一處公寓走廊內，詭異的一幕正在此處上演。
三柄「矩陣沙鷹」的槍口火舌吞吐，一顆顆子彈拖著一條條的氣浪軌跡射向「死而復生」的尼奧——如果擊中，尼奧必成馬蜂窩。
但是尼奧卻似乎全不將那些子彈放在心上似的，就在那裡站著不動。
此刻的尼奧，已經和之前大不一樣。彷彿一個抄經十載驟然頓悟的僧人一般，雙眼飄忽但是一點也不迷茫，相反彷彿在以一種全新的視野去洞察全新的世界。
尼奧單手前探，那些呼嘯而來的子彈竟越來越慢，越來越慢，最後定格在了他的面前。時間彷彿在這一刻停止。尼奧眼中閃過一絲疑惑，不由得拈下一顆子彈。事實上就連他自己也弄不明白自己為什麼會這樣做，又為什麼能夠讓子彈停下來。就彷彿，耳畔有一個聲音在說：我能夠這樣做，我應該這樣做，我在這裡無所不能！
下一刻，所有定格在空中的子彈一齊墜落。
三個「矩陣特工」面面相覷。史密斯憤怒的怪叫一聲，將手中的槍一丟，化作一條黑影就衝到尼奧面前，一雙拳頭如雨打飄萍一般擊出，收發拳的速度快到只能看到一團黑影，根本看不清楚史密斯的手臂。換做一般人來只怕早被全身打爛了，但尼奧卻從容不迫的舞動著手臂，雙足立地如生根，將史密斯全部的拳頭的攔截了下來。幾個呼吸後，臉帶尼奧的尼奧竟然側過身子，看都不看史密斯，竟然單手就將史密斯全部的攻擊都封住了。
「砰砰砰」撞擊聲充斥著這條狹窄的走廊。
只因為，此刻史密斯的動作在尼奧眼睛中卻是非常非常的緩慢。
直到這一刻，他才真正的相信，自己就是「救世主」——只是他並不知道，只不過是先知賦予它的「救世主程序」被必要的條件激活了罷了！
「救世主程序」由何而來？先知給予他的那塊餅乾！
必要的激活條件是什麼？崔尼蒂的「真愛」！
聽起來或許很玄乎，但是這一切都是「先知」一手主導的。她在經歷了前五代「救世主」的抉擇之後，發現一開始賦予「救世主」悲天憫人的慈悲心博愛心並沒能打破「母體」與「錫安」之間的宿命輪迴般的循環。「母體」始終沒有臻於完美真實，而人類卻也一代又一代的飽受悲慘的命運，於是她想要改變。一開始並不賦予「救世主」公情，相反給予他私情也就是男女之愛，看看最後會有怎樣的結果。可以說，「先知」自己同樣在冒險！
且說，尼奧單手就接下來了史密斯狂風暴雨般大的進攻，很快便覺得沒意思了，當即一腳飛踢出去。
史密斯就好像斷了線的風箏一般飛出去，跌趴在了地上。
「尋常的手段殺不死他們，只能從內部刪除他們的代碼，先用那個史密斯試一試！」尼奧腦海中閃過一個念頭，就如同一直利箭飛射過去，史密斯根本來不及反應，就給尼奧鑽入了體內。乍一下史密斯還反應不過來，不過很快他就感覺到了體內的異樣。
他在清除我的源代碼！
隨著史密斯身子一陣扭動，一道道裂紋開始出現在他的體表，白色的光芒刺出。
砰！
史密斯的身子整個從體內爆炸開來，瞬間化作虛無。而尼奧卻安然無恙的站著。
瓊斯還有布朗兩個人看了，對望一樣就立即跑路。顯然就算他們是殺毒程序，也懂得什麼叫做恐懼和怕死。
尼奧並沒有去追，而是跑向那依舊發出跳躍般鈴聲的電話。他有種感覺，某種不好的事情發生了……
……
尼奧猛的睜開眼睛，剛要動動身子，卻發現自己的身體被綁了起來，手腳完全動彈不得——這是給一個剛剛凱旋歸來的勇士的待遇嗎？
「尼奧！」崔尼蒂的聲音響了起來。
尼奧問道：「發生了什麼事情？」
「她們佔領了船，控制了塞弗，還……還殺了賽文坦克他們……連墨菲斯也被他們囚禁起來了。」崔尼蒂被再次給綁回了躺椅上。「深層覺醒」的她就算在現實世界也實力不俗，但是奈何手腳被廢，對方又有槍，又控制了尼奧和墨菲斯的生死，就算反抗也是多餘的。
「這究竟……為什麼！？」尼奧用力的掙扎著身子，只可惜雖然他現在在「母體世界」中是一個超人，可是在眼前的世界，剛剛「完全覺醒」的他本體的力量卻著實不大，興許補充到豐富的營養之後力量會增強也不一定——畢竟在第二部可是連預知未來的能力都擁有了，第三部更是抬手間毀滅一大群的機械兵。
