撤退命令下達後，八十七師、八十八師趁當面日軍第六師團收縮後撤的機會，迅速安排撤退，一0三師、一一二師、教導總隊二旅三團余部也相繼撤退。
這國軍打仗，撤退的時候最可怕，因為一遇大規模撤退，各部隊總是爭先恐後，誰都怕留在後面殿後。特別是中央軍，一撤退往往就是大官先跑、小官後跑，到最後弄得士兵找不到指揮官。歷史上南京失守時，就出現過很悲哀的一幕：一群撤退士兵在下關附近與追上來的日軍相遇，可惜沒有一個軍官指揮，最後士兵們求著一個管後勤的中校出來指揮。這中校說他只懂後勤，不懂打仗，不會指揮。士兵們央求著說：「長官只要下令讓我們打就可以了。」這個軍官這才下令反擊，這事現在看起來有點像黑色幽默，但確實是事實，也從另一個方面證明了國軍訓練的呆板。
現在情況雖然好了許多，日軍第六師團被打的收縮了陣地，但八十七師、八十八師撤退的情況還是亂的很，王敬久很無奈，知道這樣下去一旦被日軍追上，麻煩就大了。與孫元良和蕭山令一商量，蕭山令就自告奮勇，要求率領他指揮的憲兵部隊殘部殿後，掩護主力快速撤退。
王敬久不好意思讓部隊基本打光的蕭山令殿後，想抽調自己的部隊，蕭山令傷感地說：「不要爭了，我們對南京地形熟，怎麼著都能摸出去。你們快走！」
王敬久這才給蕭山令補充了些彈藥，率領主力撤退了。
打巷戰的霍守義和戴之奇的情況也很糟糕，在日軍精銳兵團的猛攻下，兩個師損失慘重，部隊又和日軍攪在一起，這邊一鬆勁，那邊就撲上來了。這撤退命令一下來，各部隊無心再戰，紛紛後撤，馬上就亂了陣腳。
好在那個時候雜牌軍小部隊的凝聚力比中央軍強，因為雜牌軍最怕部隊瓦解，基層軍官都有一套收攏人心的土辦法，和士兵的關係一般都比較牢固。這樣一來，就很容易形成小部隊各自為戰。等萬式炯率領余部從火線上撤下來時，已經聯繫不上代理師長戴之奇了。
這萬式炯確實硬朗，硬是指揮部隊邊打邊撤，沿途不停地收容掉隊士兵，在夜色掩護下，向下關撤去。
被打了個冷不防的谷壽夫中將，終於明白中了中國軍隊的奸計，惱羞成怒之下，下令全師團入城，追擊中國軍隊，消滅一切敢於抵抗的中國人。
第六師團這一發力，馬上就追上了蕭山令率領的負責殿後的憲兵部隊殘部。蕭山令勝在地形熟悉，能充分發揮火力；谷壽夫勝在裝備先進，部隊訓練有素。但戰爭有它的鐵定法則，雖然蕭山令他們有著與敵同歸於盡的死戰之心，還是阻擋不住日軍的鐵蹄。
夜越來越深了，六朝古都南京城裡卻到處都是火光，風兒飄來，夾雜著日軍的槍炮聲、狂喊聲和裝甲車、坦克車馬達的轟鳴聲。
蕭山令知道，日軍已分幾路大舉入城，已基本控制了南京，忍不住黯然神傷，看了一眼夜色中的南京，眼中淚光瑩瑩。回頭對身邊剩下的約一個連的弟兄們吼道：「南京雖然在我們手裡丟了，但我們沒有給國人丟人，我們殺傷了大量的日軍，我們是好樣的！弟兄們，把炸藥包和把手榴彈準備好，等敵人上來時，炸他狗日的！炸完就撤。」
日軍又追上來了，還是老一套，坦克和裝甲車在前，步兵在後，射擊著，往前追來。
看看鬼子到跟前了，蕭山令一聲令下，登時手榴彈和炸藥包就砸了下去，砸得鬼子鬼哭狼嚎。
蕭山令咧著嘴笑了一下，站起來剛喊了聲「撤」，一發子彈就打中了他。蕭山令身體晃了一下，罵了句狗日的，正要低頭查看傷口，又是幾發子彈打來，蕭山令再也支撐不住，摔倒在地。
等幾個弟兄跑過來拉起蕭山令，他已經再也睜不開眼了。幾個人背著犧牲了的長官，隱入了夜色。
到天明的時候，日軍已經徹底佔領了南京，膏藥旗也飄了起來。
松井石根接報大喜，激動得忙給大本營發報，稱已於15日晨徹底佔領支那首都南京。
這一天，日本國內陷入了瘋狂，報紙上連篇累牘都是介紹南京和佔領南京的新聞，電台上也是一會兒播佔領南京新聞，一會兒放歌曲，不停地折騰。就連普通的日本民眾，也都發了失心瘋，見面攀談必然要說南京大捷，必然要說吉住良輔中將小的時候就曾經偷看過某君母親雪白的胸脯，某某君的妹子曾經與谷壽夫中將共浴溫泉，某某某君的妻子曾經是中島今朝吾中將的情人，只不過現在將軍忙於徵戰支那，顧不上回來與情人一敘舊情罷了。甚至有人斷言，以如此精銳的大日本皇軍，如果殺向蘇聯，估計可以直下莫斯科。如果與美軍對壘，估計也沒有問題。反正大日本子民的身高有點問題，急需改良人種，打誰都是打，還不如乾脆玩大一點，打一下蘇聯或美國，那樣就可以實施改良人種的千年大計、萬年大業了。
