長孫順德和侯君集被押到了陳喪良的面前後，經過一番分開審問與當面對質，李淵李大使的交代終於還是得到了證實，始畢可汗確實試圖收買過李大使，但起因並非因為李淵的主觀惡意，完全就是誤會所致，事後李淵也確實當著長孫順德和侯君集的面燒了那道書信，同時沒有任何的暗中與突厥軍隊的聯絡之舉，也沒有任何出賣勤王軍隊的行為——這點很好證實，如果李淵真想坑掉勤王軍隊，勤王軍隊此前就不可能連續取得三場大捷。
本來李淵還有些擔心陳應良追查長孫順德為何向突厥軍隊出賣太多勤王軍情的罪行，好在長孫順德向突厥軍隊出賣軍情實際上也是出自陳應良的授意縱容，期間還牽涉到陳應良嘗試利用長孫順德坑害李淵的事，陳喪良在這件事上屁股也不幹凈，所以陳應良很理所當然的選擇性遺忘了這個疑點，專而把矛頭指向試圖逃跑的侯君集，重刑拷問侯君集的逃跑原因與去向，更查問侯君集在暗中是否與突厥軍隊繼續保持聯繫？
靠嘴皮子吃飯的侯君集身上沒幾根硬骨頭，被陰世師麾下的軍法隊用鞭子抽了沒幾下，也就老老實實的交代了逃跑原因，說是他看到李淵父子被陳應良帶走的模樣奇怪，又看到報國軍來迎接陳喪良，覺得情況不對又做賊心虛，就悄悄做好了逃跑準備，再看到陳應良派來抓長孫順德，屁股不幹凈的侯君集就趕緊開溜了，又一口咬定說自己不是想跑去突厥報信，而是想逃回幽州老家藏身，此前也從來沒有與突厥軍隊有過任何的私下接觸。
侯君集的口供只是孤證，事關重大，陳應良和隋軍勤王諸將沒有一個人敢輕信，再加上陳喪良非常憎惡侯君集這個變態人奶控的為人，那怕明知道他位列凌煙閣也對他沒有多少興趣。所以陳應良對侯君集也沒客氣，接受了陰世師的建議，把侯君集繼續交給陰世師麾下的軍法隊，讓他們去用各種酷刑收拾侯君集，繼續拷問侯君集的口供真假，也順便為歷史上那兩位從小到大靠人乳充饑專供侯君集變態折磨的可憐女子提前報仇出氣。
至此，李淵暗通突厥一事的調查暫時告一段落，在沒有發現李淵叛國投敵罪行的情況下，陳應良選擇讓李淵父子暫時保住性命，等待將來隋煬帝親自發落，也直接了當的對李淵和李二說道：「李大使，李二公子，算你們運氣好，我暫時不殺你們，但將來皇帝陛下殺不殺你們，那就不是我所能決定的了。聰明的話，接下來就乖乖給我立功贖罪，多立些功勞，也許皇帝陛下還會網開一面，放你們一條活路。如果你們還想耍什麼花招，到時候恐怕陛下就算想饒你們的命，也找不到饒恕你們的理由了。」
清楚隋煬帝的狗熊脾氣，李淵父子當然知道陳應良這話絕對不是虛言威脅，更知道自己如果不趕緊干幾件讓隋煬帝滿意的事，到時候隋煬帝絕對輕饒不了自己，所以李淵父子也只是連連磕頭，叩謝陳應良的寬恕之恩，也賭咒發誓一定要為陳喪良上刀山下火海，赴湯蹈火，那怕粉身碎骨也要將功贖罪。結果這麼一來，齊王楊暕就又有些不樂意了，站出來說道：「大帥，就算暫時沒有發現李大使的叛國之舉，再繼續讓他執掌兵權，恐怕已經不合適了吧？」
看了一眼不懷好意的楊暕，陳喪良大聲說道：「傳我帥令，河東慰撫大使李淵因身體不適，無法執掌軍隊，從即刻起，太原勤王軍由李淵長子李建成代為統領，仍打李淵旗號，軍中一應大小事務，由李建成代替李淵署理。李淵李大使，暫留中軍營地治療將養。」
「大帥，你……」楊暕一聽急了。
「殿下，請聽微臣把話說完。」陳應良不動聲色的說道：「微臣斗膽，想請你暫時充當太原勤王軍的副帥，幫助李建成將軍統領太原勤王軍，遇事商量而行，如果出現爭執，再由微臣出面協調處置，不知殿下能否降尊紆貴，暫時委屈一下？」
自打與陳應良攜手合作以來，楊暕第一次開心的笑了，笑著說道：「勤王大事要緊，為了父皇的安危，本王理當全力協助大帥勤王救駕，請大帥放心，本王會給李建成將軍當好副手。」
陳應良點頭道謝，這才將自己的這兩道人事命令公布全軍，藉以穩定軍心，結果效果也還算不錯，聽說是李建成接替李淵掌管太原隋軍，已經人心惶惶的太原隋軍迅速重新穩定下來，李孝恭和許世緒等李淵死黨也悄悄鬆了口氣，李建成則是感激涕零，益發賣力的安撫太原隋軍將士，陳應良被迫火線換將這才沒有造成嚴重後果。同時因為料定李建成絕不敢與自己搶功的緣故，楊暕也非常滿意陳應良的這個人事安排，沒再提出過份要求，耐心只是等待首先殺入雁門城勤王見駕的頭功。
