陶成章氣呼呼的離開安慶之後，就一直順江而下，他途徑滬上沒有下船而是直接往浙江而去，浙東的敖嘉熊、浙西的魏蘭都是他的舊識，只不過兩人面對舉事想法各異，敖嘉熊認為此時會黨編練已成，幾千會黨軍可以一戰，而魏蘭則說會黨已成軍隊，舉止有度、調遣有方，但還要勤加練習，並還說現在軍權都在委員會，由楊竟成控制著，他不點頭軍隊無法調動，舉事肯定不成。
陶成章見他如此說，初時還是不信，但拜會幾個以前的會黨首領之後，發現這軍隊確實是被複興會牢牢控制著，軍中軍紀規制森嚴，沒有命令一兵一卒都是調動不了。所以他又只好轉會滬上，不過他到沒有先找楊銳，而是先找的事蔡元培。他和蔡元培早在壬寅年（1902）的時候就已經認識，當時他赴日留學的川資還是蔡元培贈送的。
蔡元培看著陶成章出現在門外，便把室內的諸人都打發走了，然後回身看著陶成章道：「你還是知道回來？會中都要把你開除會籍了。」
「如果開除會籍能舉事，那就開除會籍好了。」陶成章還是痴心不改，慷慨激昂，他再道：「現在同盟會、日知會都在籌備起義，近日就會舉事，而我們呢，什麼也沒有做。」
「誰說什麼也沒有做，現在會裡面做的事情多呢。」蔡元培看著陶成章激憤的樣子，很是搖頭，他其實很欣賞陶成章的，特別是欽佩他當初北上數次刺殺慈禧的勇氣，可現在，昔日的欣賞的東西變成了很無奈的東西。
「做什麼？」陶成章笑道：「做好事情，準備革命成功之後坐天下是不是？我想的只是革命成功、功成身退，可有些人卻不是這樣，孑民兄，你難道沒有看出來嗎？」
「你……」蔡元培這次是真的有些怒了，會中已經把革命分成三個層次，其中最簡單就是政權革命，之後還有經濟革命、文化革命，這些事情極為重大，便是忙一百年也未必能能完的成。「煥卿，你是怎麼了，你難道忘記會中說的三層革命了嗎，你……」
陶成章之所以會說這些話確實是有原因的，在日誌會的時候他還和同盟會的人詳談了數日，同盟會知道的消息和他在北京知道消息很不一樣，加上來找蔡元培之前中國公學的秋瑾又和他說了一些東西，所以他才有這番言語。
「孑民兄，殺慈禧的槍手是不是楊竟成教出來的？」陶成章沒有回應蔡元培的指責，而是說到了另外一個問題。
「你……你從哪裡聽來的？」狙擊手之事只有會中幾個委員知道，蔡元培想不到陶成章也知道此事。
「秋先生說了一些，然後我猜了一些。」陶成章說的是秋瑾，她和方君瑛等人熟悉，自然猜到是文先生出錢給她們買的槍彈，而同盟會諸人則說昔日在東京的文先生就是楊竟成，是以陶成章猜測是楊竟成出資教出來了那兩個殺慈禧的槍手。
「舉事和那兩個槍手又和關聯？」蔡元培心知肚明，但不好承認，只好避重就輕。
「同盟會的人還說楊竟成是韃子親貴的私生子，叫愛新覺羅·載銳，創立復興會就是為了阻止我等革命黨舉事。」陶成章越說越肯定，「孑民兄，你說，這個楊竟成是不是來歷不明？還有他指使著兩個槍手殺了慈禧，可和慈禧同行的光緒卻毫髮無損，這難道不是陰謀嗎？」
蔡元培之前還想辯駁，可陶成章越說越快，越說越肯定，他不得不被他帶入這個猜測的陰謀之中，細想這竟成卻有可疑之處，最早說不要排滿，後面又說要愛國，再後來只是帶著學生去東北打仗，說是鍛煉軍隊，充實力量，等日俄戰完，本是該舉事暴動的時候，又說舉事要花幾年時間準備，同時花巨資辦教育，並且派留學生出國，而且這些學生並不宣揚革命思想，只是要求他們熱愛科學……
楊銳的所作所為在蔡元培心中都過了一遍，還真的沒有找到楊銳排滿的證據，其雖然對海外留學之事說的頭頭是道，但對桑梓卻所言不多，甚至回國多年也不回家祭掃祖墳，這……
蔡元培眉頭擰緊的時候，他忽然想到前明宗室一事，由此笑了起來，道：「竟成絕不會是滿人親貴，若是的話，那那什麼前明遺詔是不會拿出來的。」
「可那只是遺詔而已，這又能證明什麼，屆時把革命黨聚在一處，好讓滿清一網打盡。孑民兄，這個人來歷不明啊。」陶成章受同盟會諸人宣傳毒害甚深，加上上午秋瑾又告訴他同盟會槍手一事，更不知道會中詳情，所以深以楊銳的身份為懼。
