見識了真正的三合會之後，馬丁、庄文強、麥兆輝、莫納漢、崔正源和萊昂納多五個人一起，花了三個星期的時間，又重新完善了劇本。
再次出爐的劇情，和原版和之前的劇本，簡直就是兩個電影的差距。
而新的版本中，故事性和邏輯性也更加的合理了。
原來的《無間行者》中，萊昂納多的卧底過程處理的太過草率。讓人一看，就產生不了深入下去的慾望。
明顯的警員經歷，又輕易地打入了黑幫內部，還多次參與至關緊要的行動。
這些明顯的疏漏，都會讓觀看的人產生濃濃的懷疑。
如果卧底這麼輕易就能打入進去，那麼愛爾蘭黑幫恐怕早就被瓦解了。
所以這一次的劇本調整中，根據崔正源的建議，做了很大的調整。
新出爐的劇本，絕對不會在出現這樣幼稚的錯誤。
樂士文（梁家輝扮），英文名字勒斯，祖籍中國閩省。
年輕的時候依靠幫人偷渡為生，糾結了一幫手下最終在舊金山落腳，成立了一個臭名昭著的三合會組織安樂會。
隨著安樂會的日益壯大，走私、販毒、強姦、殺人都罪惡行徑層出不窮，已經極大地影響了舊金山市的治安。
為了剷除這個毒瘤，舊金山市警局的警長昆南（馬丁.辛扮）和萊頓（馬克.沃爾伯格扮）決定從舊金山警校中選擇一個優秀學員潛伏進安樂會，為剷除這個罪大惡極的黑幫搜集證據。
比利.溫斯頓（萊昂納多.迪卡普里奧扮演）是生長在舊金山地區的白人少年，在他幼年的時候，他的父母被樂士文殺害。
年幼的比利逃過一命，並且被樂士文收養。
樂士文一直以為當年的時候比利年紀幼小，並不記得曾經發生過什麼。
但其實比利一直把父母的仇恨記在心裡，並且尋找機會復仇。
在樂士文的精心培養下，比利最終考入了舊金山警官學校。
然而在得知警方準備派遣卧底潛入進安樂會的時候，比利向昆南和萊頓表明了自己的身份，並且自告奮勇接受了這一任務。
很快，比利就因為在警校裡面惡意傷人和打架鬥毆而被退學。
「無奈」之下的比利只好回到樂士文的身邊，依靠義父來生活。
雖然對於比利的不爭氣很惱火，但是樂士文本著得到一個助手的想法，開始讓比利參與幫會裡面的事務。
這段劇情是崔正源想出來的，雖然複雜了些，但是卻將比利能夠成功打入安樂會內部的情況闡述清楚。
如此一來，比利的卧底身份也變得合情合理起來。
不像原版當中，那麼的突兀。也不是靠光嘴上喊幾句「我他媽的不是卧底」就可以辯白的那樣無力。
樂士文的義子的身份也讓他能夠如魚得水而不被發現，為很多的行動提供了必要的掩護。
梁則高（崔正源扮演），英文名字科林。
五歲的時候跟著母親，在蛇頭的安排下偷渡美國，去尋找杳無音訊的親生父親。
然而在茫茫大海上遭遇不測，梁則高的母親意外身亡。
成為孤兒的梁則高被樂士文撫養長大，並且在和比利互不知情的情況下被安排打入了警方內部，成為樂士文的內應。
梁則高艱苦努力，認真勤奮，加上樂士文的大力資助，使得他很快就成為了警官，打入了警方的上層。
隨著警方和安樂會的較量次數的增多，昆南和樂士文都意識到，自己的內部混入了卧底。
為了揪出卧底的身份，雙方各施其謀，展開了針鋒相對的行動。
比利和梁則高在這個大漩渦里，為了各自的生存，都使盡了渾身解數。但事實卻是越陷越深，最終無力掙脫。
梁則高利用高級警員的身份，藉助警方內部自查的機會，將監控的目標選定在了昆南的身上。
希望通過昆南這個掌握卧底的人，來查出安樂會內部的鬼是誰。
結果在昆南和比利會面的時候，被安樂會查到了行蹤，導致昆南被從高樓上扔下身亡。
隨後，襲擊昆南的安樂會幫眾和跟隨監控的警察發生了槍戰。
最終，跟隨樂士文時間很長的老人滾刀肉中槍，還落入了警方的手中。
梁則高得到樂士文的指示，讓他尋機除掉滾刀肉，免得安樂會的罪行被警方得到。
