黨派門戶之爭，乃明末政治顯著特色。明之亡，有諸多不可避免的必然，而黨爭所起作用，為其犖犖大者。孟森先生說：「建州坐大，清太祖遂成王業，其乘機於明廷門戶之爭者固不小也。」 隱然有「明非亡於強敵，而亡於黨爭」之意。而當時之人，則依自己的體會評論道：「嘗觀國家之敗亡，未有不起於小人之傾君子一事；而小人之傾君子一事，未有不託於朋黨之一言。」 也認為明朝亡乎此，但偏重於從正人遭擯斥也即內禍的角度來看。應該說，以上兩個層面合起來講，才是對明末黨爭危害的較為全面的認識。
黨爭發展成黨禍，是天啟朝的事情，而其起源則遠在五六十年前，過程又極為複雜，足夠專門寫一本大部頭的史著。劉承干說：「溯明季門戶之爭，始於神宗之倦勤，清流之禍，極（與「亟」通假）於熹宗之庸闇。」 吳應箕則認為更早：「極於萬曆丁巳，而嘉靖諸政府已開其漸。」 這是說，嘉靖年間，當夏言、嚴嵩、徐階各自專權，而黨同伐異之時，黨爭已經形成。這情形，我在敘述嘉靖故事的時候，曾細表過；我並且強調，那種爭鬥並非偶然，根本上亦非夏、嚴、徐等人主觀有此強烈意願，而盡出於嘉靖皇帝的馭人之術，是他一手挑撥和掌控的結果。嘉靖時代在明朝歷史上的轉折意味，於茲再次可見一斑。
門戶意識既開，遂演變成為一種政治模式，以及官場套路，後面的人，很容易就走到這種思路裡頭，既是政治經營的策略，亦是做大官的要訣。張居正作為徐階的傳人，順理成章繼承這筆政治遺產，當政期間，在與高拱等人的較量中，加以新的演繹。到萬曆中期以後，伴隨若干重大問題的爭論——從「國本」之議、礦稅之爭，到「憂危竑議」、「續憂危竑議」、「福王之國」、「梃擊案」——朝臣之間，派系林立，咸以彼此攻訐為能事；而政見分歧之外，一些人情世故也漸漸羼入其中，師門、宗姓、鄉黨……終於形成了齊黨、楚黨、浙黨、東林黨這四大政治勢力。然彼時之所謂「黨」，既無組織，亦無章程、綱領，他們自己內部未見得有「結為同志」的意識，而是自外人、尤其相敵對的政治勢力眼中，這些人沆瀣一氣，勾結在一起，於是拿「黨」這樣一個明顯帶有醜化意味的詞相贈。
及魏忠賢崛起，各色黨人都聚集到他的麾下，來打擊東林黨。這時，混戰的局面開始簡化，變成閹黨與東林黨之間的單一對抗；基於門戶之見的「黨爭」，也開始走向所謂「小人之傾君子」的「黨禍」。
強調一下，對「小人之傾君子」，只能從整體上作此理解，並非只要反對過東林黨，便都歸於「小人」類。熊廷弼就是突出的例子。他在當御史時，專跟東林黨人搗蛋。他在同事中有兩個好友，一個叫姚宗文，一個叫劉國縉。三個人都不喜歡東林黨，經常聯手攻擊。熊廷弼這種行為，緣於性格，「性剛負氣，好謾罵，不為人下，物情以故不甚附」 ，用今天話來講，屬於比較「各色」的人——誰都別惹我，惹我我就罵；只要不高興，逮誰罵誰。很情緒化，有點狂狷的味道，但並不包藏禍心和不可告人之目的。姚、劉這兩位，卻不同了。他們拚命向東林黨開火，意在謀取進身之階。後來熊廷弼被委重任，經略遼東，姚、劉本著同一戰壕之戰友「苟富貴，毋相忘」的心理，指望熊廷弼拉一把，熊卻不屑搞這一套。於是這兩人掉轉槍口，傾力誣陷熊廷弼。不單自己干，還鼓動同類群起而攻之，指責熊廷弼欺君、專斷、喪師辱國。熊廷弼果然被拉下馬。具有諷刺意味的是，替熊廷弼說話、實事求是肯定其功績和才幹的，倒是東林黨人。熊罷官後，不服氣，要求朝廷派人前往遼東核實情況。原本打算派那些攻擊熊廷弼的人擔當此任，是楊漣上疏阻止，改派中立的兵科給事中朱童蒙前往；朱返回後遞交報告稱：「臣入遼時，士民垂泣而道，謂數十萬生靈皆廷弼一人所留。」瀋陽被破之後，首輔劉一燝（在崔呈秀編織的《天鑒錄》中，他排在東林黨第四位）出來說公道話：「使廷弼在遼，當不至此。」 後來也是因為東林黨人支持熊廷弼復出的緣故，魏忠賢一夥把天啟二年關外失守的賬，記在東林黨名下；曾經力攻東林黨的熊廷弼，也被他們視為東林黨的同路人。
這個故事，說明三點：第一，攻擊東林黨，未必是小人；第二，小人和君子之間，最終一定不能相容；第三，正人之間，縱然不和，也不失對事實的尊重。
以上，將明末黨爭來龍去脈略作交代。然後專門說一說東林黨。
