在16世紀前半葉歐洲宗教改革運動中，除馬丁·路德外，最負盛名、最有影響力的還有加爾文的宗教改革。
在宗教改革發軔之初，幾乎每位倡導改革者都是神職人員，而且都是德國人，而加爾文卻不是神職人員，也不是德國人。加爾文（1509—1564年）生於法國北部努瓦榮，1523年到巴黎就學；後赴奧爾良大學學習法律，深受人文主義思潮影響。1531年回到巴黎，專攻神學，約1534年成為新教徒，參加巴黎的宗教改革運動。當他開始認真過基督信仰的生活時，便產生了改革教會的念頭。此時，法國政府對新教徒實施迫害，於是加爾文逃往瑞土，並發表其主要神學著作《基督教原理》。該書對新教教義作了系統的闡述，是一部影響很大的新教百科全書。
1536年，加爾文來到了瑞士宗教改革的中心日內瓦。當時的日內瓦宗教改革運動如火如荼地進行：廢除彌撒、拜聖像、售贖罪券；改進禮拜儀式，改進教會組織，然而當地天主教的勢力依然強大，封建貴族們當時不甘心放棄手中的神權，新舊兩教進行答辯是司空見慣的事。新教的另一個教派再洗禮派力量比較強大，主張也比加爾文教激進得多。他們不斷組織平民起事，破壞天主教堂，拆毀修道院，這一切過激的行動嚇壞了當局，為了不鬧出大亂子，當局先是禁止辯論會的召開，接著開始迫害再洗禮派，平民運動遭到了嚴酷的鎮壓。「城門失火，殃及池魚」，加爾文教派也受到了不同程度的迫害。加爾文不得不再一次惶惶而逃。
後來宗教改革派在日內瓦掌握了大權，並於1541年向加爾文發出了正式邀請。此後，加爾文就在瑞士開展他的事業，直到去世。
原則上，加爾文的宗教思想和馬丁·路德非常接近，如強調聖經是基督教信仰的唯一根據和權威；主張因信稱義等。但加爾文的教義更系統化，在信仰生活上，路德最強調信德的作用，加爾文則把聖經和信德等量齊觀。加爾文還主張「先定論」，認為人的得救與否，貧窮與富貴，早已由上帝事先決定，與本人努力無關；上帝的選民註定能得救，上帝的棄民則一定要遭殃。這種宿命論反映了資本原始積累時期資產階級的意識形態，鼓舞了在商戰中發財的資產階級的進取精神。
加爾文對教會的外在組織要求也非常明確嚴格，這和路德的看法正好大相徑庭。加爾文以為：人需要外在的幫助來肯定自己的信仰，這個外在的幫助便是教會。加爾文固然也相信教會有它無形不可見的特徵，但他一開始便強調有形可見的教會。這個有形可見的教會就是地方教會團體。
加爾文在瑞士日內瓦領導宗教改革和市政工作。他廢除主教制，代之以共和式的長老制；簡化宗教儀式；鼓勵經商致富，宣稱做官執政，蓄有私產，借貸取利，同擔任教士職務一樣，均可視為受命於上帝。他反對教階制，主張民主選舉教職人員，建立民主的廉儉教會，適應了新興資產階級激進派的要求。根據加爾文的改革方案，在日內瓦建立了一個政教聯合的政權。
另外，基於加爾文的建議，日內瓦成立由加爾文宗長老、議員和官員組成的宗教法庭，密切監視人們的思想和行動。加爾文是宗教法庭的實際負責人。凡聽講道遲到、念玫瑰經、拜偶像、望彌撒、唱歌跳舞、酗酒吵架和褻瀆上帝者，法庭可警告、罰款、監禁，甚至燒死。加爾文容不得不同觀點的存在，許多人因批評他的主張而遭迫害。發現人體血液小循環的西班牙著名醫生塞爾維特也是一位新教信奉者，他曾撰寫《論三位一體學說的謬誤》，專批天主教的三位一體論，又寫了《再論基督教原理》，駁斥加爾文的先定論，並提出要和加爾文辯論。結果，這位醫生被加爾文以異端罪名處以火刑，同時被處死的有50多人。
在加爾文的領導下，日內瓦成為政教合一的神權共和國和宗教改革的中心，加爾文宗傳播到歐洲各國。因此，有人稱加爾文是新教的教皇，日內瓦是新教的羅馬。1564年5月27日加爾文死於日內瓦，有《加爾文全集》52卷傳世。