梁則高準備殺死滾刀肉的時候，意外地從彌留之際的滾刀肉手裡得到了一個情報。
當年他和母親偷渡來美國的時候，蛇頭正是樂士文。
當時快要接近美國海岸，結果被海岸警備隊稽查。
樂士文為了避免事情敗露，將梁則高的母親推入了密封的氣罐里。
正是這個意外，才導致了梁則高的母親窒息身亡。
十幾年的輪迴，梁則高終於得知了自己的殺母仇人。
於是藉助警方的力量，暗算之下將樂士文親手打死。
不過事情到這裡並沒有結束，不管是比利還是梁則高都知道，還有一個對手活著。
只有將對方剷除掉，自己才能存活下去。
昆南死了，知道比利身份的只剩下一個萊頓。但是因為和梁則高的衝突，萊頓被清出了警隊。
昆南遺留下來的檔案資料都落入了梁則高的手裡，但是梁卻不知道密碼，所以無法獲知卧底的真實身份。
樂士文死了，大仇得報，安樂會煙消雲散，比利一心想要回到警隊。
在這樣的情況下，他去見了梁則高，希望這位新的警隊負責人給自己恢複身份。
梁則高一邊應承，一邊從比利的嘴裡套出了密碼。
就在他刪除掉比利的檔案並且準備尋機除掉比利的時候，卻不知道比利在他的辦公室里意外地發現了他和樂士文聯繫的證據。
確認了梁則高卧底身份的比利不敢多呆，靜悄悄地離開了警局。
在樂士文和梁則高通話錄音的威脅下，比利和梁則高在昆南身亡的大樓頂部王牌相見。
給梁則高帶上了手銬之後，比利一心想要把這個黑幫卧底交給法院，讓他被繩之於法。
然而就在要離開大樓的時候，比利被另一個黑幫卧底格拉斯開槍打死。
原來樂士文死了之後，格拉斯心裡沒底，惶惶不可終日。
見同是卧底的梁則高步步高升，格拉斯就想著依靠梁的關係，能夠繼續滋潤地活在警隊裡面。
但是不想有把柄落在別人手中的梁則高，則趁著格拉斯不注意，用比利的手槍將這個同樣的黑幫卧底打死了。
偽裝了現場的梁則高，用他的說詞騙取了調查組的信任，並且繼續高升，成為了實際上的舊金山警隊的負責人。
除了已經死掉的格拉斯之外，還有一個知道梁則高身份的人，就是他的未婚妻、心理醫生維拉。
維拉並不是真的愛梁則高，而是迫於生活的壓力才和梁走到了一起。
事實上，維拉真正喜歡的是她治療過的比利。
比利會見梁則高之前，曾經把梁是卧底的證據寄放到維拉那裡。
比利死後，維拉帶著愧疚，把證據交給了萊頓。
對於因為自己等人的疏忽導致比利身死，萊頓非常的愧疚。
於是在梁則高和維拉的婚禮上，萊頓喬裝出現，當場打死了梁則高。
之後，一直活在懺悔中的萊頓也當場開槍自殺了。
影片的最後，維拉懷著不知道是比利還是梁則高的孩子，坐著飛機去了歐洲，遠離了舊金山這個傷心之地。
一部無間，處處傷魂。
比利、梁則高、樂士文、昆南、萊頓、格拉斯、維拉，每個人都懷著各種目的和使命，墮入了無間地獄。
他們都在拚命的掙扎，想要從這個黑暗的世界中走出去。
但最終，彼此糾纏之下，全都成了始終被痛苦折磨的亡魂。
當曲終人散，這裡充滿的是悲劇。
好人也罷，壞人也罷，當煎熬到了極點，或許一死才是最好的解脫。
比利最開始想的只是藉助警方的力量報仇，當樂士文死了以後，他就覺著可以安心地回去做自己的警察了。
但殊不知，更大的災難還在前面等著他。
梁則高一直對撫養自己長大的樂士文抱有深深的感情，為此不惜罔顧正義地去幫助樂。
直到獲悉母親真正的死因之後，才一怒而復仇。
但是樂士文的死並沒有讓他擺脫身上的污點，相反還陷入了更大的麻煩當中。
越掙扎，身上纏繞的網就越緊。
最終，手腳被束縛，他也就再也脫離不開黑暗深淵。
昆南也為自己的錯誤付出了生命的代價。
雖然他知道警隊里有樂士文的卧底，但是卻始終堅信不是梁則高。
按照他的說法，正因為梁則高和樂士文一樣