紐約大戰結束的兩個月之後，哥倫比亞特區，首都華盛頓。
無論是世界大戰還是外星人入侵，只要人類社會還沒有毀滅，那麼在躁動之後，日子還是得過下去。
流經首都華盛頓的波托馬克河，是美國東部大西洋沿岸地區最著名的河流之一。發源於阿巴拉契亞山脈西麓，由北布朗奇河和南布朗奇河匯合而成，最終注入大西洋的切薩皮克灣。南北戰爭時期，波托馬克河一度成為內戰兩軍對峙的邊界，從華盛頓的白宮門前，就可以看到殘酷戰場上排隊槍斃的火光和硝煙。
而神盾局總部的標誌性建築，三曲翼大樓，就猶如一把直插雲端的三叉戟，佇立在波托馬克河中央的一座小島上，和華盛頓紀念碑隔河相望，不遠處就是大名鼎鼎的林肯紀念堂和水門大廈。
在浮空航母上躲了幾個星期之後，一身黑色皮衣的神盾局長尼克。弗瑞，終於又回到了三曲翼大樓的局長辦公室，此時正坐在玻璃桌前，用一隻獨眼盯著桌上電腦的液晶顯示屏，閱讀裡面的機密文件。
經歷了一個多月的漫長撕逼之後，曼哈頓核爆的責任追究問題，總算是有了個馬馬虎虎的結果：世界安全理事會捏著鼻子扛下了罪名，幾位常任理事在華盛頓召開了記者招待會，對四十萬紐約市民的死亡和上千萬美國人遭受的核污染表示遺憾。但諸位理事們同時又一再強調，在發生外星人入侵的災難，整個地球面臨生死存亡危機的時候，一切戰爭手段都是必需的，而一切犧牲也都是必要的，就連核爆也不例外！
因此，世界安全理事會下令核爆紐約是沒有錯的，是無可指責的，敢鬧事的都是反地球的「球奸」！
總之，就是把一切損失和罪責都推給了命運，誰都沒有錯，自然誰都不用承擔責任！至於紐約曼哈頓的四十萬條冤魂，則是挽救人類的必要犧牲，生的偉大，死得光榮！全人類都會記住你們的無私付出，所以遺屬們就不應該計較太多。反正你們那邊盛產各種超級殺人狂，幾十年下來死著死著也死得習慣了嘛。
如此死不認賬的態度，簡直堪比那些作弊被抓還振振有詞的頑劣學生，自然讓白宮、五角大樓、國會山和神盾局方面頗為窩火。不過，既然世界安全理事會自己把這口黑鍋給砸了，那麼也就沒辦法再用它來坑害別人。所以，眼看著事情基本算是揭了過去，神盾局長尼克。弗瑞也就返回總部來恢複正常辦公了。
與此同時，美國空軍又多次徒勞地嘗試著捕捉或摧毀那個化身為巨型彈力球，在美利堅大陸上遍地蹦達的宇宙魔方。然而，人類已知的任何攻擊手段，都無法打破宇宙魔方外圍被激發的純能量防護罩，甚至沒法消耗掉這個防護罩的耐久度——因為宇宙魔方本身就是一個無窮無盡的超級能源！
相反，每一次的武器攻擊，不管導彈、激光還是炮彈，都讓這個巨型彈力球蹦得更快、更高和更遠。
在發現宇宙魔方根本無法擊落之後，軍方又絞盡腦汁地制訂出一個用飛艇、直升機等飛行器，掛載一隻巨型網兜，像接棒球一樣捕捉宇宙魔方的「捕球手」計畫。為此，五角大樓緊急調集了兩艘飛艇，超過二十架直升機，以及由「鋼鐵愛國者」羅德上校親自率領的一隊「戰爭機器」。
（鋼鐵俠托尼·史塔克在之前預感到自己將要死於鈀中毒之時，把馬克二號鋼鐵俠戰衣送給好友「鋼鐵愛國者」詹姆斯。羅德上校，軍方的利用它開發出「戰爭機器」，也就是大規模生產的簡裝版鋼鐵俠。）
然而，這一行動的進行卻很不順利，畢竟宇宙魔方加上激發設備的體積，遠非棒球或足球可比，其體型至少相當於一個電話亭！不僅蹦跳速度很快，而且軌跡毫無規律可言。諸位飛行員們付出了四架直升機、一艘飛艇和兩台「戰爭機器」墜落，人員七死八傷的沉重代價，卻依然沒能逮住這隻特大號的彈力球。
又經歷了這番挫敗之後，五角大樓那幫榆木腦袋的參謀們，總算是想出了一個相對可行的主意，就是利用轟擊助推的辦法，把宇宙魔方設法推進某個沼澤地，以此來減緩其運動能力。可惜為時已晚——就在上個星期，宇宙魔方已經從東海岸的紐約蹦達到了西海岸，最後跳進了太平洋，變成了漂浮物。然後，沒等興高采烈的海軍戰艦前去打撈，雷神托爾就帶著一群仙宮戰士突然趕到，為爭奪此物而展開了對峙……
「……宇宙魔方、邪神洛基、外國間諜、外星兵器，阿斯嘉德的北歐眾神……」
