回到山東之後的趙冠侯，手頭第一件大事，便是整軍。趙冠侯的根基，就是手上的第五鎮，他這個巡撫印隨時可以交接，只要第五鎮在手，就不愁沒有官做。反過來沒了第五鎮，官再大也是空架子。
山東目前的部隊除了正軍以外，旗城裡有旗兵，地方有綠營防營，再加上之前的護路軍，林林總總，兵力超過三萬以上。況且山東民風尚武，加上由於山東經濟發展，各地百姓難民，紛紛逃荒來此找出路。這些人中的青壯，如果不安排到軍隊里，也可能變成盜賊，破壞地方治安。
可是按袁慰亭給的一鎮又一協編製，肯定是安排不開，有一批部隊要被裁汰。對於這些兵，趙冠侯並不想放掉，解決的辦法，就只能巧立名目。
首先是第五鎮，表面上是按照袁慰亭給予的編製設立，但是實際操作中，孫美瑤的騎兵標，是作為架子標來培養。對裡面的軍官實行培訓，日常訓練中，也以棚頭當排長，排長做哨官訓練，這樣一到戰時，可以迅速擴充為騎兵協。而且單獨設立一個鎮屬警衛營，由過去的米尼步槍哨擴編而來，所有士兵一律裝備米尼步槍，軍官則額外多兩柄左輪手槍以及軍刀。
其次就是擴大預備役的編製，大批士兵編入預備役、警查又在部隊里額外成立了一個憲兵標，下轄憲兵三營。名義上作為維持軍隊的執法機構，實際上，所有憲兵操練完全按照步兵標準，戰時隨時可以轉換為步兵。
預備役的軍餉，為正規部隊的一半，是以轉入預備役，在此時，已經被山東部隊認為是一種懲罰，這種習慣和認識，一直持續到未來許多年後，始終未變。不少部隊寧可在前線上全部打光，也不願意撤退回去接受轉為預備役的懲罰，原因就在於這個恥辱意識。
第三，則是山東率先提出墾殖兵團概念。寓兵於農，將一部分灘涂及荒地由官府出面購買，再由部隊進行墾殖，栽種棉花等經濟作物。這些部隊的收入則由其田地收成來決定，如果遭遇災荒，則由衙門補給錢糧。武器裝備上，則以保護作物為理由，給部隊發放槍支，甚至也有手留彈。
武器裝備方面，第五鎮則重新編製了各部隊的武器配備。原本孫美瑤的騎兵標有名無實，這次先是在關外繳獲大量馬匹，隨後又在山東接收了扶桑送來的五百匹阿爾比昂戰馬，馬匹兵員完全不缺，整個騎兵標名實相符，且馬匹數字遠遠超出額定，一人雙馬，輜重和炮兵都有大量馬匹配備。
第九第十兩協各有一個直屬騎兵營，確保其可以作為獨立作戰單位出擊，而標及營則配備排級的騎馬的傳令兵和斥候。
作為趙冠侯發家根本，炮標亦是他的寵兒，全鎮的十二磅炮悉數移交給炮標使用。除此以外，兩協有直屬炮兵營，配備六磅炮，各標復有一個直屬炮兵哨，配兩磅輕炮。全鎮火炮超過一百五十門以上。這些炮的絕大多數，來自西沽武庫，不足部分，則由簡森出面向禮和洋行訂購。
步兵中，西沽武庫的裝備原本為三七開，在第五鎮編練之後，袁慰亭又撥來一部分全新線膛槍作為補給，整個第五鎮的線膛槍裝備度超過五成，米尼步槍部隊達兩個營。騎兵則配備為馬槍、馬刀，排以上軍官皆有左輪槍，部分騎兵練習長矛。一些柔然籍士兵，則多了弓箭的裝備。
特種兵中，炮兵依舊按飛騎炮隊配備，挽馬馱馬拉炮，騎馬步兵保護炮兵，而炮兵本身也配備滑膛槍及刺刀，隨時肉搏。工程兵則配備鐵勒熊槍，這種武器的射擊距離和精確度都不高，但是有一件好處，近距離作戰威力極大，基本沒辦法躲。工程兵基本不承擔主攻任務，這種槍狹路相逢自有大用。
山東的武備學堂，這時也已經建立起來，由艾德等四名教習擔任教官，對部隊全體軍官實行輪訓制，輪番到學堂里接受教育。在部隊里，則是由瑞恩斯坦帶領的一千名僱傭兵擔任教官，對士兵及下級軍官進行操練。瑞恩斯坦本人，另外擔任部分軍官的教導，以及參謀的培養。
北洋陸軍建立之初，趙冠侯和瑞恩斯坦就發現了問題，那就是北洋軍第一忽略參謀部的作用，參謀部的設立一如舊軍的幕僚，多是請一些名士擔任謀臣智囊。為主官出謀劃策，或是寫說貼條陳，並不具備現代參謀的用途。
另一個問題，則是忽略兵站補給，沿途行軍，全靠地方支應糧台辦差，對於預設兵站、倉庫，全無概念，而這兩點則是山東第五鎮盡量避免的短板。兵站暫時只能在自己省內修，至於參謀人員，就交給瑞恩斯坦培養。
