山下大學醫療機構。
康復室。
一個患有運動神經元症的少年正做著無用的艱苦的訓練，妄圖向已經註定好了的死亡命運發起挑戰，用汗水，用靈魂，發起生命不甘的哀嚎。真的是一副很感人的畫面，生命的奮鬥。
康復室外，靠在透明的玻璃邊上的小御坂美琴，不解的對著身邊穿著白大褂的醫生問道：「那個孩子在做什麼呢？」
這位穿著白色衣服，看起來非常和藹的人，平靜的對著小御坂美琴說道：「他患有運動神經元症。」
聽到了醫生或者說是研究員的話語，小御坂美琴轉頭看著研究員，不解的問道：「運動……神經……」
還是小學生，或者說剛剛進入小學的御坂美琴，對於某些東西還是不清楚的。
就在御坂美琴發問的時候，這位再做著康復運動的少年，摔倒了。
看著摔倒了的少年，看著掙扎著哭泣著的少年，研究員平靜的解釋道：「那是一種肌肉能力會逐漸下降的病症，他天生就患有這樣殘酷的疾病，所以他為了克服那疾病，正在努力與之戰鬥。」
運動神經元病是以損害脊髓前角，橋延腦顱神經運動核和錐體束為主的一組慢性進行性變性疾病。以肌肉萎縮、肌無力等癥狀為最常見。如：說話不清，吞咽困難，活動困難、呼吸困難等等。最後在病人有意識的情況下因無力呼吸而死。所以這種病人也叫「漸凍人」。是世界五大絕症之一，是最無解的絕症。無法預防、發病機制不明，得了這樣的病症的人，只能慢慢的等待著死亡。治癒，完全的不可能。至少世界上沒有一例成功治癒的案例。
看著這少年掙扎的站了起來，感受到了生命的不甘的，看到了少年的奮鬥的御坂美琴，開心的笑了，但是……
「但是，不管多麼的努力，他的病都無法治癒，憑現在的醫學，還沒有能夠根治的方法，他的肌肉能力將不斷衰退，最後會無法再站起來，而且末期時，連呼吸和心臟活動都將無法維持……」在御坂美琴那笑容還沒有舒展開來的時候，研究員就將他給湮滅了。用無情的現實給湮滅了。
聽到了研究員的話語，看著不甘於命運，奮鬥著的少年，從小就很善良的御坂美琴留下了一滴眼淚，為那不合理的命運，為這努力著的少年。
感覺到了御坂美琴心已經被動搖了，研究員將帶御坂美琴來看這個凄慘的命運的原因說了出來，至少是表面上的原因說了出來。「但那不過是以現在的狀況為基礎而言，如果藉助你的能力，也許可以幫助他以及與他同樣身患病症的人們，可以提供你的DNA地圖給我們嗎。」
聽到了研究員的話語，御坂美琴轉身看著努力中的少年，向著命運，向著不合理的命運發起挑戰，發出生命的哀嚎的少年，看著那一直在努力，一點沒放棄的少年，御坂美琴被感動了，被努力的人感到了。認真的努力的人最吸引人了，於是，御坂美琴抱著可以幫助很多人的善良的想法，開心的點著頭。
看到了御坂美琴終於點頭了的研究員，開心的想御坂美琴伸出了手，開心的說道：「謝謝你。」
看著面前的手，御坂美琴伸出了小手，準備握上去。
一個夜色的瞳孔。
……
「夢，很奇怪的夢，我怎麼會夢到那時候的事情呢。好奇怪……」穿著小學生才會穿的幼稚可愛的睡衣的御坂美琴，睜開了眼睛，喃喃的自言自語道。
御坂美琴的話語還沒有說完，剛剛從夢中的情景回過神來，就感覺到了身後有著一個不良的變態緊緊的抱著自己，那個變態的名字叫做黑子，於是被嚇了進去了的御坂美琴驚慌失措的毫不客氣的給了白井黑子一下。
「呀！！！」
春天，街道。
「克隆，那是什麼？」
「就是……【正在進行超能力者的克隆人的生產計畫】的傳聞。」
「你聽說過嗎。」
「唉，不知道啊。」
「不過，真的很厲害。」
「就是啊，雖然只是傳聞。」
……
夏天，遊戲中心。
「就是那個吧，被用作軍事武器進行量產。」
「那個，據說馬上就要投入實用了。」
「真的嗎？」
「真的真的。」
……
學舍之園。
「可是啊……學院都市裡不是只有七人達到了LEVEL5嗎？」
「究竟是誰被克隆了呢？」
「就是說呀。」
