福建多山，田地稀少，使得福建人的生活較為貧困，同時也造就了福建人悍勇的性格。福建山民，向來都是最好的兵源。新華軍攻佔廣東之後，福建陸路提督普陀保第一時間率軍駐防漳州、龍岩等地，阻擋新華軍入閩。隨後，在浙江提督李廷鈺率領三萬浙江綠營南下增援。兩路大軍一共六萬餘人，從福建和廣東的交界處，向廣東進攻。
新華軍第3旅和第13旅，駐防梅州和潮州，抵禦清軍的進攻。雖然，清軍兵力是新華軍的五倍，但處於守勢的新華軍依舊遊刃有餘。梅州和龍岩之間多山，很難通行大部隊。福建方向的清軍只能從沿海平原發起攻擊。但是，面對新華軍構建的堅固防線，福建方向的清軍依舊是碰的頭破血流。
1843年2月28日，當粵北的新華軍發起攻擊的時候，得到了3個步兵旅增援的粵東北新華軍，同樣對福建方向的清軍發起了反擊。一個多月的守勢作戰，已經讓他們心裡早已經憋了一肚子的火了。現在總兵力達到了5個旅三萬餘人，已經有足夠的實力發起反擊了。並且，海軍那邊也派了兩艘『鯊魚級』巡洋艦來增援他們，這更加使得新華軍對於打敗福建的清軍，充滿了信心。
「兄弟們，對面的清軍，壓著我們打了一個多月了。現在，終於輪到我們反擊了。明天早上7點半開始，炮兵首先開炮，讓那幫龜兒子知道我們的厲害！」新華軍第3旅的旅長名叫周老四，真名叫什麼估計他自己都忘了，本來就是海盜出身的他，脾氣非常的火爆。原本，他們這個旅是駐防棉蘭老島的，結果他親自趕到馬尼拉，向龍宇飛請戰，這才把他們這個旅調到前線的。
「周旅長的命令大家都清楚了吧，明天就看我們的了。」第13旅旅長古贇准將說道。他原本是蘭芳國大統制之子，只不過現在的蘭芳國已經成為了過眼雲煙了。古贇現在也已經接受了新華軍旅長的身份，並且乾的很開心。在他看來，新華軍的旅長，要比當初在蘭芳國的時候要厲害得多了。他現在是准將軍銜，等打完了這一戰，說不定還能夠再提一級，到時候在新華軍當中，也算得上是位高權重的人了。
「是，將軍！」新華軍第25旅旅長程遠上校，第26旅旅長邱志生上校，第27旅旅長郭明坤上校紛紛回答道。他們絲毫不在乎周老四准將的脾氣，軍人嘛，本來就該是有血性的。
當天早上7點半，新華軍5旅屬炮兵營，一共120門75毫米野戰炮，對清軍的陣地發起了猛烈炮擊。一時間，清軍的陣地以及軍營，完全被硝煙所籠罩了。
這個時間，清軍才剛剛起床而已。大部分都人還是衣衫不整的。大家連武器都還來不及拿，只能拚命的逃跑的。新華軍的突然攻擊，完全出乎了清軍的意料。之前，一直都是他們主攻，而新華軍被動防禦的。
「怎麼回事，發生什麼事了？」福建陸路提督普陀保從軍帳當中沖了出來，他只穿著普通的一副，甲胄都沒有穿在身上，可見有多麼的焦急。
「將軍，大事不好了，新華軍正在發起猛烈的炮擊，估計很快就會發起進攻了。」一個管帶向普陀保稟告道。
「可惡，命令各部隊，馬上投入戰鬥，抵擋住新華軍的進攻，絕對不能夠讓他們攻入福建！」普陀保黑著臉命令道。
「是，將軍。」管帶硬著頭皮去傳令去了。只不過他知道，在這個時候要想讓士兵們冒著新華軍的炮火去防禦，會有多麼的困難。
「普將軍，新華軍打來了嗎？」浙江提督李廷鈺也趕來了，只不過，他同樣也是衣衫不整的。
「嗯，我已經命令部隊集結起來，準備抵禦新華軍。」普陀保說道。
「普將軍，我看這一次新華軍是來勢洶洶，我們還是馬上撤退吧。」李廷鈺建議道。
但是，普陀保拒絕撤退，他不相信他們有幾萬人，還抵擋不住新華軍的進攻。
在新華軍的猛烈炮擊當中，清軍死傷慘重。大量的清軍發生看潰逃，即便是那些中下級軍官，驅趕著士兵們去抵擋新華軍，也沒有似乎的用處。督戰隊一連砍掉了幾十顆腦袋，也無法阻止清軍潰逃。
