作為高技術軍種，空軍在第三次軍事改革中受到的影響並不大。
在外界看來，為了加強天軍建設，加上在戰術運輸機項目與低空攻擊機項目上敗給了陸軍航空兵，空軍受到了很大的影響，也得像陸軍那樣，在第三次軍事改革中裁員，導致數萬名空軍官兵失業。事實上，情況遠沒表現得這麼糟糕。空軍裁掉的4萬多名官兵中，以戰術空運部隊的相關人員、以及基地警衛等非戰鬥人員為主，戰術航空兵、戰略航空兵與支援航空兵反而得到了加強。按照共和國國務院在2040年公布的國防藍皮書，到當年年初，共和國空軍的總兵力為42萬，其中飛行員超過了3萬人。由此可見，共和國空軍的規模並沒縮減，至少維持了印度戰爭前的水平。
從某種意義上講，共和國空軍的規模擴大了。
按照軍情局提供的情報，到2040年底，美國空軍的總兵力在40萬左右（未包括空中警衛隊），其中飛行員只有23000人。也就是說，在美國空軍中，飛行員佔總兵力的5.75%左右，而在共和國空軍中，飛行員佔總兵力的7.15%。這一現象除了證明共和國空軍的保障體制更加有效（可以減少飛行員之外的保障人員）之外，也證明了共和國空軍的實際規模肯定不止42萬。準確的說，因為在戰爭時期，機群出動強度提高，需要更多的保障人員，飛行員在總兵力中占的比重應該在5%以下，所以共和國空軍在不擴充飛行員的情況下，可以在戰爭時期徵召大月18萬預備役人員，將總兵力擴充到60萬左右。相對而言，擴充保障人員比擴充飛行員容易得多。
具體編製上，空軍的變化就非常驚人了。
傳統上，空軍下設3個主要兵種，即戰術航空兵、戰略航空兵與支援航空兵。隨著技術進步，兵種間的區別越來越小。在2030年之前，也就是共和國當局為印度戰爭做準備之前，就有部分空軍將領提出了縮減編製的想法，即取消原來的兵種區別，按照作戰使用與作戰目的，合理分配各兵種的作戰力量。雖然這一提議得到了前空軍司令嚴宇擎的支持，但是在章忠憲出任空軍司令之後，出與爭奪總參謀長職務的考慮，沒有繼續推進空軍的結構化調整。藏南衝突爆發之後，共和國當局明確了通過戰爭解決南亞爭端的基本原則，著手對軍事力量進行全面調整，空軍的結構化調整自然無果而終了。
印度戰爭之後，林嘯雷出任總參謀長已成定居，章忠憲離開空軍也是遲早的事情。
在此情況下，章忠憲沒再「怠工」，順應第三次軍事改革的大潮流，率先提出了結構化改革方案，即通過整合三個主要兵種的資源，達到縮減編製的目的。由此可見，章忠憲不是沒有才能，而是很有才能。從某種意義上講，正是章忠憲的這一安排，讓空軍在第三次軍事改革中保存了大部分實力。也就是說，空軍裁減的幾萬官兵，實際上都是通過結構化調整削減下來的，對空軍的影響並不大。
不管怎麼說，結構化調整必須建立在先進裝備的基礎之上。
說直接點，沒有足夠先進的裝備，就算再怎麼調整結構，空軍的戰鬥力也不會增強。
因為空軍採用了嚴格的裝備與人員對應的編製體制，所以在兵力並沒大規模縮減的情況下，空軍的裝備數量也不會減少多少。雖然與陸軍一樣，在2035年之後，共和國空軍再也沒有採購過一種新式主戰裝備，只能在改進舊裝備上做文章，但是作為高技術軍種，空軍在改進上玩的花樣更多，也更加徹底。
在空軍的眾多主力裝備中，最受關注的仍然是重型制空戰鬥機。
因為在半島戰爭、日本戰爭與印度戰爭中的突出表現，共和國空軍的重型制空戰鬥機聞名全球，重型制空戰鬥機也再次成為爭奪制空權的主要力量，所以印度戰爭之後，除了共和國與美國之外，俄羅斯率先啟動了重型制空戰鬥機的研製項目，就連法國也在努力拉攏幾個歐洲大陸國家，想通過聯合研製的方式開發「歐洲戰鬥機」。
到21世紀40年代，J-16仍然是世界上最出色的重型制空戰鬥機。雖然空軍早在2035年年底就啟動了J-16的替代戰鬥機，即代號X18的重型制空戰鬥機研製項目，並且在當年就向中航集團、中重集團與航空航天集團各支付了幾億元的項目啟動經費，要求這三家有能力研製重型制空戰鬥機的軍火企業拿出初始設計方案。但是在2037年，也就是林嘯雷擔任總參謀長之後，隨著海軍加入，空軍單獨研製重型制空戰鬥機的計畫被取消，而且在誰主導該項目的問題上，空軍與海軍產生了嚴重分歧。
