顆的流下去……
農曆八月十一日（9月26日），慈禧太后下令，各州、府、縣議設的小學堂，著各地方官斟酌情形，聽民自便。各省祠廟不在祀典者，苟非淫祀，毋庸改為學堂。
八月二十四日（10月9日），慈禧太后又下令：「嗣後鄉試會試及歲考科考等，悉照舊制，仍以四書文試帖經文策問等項分別考試。」
這些對新式學堂的重大打擊，使得很多中小學堂門可羅雀，乃至關門。崇實中學是教會學校，幾乎沒有什麼影響，相反，還多出了好幾個新面孔，估計是從別的學堂轉來的。
九月十八日（11月1日），高賡恩又上《新創學堂隱患甚巨請概予裁撤折》，稱「此等學堂，類皆以中學飾為外觀，掩人耳目，而專心致志惟在傳布西學，以洋人為宗主，恃洋人為護符」、「學堂之中僅存中學名目，而西學乃所服膺，入其彀者無不奉其教、習其禮、服其迷心之葯，甘心從逆而不改」，請求「明降諭旨，除同文館、武備學堂、機器局留備實用外，所有京外新創之大、中、小各種學堂已立者一律裁撤，未立者停止舉行，以杜亂萌而綿國祚。並請飭下步軍統領、順天府、五城及各直省將軍督撫隨地隨時明查暗訪，如有私肄西學、謬稱講求時務者，立即嚴拿，奏明重懲，庶浸淫西學、甘心從逆之徒無所憑依，即無從蠱惑，斯學術端而人心正，祖法不至再變，聖道不至再亂，而鉅患可潛消矣」。
奏摺雖然留中不發，但本已經是驚弓之鳥的各種學堂，聞信之後，或改換門庭，或關門大吉。
因為崇實中學已經創辦了三十餘年，其創始人丁韙良又是二品大官，還有美國公使館撐腰，一時間成了遮風避雨的大樹。孫元起眼見著班裡又多了好幾個學生。
西曆11月初的一天，孫元起從高等班上完課，按照慣例，問道：「今天的課有什麼不懂的么？」
就見後面有學生舉手：「先生，我有問題！」
孫元起上課，是按照後世的教材進行的，有豐富的例證，講述深入淺出，定義也非常縝密，一般上完課的都能聽懂，且高等班本來很少人有發問。有問的，也多是下課後問一些其他邊緣的問題。今天突然有人提問，很是驚訝。連忙道：「您有什麼問題？」
孫元起是21世紀的新新青年，講究的是人人平等，所以對學生很尊重，從不擺「師道尊嚴」的面孔，所以學生很喜歡他，尤其是初等班的。
「先生，我是剛從北洋高等學堂轉學過來的，叫陳驥德，還有幾位是保定中等學堂的。和原來同學相比，缺了一大截，想要自己補習。所以想問先生，課上是否有教材？」那個學生站了起來，年齡不大，身材也不高，約摸十五六歲，濃眉大眼，鼻正口方，皮膚小麥色，卻是很活潑的樣子。
「教材倒是沒有。」孫元起答道，「先前開學的時候，已經和大家說過，我講授的與他人不同，也沒有教材，故叫同學認真筆記。如果你要看，可以問他們借來看。」
「借自然是可以的……」陳驥德有些為難的坐下去，估計新來的暫時和原來的同學玩不到一塊兒去，借筆記的話有些困難。
孫元起剛要走，又有一人舉手：「先生！」
收回腳，這次發問的是從開學就一直上課的同學，很清秀的一個少年，孫元起有些印象，說：「您有何問題？」
「先生，我是一直聽課的——課後，我也曾看了我們同學的筆記，每人都不一樣，甚至有抵牾的。」那個學生站起來，「我見先生上課都帶著一些紙來，想是綱要，所以想請先生留給我們一用，下次課上便可還你。」
孫元起一愣，這個學生的說法應該是可信的，因為他上課很少板書，只是偶爾需要畫圖時才動粉筆，其餘都是張口說。為什麼呢？孫元起有自己的苦衷，那就是他不認識多少繁體字，怕寫出來露餡。同樣，上課的提綱也是自己信手用鋼筆寫的，裡面都是簡體字，哪敢借給學生