雖然事實證明，朱棣才是朱元璋構建的體制的合格繼承人，但有諷刺意味的是，他卻要以不合法方式來得到似乎天然屬於他——抑或他才真正與之相配——的權力。同時，他的權力越是來得不合法，他就越發想盡一切辦法來鞏固和強化這權力，結果，他的這種努力與那種權力的本質，二者反倒相得益彰，彼此生髮，將各自真諦發揮得淋漓盡致。
朱棣以武力推翻建文帝，雖非不費吹灰之力，但著實頗為順利，一如兩個不同重量級的拳手之間的較量，沒有懸念。
他稱帝的真正障礙，不是朱允炆，而是「合法性」。當把守金川門的谷王朱橞和李景隆為他打開城門之時，戰爭結束了，然而朱棣卻意識到，現在他才面臨真正嚴峻的考驗。作為勝利者，他享受到的不是歡迎、擁戴和臣服。他贏得了戰爭，卻沒有贏得承認。史料為我們揭示出朱棣進入南京城時所遭遇的尷尬局面：迎降的朝臣不過百十號人，而「遁去者，達四百六十三人」 ，這還不包括自盡者、被捕者。假如換置為現代民調的表述方式，朱棣的支持率不足百分之二十。
為什麼？
朱允炆良好的聲譽是一個原因。萬曆年間，李贄於《續藏書》借評述方孝孺其人之機，極大膽地在同洪武嚴政相對照的意義上，稱讚建文的四年之治：「蓋（洪武年間）霜雪之用多，而摧殘之意亦甚不少。建文繼之，專一煦以陽春。」比朱元璋為嚴冬，而把朱允炆比做陽春，乃至說他善始善終地（「專一」）只把溫暖帶給民間。這個說法應不過分。由建文入永樂的時人朱鷺，在詩《過金陵吊方正學諸臣》里寫：「四年寬政解嚴霜，天命雖新故忍忘？」嚴霜，指朱元璋；天命雖新，指朱棣上台。詩句中對朱允炆懷念之意甚濃。從朱鷺到李贄，一百多年過去了，朱允炆的良好聲譽卻是一貫的，沒有什麼不一致的材料來推翻這印象。
不過，這是較次要的原因。雖然古代因為「人治」的習見，對賢君心嚮往之，但朱棣取朱允炆代之的問題，並不簡單地是只與他們叔侄個人品質有關。
士大夫，或者說儒家官僚，有自己的政治理性。它反映在若干原則上，例如君臣之義、宗法關係、王朝繼嗣制度等。這些原則，基於儒家對心目中政治秩序的訴求，關乎它所理解的國家根本和大體，是不可破壞的，具有超乎道德之上的地位，也是優先於道德標準的最高標準。
孔子在世時，即有意識地致力於建立這秩序，他在七十歲左右的高齡，完成畢生最後一部著作《春秋》。「《春秋》之義行，則天下亂臣賊子懼焉。」 此書之作，即為正名分、立褒貶，司馬遷評曰「以繩當世」 ，近人則稱「儒家政治思想，以《春秋》為最高標準」 。孔子自己有一句話：「後世知丘者以《春秋》，而罪丘者亦以《春秋》。」對此，經學家劉煕解釋是：「知者，行堯舜之道者也。罪者，在王公之位，見貶絕者。」意即《春秋》樹立了一個標杆，明確應該怎麼做和不可以做什麼。究竟是什麼樣的標杆呢？說到底，就是制度，是任何情形下不能被侵犯和破壞的國家政治秩序，當時用詞是「禮法」。「禮法」包含道德，但比道德更高。比如暴君被殺，依《春秋》的書法，只能用「弒」字，不能稱「殺」。《春秋》襄公三十一年記：「莒人弒其君密州」。這件事，實際上是莒國國君為其人民所共棄，對這正義之舉，《春秋》仍堅持書「弒」，因「弒」字有以下犯上的意思，這層意思在孔子看來必須申明，哪怕莒君已到「國人皆曰可殺」的地步，但身份仍是國君，雖因惡被殺，國人所為仍為非禮，故必須明書曰「弒」。這便是「《春秋》筆法」，借歷史的書寫，表達和構建一套任何情形下不動搖的政治倫理。所以，吳、楚兩國國君已經稱王，《春秋》仍尊周天子所予封號，只對他們以「子」相稱。前631年，晉文公以霸主身份將周襄王召至河陽、踐土（今晉豫一帶）接受諸侯朝拜，這是嚴重違反禮法的舉動，《春秋》於是記為「天王狩於河陽」，因為「『以臣召君，不可以訓』，故書曰『狩』。」 魯惠公死後，嫡子（後來的魯桓公）年幼，因此由繼室庶出之子暫攝君位，是為魯隱公；《春秋》對此事隱而不提，只用「元年，春」一語，一方面表示發生了執政者的交替，一方面迴避直接談論有新君即位——雖然確實發生了這種事情。總之，用非常嚴格、不苟的表述，來堅持倫理正確。
