呂布正在惱怒，忽然長安城中飛馬來報，說是張濟、樊稠兩路軍馬進犯長安，京城危急，命呂布撤軍。
聞聽長安有失，呂布領軍便走。背後李傕、郭汜合兵一處領大軍殺來。呂布無心應戰只顧奔走，折了好些人馬。待到長安城下，只見樊稠、張濟兵馬雲屯雨集，圍定長安四面。呂布一馬當先，便與樊稠、張濟交戰，賊兵四門人馬彙集一處阻截呂布回城，此時李傕、郭汜又引兵從背後殺來。
呂布腹背受敵陷入險地，麾下士卒一路狂奔到此也沒了體力，多有叛逃投降者。呂布見戰事不利，不敢再與李傕等人的大軍交戰，引著殘兵殺出一條血路才來到了長安城邊。
適才為了與呂布爭鋒，圍城的樊稠、張濟已然調走了四門兵馬，此時城上守軍見呂布突圍而來立刻開城將呂布放入城中。
李傕、郭汜等人怎會讓呂布兵馬輕鬆入城？死死在後追趕。城上守軍害怕城門失守，急忙關閉城門。呂布兵馬有一大半跑得慢的都沒能入城，最後追隨呂布入城的兵馬還不足出征時的十分之一。
王允、呂布這回算是坐困愁城徹底抓瞎了。唯一值得安慰的便是城中還有些許人馬，長安城又堅固高大，沒有讓李傕、郭汜等人馬上攻進城來。
呂布有勇無謀，望著城下密密麻麻的十萬大軍除了皺眉也別無他法。王允更是六神無主，一會兒後悔當初應該赦免李傕、郭汜等人，一會兒又後悔不該趕走了南燁法師。可惜他悔來悔去也於事無補。
長安城中主管軍政大事的兩個人都慌了手腳，可想而知城中百姓有多麼驚恐了。長安百姓都沒想到，殘暴的董卓死了還不到兩月，長安就又遭兵災匪患。此時百姓們都羨慕起那些跟隨南燁法師前往交州的人了，也開始後悔自己當時沒有離開長安，現在想走也走不掉了。
數日之後，董卓餘黨楊定等人在城中為內應，偷開城門，四路人馬一齊擁入。呂布揮兵左衝右突，攔擋不住，隻身引數百騎往青瑣門外，呼王允道：「賊勢浩大！請司徒上馬，同出關去，別圖良策。」
王允道：「輔保社稷，國家安泰，我之願也。若不能得償所願，則允獻身而死可也。危難臨頭苟且偷生，我不為也。將軍替我謝關東諸公和光華法師，努力以國家為念！」
鳥之將死其鳴也哀，人之將死其言也善。王允一心除掉國賊董卓其人本性不壞，只是被勝利和權利沖昏了頭腦，又沒有足夠的能力去守護這風雨飄搖的大漢江山罷了。
呂布再三相勸，王允就是不肯離去。片刻之後，長安各門火焰衝天，呂布只得棄了王允，引百餘騎飛奔出關，投袁術去了。
李傕、郭汜入城之後縱兵大掠。太常卿種拂、太僕魯馗、大鴻臚周奐、城門校尉崔烈、越騎校尉王頎皆死於國難。長安百姓見賊兵入城燒殺搶掠紛紛逃出城去，這些無家可歸的百姓聚在一處商議，不如趁著南燁法師離開長安不久，追隨法師一路南下，或許還能趕上。就這樣，數十萬百姓聚在一處開始向南進發。
西涼兵馬在城中橫衝直撞，四處劫掠，眼看就到了皇宮內院。朝臣無力阻止亂兵，為今之計便是指望天子威嚴可以震懾群賊。於是群臣便請獻帝劉協上宣平門止亂。
雖說大漢江山已然處在崩潰邊緣，各路諸侯也不把年幼的劉協當回事。可是對於普通百姓來說，天子還是那個天子。便是李傕等人的亂兵見了劉協的明黃傘蓋也不敢輕舉妄動，紛紛在宮門外住了手。
李傕、郭汜等人遠遠望見天子儀仗趕忙約束軍士，口呼「萬歲！」
獻帝劉協自打北邙山開始就沒有過一天安生日子，不是遭遇亂兵，就是提心弔膽害怕步哥哥劉辯的後塵。經歷了這麼多事情之後，劉協的膽子也練出來了，倚靠在門樓上問李傕等人道：「眾卿不奏不請，闖入長安，意欲何為？」
李傕、郭汜仰面奏道：「董太師乃陛下社稷之臣，無端被王允、南燁、呂布三人謀殺，臣等特來報仇，非敢造反。但見此三人，臣便退兵。」
南燁、呂布早就撤了，此時只有王允在劉協身邊，聞聽此言便道：「臣本為社稷除賊。事已至此，陛下不可惜臣之命，以誤國家。臣奏請見此二賊。」
