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在水師炮火的支援下，劉猛四萬大軍一舉攻佔了金陵城東北面的燕子磯。
燕子磯總扼大江，地勢險要，磯下波濤浩瀚，俯仰之間便覺形勢雄奇，是南京重要的渡口和軍事重地。一向有萬里長江第一磯之稱。
掌握了這個重要的渡口和軍事要塞，整個金陵城已真正籠罩在四萬秦軍的兵鋒之下。
南京城規模宏大，共有四重城垣，分別是宮城、皇城、京城、外廓。
其中京城的城牆周長近七十里，東傍鐘山，西據石頭，南憑秦淮，北控後湖，用巨大的條石砌基，用巨磚築成，規模恢弘雄壯，十分堅固。城基寬約45尺，最寬處達90尺，高約6丈，有垛口13616個，窩鋪200座，城門13座。
外廓周長約一百三十里。傳說朱元璋造好京城以後，就帶著他的兒子們登上鐘山觀察都城的形勢。他們發現宮城離鐘山太近，如在山上架炮，皇宮很容易被擊中，而且還有一些重要制高點，如南面的雨花台和北面的幕府山留在城外，對城防非常不利。
於是，朱元璋又於洪武二十三年下令建造外郭城。
這座外郭城主要是利用應天府城外圍的黃土丘陵築成，只在一些防守薄弱地段加砌一部分城牆並開設城門18座，所以俗稱「土城頭」。將鐘山、雨花台、幕府山、玄武湖等都圈在了裡面。
洪承疇在城中只有兩萬四千人馬，外廓周長一百多里，加上有些地方沒有城牆，只是一些黃土丘陵，兵力少很難防守。
劉猛率軍迅速攻取了東北面的宮音門，洪承疇被迫放棄外廓，將所有兵力布置在巍峨的京城城牆上，反正他不擔心秦軍會炮轟皇宮。
劉猛順利佔領了外廓，將大營扎於玄武湖東岸，兵壓京城北門太平門。同時分兵攻打西北面的神策門。為了不至兵力過於分散，其它城門沒有派兵攻打，只派少量人馬監視。
近六十尺高的城牆，望之如山，人立其上，如凌半空。
而擺在秦軍的第一道難題，是寬大的護城河，護城河的水源，來自秦淮河、清溪、金川河以及玄武湖等。寬闊的護城河水面，襯映高大堅固的南京城牆，使人望而生畏。
但這有例外，朱元璋在修建南京皇宮時考慮到風水問題，以紫金山的龍廣山（今富貴山）為靠山，北門太平門東段因靠山，所以沒有護城河。
劉猛將主力擺在太平門外，正是看中這段城牆沒有護城河。
大炮架上之後，立即就對太平門猛轟，劉猛不指望用大炮能把堅固厚實的南京城牆轟塌，這麼做，首先要起到個敲山震虎的作用。
外廓並非一片荒蕪，有居民數十萬，甚至包括南京的刑部、大理寺、都察院，都在外廓的玄武湖邊，都察院的大堂被劉猛用做了帥府。
據說當年洪武帝殺人二三十萬，行刑多在玄武湖東側的三法司，夜間太平門外常有鬼哭之聲四起，但劉猛自身也是殺人如麻，豈會怕你鬼哭？
幾萬秦軍如黑色的洪流，金戈鐵馬殺氣凌雲，鬼神也要走避。
外廓的百姓攜壺提漿，不顧炮聲轟轟，成千上萬的人前去了小辮子，換上漢服，冠戴整齊的前來犒軍，甚至主動提出幫大軍搬運矢石。
與外廓百姓的歡欣鼓舞不同，城內的百姓此時卻是噤若寒蟬，洪承疇嚴令所有人不得上街，清軍在每條主要的街道都布有人馬巡邏，嚴密盤查姦細，稍有懷疑立即人頭落地。
在這種高壓手段下，城中百姓只有躲在家裡，街上除了巡邏的清軍外，不見一個行人。但壓抑之中，人們心中又不禁暗藏喜悅；
秦王終於打回來了，終於打回來了！對此，南京百姓早已切切期盼。
