正如在其他許多文化領域中一樣，蒙古人對中國的佔領也帶來了武術界水平的大幅下降，許多大有希望的中青年武術家在殘酷的戰爭中陣亡，導致了武術界的代際斷層，而隨著老一輩武術大師的逝去，許多威力強大的絕技也湮沒無聞。
在半個多世紀的時間內，絕少再出現「五絕」層次的絕頂人物。
這一悲慘境況不僅標誌著武術界的長期衰落，也推動了武林結構的深刻變革：個人的力量下降後，門派的重要性就日漸凸現出來。
門派不僅僅是武術本身的標誌或武術傳承的形式，它本身就成為武術家聯合的最重要組織。
在具體討論元代門派的形成之前，讓我們在此先對這一組織的一般發生學原理略加考察。
門派首先具有武術傳承的意義：在絕大多數情況下，武術必須通過教學活動才能傳授給他人。
學生從教師那裡學習到精湛的格鬥技術，作為自衛及謀生的手段，特別在動亂的時代，其帶來的利益遠遠大於對其他文化知識的學習，因此自然為許多人所趨之若鶩。
但是從教師的角度來看，教授學生武術是一項危險的工作。
天資聰穎的學生經過認真修習，武術不難凌駕於較平庸的老師之上，當與老師發生爭執，或者覬覦老師的秘籍、珍寶時，不難利用學到的武術擊敗甚至殺死自己的師尊。
因此，不難理解為什麼弒師會被武術界視為最大的禁忌和罪惡。
而教師也被默認擁有對學生的人身支配權，在儒家文化的支持下，教師被稱為「師父」（Teacher-Father）亦即具有與父親相等的地位——在中國，正如在西方中世紀一樣，父親擁有隨意處置自己子女的特權。
但是在這種束縛關係下，天平又會向另一頭傾斜，學生在教師的至高權威下喪失了基本的人身自由和安全。
例如黃藥師的弟子就可以隨意為他所殺死或致殘。
這種黑格爾式的正反辯證運動最後導致作為「合題」的「門派」的出現：學生和教師都是門派的一部分，也都必須受門規家法的制約。
學生不允許反叛老師，但是老師也不允許隨意殺戮欺凌學生。
雙方都必須忠於更高的門派。
而門派進行內部管理的執行人員就是掌門人，掌門人雖然擁有極高的權威，但是同樣受門規的制約。
門派的出現，導致個人對門派形成了單一的人身依附關係，最終使得本來單純的武術傳授的形式變成了一個擁有共同利益的武術家集團。
每一個武術家都有在政治上效忠，從經濟上供奉，在危急時支援自己門派的義務。
也有享受門派的武力保護和武術教授的權利。
因此，一個人理論上能夠學習多種武術，但只能效忠於一個門派。
當然，如果不加入某個門派，能夠獲得該門派武術傳授的機會微乎其微。
這一制度事實上的結果，就是武術教學上的嚴格限制。
這是元代以後武術衰落的重要原因。
我們可以用囚徒悖論來解釋這一趨勢：每一個門派都有各自的利益，因此雖然不介意去學習其他門派的武術，但是卻絕不希望自己的武術被其他門派得知。
這樣必然會積極窺伺其他門派的武術而防範自己的武術被偷學，這會導致惡性循環，使得各門派相互提防，防範進一步嚴密。
而各門派之間的對立，又會導致武術家技能的單一化，格鬥水平日益下滑，這樣一來，個人的力量日漸下降，使得對門派的依賴性更為增強，令個人與其門派之間的聯繫更加緊密。
而這無疑會進一步加劇門派之間對立的趨勢。
從以武術家個人為本位，到以門派為本位，這一歷史趨勢經過了長期的演變，但是關鍵性轉折就發生在宋元之際。
兩個不同的歷史階段由此被區分開來了。
最早出現在武林世界中的新勢力是1283年成立的峨嵋派，這一門派的創始人是郭靖的女兒郭襄，此人的父母和姐姐、兄弟在1273年以來的一系列軍事衝突中陸續喪生，唯獨她本人幸免於難。
為親人復仇的成為郭襄投身抵抗運動的最大動力，而她在六十年代的遊歷則為她提供了江湖世界中廣泛的人際關係網路，加上作為郭靖和黃蓉女兒的、極具號召力的獨特身份，使得她足以組織起一支令人生畏的地下抵抗力量。
