當中原大地上紛爭四起、兵戈不休的時候，隔海相望的日本列島，也同樣陷入了遮天蔽日的戰火之中。
寬永九年夏，新崛起的西國霸主，幾年前剛剛改信基督教的長州藩毛利家，在以「護教聖戰」而發動的新一輪九州攻伐之中，拔掉了幕府在九州島上的最後幾個據點。隨後，藩主毛利秀就終於公開提出倒幕口號，動員西國「切支丹」大名組成一支基督教倒幕聯軍，打著十字旗浩浩蕩蕩地開始了「上洛」的征程。
而坐鎮近畿準備迎戰的幕府將軍德川家光這邊，卻是流年不利——進口西洋火器、聘請荷蘭顧問，花費巨資編練起來的五千幕府新軍，被突然降臨的二十一世紀穿越者軍隊輕易殲滅，導致幕府軍的實力大為衰減。而且，德川家光最信賴的重臣保科正之（未來的會津藩始祖）也沒於戰陣，讓德川家光將軍在決戰之前就痛失臂膀，而幕府陣營全軍上下更是士氣萎靡，鬥志頹喪。
於是，當倒幕軍逐步剿滅沿途那些忠於幕府的藩國，最終大舉攻入近畿的時候，幕府軍的抵抗相當軟弱無力，在姬路城和淀川組織的兩次合戰，都被已經裝備著近代化火器的毛利軍打得慘敗。而還在用安宅船和小早船的幕府水軍，更不是已經裝備了西洋帆船的毛利水軍的對手。
到了十月初，德川家光將軍眼看著近畿戰場一片土崩瓦解，己方大勢已去，索性下令火燒京都，裹挾明正女天皇和其餘皇室成員逃往江戶，只留下幕府老中松平信綱，率領四千旗本武士和一萬雜兵堅守大阪城，利用這座著名的堅固城堡儘力拖住倒幕軍的腳步，為江戶幕府在關東的籌餉募兵爭取時間。
十月十日，毛利秀就藩主率軍進入已經被燒成一片焦土的京都。至此，長州藩毛利家的上洛之役初步宣告成功。但近畿地區的戰事，卻遠遠沒有結束——沒得長州藩上下得意多久，就發現他們這一次貌似成功的上洛，並沒有意味著畿內戰局的塵埃落定：跟事先想像的完全不一樣，在倒幕軍攻佔京都之後，畿內各地並沒有傳檄而定，反倒是民變蜂起、戰火燎原，讓毛利家一腳踏進了「人民戰爭」的泥潭之中……
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西元1632年，大明崇禎五年，日本寬永九年十二月，近畿，大阪城。
炮聲隆隆，黑煙四起；鼓角齊鳴，殺聲震天；屍橫遍野，血流成河。
濃煙熏黑了晴朗的天空，鮮血染紅了皚皚的白雪。
在距離那場導致豐臣家覆滅的「大阪夏之戰」，又過了十七年的時光之後，這座由豐臣秀吉傾盡日本全國財力而打造起來的巨大城市，又一次化作了烽火燎原，殺聲彌天的血腥戰場。
這一場曠日持久的大阪攻防戰，已經進行到了第三個月。
雖然經過一系列的較量，倒幕軍已經逐一拔掉了大阪城的外圍據點，又縱火將大阪的城下町燒成了一片焦黑的殘垣斷壁。但那座高大巍峨的大阪城堡依然久攻不下，彷彿在嘲笑著倒幕軍的徒勞無功。
眾所周知，自古以來的所謂圍城，就是城裡的人想出去，而城外的人卻想進來。
伴隨著法螺、太鼓的轟鳴和亂鬨哄的吶喊聲，一片片色彩斑斕的蠕動人潮，扛著倉促趕製的粗糙雲梯、撞木，舉著弓箭、竹槍和寥寥無幾的古老「鐵炮」（日式火槍），又一次奔跑出城外那片亂糟糟的簡陋營寨，如海嘯般一波波地衝擊向大阪城的城牆，其聲勢之浩大，簡直能讓人產生起一種大地都在搖晃的錯覺。
可這人潮根本沒衝到護城河邊，就已經灰溜溜地敗下了陣來——只見城頭火光一閃，十幾門黑黝黝的青銅火炮發出一串巨響，拋射出許多西瓜大小的圓形彈丸，筆直地扎進這一片密密麻麻的人潮之中，所過之處，未能避開的士兵無不是筋骨折斷、血污與腦漿飛濺，霎時間便犁出了一條條可怕的血肉長溝。
於是，前一刻還在氣勢洶洶地撲上前來的攻城隊伍，眨眼間就迅速從漲潮轉化為退潮，以比進攻時還要快得多的速度從城堡腳下消失。只是在大阪城堡四周的土地上，零零落落地遺留下了幾十具殘缺的屍體，以及幾個哼哼唧唧的被遺棄重傷員，顯示著他們曾經付出過多麼「慘重」的犧牲。
接下來，似乎是作為回應，倒幕軍的炮兵陣地也向大阪城開火轟擊，一個個黝黑的炮口吐出無數明亮的橘紅色烈焰，伴隨著成串尖利的呼嘯聲，沉重的實心彈被強大的動能送出炮口，狠狠地砸向遠方的巍峨巨城……隨著炮彈的出膛，彌散的硝煙在地面上緩緩流動，幾乎要將整個陣地遮蔽起來。
