1358年八月十五日，蝴蝶谷大公會議後整整一年，仍然是在蝴蝶谷，楊逍在少數幾個將領的簇擁下舉行了冷清的繼位典禮。
明教的另外兩個實權人物，天完政權的徐壽輝和應天政權的朱元璋，都只是派使者參加典禮而並未親自到來。
在張無忌突然失蹤後，韋一笑也因為不滿楊逍的繼位而遠走波斯，明教中樞的權力被進一步削弱，這導致了軍隊脫離中央控制的趨勢更加無法遏制，楊逍的教主之位幾乎被架空。
在西部，徐壽輝的統治並未維持很長時間。
野心勃勃的徐壽輝對楊逍的指示不予理睬，他不僅收容了成昆的私生子陳友諒，而且賦予他舉足輕重的權力。
徐壽輝試圖通過籠絡陳友諒掌握成昆殘餘的關係網，但他的努力只是讓陳友諒鞏固和擴充了自己的勢力。
1359年底，陳友諒囚禁了徐壽輝，成為天完政權真正的主宰。
彭瑩玉在這次政變中死去。
不肯服從陳友諒的徐壽輝部將明玉珍宣布向楊逍效忠，令楊逍的實力大為壯大，在明玉珍的擁戴下，楊逍率軍進入四川盆地並攻陷了重慶，在第二年佔領了整個四川。
四川戰役耗盡了楊逍老邁的精力，他在1361年去世。
另一名元老范遙在成都附近的一次戰役中面對敵人的優勢兵力，扔下數萬名士兵逃走，他因此被譏笑為范跑者（Fan the Runner），此後范遙銷聲匿跡，他的政治生命也從此終結。
明教由此進入了明玉珍、陳友諒和朱元璋三足鼎立的「後三頭」時期。
明玉珍接收了張無忌、楊逍時代所剩下來的中央禁衛軍，以及徐壽輝的部分兵力，更重要的是楊逍所傳給他的明教第三十六代教主之位，這使他在名義上對陳友諒和朱元璋具有了君主對藩臣的地位——如果後二者肯承認他的地位的話。
但陳友諒並不打算這麼做，他宣布自己為真正的教主，儘管既沒有任何人的授權也沒有教義上的依據。
這就出現了相當滑稽的一幕：三年前還在丐幫中聲嘶力竭要打倒明教的鼓吹者——對這一點許多人仍然記憶猶新——現在宣布自己是明教的教主。
為了擺脫這種尷尬，陳友諒一方面掩耳盜鈴地將他的軍隊改名為「衛明軍團」另一方面則訴諸民族主義的支持，將「天完」政權改稱為「大漢」這不僅是對應於漢人（Ethnic-ese）的自稱，也試圖喚起人們對古代的漢帝國（公元前202-公元221），這一漢人最為榮耀的時代的回憶。
他的年號是「大義」意思是「偉大的正義（Great Justice）」他在東方的對手朱元璋同樣不承認明玉珍的地位。
但朱元璋並未提出教主之位的要求，這不僅是由於他的參謀告訴他要「暫緩自稱教主」也由於朱元璋從這一時期起，身邊已經聚攏了一批傳統的儒家知識分子，他們勸說這位大權在握的統治者儘早和靠不住的異端宗教脫離關係，而恢複儒家學說的正統地位——自從漢武帝以降的一千多年來，儒學被證明為唯一適合統治中國的意識形態。
在他們的勸說下，朱元璋採用了「吳國的公爵」這樣一個毫無明教色彩的平庸稱號。
儘管朱元璋此時仍然沒有脫離明教的打算，但他已經越來越淡化他的根據地中的異端宗教色彩。
事實上，朱元璋向主流意識形態靠攏還有更深遠的考慮。
與明玉珍和陳友諒這樣出色的武術家相比，朱元璋的武術造詣相當平庸。
幸運的是，四散人出於同楊逍和陳友諒的積怨，堅定地站在他的一邊，這一點帶來了明教暫時的勢力均衡。
但朱元璋仍然極為缺乏江湖世界的支持。
在明教分裂後，已經決定同明教聯盟的各主要門派再次採取了觀望態度，成為各方面都爭取的對象。
陳友諒不僅利用他在丐幫中的資源，挑起丐幫的內鬥，並令凈衣派向他效忠。
甚至作為漢人反抗運動相爭的峨嵋，在其根據地被明玉珍攻佔後，也和舉起民族主義旗幟的陳友諒結盟。
峨嵋派掌門人周芷若甚至在1361年和陳友諒結婚，他們很可能在周芷若陷入丐幫的時候就有秘密的勾結。
但朱元璋卻找到了比婚姻更有成效的手段：利益。
在江湖主流勢力和明教的合作關係中，所存在的共同利益只在於推翻元帝國這一消極方面，而對於未來帝國的建設卻有著不可調和的分歧。
