在整個歐洲，迫害猶太人的歷史由來以久。從被羅馬帝國合法化那天起，基督教領袖們為了淡化猶太教對基督教的影響，首先就把猶太人的《聖經》稱為《舊約》，而將基督教添加部分稱為《新約》。
其言下之意是，上帝與猶太人訂約的事已成過去，現在上帝已同基督徒訂立新約。就這樣，基督教創始人在肯定猶太人《聖經》的同時又否定了它，在應用它的同時又取代它。他們通過宣揚舊的契約實際上已被新的契約所代替，而證明上帝已經唾棄了過去認定的選民猶太人，而把他對人類的愛轉向了基督徒。
聖經新約》是耶穌死後百年，由基督教會編寫的經典，集中地記載了基督教對猶太教的種種詆毀與攻擊。在《新約》的〈馬太福音〉、〈馬可福音〉、〈約翰福音〉中，多處指責猶太人是與魔鬼有關聯的人，是受惡魔驅使的人，又是恨上帝的人，是殺害先知的人，死不改悔的人。因此作為「上帝選民」的猶太人已被上帝拋棄，被逐出了天國。
當時基督教對猶太教發出的眾多指責中，影響最為深遠、攻擊最為惡毒的為指責猶太人是殺害耶穌的兇手。這是《新約》中反猶言論的最核心部分，成為日後基督徒仇恨猶太人的最主要原因。《新約》中的四大福音書：〈馬太福音〉、〈馬可福音〉、〈路加福音〉和〈約翰福音〉，都把耶穌的被害歸罪於猶太人。
歸納起來，四大福音書大體上是這樣說的：耶穌原為猶太教徒，但不按照猶太教的傳統佈道，他修正摩西戒律，甚至向人們宣傳他具有顯示神跡的能力。因此招致正統猶太人的不滿和嫉恨。
這一年逾越節的前夕，他按照古代先知預言過的方式，騎驢進入聖城耶路撒冷。入城後，他潔凈了聖殿，並在殿中宣講福音。由於叛徒猶大的出賣，耶穌就被猶太祭司捉拿，押往猶太教公會受審，受審期間，耶穌不僅遭受侮辱，還被毒打。為了置耶穌於死地，猶太祭司和長老把他捆起來交給當地羅馬總督彼拉多處置。彼拉多本想釋放耶穌，卻遭到猶太人的堅決反對。不得已，彼拉多下令判處耶穌死刑。
但是，經過史學家、神學家和猶太教專家對史料典籍的深入研究發現，《新約》中有關耶穌被害經過的記載與事實不符，完全出自《新約》作者的歪曲和編造。因為在耶穌活動的年代，猶太人的家園早已成為羅馬帝國的殖民地，猶太人身為被羅馬暴政統治之下的臣民，並沒有審判耶穌的權力，更不可能去向羅馬當局施加壓力處死耶穌。
《新約》作者故意把彼拉多描寫成一個優柔寡斷、善良通達的總督，蓄意淡化他的殺人罪行。說他是最後很無奈地屈服於猶太暴民的壓力，才判耶穌死刑。其實彼拉多生性殘酷、辦事獨斷專行、為人暴虐無情，是一個「殺人不貶眼的劊子手」，「常常不經審判屠殺手下的臣民」。《新約》作者置歷史事實於不顧，把殺害耶穌的罪過移接到猶太人身上，真是用心良苦。
事實上就算是猶太人出賣的耶穌，也不是什麼大不了的事，最多算上內鬥，大家似乎都忘了耶穌是哪一個民族的，他也是猶太人，馬太根據耶穌的家譜寫出了一個完整的歷史；「上溯二十八代，耶穌的血緣一直可以追溯到猶太歷史上最負盛名的大衛王。再由此上溯十四代，可達到亞伯拉罕，據信他是所有猶太人的祖先」。
可是為了一個猶太人出賣猶太人，卻讓猶太人做為一個民族遭受了兩千多年的苦難。公元三三七年羅馬皇帝君士坦提烏斯下令禁止猶太男子與基督徒女子婚配，違反者處死。三五七年，又下令皈依猶太教者和從事皈依活動的人均處以死刑，並沒收財產。四二五年又宣布徹底廢除猶太族長制和猶太教公會。
公元一○二六年，英國開始驅逐猶太人出境，英王獅心查理（一一五七一一九九年）加冕時，猶太人被大批屠殺。在瘋狂的迫害下，據說有一千五百個狂熱的猶太人殺了自己的妻子兒女後，縱火自焚，屍首被集體埋葬於約克城的宮廷附近。
一四九二年三月三十一日，西班牙斐迪南國王為了消除異教徒，建立一個真正的「天主教」王國，下令驅逐西班牙及其領地的所有猶太人。據歷史學家估計，約有二十至四十萬人被驅逐，是歐洲歷史上最大的一件驅逐案。
一○九五年，教皇烏爾朋二世親自發動十字軍運動，號召信徒進行聖戰，此後一共發動了八次東征。儘管這次運動的主旨是從穆斯林手中奪回巴勒斯坦，而不是為了迫害猶太人，但實際上猶太人從一開始就是東征的慘烈受害者。因為當十字軍組成出發時，被教會指為異教徒的穆斯林尚在千里之外，而他們一向憎惡的另一個異教徒猶太人卻近在眼前。於是參加十字軍的狂熱基督徒便以猶太人為第一襲擊目標，開始了對歐洲猶太人的屠殺。
一○九六年春天，迫害猶太人的行動蔓延到萊茵河地區，當地猶太人請求皇帝和教會保護，皇帝和教會答應在猶太人支付巨款後，允許他們進入城堡並派軍隊保護。可是猶太人進入城堡後依然受到十字軍的襲擊，奉調保衛的士兵卻拒絕保護猶太人，而任由十字軍襲擊。結果，該地區的猶太人全部被殺害。
一○九六年五月，伏姆斯猶太人感到大難臨頭，尋求庇護。當地基督教會出面保證猶太人不會受到傷害，他們會提供必要保護。一些人深信教會保護的諾言，便留在家中沒有逃走，十字軍來了，教會並沒有提供任何保護，結果全遭殺戮。另有一些人躲到阿德爾伯特主教的宮中避難，但他們被告知，若想保全性命，必須接受洗禮，皈依基督教。拒絕這一要求的猶太人被主教下令處死。這樣，僅兩天時間，伏姆斯就有八百人被殺害。一○九九年七月十五日，十字軍攻克耶路撒冷，把城中所有的猶太人驅趕進猶太會堂，然後縱火連人帶寺一起焚毀。