在人事上，原本趙冠侯認為，袁慰亭給了一鎮又一混成協的編製，一個混成協統制，實際比鎮統制只低半格，應該是打破了腦袋要出去。不想他宣布這個消息後，部隊內有資格出去做協統的紛紛上門來疏通關係，卻都是把這個統制往外推。
各帶兵官之間，充分發揮了齊魯聖人故鄉，溫良恭儉讓的良好道德風範，向趙冠侯介紹著同僚的諸多優點，保舉著自己的同事去擔任此職，同時表示自己與大人一條心，堅決不會動。
趙冠侯初時不解，還是姜鳳芝一語道破「這有什麼難想的。我爸爸在北大關立場子，有他姜不倒三字罩著，徒弟們跟著他混，有吃有喝，什麼事不用自己走腦子。若是離開我爹，自己去外面跑碼頭，沒了這個關照，江湖上的面子可給可不給，還得自己去照顧一幫小的。做的好了，那是你應該的，做的稍微有一點不好，就得挨罵，說你比起當初老爺子差了不是一點半點，這個受氣的官，可是沒人樂意干。」
第五鎮能拉起來，是因為趙冠侯有簡森和四恆的關係，背後又有袁宮保和慶王做靠山，可以搞來洋人的資金支持，有龐大的財力注入。要保舉誰的前程，密折一上，立刻就保。在這個團體里混，不管是官還是財，都不成問題。
出去立山頭，一切都要自己來且都在山東這一省之地，難免發生摩擦。想想也知道，誰又碰的過趙冠侯，到時候只要隨便丟個奏片上去，就是個革職的罪過，這種遭瘟官，沒人樂意做。
趙冠侯只好在團體開會時，再三承諾，混成協出去，一如閨女出閣，依舊還是自己的人。缺錢缺糧缺武器，絕對會給予幫助，絕對不會為難。防地上，兩下劃分清楚，也不會有什麼問題。
最後，還是商全出來道：「這個倒霉的事總得有人做，不做的話，說不定朝廷又委了人下來搶位子。我先上去，把協統的位子卡在手裡，不便宜外人。但是我話放到這，混成協，就是咱第五鎮的步兵第三協，大人有令，商某肯定遵從。如口不應心，天誅地滅。」
他是小站舊將，論年紀資歷，都在趙冠侯以上，又在普魯士留學，若是跳出來自立門戶完全可行。他這麼公開表態支持，讓趙冠侯極為感動，商全卻道：「大人，商某這人就認一個道理，人知恩不報，不如畜生。就沖您為這個團體做的這些事，我商某要是跟您玩心眼，老少爺們不能容我。我混成協的人事、財政權全在鎮里，聽您安排。」
話雖如此，趙冠侯也自會做人，混成協的一切事務，他並不過問，只讓商全放開手腳去做。至於要人要槍要錢，有要必給，並不為難，因此混成協建設的也非常快。
第五鎮自己的兩協，按編製為第九、第十。第九協協統，趙冠侯保舉的依舊是淮軍舊將任升，第十協，他本想保舉張懷之，不想朝廷里卻派了個扶桑軍校留學生賈懋卿擔任第十協協統，同時又派了一個名為馬艮的，擔任第五鎮的體操教練。這是朝廷任命，不能阻攔，但趙冠侯也自酬功。保留張懷之第五鎮炮兵第一標標統之外，另任命其為第五鎮副統制。
這時的體操一詞，實際是指軍操，就是包括隊列和刺殺搏鬥等技術，都為體操。馬艮本人是技擊中人，習拳練跤，手下據說很是來得，但是第五鎮有王五以及幾名他的好友在軍中，對於這些後進武師並不怎麼看重。
至於賈懋卿由於在扶桑學的是工兵科，更為第五鎮官兵所輕視，甚至有：一個修橋的，一個賣大力丸的，就想來我們山東做監軍。這樣的不屑言語，軍官未至，上下矛盾已現雛形。
好在朝廷里派來的人不多，除了這兩人外，就是二十幾個拿了八行下來的，趙冠侯為此特意設立了一個副官處，專門安排這些黃馬褂，每人按照哨官待遇，每月拿百十兩干餉，不用幹活，也拿不到權，彼此都很滿意。
其他幹部中，霍虯的資曆本來可以提到標統，但他堅決不受，只做趙冠侯警衛營管帶。高升則任副官處總辦，袁保山兄弟，任步兵第九協步兵第一標的正副標統。
楊福田任第二標標統。孫桂良則為騎兵標標統，實際上，話事權依舊在孫美瑤手裡。李縱雲任步兵第十協幫統兼步兵第一標標統。余者管帶、哨官一層的軍官，皆是當日炮標舊部，或是親兵哨一起過來成立隊伍的老班底，基層軍官，皆為舊人。
這些部隊編製問題初步解決之後，另一個問題就是兵費。按照朝廷給的經費，有一半的缺口在那，即使趙冠侯搜刮有術，借著八國聯軍東風，搶了後軍，但是軍隊就是頭吞金巨獸，這些錢扔進去，也只