這政治倫理，經一千多年來從漢儒到宋儒的深入闡釋，在士大夫心目中已根深蒂固、不容移易，構成他們對於政治合法性的基本理念。
明代最典型的事件，是嘉靖初年那場極激烈的「大禮議」。當時正德皇帝朱厚照死去，無子，由興獻王世子朱厚熜入繼，成為嘉靖皇帝。他在當皇帝的第五天就下令討論生父興獻王的尊號問題，亦即想給父親追加皇帝名義，一下子引起非常複雜的倫理問題。根據禮法，作為入繼者，朱厚熜繼承皇位的同時，便自動以孝宗朱祐樘為父（朱厚熜與朱厚照同輩），現在提出給本生父上皇帝尊號，實際上就成為「繼統不繼嗣」。以我們今人眼光，可能覺得這種問題無關痛癢，而在當時，卻事關皇帝權力由來是否合法的大節。於是首輔楊廷和帶頭，滿朝士大夫奮起抗爭，雙方僵持三年之久，最後演變成「左順門事件」。嘉靖三年七月十五日，自尚書、侍郎至員外郎、主事、司務等二百二十位官員，以相當於現代靜坐示威的方式，跪伏左順門外，務求皇帝納諫，幾次傳旨令退去，皆不聽，仍跪伏喧呼。嘉靖帝大怒，出手鎮壓，除當即逮捕一百四十二人外，命四品以上八十六人待罪聽候處理；七月十七日，命所有參與此事的四品以上官員奪去俸祿，五品以下俱處以廷杖，受廷杖者人數達一百八十餘人，其中，死於杖下竟達十七人。
由「大禮議」可見，明代一般儒家官僚心中，對於「合法性」，怎樣持著絕不圓融的態度。朱厚熜是名正言順做皇帝的，他無非想捎帶著把親生父親也引入皇帝行列，尚且招致士大夫階層一致抵制。那麼，身為顛覆者，憑仗武力推翻合法君主、奪取帝位的朱棣，將面臨怎樣困難，更可想而知。
南京被燕兵控制以後，少數士大夫曾在各地武裝抵抗，很快都被撲滅。多數人選擇棄官和逃亡，以此拒絕與篡權者合作，如果跟崇禎皇帝自盡後對滿清比較激烈的抵抗相比，似乎顯得平淡。不過其中情形並不相同，明末抵抗是基於亡國之痛，而朱棣篡政說到底是朱姓王朝的「家事」，不合法歸不合法，江山終究沒有易手。對此，孔子早就說過：「邦有道，則仕；邦無道，則可卷而懷之。」 「天下有道則見，無道則隱。」 「邦無道，富且貴焉，恥也。」 眼下的情況，就很符合「無道」的定義。所以，跑掉，不合作，躲起來不做官，足以表明對時事的態度。
此種局面，朱棣事先也應有所預料，但恐怕未曾料到抵制的人如此多。除了皇室親貴——朱允炆削藩，早就得罪了這批人——迎降隊伍中頭面人物寥寥無幾，部長級（尚書銜）只有一個茹瑺，副部級（侍郎）四位。反觀朱棣先後兩次開列的「奸臣榜」（支持朱允炆的官員），吏、戶、兵、刑、工、禮部尚書和太常卿、大理卿俱在其內，加上一堆侍郎，外帶皇帝首席顧問、知識分子領袖方孝孺，人心向背，一望而知。他更沒想到，大局已定之後，這些人絕大多數還堅持死硬立場，甚至當他做足姿態、給足面子，他們仍不買賬。這時，他開始明白，攆走朱允炆、自己黃袍加身是一碼事，找到「合法性」完全是另一碼事。
有跡象表明，最初，朱棣是渴望「合法性」的。他希望事情儘快步入正軌，擺脫篡位者的陰影。
那個替他策划了整個叛亂奪權計畫的智囊人物道衍和尚（姚廣孝）早就深謀遠慮地忠告：進入南京後，當務之急是搞定方孝孺。道理不言自喻：如方孝孺可為所用，以他在士林中的聲望，令儒家官僚集團接受既成事實，難度可降低不少。朱棣亦深知其意義，捉住方孝孺後，依姚廣孝之言，亟假辭色，結果大失所望，進而惱羞成怒。《明史》對這一段的描寫，細膩可觀，如小說一般：
先是，成祖發北平，姚廣孝以孝孺為托，曰：「城下之日，彼必不降，幸勿殺之。殺孝孺，天下讀書種子絕矣。」成祖頷之。
至是欲使（方孝孺）草詔。召至，悲慟聲徹殿陛。
成祖降榻，勞曰：「先生毋自苦，予欲法周公輔成王耳。」
孝孺曰：「『成王』安在？」
成祖曰：「彼自焚死。」
孝孺曰：「何不立『成王』之子？」
成祖曰：「國賴長君（指建文之子年幼不足立）。」
孝孺曰：「何不立『成王』之弟？」
成祖曰：「此朕家事。」顧左右授筆札，曰：「詔天下，非先生草不可。」
孝孺投筆於地，且哭且罵曰：「死即死耳，詔不可草。」
成祖怒，命磔諸市。
朱棣擺出禮賢下士姿態，「降榻」親迎，口稱「先生」，很像一位賢君。但方孝孺不吃這套，一意剝掉他的偽