因為鄭芝龍的艦隊還在崇明島沒有離去，長江水道上的形勢還比較緊張，本來繁忙的長江水道，除了軍方的船隻，商船往來比較少。
在船上，秦牧接到內閣遞上來的有關江西、湖廣百姓捐資修建皇宮的奏疏，在內閣的票擬中，對此事的處理意見是下戶損資三取一，中戶以上的人家捐資則全部接受。
秦牧原來打算下戶百姓的捐款一率不取的，不過內閣三取一的方案也不錯，下戶百姓捐的本就不多，主要代表的是他們的一份心意，三取其一等於是收下了他們的這份心意，這會讓那些真心捐獻的百姓更高興。
秦牧批准了內閣的處理方案。
從江陰乘船到揚州，一天即可到達。揚州地處南北交通樞紐位置，歷來得漕運、鹽運之利，向稱富庶地區，繁華之地。
但經歷慘無人道的大屠殺之後，往日春風十里揚州路，如今只餘下殘山剩水；二十四橋明月夜，但見清角吹寒，秋草殘垣，一城凄冷。
城中除了八千守軍，剩下的百姓寥寥可數，倒是新收留了不少從淮北敵占區逃來的百姓，人數有三四萬，總算給揚州增添了幾分人氣。
毫無疑問，揚州城比江陰高，牆比江陰厚，軍民比江陰多，史可法的裝備比閻應元好。
閻應元以一群民壯，守江陰兩個多月之久，讓清軍傷亡近十萬。
而史可法守揚州，如果除去清軍圍而不打的幾天不算，從清軍實際發起攻擊算起，揚州城只堅持了一天，便告陷落。
至於說什麼彈盡糧絕城乃破都是往史可法臉上貼金，清軍在四月十八日才到達揚州，開始圍城，二十五日等來大炮之後，由拜音圖、圖賴、阿山等正式發動攻城戰，一日告破。
從圍城到破城，前後只有七天時間；而實際攻城，只用了一天時間，這麼短的時間說什麼「彈盡糧絕」？
這血淋淋的事實證明，史可法真的只是個讀書人，在軍事上很無能，用他來守揚州，是揚州的悲劇。
但史可法守不住揚州，是他的能力問題，不是品格問題。
他寧死不屈的高尚品格是值得每一個人尊敬的。
因此，秦牧仍要在城外的梅花嶺上的「揚州十日死難者紀念堂」前給史可法立像。
同時，命人雕刻洪承疇、許定國、李成棟、劉良佐等人的跪像。
並在雕像前立碑刻上那副著名的對聯：
史筆傳芳，未能平虜忠可法；
洪恩浩蕩，不思報國反成仇。
洪承疇現在還沒有死，關押在金陵，秦牧本來想用他的頭顱來祭揚州遇害百姓的，但考慮到他與揚州的大屠殺沒有直接的聯繫，而且還有些剩餘價值，就暫且留著他。
梅花嶺邊，足有二十多萬死難的百姓被埋在這裡，形成一個巨大的山丘。
紀念堂就位於梅花嶺上，地基剛打好，上千工匠和勞力正在加緊時間修建，由工部員外郎衛國疆負責指揮籌建。
秦牧帶著上萬軍民，到梅花嶺下大祭，請來僧道兩家誦經作法超度亡靈，而祭品則略有不同。
在江陰大祭時，主要宣揚的是江陰百姓不屈的精神，和不畏犧牲的勇氣。
而在揚州，秦牧要通過這次大祭向天下昭示的是民眾的苦難，和敵人的兇殘，以喚醒天下人同仇敵愾之心。同時表明秦軍雪恥的決心和能力。
因此秦牧整整帶來了一千俘虜作為祭品，這一千俘虜中有女真人，也有漢人，不管他們是那一族人，無不是參加過揚州大屠殺的。
血債要血來還，一千俘虜被秦軍士兵押到小山似的冢丘前，下面，就埋著被他們屠殺的二十多萬無辜百姓。
在那場慘絕人寰的大屠殺中，無數女子被姦淫，無數百姓被亂刀砍死，就連嗷嗷待哺的嬰兒也不放過，屍積如山，血流成河。和他們的罪行比起來，殺他們一千次也不為過。