所以任憑尼奧如何掙扎，頭部以下的身子根本就動不了。為了保險起見，梁幼蔓可是將他綁成了大粽子，同時為了預防他的念力異能椅子上還連接了電流，通電按鈕就控制在梁幼蔓手中。
梁幼蔓笑道：「拯救世界。這些都是必要的犧牲。這不正是你們一直想做而做不到的嗎？」
和崔尼蒂一樣，尼奧無話可說。又是劫持戰艦又是殺人，最後你說「拯救世界」，你讓人還怎麼說？
「你們想要什麼？」尼奧強忍著心頭的痛苦和悲傷，當然更多的是憤怒。他知道對方這樣做，又沒有直接殺他，必定是有所企圖的。只要自己有對方想要的東西，那麼就有談判的基礎。
梁幼蔓道：「這個還用問嗎？我們要拯救世界，自然需要你『救世主』的力量咯。現在你就是『救世主』，我想你該不會不承認吧？」尼奧深吸一口氣讓自己更加冷靜，「你們究竟是什麼人？」
梁幼蔓道：「問這些就是多餘的了。你只需要清楚我們要幹什麼就行。」老實說，在自己佔盡優勢的情況下，梁幼蔓很厭敵人沒完沒了的問一堆「你們是什麼人」「你們要幹什麼」這類簡直白痴到極點的問題。又不是勢均力敵，要坐下來唇槍舌劍的談判一番。
這個時候，塞弗突然急切的叫道：「墨菲斯就要脫困了，他的意志力太強了。」梁幼蔓一驚，道：「你再堅持一會兒。」雖然墨菲斯也被綁住了，應該脫不了身，可是梁幼蔓就怕墨菲斯到時候會幹出「捨生取義」之類的事情來，那往後的計畫都要崩盤！敲暈又不行，大腦不活躍根本無法送入「母體世界」之中。
梁幼蔓迅速撥通辛途的電話，可是只聽到「嘟嘟嘟」的聲音，電話的另外一頭根本就無人接聽。
「那邊的『出口』還保持著開啟嗎？」
「是，是的！而且，陸的訊號又一次的消失了。」塞弗急的滿頭大汗。當然不是為辛途著急，還是為他自己。他算是看出來了，這群人就是一群瘋子。艾博和斯薇琪已經死了，不用想也知道那個陸乾的。
「怎麼又出故障了……」梁幼蔓也不耐煩了起來。
辛途的計畫在她看來是完美無缺的，整體來說直到現在也實施的很順暢，可是奈何變故和意外實在是太多了。先是被塞拉夫盯上，現在又不接電話，不知道又出了什麼突發事情。這個時候羅娜說道：「梁姐，還是讓我進去看看吧。」
「……好。」
很快，羅娜也接入了「母體」之中，就出現在辛途所在的位置。
羅娜一閉眼，在一睜眼，就發現自己已經來到了一處廢舊的寫字樓的某一層。這是她第一次離開「母體」後再返回「母體」，自然倍感新奇，可是不等她過多的查看周圍，就聽到一聲大叫聲。
「滾！從我體內滾出去！」
一個「滾」字，充斥著憤怒與焦急。
羅娜扭頭望去，就看到一個人從廢棄的辦公桌下爬了起來，然後又撞倒辦公桌倒了下去，發出一陣乒乒乓乓的響聲。
不是陸先生是誰？
辛途的確是又遇上意外了。
就在他耐心的等待著訊息的時候，突然他感覺到體內一陣膨脹收縮甚至扭曲的感覺，根本不知道發生了什麼。直到一個微笑的聲音響起來在腦海中，「密斯特陸，你知道我是誰嗎？」
「史密斯！？」辛途大驚，「你怎麼會在我的體內？」
「我一直與你在一起，」史密斯一邊入侵辛途的精神體一邊道，「還記得那顆綠色藥丸嗎？裡面有一段我自己的代碼。我的源程序被密斯特安德森刪除了，但是我卻得到一些有趣的東西，『救世主』的代碼。真是幸運！但是重新編寫身體的代碼並將『救世主』的代碼插入其中實在是太麻煩了，需要很多時間，可是我等不及，所以我就想到了你。利用你精神內的我一段源代碼，我可以省去很多的功夫。」
史密斯這個混蛋竟然想要佔據我的身體獲得重生？！
這下子辛途終於急了。
他當然一千一萬個不願意，所以他開始反抗……但是他卻發現他根本不知道怎麼去反抗，意志力驅逐？這根本已經超脫於意志力影響範圍了。史密斯已經獲得了「救世主」代碼，正在向「滅世者」升級，除非尼奧……可是一旦尼奧進來，他的計畫將徹底崩盤，等待著他的結局依舊是死亡！
所以，他只能一點點的看著自己的腿部開始變成一雙穿著黑色西褲