處理完了太原隋軍的事，也把李淵暫時軟禁在了中軍營地，接下來就該輪到李二和李靖了，對李二陳應良也沒客氣，直接就對雲定興說道：「雲老將軍，李世民將軍隸屬於你的麾下，但現在我的中軍需要他，暫時把他留在中軍營地，你那邊沒問題吧？」
「沒問題，絕對沒問題。」擅長站隊的雲定興連眼皮都沒眨一下，馬上就一口答應，然後又主動說道：「大帥，要不要末將把柴紹也給你送來？」
「柴紹就算了，還是讓他繼續在你麾下聽命吧。」陳應良微笑說道：「李大使那一大幫心腹戰將我都能容得下，還能在乎他小小一個柴紹？讓他繼續留在你的麾下，有機會也讓他上上戰場，立些功勞，不管怎麼說，我和他曾經也算是世交。」
雲定興趕緊又一口答應，然後迫不及待的大拍馬屁，稱讚陳應良心胸寬大，不念舊惡，以德報怨實乃道德楷模，君子典範。陳應良笑著謙虛了幾句，然後才把目光轉到李靖身上，目光中也十分複雜，半晌後，陳應良才向李靖說道：「李郡丞，現在可以告訴我了吧，你和李大使在軍帳里，到底單獨談了一些什麼？」
李淵和李二又重新開始提心弔膽了，生怕李靖在這個關鍵時刻賣了他們，交代出他們是找李靖打聽過突厥內奸的實情，李靖則是神色平靜，片刻才拱手答道：「稟大帥，下官與李大帥沒談什麼，就是討論了一下太原勤王軍的新營地布置情況，大帥你也知道，下官雖是文職，對軍事卻有一定了解，排兵布陣與營地安排連你都贊不絕不口，李大使也知道下官在這方面小有所長，所以就和下官討論了一下這些事。」
李淵和李二悄悄鬆了口氣，陳應良則是目光疑惑，實在搞不懂李靖為什麼現在還不肯說實話？李淵父子都已經被削去職權了，李靖怎麼還不趕緊改換門庭？而旁邊一直在猜疑李靖的陰世師更是不幹了，馬上站出來說道：「大帥，李郡丞與李大使過往太密，私下裡接觸不斷，瓜田李下，難以分辨，以末將之見，最好還是讓李郡丞去照料身上有病的李大使，也暫時不要擔任軍中事務。」
隋軍眾將紛紛贊同，都建議陳應良也把李靖削權軟禁，李靖沉默不語，陳喪良也是猶豫萬分，權衡利弊了許久，陳應良才說道：「好吧，既然李郡丞與李大使只是商討軍情，我們也沒有發現李郡丞你有什麼不法之舉，那你就不必去伺候李大使湯藥了，繼續留在我的中軍大帳聽用吧。」
「大帥，你怎麼如此疏忽大意？」陰世師一聽急了，忙提醒道：「這個李靖嫌疑很大，你不能留啊。」
「陰太守，說到嫌疑大，有誰能比李大使的長子李建成將軍嫌疑更大？」陳應良平靜說道：「還有，和李郡丞比起來，李大使麾下那些將領官員嫌疑更大，你我連這些人和李建成將軍都容得下，又為何容不下嫌疑更小的李郡丞？」
陰世師語塞，好半天才說道：「那起碼不能再讓他參與軍機。」
「瓜田李下，下官也不敢再參與軍機。」李靖主動接受陰世師的要求，又向陳喪良拱手說道：「大帥，下官知道你一定需要一個與突厥聯絡的信使，如果大帥不棄，下官願意擔當此任，以證清白。」
陳應良的目光又閃爍了一下，然後說道：「先下去休息吧，容我考慮。」
李靖拱手答應，當下陳應良立即命令士兵把李淵父子和李靖帶到帳外看押軟禁，然後又要求隋軍眾將嚴格保密李淵父子的事，避免被突厥察覺打草驚蛇，然後才宣布散帳，讓眾將回去休息，接著陳應良又趕緊領了陰世師和袁天罡等親信，在軍隊的嚴密保護下到了太原隋軍營地查看情況，直到確認李建成安撫軍心得力，太原隋軍營地並沒有出現騷動意外，陳應良這才稍微放下心來，命令各營解除戒嚴，僅各自安排一支軍隊輪流警惕，預防萬一。
命令傳達，與太原隋軍營地接壤的譙彭隋軍、江都隋軍和左屯衛隊伍先後解除戒嚴，儘管陳應良派人對外宣稱說戒嚴是因為李淵突發急病，為了預防萬一才被迫如此，但勤王聯軍的軍心士氣還是不可避免的受到了一定影響，軍中無論如何都有些小道消息私下裡流傳。發現了這些情況，陳喪良難免有些憂心忡忡，陰世師和袁天罡等心腹也向陳應良提醒道：「大帥，陣前換將的影響還是太大，我們如果不趕緊想辦法把軍心士氣重新振作起來，只怕戰鬥力會受到巨大影響，軍心也會更加的慌亂。」
陳喪良點點頭，然後突然問