這一千俘虜被押到冢丘前，明白自己即將成為祭品後，終於知道怕了，一個個嚇得兩腳發軟，哀叫求饒。
然而那些劫後餘生的揚州百姓，無不大聲怒罵，哭喊聲討：「殺了他們，殺了這些畜牧。」
「秦王啊，就這麼殺了這些畜牧太便宜他們了，將他們千刀萬剮也不解恨啊。」
「殺了這些禽獸！為揚州的百姓報仇啊！」
「……」
揚州的大屠殺過去還不到半年，血腥味還沒有完全散去，人們對那場怖的大屠殺記憶猶新，無心的仇恨充斥心頭，喊殺聲聲聲啼血。
鼓聲隆隆，旌旗獵獵，秦牧一聲令下，秦軍士卒一齊揮刀，一千顆頭顱同時滾落，濃濃的血腥味再次瀰漫在揚州城外，一千顆頭顱被秦軍拿來在萬人冢前壘起京觀。
在場觀看的百姓哭聲一片，許多人撲到巨大的冢丘上聲聲哭斥：「女兒啊，爹爹找不著你啊，你要是在下面，應該看見吧，秦王為咱們報仇啦，報仇了呀。」
「老婆子啊，你和孩子們都在哪呀，秦王為咱們報仇啦，你們聞到了嗎，那些畜牧的血流了一地，你們聞到了嗎？」
「爹呀，娘呀，你們安息吧，秦王為咱們報仇啦，老天爺呀……嗚嗚嗚……」
秦牧看了這心酸的場面，也不禁熱淚盈眶，揚州數十萬百姓，在那場大屠殺中僥倖活下來的少之又少，誰不是血淚斑斑。
秦牧對在場的官員和士卒大吼道：「你們都看到了嗎？國家積弱，不管你們是官，是兵，是民，都要任人屠戮淫掠，誰也不能倖免。本王在這裡建紀念堂，不僅是要告慰揚州死難的百姓，更是要全天下人都記住這場血慘絕人寰的大屠殺；
要讓大家明白，要想這樣的慘劇不再重演，就要盡到你為官、為兵的責任，為官者要清廉自守，造福百姓，為兵者要奮勇殺敵，保家衛國。只有這樣，百姓才能安居樂業，才不會受人宰割，揚州這樣的慘劇才不會重演……」
楊慎、堵胤錫、顧君恩等一大群隨行官員，以及上萬軍民默默地聽著，在高大的萬人冢前，在揚州劫後餘生的百姓罵訴聲中，秦牧的一番不帶任何修飾的話，讓所有人心中戚戚，感觸尤深。
而秦牧在江陰、揚州大祭的事，很快傳遍四方，引了非常大的反響，人們對此討論紛紛，揚州的慘劇和江陰的氣節，為更多的人所熟知，也更激發了天下人同仇敵愾的心裡，進一步為秦國贏得了更多的民心。
大祭過後，秦牧百事纏身，沒法在揚州多留，隨後便乘船回金陵，船隻剛出運河口，恰逢去崇明島說降鄭芝龍的宋獻策趕回。
他一登船，立即拜道：「臣宋獻策拜見秦王。」
「免禮吧，和鄭芝龍談得怎麼樣？」秦牧示意他坐下，並讓侍女端上茶來。
「稟秦王，鄭芝龍態度頗為傲慢，一開始堅稱隆武才是正統，經臣曉以利害，他雖然有所收斂，願意向秦王稱臣，但仍堅持要秦王您答應，不得派兵進入福建，不得為難隆武……」
不等宋獻策說完，秦牧就打斷道：「若是只是這些，就不必說，什麼永鎮福建那一套，他想都別想。」
顧君恩沉吟道：「秦王，靖江一戰，實際上雙方已經撕破臉，答應他永鎮福建自然不行，但若是不答應，鄭芝龍必定顧慮重重，絕不會輕易歸降，我軍還是儘快進兵廣東才是。」
一開始秦牧對招降鄭芝龍就沒抱太大希望，他想了想說道：「進兵廣東是一方面，要真正滅掉鄭芝龍，還得增加水師戰力才行，等江南一平定，立即重啟龍江船廠，不管是對付鄭芝龍，還是將來北伐，都需要一支強大的水師。」