雖然裴承毅當時已經去了物理實驗中心，但是對這件事情還是有所了解。
原因無二，與重型制空戰鬥機有關的幾項技術由物理實驗中心的實驗室負責，裴承毅正好參與了其中的一項開發工作。
按理說，重型制空戰鬥機是空軍的當家花旦，而且空軍的採購數量遠遠超過海軍，所以無論如何應該應該由空軍主導，在空軍型號的基礎上改出海軍型號。問題是，林嘯雷當上總參謀長之後就提出了「大海軍計畫」，即在20年內，將海軍規模擴充1倍以上，完全具備與美國海軍對抗的實力。雖然該計畫的現實意義非常大，按照王元慶的估計，兩個超級大國共存的局面最多再維持30年，如果不能在20年內建立起世界一流的海軍，共和國不大可能在全面戰爭中擊敗美國。但是林嘯雷的做法過於霸道，而且思想過於激進。不管怎麼說，在海軍主導局面的情況下，總得給其他軍兵種一點活路。
鬧到最後，該項目被國防部否決了，準確的說，是在顧衛民的干預下被暫時擱置了。
顧衛民給出的理由很簡單，J-16在20年代開發、30年代裝備部隊，足以服役到20年到30年，即在2050年之前，完全沒有必要考慮更好的戰鬥機。雖然重型制空戰鬥機的開發周期長達10多年，甚至20年以上，但是不研製重型戰鬥機，不等於不開發新技術，很多與重型戰鬥機相關的技術，可以在其他項目中得到體現與應用，或者單獨立項。事實上，擱置了重型戰鬥機的開發項目的同時，國防部批准了幾個單獨軍事科研項目，並且在批准J-16的改進項目時，明確提到了幾個技術指標，即通過改進J-16來推動新型重型制空戰鬥機的關鍵項目。
如此一來，搞到最後，重任還是落到了空軍身上。
不管怎麼說，J-16是由空軍主導的重型戰鬥機，所以在改進J-16的時候，其主要作用的也是空軍。
因為國防部提出了更高的要求，所以J-16的改進項目得重頭開始。
在2039年底首飛的J-16的第二種正式批量生產型的編號為E，而不是在印度戰爭爆發前就已經開始研製的J-16C。雖然看上去，J-16E比J-16C更加先進，畢竟其改進時間比較晚，能夠採用更多的新技術，但是事實上，J-16E應該是J-16C的縮水版本，其主要目的就是控制改進費用，即在以J-16A為基礎進行改進時，改裝成本不得超過造價的40%。受此條件限制，很多計畫用在J-16C上的先進設備，比如無源探測系統、全新的發動機，壓根不可能出現在J-16E上。
毫無疑問，這絕對不是空軍想要的結果。
問題是，在與總參謀部對立的情況下，空軍只能依靠國防部，從而在裝備研製與採購上盡量聽從國防部的吩咐。
作為國務院的部門，國防部在考慮裝備發展項目的時候，首先考慮的就是效費比。
用國防部在審批J-16E項目時的評論來說，雖然無源探測系統、大推力發動機、高強度機身、多功能生命維持系統（提高飛行員承受過載的能力）等設備非常先進，能夠最大限度的提高戰鬥機的性能與作戰能力，但是這些系統本身也極為昂貴，效費比遠遠比不上已經十分成熟的系統。根據國防部公布的計算結果，按照C型標準進行改進，成本將是生產1架J-16A的2倍，而1架J-16C的作戰效能肯定比不上3架J-16A。按照E型標準改進，成本只有1架J-16A的40%，而J-16E的作戰效能是J-16A的200%以上，因此選擇J-16E，放棄J-16C，也就在情理之中了。
為了讓空軍接受這個方案，國防部還拿出了「國防資源情報局」（一個專門通過公開與半公開渠道收集他國國防情報的部門）收集到的情報，即在未來10年到15年之內，美國空軍不會裝備比J-16E更加先進的戰鬥機，F-42的改進計畫很難做到比J-16E更加徹底，而且美國空軍也沒有研製新型重型制空戰鬥機的計畫。
說簡單點，國防部不願意為單價近百億的J-16C買單。
萬幸的是，軍情局證實了國防資源情報局取得的情報，美國空軍確實沒有啟動研製下一代重型制空戰鬥機的計畫，而且也沒有對F-42做太大的改進。按照軍情局的說法，美國空軍的情況與共和國空軍很相似，即F-