遺憾的是，這一番炮擊的聲勢雖然壯觀，可惜由於射程和地勢的關係，大多數的炮彈都根本沒能擊中大阪城，而是落入了城外的泥地或護城河中，濺起一串高高的水柱。少數幾枚擊中了大阪城的炮彈，也不過是把堅固的巨石牆基給砸碎了一層外皮，留下了幾道淺淺的印痕，造成的損害簡直微不足道。
迎著刺鼻的硝煙，倒幕軍的大阪前線總大將，大名鼎鼎的「長州宿老」守隨信吉，此時正站在倒幕軍的炮兵陣地上，拄著一柄武士刀，神情疲倦地注視著倒幕軍又一次攻城的失敗，不時還低頭咳嗽上兩聲。
自從這場沒完沒了的大阪攻防戰爆發以來，他已經記不清這是第幾次被困獸猶鬥的幕府軍給打退下來了，只覺得自己的胸腔里象是塞滿了一團團的棉花，憋屈得連氣都透不過來。
——究竟要折騰到什麼時候，才能把這個幕府軍在畿內的最後據點給拔掉啊？
事實上，在大阪戰役的初期，憑著剛剛把軍旗插到京都的高昂銳氣，倒幕軍的進展曾經相當迅速。指揮著昔日由明國名將黃石大帥親手訓練起來，戰技嫻熟、銃炮犀利的長州新軍，守隨信吉只用了不到一星期時間，就把大阪的外圍堡壘相繼摧毀，甚至一度突入大阪的城下町，堪稱是勢如破竹。
然而，就在大阪戰局勝利在望的時候，京都那邊的戰線卻再度陷入了危機之中。
面對著層出不窮如洪水般湧現的各路敵人，倒幕軍主帥，自封「西國探題」的長州藩主毛利秀就，被迫在這個關鍵時刻，將守隨信吉手下的精銳部隊相繼調走，用於鎮壓畿內此起彼伏的叛亂和民變……於是，隨著攻城兵力的急劇減弱，導致困守大阪的幕府軍獲得了喘息之機，從最初的兵敗如山倒之中緩過氣來，開始調整部署和戰術，跟倒幕軍互有攻守，讓戰事一直拖延到了現在……
但守隨信吉同樣也很清楚，這事兒完全怪不得藩主，因為毛利秀就在京都承受的壓力遠比自己大得多：
「……唉，我毛利家的爭霸大業，之前因為基督教而勃然興起，如今卻也因為基督教而進退維谷啊！」
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跟戰國時代任何一家揮師上洛的諸侯大名都不同，被黃石等一干穿越者給忽悠瘸了的長州藩，自藩主毛利秀就大人以下的整個家臣團，在數年前就逐漸皈依了基督教，正式變成「切支丹大名」（中世日本對基督徒的綽號），而長州藩的商人百姓見狀，也相繼效仿入教……再接下來，那些向長州藩降伏的諸侯大名，為了討好毛利家，同樣紛紛受洗皈依。如此一來，毛利家的倒幕軍就變成了基督教聯軍。
這一宗教色彩在九州島攻略之中，給毛利家帶來了極大的助力——當地的日本基督徒在傳教士的鼓動下，紛紛踴躍投身「聖戰」，使得長州軍在九州島上所向披靡。但對於其它宗教卻是一場浩劫：在基督徒「聖戰」大進軍的過程中，無數寺廟和神社被改建為教堂，平民百姓為了活命和少納人頭稅紛紛改宗，和尚神主搖身一變成了神父，而巫女尼姑就成了修女，而那些虔誠信佛的武士，則不是切腹就是逃亡近畿和四國。
於是，待到毛利家「十字軍」的九州攻略結束之後，整個九州島已經在形式上淪為了基督教的地盤。
可問題是，像這樣簡單粗暴的滅佛策略，在九州之類的邊遠之地尚可勉強推行，但越是靠近京都，深入傳統日本文明的核心區域，佛教的勢力就越發強盛，對基督教的反彈也愈發激烈。結果，打著十字旗幟的基督教倒幕軍，就在近畿地區遭到了傳統佛教勢力的殊死抵抗，從此陷入了全民戰爭的泥潭之中……
日本的佛教勢力有多大呢？從理論上講，在傳統的日本社會，每一個日本人都應該算是佛教徒！
因為在日本，即使到了現代社會，喪事與墓地依然由佛寺獨家專營，所以一般人無論生前是信奉什麼東西的，死後都要花上很大一筆錢，給自己起個法號強制轉職為佛教徒，否則佛祖就會拒收這一不守規矩的靈魂，導致其飄蕩在世間淪為孤魂野鬼……簡單來說，就是任憑你生前信什麼，死後都得信佛！
至於古代的日本，佛寺的勢力還要更加厲害。很多佛寺都有大片廣袤的田地，裝備精良的僧兵，生意繁榮的坊市，早在平安時代，就已經儼然與一方諸侯無異，在百姓心目中的形象還要比公卿與武士好