特別是那些瘋狂的日本少女，竟然紛紛要求做慰安婦，到支那去慰問勞苦功高的皇軍勇士。
一時間，日本國內烏煙瘴氣，人人都像喝多了酒一樣，暈暈乎乎地，不知道自己是老幾了。
倒是進佔南京的幾個日軍師團長高興不起來，原因無他，搜遍南京，竟然沒有找到幾個活著的中國人。費盡千辛萬苦，耗費了那麼多的彈藥物資，犧牲了那麼多忠勇的皇軍將士，這南京竟然是一座空城！
吉住良輔、谷壽夫、中島今朝吾幾個日酋會師後就聚到了一起，開始還是討論中國軍隊主力去向，說著說著就開始了互相指責，到後來竟然發展到了巴嘎巴嘎不離口，最後，幾個傢伙順理成章地互相問候開了對方家的女性，結果自然是廝打到了一起。
第九師團第六旅團旅團長秋山義允少將，被巨大的反差刺激得精神失常，拔刀連砍三個衛兵，脫光軍服，裹著一片兜襠布，揮著戰刀，在南京的大街上滿街亂竄，嘴裡還不停地喊著：「卑鄙的支那人，膽小的支那人，給我滾出來，還我的第7聯隊！」惹得路邊宿營的日軍士兵紛紛躲避，唯恐一不留神，做了這個神經病少將的刀下鬼。
等松井石根趕到南京、視察了南京攻防戰的戰場情況後，臉色由紅轉白，再轉成青色，最後成了一片醬紫色。
一群日軍高級將領圍在松井石根身邊，大氣都不敢出一下，生怕松井石根大將盛怒之下，說出一些羞辱的話，讓人下不來台。
這松井石根上陸軍士官學校時以第二名畢業，上陸軍大學時以第一名畢業，是日軍中有名的攻堅戰專家和老牌中國通。此人身材短小，但野心極大，曾經與胡漢民、陳濟棠、李宗仁、白崇禧、張群、蔣介石等人會談過，平時最大的願望就是推行大亞細亞主義，侵佔中國。
這傢伙最喜歡在中國煽風點火，哪裡一旦發生事變，他只要能插上手，就必然暗中資助，巴不得中國越亂越好。
這次淞滬會戰，日軍大本營又把涉嫌參與謀殺軍務局長永田鐵山的皇道派核心大將松井石根重新徵召入伍，任命為上海派遣軍司令官，後組成華中方面軍時，又任命他為華中方面軍司令官，統一指揮上海派遣軍和第十軍，目的就是為了攻佔南京，圍殲中國軍隊主力。
松井石根在離開日本前往上海前，就對送行的陸相杉山元說，這次無論如何要打到南京。現在，南京已經佔領，但他萬萬沒有想到，中國軍隊竟然金蟬脫殼，在給日軍以重大殺傷後，全身而退。
松井石根此時恨不得將幾個師團長一個個耳光招呼，但他畢竟是幾十萬大軍的統帥，這風度氣質還是要的。因此，心情平復後，他下令各師團統計戰損，鞏固佔領區，加強南京防衛，然後就召開了記者招待會。
記者招待會上，松井石根大將滿面春風，洋洋自得地宣稱，皇軍佔領支那首都，既說明皇軍戰力強橫、支那軍不堪一擊，又說明建立日滿華利益共同體的時機已經成熟。今後，皇軍將不以蔣介石的國民政府為對手，要集中力量，徹底摧毀反日勢力。
被日軍請上飛機趕來南京進行採訪的哈雷特·阿班還是一副美國人特有的打破砂鍋問到底的脾氣：「大將閣下，我是美利堅合眾國《紐約時報》駐中國首席記者。我想請問，貴軍已經佔領南京，可是我發現，南京城似乎是一座空城，好像這裡的老百姓都跑光了。大將閣下，你能解釋一下這是什麼原因么？」
松井石根看了一眼阿班，滿臉堆笑：「這位記者先生的觀察力很敏銳，我很佩服。是的，南京現在是沒有居民，那是因為我軍入城後，發現居民基本上都面黃肌瘦、衣不蔽體，本著人道主義精神，我軍將這些貧苦的中國人全部保護了起來，準備從大日本帝國運送衣服、糧食和藥品，徹底解決這些人的生活問題。等他們有了衣服穿，有了糧食吃，我們再邀請記者先生前來訪問。」
阿班心裡暗笑，這個日本將軍說瞎話不眨眼，也是個成了精的老騙子，就追問道：「大將閣下，美國讀者非常關心南京陷落後普通平民的處境，我很願意在貴軍的引導下，前往採訪老百姓，把他們平安的消息發回美國。不知道大將閣下能