明教徒強烈的原教旨主義不僅發動了他們去推翻元帝國，也會發動他們去消滅一切不符合自己教義的宗教、政治、社會形勢。
他們要締造的是一個純粹光明的世界：一個透明的、上下合一的極權社會。
這是江湖主流勢力無法忍受的前景。
朱元璋向主流意識形態靠攏的目的之一，就是說服對方自己絕不會觸動對方的利益，而將締造一個政治秩序和江湖秩序並行不悖的社會。
因此，不難理解為什麼他對於佛教和道教表現得如此虔誠，這不僅是因為他曾經做過僧侶，更不是因為他想要得到道教所許諾的永生，而是通過對佛教和道教神明的禮敬，他成功地爭取到了武當和少林等宗教門派對自己的支持。
同時也向心懷疑慮的江湖世界宣布：自己是一個熱情的民族主義者，但絕非一個固執的原教旨教徒。
武當對朱元璋的支持是一個典型的例子。
在張無忌的失蹤後，武當和明教之間的聯盟關係也出現了危機。
雖然殷梨亭和楊不悔的婚姻仍然是聯繫二者的紐帶，但是這種外在的聯繫並不足以讓張三丰推行他偉大的計畫：通過與明教的聯盟，或者說通過張無忌的特殊身份，讓武當參與到明教內部事務中，用主流的意識形態改造明教，讓它成為一個長治久安的新帝國的基礎。
在楊逍短暫的統治時期，這一聯盟關係已經日益鬆散。
而他「正統」的繼承人明玉珍，則是個狂熱的原教旨主義者，將一切其它宗教都視為魔鬼的傳聲筒。
另一方面，陳友諒想要爭取武當的合作，但是武當卻無法忘記幾年前他和宋青書企圖摧毀自己的陰謀，雙方不可能有充分的信任。
而此時一心向中國傳統意識形態靠攏的朱元璋就成了最佳選擇。
在明朝流行的通俗小說《英雄的國父傳奇》（The Legend of Heroic Founding Fathers）中記載了朱元璋和他的大將們曾到武當參拜的事迹。
這是以一種扭曲的形式記載了朱元璋和武當領導人在1361年底的會面。
這是很大的政治冒險：雖然張三丰並不知道是朱元璋謀殺了他最鍾愛的徒孫。
但張無忌畢竟在朱元璋的轄區內失蹤，武當對此並非毫無懷疑。
朱元璋親自來到武當拜見張三丰，並謙卑地向後者請教統一和治理國家的策略，終於得到了武當方面的信任。
張三丰欣慰地看到，自己的計畫，儘管經過了一系列變動，仍然可能在這位吳國公爵的身上得到實現。
與此同時，朱元璋也憑藉自己昔日的佛教僧侶身份，派人到少林寺進香，同少林建立了友好的關係。
武當和少林這兩大門派的風向標令許多江湖勢力都投向朱元璋方面，讓朱元璋順利地繼承了張無忌時代的大部分政治遺產。
儘管陳友諒因為昔日同少林和武當的糾葛而難以得到大部 分江湖勢力的支持。
但他得以控制巫山幫、鄱陽幫等揚子江上的幫派，從而控制了揚子江水路這一中國內地最重要的航線，並建立了一支極其強大的內河艦隊。
他在1360年率領十萬人的艦隊沿揚子江東下，攻佔了太平，並直抵應天城下，要佔領朱元璋的都城。
這次偉大的軍事行動因為一個可笑的失誤而告慘敗：當他企圖從揚子江轉入秦淮河時，卻意外地發現一座堅固的石橋聳立在那裡。
無法進入秦淮河水道的艦隊被迫退回長江，並在那裡的一處港灣登陸休息，在那裡他們被朱元璋的伏兵所襲擊並退走。
這次失敗讓陳友諒丟失了江西，朱元璋隨後派他的侄子朱文正駐守南昌。
經過幾年的整頓，1363年陳友諒再次捲土重來。
陳友諒動員了湖北和湖南的所有丁壯，並建立了一支新水軍。
他的艦隊的主力擁有漆紅色的三層甲板的大戰船，上有掩護弓箭手的包鐵塔樓，它們的船尾高得可以爬上任何城牆。
有一件材料說，每一隻這種戰船可載二、三千人。
它們還附有各種各樣的大、小船隻。
陳友諒把他的軍隊及其家屬、馬匹和供給全都放到了船上，在春汛時他開始順流而下。
史料說他帶有60萬人馬；大概此數之一半較為可信。
漢軍的無敵艦隊現在與明軍主力相比，艦