崇禎十年二月二十六日，從朝鮮撤軍的建虜大軍，分水陸兩路夾攻薛家軍控制的旅順，建虜加上朝鮮軍總兵力達到十二萬多人馬，而駐紮旅順的薛家軍水陸人馬只有兩萬左右，雙方兵力的差距達到六倍以上。
戰鬥是從二月二十六日下午展開的，朝鮮水軍的五十艘戰艦，作為進攻薛家軍的前鋒，率先向薛家軍北海艦隊發動了進攻，陶要富、文老二分別乘坐「泰山號」「旅順」三桅戰艦指揮戰鬥，第一輪炮擊朝鮮水軍的五十艘戰艦就八沉十二傷，損失水師官兵三千人，朝鮮水軍在清軍的同意下退出了戰鬥。
薛家軍海軍和朝鮮水軍的交鋒，使得陸要金非常生氣，這朝鮮人就是賤骨頭，是人牽起不走鬼牽起飛跑的傢伙，薛家軍對朝鮮實在是太善良了，這次跟建虜大戰之後，請示主母好好教訓一下朝鮮君臣。
真正的大戰是從二月二十七日開始的，清軍以水軍佯攻牽製為輔，陸上清軍和朝鮮軍進攻為主，對旅順城和旅順港同時發起進攻，近兩萬朝鮮軍率先進攻，在旅順城下成了消耗薛家軍手雷、彈藥的犧牲品。
經過一個時辰的交鋒，朝鮮軍付出了一半士兵的傷亡後，清軍的蒙古、漢軍投入了戰鬥，薛家軍陸要金、左明、游參將分別把守旅順城東南北面，西面主要是薛家軍北海艦隊負責，戰鬥至下午申時，清軍傷亡近萬人，面對薛家軍用之不竭的手雷、炸藥包、火槍，最後皇太極沒有讓備戰多時女真牛錄攻城，提前結束了對旅順城的進攻。
二十七日這一天，清軍損失了一萬八千人，除了進攻旅順城陣亡五千人外，從海路進攻的清軍損失了一百多艘小船，陣亡三千多士兵，這一百多艘小船大半是被薛家軍的燃燒彈燒毀的，加上朝鮮軍陣亡的三千士兵，清軍第一天光陣亡人數就已經上萬。
不過薛家軍的損失也不小，防守旅順城的陸軍，傷亡達到兩千多人，其中陣亡將士約八百人，北海艦隊損失戰艦五艘，一千海軍士兵傷亡，有三百海軍士兵犧牲，而薛家軍最大的隱患是，為了沉重打擊建虜的鬥志，第一天就消耗了百分之二十的手雷、炸藥包和子彈。
二十八、二十九兩天，清軍繼續向薛家軍進攻，不過攻擊力度明顯放緩，看樣子清軍放棄了一舉拿下旅順城的想法，跟薛家軍打起了消耗戰，不過兩天戰鬥下來，清軍每天還是賠上上千的士兵，從三月份開始，清軍停止了對薛家軍的進攻。
直到三月初十日，清軍開始在旅順城外修築土台，陸要金知道真正的大戰就要來臨了，果然在三月十五日這天，清軍從北面來了一支隊伍，引起清軍大營陣陣歡呼，當第二天清軍往土台上架炮時，薛家軍才明白昨天到來的是清軍的炮兵部隊。
清軍炮兵部隊就是由孔有德、耿仲明、尚可喜等懂得火器的明軍叛軍組成，孔有德、耿仲明、尚可喜是得到皇太極的手諭，第二天三月初一日就帶著一萬多漢軍三十八門紅衣大炮，從盛京直奔旅順而來，一路上換孔有德、耿仲明、尚可喜馬換人就是不停車，連更連夜走了十五天才趕到了旅順城下。
陸要金在清軍壘土台時，就知道清軍很可能是要架炮，可是旅順城的火炮夠不著清軍的土台，看到清軍壘起近百個土台的雛形，陸要金知道情況不好，連夜跟海軍都督陶要富商量，趁夜從「泰山號」「旅順」三桅戰艦上運下十門大佛朗機炮。
十六日這一天，面對清軍在土台上架炮，薛家軍又在大白天往城牆上運大佛朗機炮，薛家軍動用八千人，花了整整一天的時間，終於把十門大佛朗機炮運到了城牆上的炮位，陸要金沒有耽擱，立刻下令十門大佛朗機炮向城外的土台開炮。
從海軍調來的炮手，熱武器的技術果然高超，第一門大佛朗機炮僅僅試射了兩炮後，第三炮就炸毀了一座清軍的土台，土台上正在架炮的幾十個清軍，連同還沒有架好的紅衣大炮，一起被掀下了土台，土台下清軍是一遍傷亡狼藉。
在隨後的半個時辰里，薛家軍轟掉了十幾個土台，清軍死傷數百人，還報銷了好幾門紅衣大炮，孔有德、耿仲明、尚可喜率領的清軍炮兵受不了了，紛紛逃出了薛家軍火炮的射程，直到天黑薛家軍炮兵炸塌了三十多個土炮台。
第二天天剛剛亮，薛家軍炮兵借著黎明的陽光，就開始炮擊清軍有紅衣大炮的土炮台，還沒有來得及攻擊旅順城的清軍炮台，被薛家軍炮兵的炮火一一摧毀，開玩笑，在海里打活目標都沒有問題，何況陸地上一動不動的土炮台。
