那名禁軍軍官沉默了好一會兒，在王靜輝那雙混雜著焦急、渴望、甚至是悲憤的眼神中，終於什麼話也沒有說，朝王靜輝點點頭轉身便走出封隔區外對傳令官私自下達了在西城區的禁軍進行強制隔離的命令：所有人除了有軍隊的腰牌表明身份和負責對外聯絡的人外，任何人不得走出西城區；凡是有感染瘟疫患者的人家都必須待在家中不準外出，家中所需的一切生活用品都有禁軍士兵來負責……
王靜輝見到那名禁軍軍官向下屬發布了隔離命令後，心中的一塊兒大石頭算是落了地，現在他也來不及去思考怎麼來彌補這道命令所帶來的後果了，因為醫館中的病人已經讓他沒有更多的時間去思考救治病人控制瘟疫蔓延以外的事情了。
那名禁軍軍官發布隔離命令誠然是因為被王靜輝所作所為所打動，但他還沒有膽子拿自己的腦袋來開玩笑。最重要的便是樞密使富弼臨行前交待給他們在防治瘟疫的時候，要聽王靜輝的交待，盡量給他創造更好的條件，以遏制瘟疫的蔓延。但那名軍官也為了防止出現意外而把自己給卷進去，在下令施行隔離措施的時候，也不忘把這個消息傳遞給樞密院，等樞密院把消息在傳遞給富弼的時候，富弼已經被英宗請去商議討論王靜輝給穎王趙頊的信去了。
西城區實行隔離措施後沒有到三個時辰，負責西城區的那名禁軍軍官也接到了樞密使富弼和英宗的手詔，英宗的手詔便是命令禁軍在全城施行隔離措施了，不過富弼給這名軍官的傳信是誇獎了他做的及時外，還不忘告訴他以後王靜輝再有什麼要求得不到滿足的時候，要在第一時間讓他知道，不允許這樣先斬後奏了！看過樞密使富弼的傳信後，這名禁軍軍官也不禁出了身冷汗。
不過禁軍雖然在整個西城區採取了隔離措施，但卻沒有遭到很大的抵觸。一方面人們知道了城內有瘟疫患者，都怕被傳染上，所以上街走動的人很少；另外一方面，這也是拜王靜輝的平民醫館在西城區的威望很高，凡是從王靜輝口中傳出怎樣防備被瘟疫傳染的辦法，這裡的人們都很相信，也都照著去做。這使得汴都開封各城區的瘟疫病例的數量逐漸的發生了戲劇性的變化：西城區由於其居住環境本身就是最壞的，瘟疫剛開始出現的時候，患者數量確實是居於各城區的榜首，但等這裡的人們緩過神來後，傳染的病例增長的速度就沒有開始時那麼嚇人了；而其他城區的居住條件都比較好，但發病病例的數量確實呈現非常明顯的快速增長的勢頭。
那個第一個被發現患上霍亂的患者黑三，在防疫監控點得到了最初的治療後，病情稍微減輕便被送到了平民醫館接受更為專業的治療。王靜輝對他病情的發展給予了極大的關注，這不僅是出於一名醫生的責任，更是因為由於在古代瘟疫爆發後，很少有人患上瘟疫後沒有死亡，王靜輝看到朝廷中英宗父子和韓琦、富弼等人對防治瘟疫，不惜採取隔離措施這種有悖於傳統道德的做法，他現在必須治癒一個感染瘟疫的患者來支持英宗趙曙等人。這也是王靜輝想在這次瘟疫流行過後，為了在更多的地方建立這種類似於城市防疫體系，而說服統治高層支持的理由。
黑三患病的第二天，嘔吐和腹瀉的癥狀已經大為減輕，到了第三天基本上就沒有嘔吐和腹瀉了，這除了依靠平民醫館的細心治療外，黑三自己身體素質好也是佔了其中很大一部分的功勞。平民醫館的郎中們看到黑三現在雖然說還沒有完全治好，但他的霍亂患病癥狀正在減輕，能夠活下來也只是時間問題了，他們都被這個即將被治癒的霍亂病例鼓舞了自信心，同時也對王靜輝平時講給他們聽的有關防治瘟疫的知識有了自信心。
由於王靜輝曾告訴那些平民醫館的郎中：只要病人挺過了這腹瀉、嘔吐的關口，以後便是恢複性的治療了，基本上算是脫離了生命危險。黑三身體狀況的好轉使得平民醫館中的郎中對於瘟疫已經沒有最初的恐懼了，雖然時局還是非常嚴峻，醫館中的每個郎中和幫忙的人都忙得腳不著地，但心頭總算是輕鬆了許多。最重要的是黑三身體好轉的消息也對那些同在隔離區中的病人和家屬心中也升起了希望。
尤其是那些患者的家屬，一開始的時候是哭著喊著要到隔離區去照顧自己的親人，弄得王靜輝好不狼狽，真是有些焦頭爛額了，但他臨時想出了一個辦法：從病人家屬中選出手腳利索並且身體健康的人出來組成醫護隊，臨時充當了護士的腳色，也大大緩解了醫館內人手不足的窘境。靠著王靜輝在這裡一年多以來平時所積累的人望，還有這個折中的法子，病人家屬終於同意了這個辦法。