東林，書院名，在無錫，始建於宋代。當地有個大學者，名叫顧憲成，流傳甚廣的楹聯「風聲、雨聲、讀書聲，聲聲入耳；家事、國事、天下事，事事關心」即為他的手筆，頗透露了他的品性。萬曆二十二年（1594）因事忤旨，革職，還歸故里。從此致力講學，實現以教育和學術兼濟天下的抱負。先是在家中辟「同人堂」，教習士子，同時也常約請常熟、蘇州、松江、宜興等處賢達來無錫講學。那時，長三角地帶已為全國文化和學術最發達的所在，憑此依託，顧憲成迅速聚攏起濃厚的思想氛圍，一個學派呼之欲出。不久，倡議重修東林書院，獲士紳響應，地方官也樂助其事。萬曆三十二年修竣，顧憲成任主持，直至八年後（1612）去世。書院既立，又有顧氏這樣的名儒主持，各方學者紛至沓來，朝中一些聲望素著的官員如趙南星、鄒元標、孫慎行等，或遙為呼應，或親臨授學，東林書院一時儼然士之淵藪。
與齊黨、楚黨、浙黨（更不必說後來的閹黨）不同，東林黨確實有了一點近代政黨的影子。它是一個精英群體，有思想、意識形態上的認同，有基本的倫理和治國理念，而非純粹出於各種功利目的達成的妥協或建立的同盟；同時，更重要的，它不僅僅是一個思想運動，一種空頭學術，而明顯存在用理論改造現實的強烈意願，試圖去代表和表達比較廣泛的民眾訴求（這是它在遭受魏忠賢迫害時能夠被民眾所擁護的原因）。
人們因為思想立場，彙集起來；然後又帶著這立場，返於政治實踐。萬曆晚期，東林黨人的政治影響力開始顯現。他們在諸多重大朝政問題上，發出自己的聲音。由於當時政壇，只有東林黨人形成自己的基本政治理念，別的派別都是在攘權奪勢動機支配下，搞實用主義權術、機會主義政治，相形之下，東林黨人看起來似乎就很原則、很執著、很不順從、很理想主義，總扮演現實的批評者和反對派。這讓萬曆皇帝備感惱火，嚴厲加以打壓；反過來，東林黨人在一般讀書人和民眾中間，卻取得良好聲譽，被目為「正人」。
這聲譽，乃是雄厚的政治資本，藉乎此，隨著神宗死去和光宗即位，東林黨人遂得成為主流派。一朝天子一朝臣，當初東林黨人從維護「國本」的立場出發，堅定支持太子朱常洛，阻撓朱翊鈞偏私鄭貴妃及福王，現在朱常洛熬出頭，當然要對東林黨人表示信賴。他開始重用東林黨人，雖然在位僅一月便遽爾病殞，但指定的顧命大臣中，東林黨人佔有相當的比例。「移宮案」中，也正是有賴這些人，朱由校才脫離李選侍控制，實現權力平穩過渡。出於這種關係，剛剛做皇帝的朱由校，與東林黨人之間，不但沒有齟齬，反而深為倚重，劉一燝、葉向高、鄒元標、趙南星、左光斗、孫慎行、楊漣、高攀龍、王之宷、袁化中、顧大章、周起元、魏大中、周朝瑞……這些東林骨幹以及同路人，或居高位，或被重新起用，從而出現了所謂「眾正盈朝」的局面。
「蜜月」是短暫的，朱由校遲早要跟東林黨人翻臉。非因別故，就是因為東林黨人以「正人」自居，試圖在政治實踐中堅持他們從思想理論上認明了的一些理念；反觀朱由校，作為皇帝，用「私」字當頭去理解、運用和支配權力，同樣必然。此二者之間，一定會有抵觸，一定將爆發矛盾。
「私」字發揮作用之際，朱由校自然而然與客、魏之流穿上一條褲子，而與扶其坐上龍床的東林黨人愈行愈遠，直至視之為仇讎。
東林黨人，也因為以「正人」自居，不肯妥協，同樣陷入一種歷史宿命。這宿命，直接地講，就是「梃擊」、「紅丸」、「移宮」這明末三大案所形成的歷史積怨；欲明天啟黨禍的由來，三大案實為一個關鍵。
萬曆以來，東林黨人不棄原則，一直與眾宵小為敵，結下很多「梁子」。三大案中，他們得罪了一大批人：太監、寵妃、朝臣中的投機分子等等。這些人個個懷恨在心，但有機會，即思報復。魏忠賢本人「移宮」之際押寶李選侍，又力主將朱由校扣為「人質」。東林黨人成功解救朱由校後，楊漣即曾疏劾魏忠賢，欲繩之以法。雖然在王安保護之下，使用調包之計，混淆視聽，將李選侍身邊另一個名叫李進忠、也犯有過錯的太監（前面說過，當時魏忠賢還未改名，也叫「李進忠」）推出抵罪，但這始終是魏忠賢一大心病。後來對楊漣、左光斗等出重拳、下毒手，實在也是被這恐懼所激發——從清洗東林黨後推出《三朝要典》來看，魏忠賢的目的就是要翻案，否定東林黨人作為這段歷史的「正確路線代表」。既然老大一馬當先