獻帝劉協徘徊不忍，王允便從宣平門樓上直接跳下。這宮牆不及城牆的一半高，只有數米，王允跳下宮牆也未受傷。大呼道：「法師、奉先已走，老夫王允在此！你等反賊有何話說？」
李傕、郭汜拔劍怒道：「董太師因何罪被你誅殺？」
王允面色不變道：「董賊之罪，彌天亘地，不可勝言！受誅之日，長安士民，皆相慶賀，唯獨你等不聞乎？」
李傕、郭汜狡辯道：「即便太師有罪，我等又有何罪？偏偏不肯相赦。」
王允大罵道：「董卓一人就算作惡又能行多少惡事？百年三萬六千日，老賊就算日日作惡也不過害人三萬，而這天下受董賊之害者又豈止三萬？洛陽、長安百萬生民，大漢天下萬萬百姓皆受其害，還不是皆因你等爪牙厲害助紂為虐！如今你等逆賊何必在此多言抵賴？我王允今日唯一死而已！」
李傕、郭汜被王允罵的面紅耳赤，二人手起刀落，將王允殺於宮門之外。後有史官贊王允道：「王允運機籌，奸臣董卓休。心懷家國恨，眉鎖廟堂憂。英氣連霄漢，忠誠貫鬥牛。至今魂與魄，猶繞鳳凰樓。」
二人殺了王允還不罷休，又命人將王允宗族老幼，盡皆殺害，女子盡數賣為姬妾，朝臣百姓聞之無不落淚。李傕、郭汜殺得興起，忍不住尋思：「既然到了這般田地，何不殺了天子取而代之？」
獻帝劉協也真是多災多難，剛脫離董卓魔爪，又落入李傕、郭汜手中。正可謂：巨魁伏罪災方息，從賊縱橫禍又來。就在劉協危在旦夕之時，賈詡領張濟、樊稠勸諫道：「天子不可擅殺！我等才入長安，人心不穩。今若殺了天子，眾怒難平，天下反矣。不如仍舊奉之為主，假傳其令，慢慢誘各路諸侯入關，先去其羽翼，然後殺之，天下可圖矣。」
李傕、郭汜聽從賈詡之言還從未吃虧，他們今日能兵進長安也多虧賈詡之計。二人按住兵器壓住殺意，來見劉協。
獻帝劉協被李傕、郭汜嚇得夠嗆，他可是親眼看著二人揮刀亂砍將王允剁得血肉模糊。見二人到來便顫聲問道：「王允既誅，法師、呂布又不在城中，你等軍馬何故不退？」
李、郭二人道：「臣等有功王室，未蒙賜爵，故不敢退軍。」
劉協聞言嘆了口氣，他想起王允、南燁誅殺董卓之後都不敢居功，沒想到李、郭二人攻佔長安逼死王允反而自稱有功，這要多厚的臉皮才行啊！只是劉協身在矮沿下不敢不低頭，只好問二人道：「眾卿欲封何官何爵？」
李傕、郭汜、樊稠、張濟四人各自寫職銜獻上，索要如此官品，劉協只得從之，一一下旨封官。李傕為車騎將軍池陽侯領司隸校尉假節鉞。郭汜為後將軍美陽侯假節鉞，同秉朝政。樊稠為右將軍萬年侯。張濟為驃騎將軍平陽侯，領兵屯弘農。其餘人等，各為校尉。李傕等人這才謝恩，收攏亂兵退出城外安營。
因為李傕、郭汜等人是打著為董卓復仇的旗號而來。如今攻佔了長安便下令追尋董卓屍首。董卓早被點了天燈，又被萬人踐踏，哪還有什麼屍身？最後只獲得些零碎皮骨。李傕等人只好以香木雕成形體，安湊停當，大設祭祀。又用王者衣冠棺槨，選擇吉日，遷葬郿塢。
臨葬之期，天降雷雨，平地水深數尺，霹靂震開其棺，屍首震出棺外，零皮碎骨皆散落水中無處找尋。百姓深恨董卓，便有傳言董卓為天所怒，皮骨皆被雷火消滅。若不是董卓挖墳掘墓竊取了南燁法師的星宿紫霞霹靂仙衣，早該被五雷轟頂而死。
就在李傕、郭汜攻佔長安的時候，南燁已然到了荊州地界。一日深夜，守營士卒來報，營外有一人身穿百姓裝束，說是法師故人，聽聞法師到此，特來相見。
南燁還以為是劉表又派人來協助百姓渡江了，便讓士卒將人請進帳中。南燁一看還真是故人，不過卻不是劉表的人，而是孫堅四親將之一的祖茂，祖大榮。南燁知道劉表與孫堅不合，便問祖茂道：「大榮因何喬裝改扮深夜至此？」
祖茂一見南燁尚未言語眼圈先紅了，哽咽道：「法師，我家將軍故去了！」
南燁早知道孫堅命不久矣，諸侯討董之時便將孫堅的將星取了。可是沒想到孫堅這麼快便亡故了。就算南燁對於孫堅的死早有準備，也還是有些傷感，畢竟二人有些交情，一直都是盟友。