這支臨時組成的「醫護隊」在接受了簡單的培訓後，加上王靜輝分發給每個人的口罩等簡單的防護用具，和他千叮嚀萬囑咐的注意事項後，便進入了平民醫館的隔離治療區。由於是病人家屬所組成的醫護隊，他們照顧起病人可真是不含糊，比自己培養出來的郎中可盡心多了，不過為了防止被傳染，王靜輝和他手下的郎中不時的在提醒這這些「臨時志願者」要注意防備被傳染。此時王靜輝正在盤算是否要在瘟疫結束後，招募人員專門培訓後做護理，組成一支正式的護士隊伍了。
在王靜輝所帶領的郎中和「家屬護理隊」沒日沒夜的努力下，病情開始好轉和基本穩定下來脫離生命危險的瘟疫患者的人數越來越多。雖然進入平民醫館裡的瘟疫患者並不是每個人都能夠再活著走出隔離治療區，每天都有禁軍士兵將已經死亡的患者在病人家屬那撕心裂肺的痛哭聲中被拉走火化，但更多的是像黑三這樣的患者病情正在好轉，甚至是已經轉移到隔離治療區另外一棟房屋中進行觀察，如果沒有什麼意外情況發生的話，他們就要準備出院了。
王靜輝在瘟疫開始出現到現在幾乎吃住都在隔離治療區，沒日沒夜的給患者診治，還給「家屬護理隊」親手示範如何照顧那些病人，這些患者家屬原本是決定在自己家人好轉出院後就退出來的，但看到他這麼盡心儘力，臉色也是一天比一天差，都感動的主動要求留在這裡。這也確實省去了王靜輝很大的麻煩，畢竟經過幾天的「實習」後，這支「家屬護理隊」的業務技能儘管在他的眼中離專業護士還差的很遠，但也確實有些樣子了，如果他們退居二線或是不幹了，那本來就很忙碌的王靜輝和那些郎中也只有自己來干這些事情，或者是再招募培訓一批了。
對於治癒瘟疫患者出院，王靜輝對此非常重視，畢竟他還沒有聽說過其他的城區有瘟疫患者治癒出院的，其他城區的患者還都處在觀察階段，並且每天的死亡人數正在上升，甚至是有超過西城區的趨勢。王靜輝想把這次第一批治癒出院的人出院的事情大張旗鼓的辦上一次，讓正在飽受瘟疫肆虐的汴都城都能夠看到在境況最為糟糕的西城區出現了奇蹟。這確實是奇蹟，第一批經過觀察後出院的患者有二十三人，而從瘟疫發生到現在，平民醫館接收的瘟疫患者中死亡四十一人，這樣的比例是王靜輝做夢也沒有想到的，雖然死亡人數也是很高，但在目前這個醫療手段貧乏的時代能取得這樣的成果讓他很欣慰了。
不過這二十三個準備出院的患者也並不是完全康復，其中還有六七個只是看上去和正常人一樣，其實按照現代醫學觀點，他們的觀察時間非常短，病情還不能說是百分之百的康復。王靜輝也是出於無奈才出此下策，現在隨著隔離措施在全城展開，已經飽受非議，儘管有歐陽修的「不孝」、「不忠」理論在支持，但這還是讓英宗趙曙等人感到所承受的壓力非常大，甚至對王靜輝所建議採取的措施已經產生了動搖。為了讓朝野上下的反對派對隔離政策閉嘴，王靜輝才做了這個「面子工程」，以便從效果上來支持隔離政策的繼續有效的實施。
王靜輝為此專門寫了一道策論，在禁軍的幫助下，王靜輝此時才得知汴都開封此次瘟疫到目前為止的基本情況：全城發現霍亂病例總共兩千多例，其中西城區最多，共八百例，但新病例的增長趨勢已經得到了有效的遏制，增長速度呈現下滑現象。但其他三個城區則完全亂了逃，除了開始時發現的患者比較少外，兩天就上升到三百人，五六天後總數便超過了西城區。不過最糟糕的便是其他三個城區的死亡率很高，他們那裡還沒有像平民醫館那裡已經在瘟疫爆發前便做好了這個時代所能準備好的一切措施，更不用說不惜血本的在整個城區潑灑石灰消毒了，所有的郎中都忙做一團，藥材急劇消耗，要不是宰輔韓琦在王靜輝的奏章提示下進行城市防疫體系緊急建設，粗糙的訓練了一批專門應對瘟疫的郎中，還囤積了大量的防疫物資的話，那他們早就崩潰了。
就是這樣，這些城區反對隔離政策的聲音最大，並且那裡也沒有像王靜輝的平民醫館這樣有威望的醫館和藥房，使得百姓對他們信心非常低，對禁軍所採取的隔離措施甚至是抵制不合作態度，這也是瘟疫在這些衛生條件比較好的地區還能肆虐的重要原因。甚至東城區一家富商，家中有了霍亂患者居然隱瞞不報，也沒有對水源和食物進行處理，在禁軍發現時，已經使得家中有四分之三的家人僕役都患上了霍亂，並且有五