半個小時的炮擊之後，新華軍開始了進攻。新華軍第3旅一馬當先，率先發起了進攻。第13旅則從另外一邊發起進攻，攻擊清軍的側翼。另外的三個新組建的步兵旅，除了第27旅留下做預備隊之外，其他的兩個旅也投入了戰鬥。新組建的部隊，雖然完成了新兵訓練，但終究沒有接受過戰爭的洗禮，只有在戰場上見過血之後，才能夠真正成長起來。
「砰！砰！砰！」新華軍排成稀疏的散兵線向清軍的陣地發起攻擊，不停的放槍，憑藉步槍的射程，壓制清軍的反擊。清軍使用的鳥槍和老式抬槍，根本就無法對新華軍構成威脅。
跟隨步兵作戰的迫擊炮也架設了起來，對清軍的陣地就是一通猛轟，炸的清軍哭爹喊娘的。好不容易集結起來的防線，更是瞬間潰散。
不到半個小時的時間，新華軍就攻入了清軍的陣地。清軍集結起來的防禦部隊，通通被擊潰。清軍的指揮官福建陸路提督普陀保和浙江提督李廷鈺兩人，充滿率領殘軍敗將逃亡廈門。企圖依靠海峽的保護苟延殘喘。福建水師之前被新華軍第1艦隊一通狠揍，雖然損失大半，但最後還是集結了兩千餘人的殘兵，加上十幾艘戰船，倒是能夠守衛廈門島和陸地之間的水道了。
漳州一戰，新華軍殲滅清軍達到兩萬餘人，除去那些潰逃的人，逃回廈門島上的清軍，只有三萬餘人而已。只有最初的一半了。這讓福建陸路提督普陀保非常的沮喪，一面加緊部署廈門島上的防禦，另外一面則向福州的閩浙總督怡良和福州將軍璧昌求援。福建的軍隊，除了三萬綠營之外，還有上萬的八旗兵。只不過，這些八旗兵有多大的戰鬥力，這就很難說了。
3月1日下午，新華軍抵達了下面，隔著海峽同廈門島相望。雖然，新華軍兵臨廈門，讓普陀保和李廷鈺兩人有些擔心，但是有海峽相隔，他們心裡還是很鎮定的。
「哼！以為這隻有一公里多寬的海峽就能夠阻擋他們嗎？簡直就是妄想。海軍的兩艘巡洋艦到哪裡了？什麼時候才能夠來？」周老四准將不屑的說道。
「老周，海軍的兩艘巡洋艦昨天下午才從汕頭出發，預計今天就能夠抵達。」第13旅旅長古贇准將說道。廈門島的海峽，並不寬，只有一公里多一點而已。新華軍陸軍裝備的野戰炮，完全能夠對海峽對岸進行炮擊，然後掩護步兵登陸。不過，一時半會兒找不到那麼多的船隻。跟隨海軍的巡洋艦一同抵達的，還有十來艘運輸船和商船。到時候，新華軍就可以利用這些運輸船和商船渡過海峽，攻擊島上的清軍。
當天傍晚，新華軍海軍的第42號巡洋艦和第44號巡洋艦抵達廈門，在這兩艘巡洋艦的身後，則是11艘運輸船和商船。兩艘巡洋艦抵達之後，立刻對福建水師殘餘的戰船發起了攻擊。福建水師的主要實力之前就已經被新華國海軍第1艦隊給消滅了，面對新華國海軍的兩艘巡洋艦，更是沒有反擊之力。
當艦炮在海面上迴響，伴隨著清軍的戰船一艘接著一艘的被擊沉。等到日落的時候，清軍福建水師的戰船已經被全部幹掉了。
3月2日早上，新華軍5個炮兵營開始對海峽對岸的清軍陣地開火。一公里多一點的海峽，根本就抵擋不了新華軍的炮火。兩艘巡洋艦也用戰艦上的艦炮轟擊清軍的陣地。戰艦上的105毫米艦炮和75毫米艦炮，威力可比陸軍使用的75毫米野戰炮大得多了。猛烈的炮擊，讓退守廈門島的清軍損失慘重。不得不放棄灘頭陣地，向廈門島中心撤退。
早上九點，新華軍陸軍第3旅的兩個步兵營，搭乘運輸船和商船，渡過海峽，在廈門島登陸。在海軍的兩艘巡洋艦的炮火的掩護下，向島嶼中心進攻。其他的部隊，也開始陸續的運往廈門島。
隨著登陸廈門島的新華軍越來越多，清軍付出的傷亡也越來越大，抵抗也變得越來越微弱。
當天下午4點，新華軍的一枚炮彈擊中了清軍的指揮部，福建陸路提督普陀保被當場炸死，浙江提督李廷鈺運氣較好，一點傷都沒有。但是，他已經被嚇破膽了。他知道，如果繼續打下去的話，他肯定會步上普陀保的後塵的。因此，李廷鈺第一時間派人向新華軍乞降。
新華軍陸軍第3旅旅長周老四准將，接受了浙江提督李廷鈺的投降，至此，清軍福建方向的主力被消滅。