大概過了80年後，古希臘伊奧尼亞地區的另一座城市愛菲斯城誕生了另一位偉大的哲學家赫拉克利特(Heracleitus)。據說他是該城世襲的祭司的後裔，但他把繼位權讓給了他的兄弟。後來他隱居在阿耳忒彌神廟裡，跟小孩們玩遊戲。旁人圍觀，他說：「混蛋，有什麼好奇怪的？這難道不比參加你們的公民生活更好嗎？」最後他變得十分厭惡他的同胞，併流浪于山間，靠吃草根樹皮維持生活。結果這種生活使他在60歲那年得了水腫病，於是他返城求醫。但有「晦澀哲人」之稱的他臨死之際還跟醫生玩了個啞謎，問他們能否在大雨之後使大地變干。醫生弄不懂他的意思，於是他讓自己在陽光下曝晒，然而不見效。他又在一個牛棚里用牛糞把自己埋起來，希望牛糞的溫度能排除體內的有毒濕氣，但第二天他就去世了。更有傳聞說他死後被野狗吞食了。
貴族出身的赫拉克利特自視甚高，因為他認為，「一個人如果最優秀，我看就抵得上一萬人。」他也敢於反對一切傳統權威，就連鼎鼎有名的詩人荷馬和赫西俄德，他也不放在眼裡。他曾說：「應該把荷馬從賽會中趕出去，並且抽他一頓鞭子。」
他寫過題為《論自然》的著作，分為「論宇宙」、「論政治」和「論神靈」三部分。他把該書藏在阿耳忒彌神廟裡，而且故意把書寫得非常晦澀，希望只有行家才看得懂。然而該書為他獲得了巨大名聲。只可惜該書大多已失傳，現只留存130多段殘篇。
與泰勒斯的觀點不同，赫拉克利特認為，火是世界的本原。世界是「在一定分寸上燃燒又在一定分寸上熄滅的一團活火」。火產生一切，一切又都復歸於火。
而這種產生和復歸，都是基於一種「對立鬥爭和報復」原則的。他說：「萬物都換成火，火又換成萬物，正如貨物換成黃金，黃金又換成貨物一樣。」在不斷的變換中，火經由收縮變成濕氣，再濃縮變成水；水凝結後又變成土。這一過程他叫做「下行之路」。反過來，土又液化變成水；水進一步稀化變成了火。這一過程他叫做「上行之路」。這兩種互相矛盾的過程是對立統一的。世界是按照一定的規律永恆運動的。
因此，他提出「一切皆流，無物常住」的觀點；宣稱「太陽每天都是新的」；認為「我們存在而又不存在」；斷言「人不能兩次踏入同一條河流」，因為我們下次踏入的河流的水已經不是上次踏入時的水了。
赫拉克利特的思想滲透著濃厚的辯證法思想。作為愛菲斯學派的創立者，他也被稱為古希臘辯證法思想的創始人。儘管他的辯證法是樸素的、自發的，並帶有循環論的色彩，但這樣的觀點在遙遠的古希臘是非常可貴的。辯證法大師黑格爾曾宣稱：「沒有一個赫拉克利特的命題，沒有納入我的邏輯學中。」列寧也曾說：「把他作為辯證法的奠基人之一，那是非常有益的。」