「啊，那個啊，我聽說了，被克隆的那個LEVEL5，就是那個超電磁炮。」
……
靠在路邊的欄杆上，看著天空中漂浮著的飛行船，打開了一罐汽水的御坂美琴，皺著眉頭說道：「太無聊了，果然因為聽的太多了，才會做那個夢嗎！因為曾經提供過DNA的圖譜所以有點擔憂了嗎？但是那家醫療設施早就被關閉了吧，所以沒問題吧。」
心低有著自己也不知道的惶惶不安御坂美琴安慰似的想到：沒問題的，絕對沒問題的，我雖然提供了DNA的圖譜，但是是為了拯救那些身患疾病的人，應該沒問題吧。
一個染滿了鮮血的房間，一個堆滿了屍體的空間。
看著滿地的御坂妹妹的屍體，看著由御坂妹妹的血染成了的紅色房間，一方通行淡淡的想到：我到底還要殺多少才行呢，我已經斬殺了多少呢，差不多一半了吧，好難受，果然，生命還是有著分量的。兩萬人的分量真的有點承受不了了。
一位女性研究員走入了這間，看著這染滿了鮮血的房間，皺了皺眉頭，對著一方通行說道：「今天的實驗結束了。後面的實驗就要在外面進行了。」
這個研究員不是為了御坂妹妹的死亡而感到不滿，而是為了因為一方通行的行為太血腥了，對於著滿地的血感到厭惡。能夠參加這個實驗的研究員，基本上都不會將御坂妹妹當做人來看，實驗動物，這就是這些研究員對御坂妹妹們的稱呼。和實驗用的小白鼠是一樣的，只要一個按鈕就可以生產出無數個的實驗用品。
聽到了研究員的話語，看著對御坂妹妹的生命的消逝不為所動，冷血的過分了的研究員，「好煩，知道了，沒有其他的事情的話，我就先走了。」
看著一方通行，研究員狂熱的說道：「嗯，下次的實驗時間，實驗地點，我們會提前通知你的，一方通行，你一定能夠成為LEVEL6的。」
LEVEL6，成為宛如神明意旨一般降落凡塵的人，這就是學園都市明面上建立的原因，實際上，對於建立了學園都市的總理事長亞雷斯塔·克勞利來說，LEVEL6，完全不重要，這個所謂的目的，一開始就是一個騙局。
嗯，說騙局的話，也過了，建造人工天界，結束魔法時代，才是學園都市建立的目的，LEVEL6對於亞雷斯塔來說，真的不重要，或者說，在學園都市建立的時候，LEVEL 6就已經產生了，180萬接受了能力開發的學生散發出來的AIM立場構建而成的人工天使、虛數學區？五行機關、作為愛華斯降臨用的身體的風斬冰華。這就是LEVEL6。
聽到了研究員的話語，一方通行輕輕的皺了皺眉頭，淡淡的說道：「當然，我就是最強，也就是無敵的。」
說完之後，一方通行就慢慢的走了出去。
「下次的實驗就又你來進行了，不過，在實驗之前，將這裡打掃一下吧。」看到了一方通行離開了之後，研究員眼中的狂熱就慢慢的消退了，冷冷的對著身邊的一個小女孩說道。
平靜的看著面前這血腥的房間，看著數十個和自己以一模一樣的面孔的屍體，御坂妹妹平靜的說道：「嗨，御坂平靜的說道。」
街道。
還有多久，我才能成為LEVEL6呢，才能成為無敵呢，我能不能支撐到那個時候呢，兩萬條生命，真的很沉重。或許，我也應該像那些個研究員那樣，不將這些個御坂當成人看，或許……
走在去超市的路上，一方通行有點傷感的想到。
親手取走接近一萬個御坂的生命，而且還要繼續的取走剩下的一萬個御坂的生命，對於一方通行來說，真的有點太沉重了。
就算一方通行是學園都市七位超能力者中的第一位，就算可以操作著所有的矢量，就算抱著核彈爆炸也一點事情都沒有，就算有著能夠一人滅國的實力，但是一方通行不過是一個高中生罷了，一個高中生，怎麼能夠背負起兩萬人的生命呢。怎麼能夠承受的了兩萬人的血腥呢。
第七學區，伊藤誠的別墅。
在伊藤誠修行的草坪，食蜂操祈快速的跑了過來，跑到了伊藤誠的身邊，氣喘吁吁的看著伊藤誠，將一份文件遞到了伊藤誠的面前，有著焦急的說道：「誠君，這是怎麼回事？！」
看著食蜂操祈手中那寫著絕對能力者進化計畫文件，伊藤誠平靜的說道：「在什麼