蘇格拉底不僅揭露了許多人的無知，而且還經常為難哪些自視甚高的人，證明他們不過只是白痴。他曾指責詩人只是發表自己的感覺。他認為優秀的政治家是精通政治，懂得怎樣管理的人，而不是那些握有權柄、以勢欺人的人和那些由民眾選舉的人。而他又被認為是因「自知其無知」而最有智慧的，結果被一些人懷恨在心。
「三十僭王」的統治被推翻以後，民主派重掌政權。政治家阿尼圖斯夥同詩人美勒托和煽動家呂孔控告他與克利提阿斯關係密切，反對民主政治，指責他不敬國家所奉的神，並且宣傳其他的新神，並用邪說毒害青年，蘇格拉底因此被捕入獄。然而他毫不妥協，他常把自己比作是神賜給國家的牛虻，是神讓他來叮咬城邦這一頭偉大高貴而動作遲緩的牲口以刺激它活躍起來的。因而他宣布自己決不放棄自己的活動，因為這是執行神的命令。他的這一態度激怒了法庭，法庭以280票對220票認定他有罪。按當時規定，處以什麼懲罰，要根據原告和被告各自提出的一種刑罰來由法庭最後裁定。原告提出要判處死刑。而蘇格拉底提出，按他的言行，他應該得到的是「由公家供養，住在公家的房子里」，如果一定要他認罰，他只願意交一點點罰款。他的這種頑固的態度更加激怒了法庭，結果以超過280票的票數判處了他死刑。蘇格拉底最後在辯辭中說：「雅典的公民們，分手的時刻到了，我去死，你們去活，誰的路更好？只有神才知道！」
在關押期間，他的朋友們買通了獄卒並制定了詳細的越獄計畫，勸他逃走。但他認為，服從法律是公正的基本要求，儘管自己被誤判，但他寧願赴死也不逃跑，因為這違背了自己的信仰。
公元前399年6月的一個傍晚，雅典監獄中年屆7旬的蘇格拉底就要被處決了。只見他衣衫襤褸，散發赤足，面容卻鎮定自若。他的一位朋友傷心地說：「看到你這樣被不公正地處死，真讓我受不了！」他回答道：「難道你願意看到我被公正地處死？」之後，蘇格拉底打發走妻子、家屬後，仍與幾個朋友侃侃而談，似乎忘記了就要到來的處決。直到獄卒端了一杯毒汁進來，他才收住「話匣子」。這時，阿波羅多洛送來一件漂亮的外衣，要給他穿上，他拒絕了，說道：「什麼是我自己的東西，這種東西能讓我活在其中而不是死在其中嗎？」然後，他接過杯子，一飲而盡。臨死之前，他託付給了與他告別的朋友最後一件事，那就是他曾吃過鄰人的一隻公雞，還沒給錢，要他們替他償還。說完，老人安詳地閉上了雙眼。
蘇格拉底死後不久，雅典人就為他們的錯誤選擇後悔了。因為這樣做等於關閉了自己精神的訓練場和體操館。於是他們處死了告蘇格拉底的美勒托，並放逐了其他幾個控訴者。人們還雕刻了一座銅像紀念他。
蘇格拉底之死成了一個重大的哲學學案和文化事件，後來有很多思想家都對這一事件進行了解釋。賢哲的死時時提醒我們，要對人性和民主保持警惕。