1627年9月30日，舊曆八月乙卯日，天啟皇帝朱由校以二十三歲之齡和並非致命之絕症正常死亡。
真是罕有之怪事。這麼年輕，也無人謀害，根據史料，死因只是上溯兩年之前發生的溺水事件——當時乃是盛夏，他受驚之外居然受涼，並且健康狀況就此崩潰，緩慢而不可逆地走向死亡。他可能是有史以來身體抵抗力最差的小夥子，弱到讓人無法理解，只能情不自禁地設想，必是天不佑彼，就像他所象徵著的朱明王朝。
他死後兩個多月，也即天啟七年十一月，魏忠賢自殺。客氏浣衣局掠死。客魏兩家均被抄家；魏忠賢侄魏良卿，客氏子侯國興、弟客光先伏誅、棄市，家屬無少長皆斬。
大臣中爬至高位的閹黨，只殺了一個人，崔呈秀。
閹黨勢力盤根錯節，未能一遽而除。
崇禎元年上半年，魏忠賢扶持的內閣黃立極、張瑞圖、施鳳來等陸續罷。五月，毀《三朝要典》，銷其板。二年三月，始定逆案，分處磔、斬立決、秋後處斬及充軍、坐、徒、革職、閑住等罪名，計二百餘人。而閹黨人數，實遠多於此。
撥亂反正過程中，令人唏噓的一幕，是遇難諸臣後代奔走呼籲，以及他們揭露出來的兇殘與黑暗。噩夢般的細節，見證、詮釋了人妖顛倒、法度蕩然、暗無天日的現實。
袁化中之子袁勛率先上書，拉開了遇難諸臣後代鳴冤的序幕。
幾天後，黃尊素之子，未來的明清之際思想巨人黃宗羲，上書崇禎皇帝，陳述蒙冤者的慘狀，和冤案對一個家庭的毀滅：
迨下鎮撫司打問……酷刑嚴拷，體無完膚……一日，獄卒告父曰：「內傳今夜收汝命，汝有後事，可即書以遺寄。」臣父乃於三木囊頭之時（「三木」是脖子、手、腳上都上木枷；「囊頭」是把頭用口袋套住），北向叩頭謝恩，從容賦詩一首，中有「正氣長留海岳愁，浩然一往複何求」等語。自是，而臣父斃命於是夕矣。
誣坐贓銀二千八百兩，臣痛父血，比遍貸臣之鄉商於京者，並父之同年、門生，差足交贓將完，而殺機遂決矣。
由這份傾述父冤的奏疏，可想見黃尊素的遭際對黃宗羲反君權的思想萌芽，會起很大作用。
楊漣之子楊之易，拿出了父親獄中被打得遍體膿血之時，蘸血所寫絕筆書《枉死北鎮撫司楊漣，絕筆書於獄神之前》。全文兩千餘字。楊漣自知必死，叩托於顧大章，萬一得見天日呈於聖上。顧大章妥為藏匿，終於保留下來。
絕筆書將全部感受歸納於一句話：「公論與人心、天理俱不足憑」。楊漣講述自己在獄中的情形：「一入都，偵邏滿目，即發一揭亦不可得，下情不通至於如此。打問之日，汪文言之死案縶，不容辯。血肉淋漓，生死頃刻，猶冀緩死杖下，見天有日，乃就本司不時追贓限之狠打（強忍酷刑，不想自殺，以待撥雲見日）。此豈皇上如天之意、國家慎刑之典、祖宗待臣之禮，不過仇我者立追我性命耳！借封疆為題，追贓為由，使枉殺臣子之名歸之皇上。」
字字血，聲聲淚。
魏大中之子魏學漮、周順昌之子周茂蘭，也各上血書。魏學漮代表「慘死諸臣之子孫」，懇求崇禎皇帝誰許將元兇魏忠賢、許顯純首級交與他們，獻於「鎮撫司牢穴前，呼其先人，哭痛澆奠」。 由於冤情似海，一時間，血書潮般湧來，以致崇禎不得不加以制止：「血書原非奏體，以後悉行禁止。」
奸人就戮，閹黨覆滅，忠正洗冤。
某種意義上，明代最暗無天日的一段歷史或許可說塵埃落定了。然而，事情本身雖然划上句號，它的影響卻不曾終止。這樣一種惡，投射於人心和社會的陰影，不會因為幾個惡人受到懲罰而消失。表面上塵埃落定，內里的頹喪、不滿和絕望，則留存於生活的每個細胞。
這就是新君朱由檢面臨的根本性的悲劇局面。他精疲力竭以求重整朝綱，卻發現從人民百姓到士大夫，沒有人買賬。最終來看，朱由檢不過是試圖以一人之力，去還幾代皇帝共同欠下的債。
他不明白事情是這樣的，困惑、哀嘆、憤怒、自憐。
他不知道，只有明朝滅亡，才是真正的塵埃落定。