清朝初年，初入中原的清王朝內部奪權鬥爭非常激烈，結果留下了三大歷史疑案，分別為：孝庄皇太后有沒有下嫁多爾袞？順治皇帝有沒有出家為僧？雍正有沒有篡奪皇位？其真相究竟如何，外界一直眾說紛紜。
清朝覆亡之後，後人依靠珍藏的清宮檔案，方才部分揭開了三大疑案的真相。
史學界持孝庄皇太后曾下嫁多爾袞理由有兩條：第一條，清初典籍在順治初年時稱多爾袞為「皇叔父攝政王」，而順治五年，則尊稱多爾袞為「皇父攝政王」。多爾袞死後，在順治廷議多爾袞的罪狀中有「自稱皇父攝政王，親到皇宮內院」一條。第二條，康熙二十六年十二月，孝庄皇太后病重時，對康熙說，因自己不忍遠去，希望在孝陵附近選擇墓地安葬，「則我心無憾矣」。按照清代的喪葬習俗，孝庄死後應該與順治的父親清太宗皇太極合葬於瀋陽昭陵，孝庄要求單獨葬在北京孝陵附近，有悖清朝禮儀。部分專家認為，這種違背清朝帝後喪葬制度的做法實際暗示，下嫁多爾袞的孝庄皇太后自覺無臉見清太宗皇太極。
從現存的檔案材料上看，「太后下嫁」一說，沒有任何相關記載，另從時間等邏輯順序上分析，也存在證據不足的問題。《清宮秘檔》採用了「太后沒有嫁給多爾袞」的說法。
雖然滿族曾有「妻後嫂」、「妻後母」（即兄長死後弟娶其嫂，甚至父親死後，子娶其父配偶）的習俗，但入關後，滿人的習俗也會隨著滿漢文化的融合而改變。至少從滿族入關後的文獻中看，沒有繼續沿襲這一習俗的記載。
「太后下嫁」說的主要依據是明朝遺臣張煌言所作的十首《建夷宮詞》中的一首，詞中曾如此描述：「上壽觴為合巹尊，慈寧宮裡爛盈門，春宮昨進新儀注，大禮躬逢太后婚。」許多年來，後人因詩論事，這首詩成為後人議論太后下嫁的重要證據，但亦只不過是孤證而已。
明朝遺臣張煌言「作為一位力圖反清復明的漢人，根據一些傳聞做詩言志，嘲諷清廷，反映自己的一些願望，是可以理解的。但依據《清實錄》，孝庄是在順治十年慈寧宮修葺一新之後才搬進去的，所以如果根據張煌言詩，孝庄要在慈寧宮辦婚事，應在順治十年以後，而多爾袞早已於順治七年十二月病死。所以，從時間上推斷並不合理。而另據《清實錄》中記載，多爾袞在順治七年正月有過一次大婚，他娶的是自己的政敵、順治的大哥豪格的福晉——博爾濟錦氏。因為豪格與多爾袞有矛盾，被多爾袞逼死後，多爾袞娶了豪格之妻（自己的侄媳婦兒），免不了興師動眾一番。又據考證，《建夷宮詞》正是作於順治七年，可見此事與多爾袞娶博爾濟錦氏有密切的關係。」張煌言可能是移植了民間關於這次大婚的傳聞。
雖然從史料上看，董妃辭世之後，順治皇帝與佛家弟子聯繫密切，也確有出家為僧的念頭，但大部分明清史專家認為，順治皇帝是因出痘病死於宮中。
《清宮秘檔》也採用了「順治病死於宮中」的說法。從順治的《起居注》看，順治皇帝一直有長期的服藥記錄。
在《平圃雜記》中也有關於皇宮向文武大臣宣布皇帝患病的記錄，記載順治是因病而逝——順治十七年底，順治染上天花，禮部奉旨宣布免去元旦大朝慶賀禮。正月初二，順治為祈求佛法庇佑，親自把最寵愛的太監吳良輔送到憫忠寺剃度，作為自己的替身。正月初四，朝廷正式向文武大臣宣布皇帝患病。初五日，宮殿各門所懸的門神、對聯全部撤去。接著傳諭全國「毋炒豆，毋點燈，毋潑水」，並下令釋放所有在牢囚犯，以祈祝皇帝康復。初七日夜，順治死於養心殿。
關於順治是否出家的一個疑問主要在於：清朝早期實行火葬，但火葬順治遺體的記錄未見於《清實錄》中。不過，雖沒有火葬的記錄，但有關於安放順治寶瓶（即盛骨灰的容器）的記錄。由此看來，順治出家的可能性較小。
雍正如何獲得皇位是清初三大疑案中分歧最大的一個疑案。目前學術界有三種不同的說法：一種說法是雍正皇帝作為康熙指定的繼承人正常繼位的；一種則認為雍正篡奪了皇十四子的皇位；還有一種是說康熙皇帝並沒有指定誰做繼承人，只是雍正當時掌握了兵權，控制了局勢，順理成章地登了基。《雍正王朝》里採取的是合法繼位說。
在篡位說中，最膾炙人口的莫過於「盜名改詔說」。說雍正將康熙遺詔中的「皇位傳十四子」改為「皇位傳於四子」，這是有些不正確的。清代制度中，皇子前一定要冠一「皇」字，如皇四子、皇十三子，故遺詔原文應為「皇位傳皇十四子」。若雍正篡改成為「皇位傳皇於四子」，語意不通，一下子就會露出馬腳了。且傳位給誰應使用「於」字，清朝時的「於」、「於」兩字並不通用，雍正拿出這樣一份破綻百出的遺詔，有誰會相信他呢？另外，按照清朝慣例，重大文書都必須「滿漢合璧」，既用漢文，又用滿文，雍正自然無法同時篡改滿文與漢文。這一說法自然不可靠，但雖然是捕風捉影，卻也暗示雍正篡位的可能性，只不過民間所猜測的具體過程難以自圓其說而已。
但若說雍正是合法即位，就連雍正自己也說得不清楚。康熙彌留之際，雍正人在哪裡？幾時來到康熙身邊？當時情況如何？有誰在場？雍正的說辭也是反反覆復，令人質疑。
還有一種說法，認為康熙會傳位給雍正，乃是因為康熙喜愛雍正的兒子弘曆。這種情形並非不可能，康熙的確可能因為弘曆而增加了對雍正的偏愛，歷史上也有過這種例子。明代成祖立仁宗為太子時，就在一定程度上考慮到仁宗的兒子即後來的宣宗。但反過來說，康熙愛屋及烏的說法也有可能是脫胎於此，乃是支持此說者多作想像，穿鑿附會，不見得與事實相符。
《清宮秘檔》依據檔案館保存的繼位遺詔，採用了雍正是自然繼位的說法。中國第一歷史檔案館目前保存著這件詔書，詔書滿漢合璧，在漢文書寫的「皇四子胤，人品貴重，深肖朕躬，必能克承大統。著繼聯登極，繼皇帝位」，旁邊還有意義相同的滿文。宮廷檔案也不一定完全真實，但依靠檔案終歸比憑空猜想更可靠一些。疑案終歸是疑案，即便有了宮廷檔案，我們仍然無法斷定事實究竟如何，這不能不說是一個遺憾。