儒學傳入日本的時間其實是很早的。284年，有位朝鮮百濟國的使者來到日本，就把儒家的思想帶到了日本社會的上層。第二年，這位使者推薦另一個儒生——王仁——來到日本。王仁獻上了《論語》、《千字文》等儒家經典，並且成為日本皇太子的老師。6世紀初，日本天皇希望百濟王能夠定期地向日本派遣講授《詩》、《書》、《禮》、《易》、《春秋》的五經博士。
儒學進入日本後，一下子就被日本的統治集團接受了。而且在這個接受過程中，儒學日益與日本的本土文化融為了一體，成為日本人推行政策、培養人才、移風易俗的基本文化規範。聖德太子的政治改革，都以儒經為宗。聖德太子還多次向中國遣派留學人員，積極攝取大陸文化，使儒學成為貴族官僚的必修課。
在日本流傳最廣、影響最大的儒學，是宋朝朱熹的學說，即「朱子學」。在日本歷史上，信奉推崇朱子學的學者就是日本的「朱子學派」。藤原惺窩（1561—1615年）就是日本朱子學的開山始祖。
藤原早年是個和尚，修習禪宗。後來受到別人的影響，特別是受到「朝鮮朱子」李退溪的幾個學生的影響，藤原惺窩逐漸地不再相信佛經上面講的東西，而更加承認朱熹關於四書五經的一些說法。
雖然日本早就有儒學了，而且朱子的思想也傳播了好一陣，但是讓儒學從禪學中獨立出來，從文字訓詁中擺脫出來，並與日本神道相結合，這還是多虧了藤原惺窩。正是在這個意義上，他才被認為是「日本朱子學之祖」。
藤原門徒眾多，其中林羅山、松永尺五等都是名冠一時的朱子學家。德川家康統一天下後，打算用思想控制作為維持幕藩體制的重要手段。他聘請藤原惺窩講解《貞觀政要》，錄用林羅山為將軍侍講，參與政要。後世的德川將軍還建了孔子聖堂。各地的藩主也都大興儒學，聘學者，刊儒籍，設藩校。
日本朱子學派之所以受到江戶幕府的重視，其實是因為他的學說強調「大義」和「名分」。說白了，就是強調社會的秩序，要求人們恪守尊卑等級，「人有四等，曰士農工商，士以上勞心，農以下勞力；勞心者在上，勞力者在下，勞心者心廣志大而慮遠，農以下勞力而自保而已，顛倒則天下小者不平，大者亂矣」。
像這樣的理論，當然與幕藩體制和嚴格的身份制度極為吻合。所以，在幕府強制推崇下，日本朱子儒學能夠廣泛地滲入社會的各個階層中，成為幕府的官方意識形態和整個社會的倫理道德規範，這就不足為怪了。
附上德川時期日本儒家讀物：
1.兒童讀物：《大和小學》、《本朝三字經》、《和俗童子訓》及《民家童蒙解》等。
2．婦女讀物：《女論語》、《女大學》、《女中庸》、《女五常訓》、《女仁義物語》、《本朝烈女傳》等。
3．武士讀物：有《武士訓》、《武教小學》、《士道要論》等。
4．農工商讀物：有《大和俗訓》、《民家重量記》、《商人須知》等。