軍隊是統治者最有力的手段，也是統治的基礎，對於這方面，李愔自然是十分萬分重視，和陸青他們商量了幾天，最後終於敲定一個方案，那就是先海後陸的原則，畢竟台灣這種島嶼，發展陸軍基本沒什麼太大的用處，只有海軍才是正途。
本來陸青手下就有一萬多軍隊，再加上在島上吞併了其它勢力後，又有楊暕手下勢力的加入，總兵力達到了三萬餘人。
不過這三萬人里的水分可是極大，有相當一部分都沒有經過專業的軍事訓練，甚至還有一些年紀都已經嚴重超標，對此李愔不得不和陸青他們將軍隊淘汰一部分，最後挑選出一萬五千人的精銳，這些人都是年齡在十八歲以上，三十歲以下的青年，將官的年齡可以適應放寬，而且這些精銳全部都被編入海軍之中。
這些人被挑選出來後，編製完全被打亂，然後進行統一的劃分，現在暫時分為營、隊、什三級單位，長官分別為校尉、隊正、什長，其中每什十人，十什為一隊，十隊為一營，每營也就是一千人。至於營以上的編製，則暫時沒有設立，因為按李愔的描述，以後就算是有戰爭發生，最多也只是與小股敵人戰鬥，太大的編製也沒什麼用，營這個編製就已經足夠了。
另外在校尉之上，還設有郎將、將軍、大將軍三個更加高的軍職，其中郎將可以統領五營，而將軍則沒有統軍數量的規定，至於大將軍，則只是一個虛銜或臨時設立的職位，一般只有大規模的會戰或有人立下天大的功勞時，才會被李愔任命為大將軍。
一萬五千海軍被分成十五個營，現在由周龍和陸青兩人負責操練，其中陸青被李愔任命為流求將軍，統領著自己手下的第一支海軍，而周龍雖然負責操練，但卻和虎力一樣，都沒有正式在海軍中擔任職務，因為他們一個擅長練兵，一個擅長陸戰，在海軍中發揮不出自己的長處，所以暫時還在李愔的親衛之中任職。其中周龍還好，他對練兵十分的有一套，所以倒是可以幫上忙，這次估計會在台灣多呆一段時間。
另外海軍雖然是發展的重點，不過台灣島上也不可能沒有一點防衛力量，畢竟島上還有不少土人，所以在被淘汰的一萬五千人里，挑出一萬相對不錯的，分別駐紮到各個縣內，剩下的五千人中，大部分都被分配到行政和司法部門，或為警察或為驛卒等等，反正都有固定的去處，每月的俸祿雖然不多，但卻足夠養活一家幾口人了。
相比較而言，軍隊的改革還是十分順利的，畢竟軍令如山，只要李愔吩咐下來，陸青等人沒有異議的話，立刻就能得到執行。倒是在政事上的改革有些麻煩，雖然反對力量弱小，但這些畢竟牽扯到台灣民生的各個方面，而且李愔又搞行政與司法分離，他自己卻又沒這方面的經驗，所以下面的人一時間都十分不適應，開始時自然是一團糟。
對於這種情況，李愔也是沒有絲毫的辦法，畢竟他也只是參照後世的一些行政機構，可是對於這些機構的運行方式，他也只是知道一點皮毛，根本不適用現在的情況。幸好李愔總算是找對人了，代替他行使刺史大權的崔巍做了二十多年的官，行政經驗豐富無比。而做為都察院長的陳宮也是個奇才，很快領會了自己都察院的職責和工作方式。
有這兩個人在，台灣新政府從那種一團亂麻的狀態，慢慢的被他們理清了條理，並且一點點的走上正軌。其實對於行政與司法分離，李愔也沒有什麼信心，只不過他知道一點，將行政與司法權放在同一群人手裡，必然會滋生腐敗，畢竟自己監督自己，每個人又不可能都是聖人，不出問題那才是怪事！
其實說到底，台灣這裡不但是向海外開拓的第一步，也是他在行政上種下的一塊實驗田，趁著他現在還年輕，不但有時間，而且有資本犯錯，所以無論在台灣這裡的政體是否成功，對他來說都是一個積累經驗的機會，而且在慢慢的改進中，總有一天會將自己理想中的那種政體完善起來。
李愔他們在二月間來到流求，除了與楊暕相見後，接下來的大部分時間都是在對台灣的軍政體系進行改革，一直忙了一個多月的時間，軍事上的改革總算是完成了，剩下就是在陸青和周龍的帶領下，使新整合的軍隊產生戰鬥力了。