「煥卿，我、枚叔、還有憲鬯、自勛、小徐幾人都在看著，難道眼睛是瞎的？你就不要聽同盟會的人造謠了。竟成必是我漢人，絕不是滿人親貴。」蔡元培從陰謀轉了出來，頓覺得心裡無比的輕鬆，不過剛才他背上可是出了一陣冷汗，要訓斥陶成章之事都忘記了。
見蔡元培說的肯定，陶成章不好再深究這件事情，其實也是感覺這事情真的太大了，一個不好革命就要毀於一旦。「孑民兄，即便如此，那不早日舉事也只會讓光緒坐穩皇位，我從北京一路行來，沒聽到有誰說光緒不好的，只說有他在，我中國必定可以富強。這不舉事行嗎？」
「可我們還沒有準備好，還要再等幾年。」蔡元培也覺得應該舉事的，但會中卻不同意。
「不等再等了！再等民心都在光緒那一邊。」
「……」蔡元培搖頭。屋子裡頓時安靜下來。
兩人都相對無言的時候，忽然門外有學生敲門，蔡元培應了一聲，進來的是他的助理，本一臉焦急，他見到一個陌生人在側，想說話又吞了回去。「到裡面來吧。」蔡元培看他的樣子便把人領進了裡間。陶成章知道他要談的機密之事，也就安心在外面等候，卻不想一個聲音從裡面透了出來：「什麼？兵變？！」
一聽「兵變」的兩字陶成章就站了起來，想到門前再去聽聽說些什麼，卻不向房門哐的一聲打開了，他想偷聽之舉被蔡元培抓了個正著，可蔡元培一臉焦躁，已經沒功夫看他是不是偷聽還是在干其他什麼，他現在只想去萬安里，這舉事怕是要提前開始了。
蔡元培把陶成章扔在寫字間到萬安里的時候，在滬上的其他三人都已經聚了過來，他一進會議室就問道：「怎麼回事，北洋真的造反了嗎？」
其他諸人都是搖頭，王季同道：「還不清楚，直隸那邊只說北洋第三鎮、第四鎮兵變，還有北京南苑的第六鎮亦是兵變。」已經是六月的天氣，本就是熱，再加上形勢危急，王季同滿頭是汗。
「啊！」蔡元培倒抽一口涼氣。「這……這袁世凱就是要造反嗎！」
旁邊章太炎也道：「看來我們不能不動啊！」
楊銳看著他們的反應，沒有說話，只是一臉持重。其實慈禧大殮一結束，光緒便開始大刀闊斧的處理重要事情了，除了改官制、削總督外，最要緊的就是處理袁世凱。此三事他的態度都極為強硬，改官制使得很多失勢的老臣、親貴都到他跟前哭訴，但他全部不理，一心只想把這官制給改成，削總督麻煩些，但現在各地總督都還沒有反彈；而袁世凱之事，他本想一道聖旨殺了了事，但這事情太大，洋人也施加了不少壓力，所以他不得不要把事情放到朝堂上議一議。
軍機處奕劻不說，徐世昌也是袁世凱的嫡系，加上本不想立憲改官制的清流一系的鹿傳霖、瞿鴻機、林紹年一共是五人，對陣載澤這邊的榮慶、鐵良、世續三人，完全是壓倒性優勢，不過鹿傳霖、瞿鴻機等人和鐵良等人意見有些相同有些不同，鐵良是想殺了袁世凱，然後把北洋六鎮的兵權收歸己有，而清流們的意見則是罷免袁世凱，然後派前段時間被慶袁算計，已經進京面聖的岑春煊為北洋大臣。
他們這樣的想法鐵良等人自然不同意，想當初可是鐵良在保駕的時候第一個說要誅殺袁世凱的，現在清流們推了岑春煊出來劫胡，哪有這門子道理，御前會議頓時吵得一塌糊塗。不過最後這事情還是分成兩件事來議，一為殺袁不殺袁，二為北洋的統制權歸誰。前一件事情，清流們沒有意見，罷免和誅殺都對他們無所損失，而奕劻和徐世昌則萬萬不能同意，可光緒殺袁本是立威之舉，他性子本一面怯弱，一面激進，現在慈禧已死，那怯弱一面就消失得無影無蹤；再說慶袁在朝堂和地方上實力都是極大，袁世凱勢力主要在北洋新軍，可奕劻這邊實力則遍布各省，並且他又是親王，妄殺不得，既如此，那就只能殺袁駭慶了。
光緒誅殺主意已定，不過聖旨上的所說只是革職拿辦，殺字辦點也沒有提，恐怕這也是為了不得罪洋人之舉，可他誅袁之心，人人皆曉。慶王奕劻見此請罷軍機，徐世昌也請辭官，光緒當庭就准了。不過這聖旨還在紫禁城的時候，就聞得北洋兵變。
歷史上本有一次兵變，也是在攝政王載灃等人要誅殺袁世凱的時候發生的，不過那只是段祺瑞知恩圖報、以假亂真之舉，可這一次卻是袁世凱有意發動，其目的也如歷史上一樣，只是為了保命而已。第六鎮的事情完全是慫恿士兵才亂起來的，軍中謠言說袁大人一去，第六鎮不但要解散，還要清查亂黨，以儆