當初韃子來時，錢謙益等人帶頭開門投降，南京沒流什麼血。但當剃髮令傳來，南京卻有近萬人因拒絕剃頭而被殺，由此可見，剃髮令已經觸及了人們最後的底線。
城可破，頭可斷，發不可剃。城破了，換個皇帝，對於為生活奔波忙碌的市井小民來說，還能接受；但是剃髮易服，卻是要他們從中國之民變成化外狄夷，摧毀了他們千年來古老傳統和文化認同，讓他們由人變成了獸。
人們期盼著有人能把大家從獸變回人，而能給大家帶來盼頭的，現在只有秦王和他的大軍了。
而且大家不會忘記，秦王就是金陵人，這段時間人們走過石頭巷，總不免多看秦王家的老宅一眼。
秦牧小時候的種種「異於常人」之處，被當初的鄰居口口相傳，他的神童之名再次為人津津樂道，甚至有人說他娘生他時，有滿屋金光射出。
總之，人們殷切地期盼著，現在，秦王的大軍終於打回來了，韃子的末日到了，聽，太平門那邊炮聲轟轟，韃子的喪鐘響了。
三山門內的小院里，黃連山心急如焚，洪承疇不管不顧，嚴止所有人上街，這極大地限制了他的行動。偏偏這個時候有兩個夜不收成員被捕了，情況怎麼樣，現在一無所知。
雖然為了防止有人被捕後導致整個系統暴露，大家都是單線聯繫，現在這兩個人聯絡的渠道已經被掐斷，其他人不用擔心暴露。
但這兩人被捕的時間剛好在大軍圍城之時，這顯然是早就算計好了的，洪承疇很可以另有陰謀。
在這個骨節眼上，大街卻被封鎖了，出入不得，怎不教黃連山心急如焚呢？
他在金陵經營將近兩年，等的就是這一天，若是最後功虧一簣，就算秦牧不怪罪他，他也難以接受這樣的結果。
好不容易挨到天黑，黃連山迫不及待的放出幾隻信鴿後，很快翻出後牆，隱入茫茫夜色之中。
而此時的洪承疇，在用盡酷刑從兩個夜不收口中得到想要的東西後，親自披甲，帶著親兵來到太平門的城樓上。
入夜後，秦軍的進攻終於暫時停止，放眼望去，太平門外連營十里，玄武湖東西兩岸火把成片，如同火海，城頭上還瀰漫著濃烈的硝煙味，城上和城下的屍體還沒有收埋，傷者呻吟不斷，如同鬼哭。
負責鎮守太平門的拜間圖迎過來，急切地問道：「洪大學士，有收穫嗎？」
洪承疇連最輕微的動作表示也沒，直到進入城門樓內，讓親兵守住外頭後才輕聲說道：「軍中定有內奸，不可先露出馬腳，以免打草驚蛇。二更之後，你再帶五千人馬到南面的正陽門來，本官會在正陽等你們。你去的時候不要打火把，盡量不要讓人發覺，讓士兵相互監視，半道上萬不可讓人離隊。」
拜音圖欣然說道：「這麼說事成了，好好好，今晚管教秦軍好看。」
洪承疇淡然說道：「現在還不能高興得太早，劉猛會不會上當現在還不知道。」
玄武湖東岸的都察院大堂，燈火通明，劉猛非常清楚，金陵城高牆厚，用正常的手段根本難以攻破，他又祭出了安慶城下的那一招，挖地道。
但白天的攻城戰卻是實實在在的，炮火極為猛烈，只有這樣才能給城裡的清軍造成強大的壓力，進一步瓦解清軍的士氣。
除了挖地道，劉猛等待的就是城中的內應了，黃連山在金陵苦心經營近兩年，在守城的綠營中安插了不少人，現在就看這些人能不能發揮作用了。
想到內應，內應就來了。
初更時分，忽見手下參將蔣遠拿著一封奔入大堂，向劉猛說道：「劉都督，這是剛剛從城上射下來的，是城中內應送出的消息，說是今晚四更在正陽門接應咱們進城。」
「快拿來我看看。」劉猛一把搶過信，同時吩咐道：「快請燕高飛過來，快。」
燕高飛很快趕到大堂，劉猛將信遞給他，他查看了一下說道：「這信確實是我們的人射下來的，有夜不收傳用的標記……」