不過在政體上的改革，卻才剛剛走上正軌，而且這才僅僅是基隆這個首府附近，台灣剛劃分的幾個縣卻還沒有開始正式的改革。不過現在已經是四月份了，李愔可沒時間在台灣耗著了，畢竟惜君再過兩個月就要生了，他一定要趕在自己第一個孩子出生前趕回長安，畢竟從本質上來說，他還是一個超級顧家的好男人。
對於李愔如此不負責任的中途離開，崔巍和陳宮這些台灣官員都有幾分腹誹，畢竟表面上台灣的官制和大唐差不多，可是在內部卻已經被李愔改的面目全非，以前大唐的那套行政經驗根本就行不通，一切他們也都是在摸索之中，好不容易有點起色了，李愔這個始作俑者卻要回長安等老婆生孩子，這種行為簡直是惡劣之極。
可是崔巍他們再不滿也沒辦法，誰讓李愔是這裡的老大呢，他們這些苦命人都是跟著人家混飯吃，哪怕再難也得咬牙忍下去。不過相比來時，李愔這次回去帶的人卻要少的多，比如崔玉和王況這些來台灣搞種植園的人，現在也正在緊要階段，土地雖然有了，但人手和土地的清理都還是個大問題，所以他們必須要親自坐鎮。
另外燕北也因此留了下來，本來他借著自己的身份，搞了不少的奴隸，可是這小子實在是太貪心了，占的土地面積太大，那點人手根本就不夠用，而且他看到島上奴隸緊缺的狀況，立刻打算操起自己在登州的老本行，搶了崔巍組織捕奴隊的職務，很快就組織起官方的捕奴隊，另外他還私人招收了不少李愔淘汰掉的士兵，打起了燕家捕奴隊的旗號，跟著官方的捕奴隊一起行動，現在正玩的不亦樂乎，根本不願意放棄這麼一個大好的發財機會。
反正燕北本來就不是個合格的長史，有他沒他都是一樣，既然他想留下，李愔也就沒強求。如此一來，回長安的人中，只剩下他和李恪、李惲、李貞四兄弟，最後還有夢雪和武媚娘，只不過武媚娘在到登州時也會留在那裡，畢竟她的身份實在不好進長安。不過在除了這些人外，李愔卻還想帶另外一個人回去，只是這個人卻不是那麼好說服的。
「六郎，你的好意我心領了，不過你只要把采兒帶去長安就行了，她長這麼大，還沒見識過大城市的繁華，至於我這把老骨頭，在台灣呆了這麼久，早就有了感情，所以就讓我死在這裡吧！」楊暕一臉淡然的開口說道。
「舅父，你在外漂泊了這麼多年，難道真的一點也不想長安嗎？」李恪有些急切的說道。
雖然楊暕身患絕症，不過可能是這段時間與李愔兄弟相認後，精神一直十分的愉悅，所以那種暈眩的癥狀發作的極少。而李愔看到這種情況，就想帶楊暕回長安一趟，順便與母妃見見面，畢竟若是知道自己的二哥還活著，母妃還不知道會高興成什麼樣子？
「國已破，家已亡，長安對我來說，實在沒有什麼可留戀的！」楊暕臉色有些不自然的說道。長安原本就是大隋的都城，可是現在要他以亡國皇子的身份再入長安，就算他再怎麼豁達，心中也難免有幾分抗拒。
「舅父，難道你就不想再見一見母妃，甚至再見一見外祖母嗎？」一聽楊暕如此說，李恪旁邊的李愔也開口說道，其實他和李恪也明白自己這位舅父的心理，只不過都過去這麼多年了，而且楊暕又身患絕症，說不定什麼時候就再也見不到了，如果不趁著現在去見一見長安的親人，其它的不說，日後若是讓母妃知道，肯定會把他們罵的狗血淋頭。
「這……」一聽李愔提到自己的母親以及九妹，楊暕也不禁有幾分躊躇，雖然他擔心母親知道自己的病後會受不了，不過哪怕是遠遠的看她老人家一眼，自己就算是死，也算是無憾了！
「舅父，不要再猶豫了，父皇那裡你也根本不用擔心，他是個十分自信的人，絕對不會因為您的身份而做什麼，況且您現在又是這種情況，再加上又有母妃在，我敢打賭，只要父皇見到您，肯定會給采兒一個封號，這對采兒來說也是件好事啊！」李恪也接著勸道。
聽到李恪又提到最心愛的女兒，楊暕的臉上更加躊躇，臉上也是變幻不定，看樣子還是無法下定決心。
李愔看到這裡，忽然眼珠一轉，想到一個更好的辦法！