看著液晶屏幕上顯示的文字、圖片與視頻，神盾局長尼克。弗瑞低著頭，嘴裡不斷輕聲念叨著最近的各種麻煩來源，但臉上依舊是完全的面無表情，讓人看不出這個獨眼黑光頭的心裡究竟在想什麼。
「……叩！叩！叩！」忽然，一陣突如其來的敲門聲，打斷了尼克。弗瑞的沉思。
「……進來。」隨手關了電腦，尼克。弗瑞抬起頭，看向辦公室大門說道。
「……是，長官。」伴隨著皮靴碰擊地板的聲音，一個身穿黑色緊身制服，皮膚白皙的黑女郎，一臉嚴肅的走了進來。「……這是今天剛剛收到的最新報告，請長官儘快批複！」她一邊說著，一邊將手上的文件夾遞給尼克，隨即退到一邊，一臉嚴肅的站在那裡。看起來顯得乾淨利落，沒有任何一絲多餘的動作。天藍色的眼睛平靜地看著自己的長官，就像一個訓練有素的士兵，在等待著下一步的指示。
「……謝謝。希爾小姐。」對希爾特工這種嚴肅認真到近乎苛刻地步，同時缺乏人情的工作態度，尼克早已經習慣了，也不在意。只是伸手接過文件，放在桌子上，眯著眼翻閱起來。
「……科研部門對外星武器的研發依然沒有進展，在紐約戰場收繳的外星武器全部無法使用，而外星士兵也全部死亡，無法拷問獲得任何信息。根據對屍體的解剖，俘獲的齊塔瑞星人似乎是半機械半生物的混合個體，而且任何個體上都有遙控保險裝置，只能算是類似於無人機的戰爭工具，而非真正的智慧生命……見鬼！這些東西我上個月就都知道了！莫非這幫廢物到現在還沒有研究出一點兒新的東西？」
「……西特韋爾特工已完成一項外星武器的回收工作，抓獲兩名使用外星武器搶銀行的匪徒，回收一件疑似為能量槍或激光槍的外星單兵武器。兩名劫匪的身份為夫妻，其中男劫匪似乎有能力破解外星武器的保險裝置，建議神盾局招募其加入科研部門……批准了！是得給那幫廢物科學家施加些壓力才行！」
「……有議員在眾議院發表針對復仇者聯盟的演講，聲稱就是因為復仇者聯盟的超級英雄們貿然對外星人採取敵對行動，給外星人造成了巨大的殺傷，這才導致矛盾激化和紐約核爆的發生，給美國造成了巨大的損失。因而復仇者聯盟應該對本次外星人入侵的災難負責，神盾局也要承擔監管不力的罪責……
呵呵，這是哪個從瘋人院里放出來的狂犬病人在狂吠？他就是拿宇宙魔方說事也比這像樣一點兒！」
「……太平洋海域的對峙已經結束，海軍艦隊無功而返，自稱雷神托爾的外星人和他的部下帶走了宇宙魔方……嗯，這事兒總算是告一段落了，就這樣結案歸檔吧！」
「……報告長官，關於此事，世界安全理事會剛剛發來一則視頻通訊，質問我們為什麼沒有採取果斷行動，坐視珍貴的宇宙魔方被阿斯嘉德人奪走！」希爾特工突然開口補充說道。
「……不必理會這種蠢話！」尼克豪邁地一擺手，「……反正這些老滑頭不過是在隨便找茬而已，我們不管怎麼做都是錯的！真要把宇宙魔方拿回來，那亂子只會更大！好了，今天就先到這裡吧！」
看著希爾特工收起批複過的文件，轉身離開辦公室，尼克忍不住揉著太陽穴，嘆了口氣。
雖然神盾局從成立以來就不缺乏敵人和挑戰，對於外星人也並不陌生，但像最近這樣的外星人軍隊大規模入侵，卻還是破天荒的頭一遭。而後續的各種影響和波動，更是迄今尚未完全平息——舉例來說，為了彈壓在紐約地區到處搞破壞的暴民，國民警衛隊在核爆之後的首要任務居然並不是救災，而是平叛，前後打死了上萬暴徒，還出動裝甲車和飛機，把殘存的廢墟也炸得一片狼藉，才總算是恢複了社會秩序。
而跟已經退卻的外星人和不成氣候的暴徒相比，更讓尼克感到憂慮的，則是某個潛藏在神盾局內部的陰影——早在二戰時代就較量至今的老對手，名為九頭蛇的可怕組織。他也是直到最近，才隱約察覺到了九頭蛇的存在，而這對於一個特工組織的首領來說，本來就是極為不尋常的事情。
作為地球和全人類的保護者，神盾局並不畏懼任何外來的敵人，無論是外星人還是邪教組織。但是，當敵人就寄生在你身體里的時候，那種感覺卻糟糕得難以言喻：有眼睛卻看不清方向，有耳朵卻不能放心依靠，只能一步步小心的走在鋼絲上，一次應對不慎，所有的一切就都可能被它接手。不知道什麼人值得信任，不知道對手究竟在哪兒，空有力氣卻用不出來，如果不小心落進它的掌握，就