1282年底，她策划了一項雄心勃勃的計畫，試圖對汗八里發動奇襲，救出被俘虜的宋朝末代皇帝和丞相文天祥。
但是由於內奸的出賣，這一計畫被元朝政府及時發現。
文天祥被處死，而宋朝皇帝被送往西藏，成為一名正式的喇嘛教僧侶。
這一事件以及不久前發生的阿合馬被刺殺事件令忽必烈汗下決心對武林勢力開始了新一輪的清剿。
郭襄及其支持者被迫退向四川盆地。
第二年，郭襄不得不出家成為一名比丘尼，這當然只是對其領導的地下抵抗運動的掩飾，郭襄及其弟子們的民族主義熱情同佛教的虛無主義註定南轅北轍。
由於郭襄本身為女性，她的門派大多數由婦女組成，這些婦女大都在蒙宋戰爭中失去了親人或丈夫，因此和她們的師尊一樣充滿了復仇的激情。
終其一生，郭襄都致力於推翻蒙古征服者的統治，並不懈地尋找「西方狂人」楊過——此人是唯一在八十年代之後仍然倖存的「五絕」人物，並由於其曾打死蒙哥汗的驕人戰績被抵抗的漢人奉為精神領袖。
但「狂人」似乎對抵抗運動已經絕望，在襄陽淪陷後再也沒有出現過，只有零星的小道消息表明他仍然活著並隱居在邊境的深山之中，然而郭襄從未能找到他。
八十年後，他的後代又重新出現在江湖世界。
無論如何，楊過的行蹤已經成為永遠的歷史之謎。
崑崙派是另一個在十三世紀末崛起的武術門派，這一門派的歷史可以上溯到北宋西夏時期。
但由於長期僻處西域的崑崙山脈，與中原往來較少。
長期以來，崑崙派一直缺乏發展的空間。
蒙元對歐亞大陸的空前征服帶來了中西方商路的暢通，也使得本來位於中華帝國邊陲的昆崙山一躍而佔據了中西方交通的樞紐。
與此同時，許多西北地區的漢人為了逃避戰禍和征服者的壓迫逃到昆崙山中，為崑崙派帶來了可貴的人力資源。
從七十年代開始，被稱為「昆崙山的三位一體」（Trinity in Kunlun）的著名武術家何足道成為崑崙派的掌門人，他充分利用了蒙元入侵帶來的機遇，使得崑崙派開始了空前的發展。
在短時間內，這一門派不但填補了白駝山衰落以來西北地區武林的空白，而且積極向中原進軍，參與中原地區漢人的抵抗事業。
據稱這和何足道對郭襄的戀慕之情有關。
關於何足道和郭襄之間的羅曼史有很多美麗的傳說，但唯一可信的記載是他們曾經於1262年在少林寺有過一次短暫的邂逅。
有傳聞聲稱崑崙派掌門人何太沖就是他們的孫子，但均不足信。
這一時期還見證了華山與崆峒兩派的崛起。
與峨嵋、崑崙相似，這兩派也都是吸收漢人抵抗力量的精華而成。
「華山派」的命名顯然是為了緬懷「華山論劍」時代的光榮。
幾百年後的一系列著名武術家如風清揚、令狐沖、穆人清、袁承志等皆是華山派的繼承人。
而刺殺阿合馬的王著和高和尚乃是崆峒派的成員。
這些門派的起源已經埋沒在時間的長河中，但其崛起的迅速不得不歸功於南宋覆滅帶來的江湖勢力大洗牌。
在元朝前期的多次漢人武裝反抗中，背後都有著各大門派的推動。
在原來南宋統治地區，幾乎每年都有兩百次以上的暴動。
這些事件至少有三分之一以上同武林勢力有著千絲萬縷的聯繫。
例如1282年海沙派掌門人陳良臣在廣東發動的鹽販暴動，1284年巨鯨幫在舟山群島發動的王仙人起義，1285年峨嵋和崑崙派在四川發動的趙和尚起義等等。
而與此同時，明教也在浙江和福建地區發動了大規模的武裝起義（詳見下章）本章最後要敘述的是元代武林中最具影響力的兩大集團：少林和武當。
這兩個主要勢力的矛盾與衝突將對十四世紀的武林走向產生決定性的作用。
少林派是中國歷史上最悠久的門派，在許多世紀中都是江湖世界的最高領導者。
但由於南宋初年的內亂和分裂而於此後中衰一百餘年，以致未能參與華山論劍活動。
在全真教崛起後，少林寺無論從意識形態上還是從武林勢力上都受到沉重的打擊。
在少林寺和全真教的械鬥中，少林僧侶常常敗北，並且在中原地區，