1977年5月初，由海軍J101號、J503號打撈船，交通部上海救撈局滬救3號打撈船組成的打撈作業船隊正式進駐牛山島以東作業海域，交通部與海軍共同成立了打撈作業現場指揮部，統一實施對打撈作業的指揮，雙方還進行分段打撈分工。海軍派出的艦艇巡邏編隊隨即也抵達了作業區現場，並展開了對作業區的巡邏警戒。中國政府有關部門對外發布消息和航行警告，宣布在牛山海域打撈阿波丸沉船。
從1977年至1981年四年間，參加打撈工程的海軍官兵和救撈局職工勇闖潛水禁區，取得了令人鼓舞的成績，海軍J101號，J503號船，上海救撈局滬救3號船，共有600多名潛水員參加了水下作業，各船平均作業332天，共潛水3604人次，水下切割2379.1平方米，水下爆破650次，撈起錫錠、橡膠、水銀、鈮鉭、雲母、光化玻璃等物資共5418噸，總價值5000多萬元人民幣。另外還打撈起日本人的屍骨368具，由中國上海市紅十字會交還給日本紅十字會。
但是黃金、白金這些最有價值的東西卻一無所見。
資料的最後是打撈時的情況，水下的各種照片，打撈人員的回憶，日誌。從這部分的資料來看，這裡面本來沒有太多神秘的地方。阿波丸之所以被迅速擊沉，看看它的殘體就一目了然。它不是被炸破進水沉沒的，而是在魚雷的攻擊下，從艦橋前端一折兩段，任何一條船在這種破壞之下都難以保持長時間的漂浮的根據潛水觀察，阿波丸船首，船腹各有一個魚雷破孔，而所有報告都表明它沉沒前中了三顆魚雷，從間隔看，艦橋前方應該是第三枚魚雷爆炸後的結果。阿波丸的折斷應該是魚雷造成的。
從阿波丸船體的破壞看，應該是一枚魚雷炸斷了它的龍骨，其沉重的貨物又進一步加快了它的折斷和沉沒，這是一個很正常的過程。還有一點注意的是，阿波丸是一條很快的船，沒有任何一艘潛艇可以追上它，這一點很值得玩味。在發動機沒有多少花樣可玩的情況下，這隻能說明阿波丸或者船體比同噸位的船輕（強度也就比較差），或者船體更細長，這都可以進一步解釋它為何一擊即折。
有潛水員提供了一些線索，他們進入阿波丸的時候，發現船長室後部的保險箱已經被割開，如果有珍貴物品存在其中，無疑，早已經被人先下手為強了。而潛水員更在阿波丸的船體內發現帶有英文字母的潛水汽瓶，由此證明至少已經有人先光顧了阿波丸。
從遺棄的潛水汽瓶看，這些先來的「觀光客」更像是一些業餘水平的尋寶潛水員，可是考慮到阿波丸的位置，業餘潛水員能夠到達那裡，多少有些不可思議。這件事如果當事人不出來說明，只怕要變成千古之謎了。
關於阿波丸上可能載有北京人頭蓋骨，找到它的希望，應該說微乎其微。阿波丸內曾經打撈上來若干日本乘員的遺骸（為了減小此事的影響，最初中日雙方都採取低調，只提出水了帶有日本乘員姓名的木牌，未提遺骨問題，實際當時已經歸還日本方面，在赤穗還有這些遺骨的合葬墓。），其中頭蓋骨殘缺不全的很多，這和沉船附近的海域情況有很大關係，東海屬淺海，溫度高，一方面是海洋生物的破壞，一方面也是溫帶海水的腐蝕，假如北京人頭蓋骨真在其中，則是否還安然無恙是很難說的。
並不是所有的人都看到了這份資料，我們的封閉期事實上已經結束，東海雙姝離開我們，接到新的任務，他們將先去京都去看望仍住在醫院的金猿和劉娟，我們通過視頻看，他們都有了根本的好轉。什麼任務，她們沒說，我們也不能問。然後是薛宏，他的身體也讓人擔憂，他整天只是悶悶不樂，也不與人交流，見到蘇原還能迸出一兩句話，其它的就是腦袋和手代替嘴的功能。檢查不出什麼毛病，上面找了個很知名的心理專家，來矯正他，因此他也離開了我們，而蘇原也陪同他一起離開，對於蘇原的離開，剛好了幾天的白法海又蔫了起來。
給我資料後的第三天，陳頭告訴我們有貴客來，老實說，我不以為然，再尊貴的客人也與我們無關，我們只是最底層的小人物，按照大人物的指示棒行動。但那人走進會議室，我的眼眶一熱，強忍住才沒讓眼淚掉下來。朱天倫，我的師兄，也是把我引上這條不歸路的騙子，他竟然來了。
師兄用擁抱代替了握手，來表達對我的安慰。急忙問候了導師和親愛的師嫂近來狀況，師兄在組織中地位超脫，是屬於業務顧問的角色，他來此，顯然並不是來看我，而是傳達任務。這次的任務簡單的多，按師兄的說法，本不應該安排我們，但其他的幾個外勤組都有任務，而且本次任務強度不大，全當旅遊度假，對他的說法，徐教導員顯然是不滿意的，簡單的任務上頭是不會出動我們的，但出於禮貌，他並沒有公開反駁。
我們的目的地是巴布新幾內亞，一個處在南太平洋的島國，陳頭告訴我們，阿波丸號的出發地並不是新加坡，而是巴布亞紐幾內亞的布卡島（Buka Island）旁邊的一個附屬島嶼。現在的情報來源證實，阿波丸號3月2日，抵達新加坡，3月10日，「阿波丸」進入蘇門答臘，到達航程終點。3月28日再次出現在新加坡，從3月2日至3月28日，阿波丸執行了一次神秘的任務，除了3月10日在蘇門答臘露了一次臉外，再也沒有露臉，直到3月28日日才重新露面，而在打撈的航海日誌上，那26天也成了空白期，但是有情報顯示，一艘和阿波丸號相似的船曾經出現在布卡島（Buka Island）及其附屬島嶼，而在那個無關戰略地位的小島上，日本人修築了堅固的堡壘，並動用了大量中國戰俘，而這些戰俘沒有一個能再回到他們的家鄉。