皇太極辛辛苦苦經營了好幾年的炮兵，拉出來還沒有打第一仗，就被薛家軍的火炮揍得落花流水，說到底還是大清國仿造的紅衣大炮射程不足，不能對抗薛家軍正宗的佛郎機大炮，等了十幾天的大清炮兵排不上多大的用場。
皇太極以火炮對火炮的策略失敗後，只好對旅順城採取長期圍困，不過這個計畫並沒有執行多久，四月十三日，薛家軍海軍第一第三艦隊抵達旅順港外海，在北海艦隊的配合下，殲滅了滿清水師大小戰船三百餘艘，建虜皇太極對旅順薛家軍的包圍計畫徹底失敗了。
薛家軍從台灣一次給旅順方面補充了一萬士兵，其中還有兩千火槍兵，這使得旅順薛家軍的實力倍增，旅順薛家軍可是頻頻主動出擊，不斷消滅清軍的有生力量，道三月底清軍傷亡了八千多人。
被病魔纏身的皇太極徹底放棄了消滅旅順薛家軍的想法，於崇禎十年五月初三日，放火燒毀水軍戰艦六百多多，率領滿漢蒙十萬大軍北返盛京，薛家軍和清軍旅順之戰結束，朝鮮軍急忙退回鴨綠江東岸，盤踞義州一帶與薛家軍隔江對持。
崇禎十年六月初二日，薛家軍第一第三艦隊抵達仁川港，譴責朝鮮國助紂為虐進攻旅順薛家軍，要求朝鮮大王李倧斷絕跟建虜的關係，派使者去杭州納貢認罪哪知道朝鮮國做出鴕鳥模樣，拒不理會薛家軍海軍的通牒，薛家軍第一第三艦隊在仁川港等候三天沒有得到任何答覆。
怒急之下的劉奔下令火焚仁川港，仁川港的三千多條艦船被付之一炬，大火燒了三天三夜才熄滅，這次的大火使得朝鮮國最後的一點水上力量損失怡盡，在之後的幾年時間裡，朝鮮國基本上失去了對朝鮮海域的控制，成了地地道道的陸上國家。
台灣內府王總管（薛庄王秀才），建議燕三娘讓朝鮮光海君李琿複位，再不濟也要把朝鮮割裂成兩個國家，這個想法遭到台灣長史楚翊反對，長史楚翊認為朝鮮是邊角之爭，只要中原大局一定，朝鮮只要一紙詔書就可以擺平。
燕三娘也覺得大明的事情更棘手，無暇支持光海君李琿出兵朝鮮，讓杭州海商調整方向，加強安南、日本這些新興地區的貿易，這讓杭州海商的利潤大受影響，不過海上貿易就是這樣，只有賺進腰包里的錢才是自己的錢。
崇禎九年清軍入關，連破京畿十餘城，崇禎皇帝朱由檢急調盧象升率軍馳援，中原農民軍的壓力減輕。苦苦支撐的張獻忠乘機復起，聯合羅汝才等部二十餘萬人，沿江東進，分散活動於蘄州、霍山一帶，加上薛家軍冒名的「聞香教」「奉天正義大將軍」所部，整個湖北、河南、安徽民變軍又活躍起來。
崇禎十年四月，崇禎皇帝任命熊文燦為五省總理，並增派京營禁軍助戰，用兵部尚書內閣大學士楊嗣昌的「四正」、「六隅」、「十面張網」圍剿戰略，張獻忠的隊伍遭受了巨大的困難。張獻忠在進襲南陽的戰鬥中被左良玉部擊敗，本人也受了傷，幸被義子孫可望力救脫險，遂帶部隊退居谷城，為了保存實力，張獻忠在谷城向五省總理熊文燦。
張獻忠重金收買了熊文燦和他身邊的人，受招撫後張獻忠沒有接受改編和調遣，不接受官銜，保持了獨立性。他把四萬人的部隊分布在總部谷城的四郊，分四營，各設一員大將率領。在休整期間，集草屯糧，打造軍器，招兵買馬，訓練士卒，等待時機準備東山再起。
劉國能、張天琳、羅汝才等農民軍首領先後受撫，使得名不見經傳的王長老所部成了湖北、陝西官軍重點照顧的對象，湖北鄖陽官軍北上，陝西西安官軍南下，在商洛山大敗王長老的明教教軍，楊護法在向北突圍時陣亡。
王長老部兩萬多軍民剩下不足萬人，照顧商洛山根據地被摧毀，北去米脂高家軍寨以無可能，王長老率部強渡黃河，進入河南府，擺脫了湖北、陝西官軍，卻被左良玉部迎頭痛擊，八千人馬只剩下不到三千人，老營的輜重婦孺丟了個乾乾淨淨。
王長老以郎鐵柱為先鋒，一路流動作戰奔向北直隸，準備去那裡尋找明教的力量，哪知道在開封府連遭官軍堵截，隊伍減員非常嚴重，崇禎十年八月逃至北直隸大名府邊境時，王長老所部已不足一千人。
這時先鋒郎鐵柱聯繫上了薛五部，北直隸經過三次清軍入寇，地方勢力已經變得面目全非，特別是聞香教在北直隸起事後，北直隸的教派和地方武裝勢力，遭到空前慘烈的鎮壓，在這種情況下，再要找明教大股勢力是非常困難的，薛五得知是昔日南皮三塊石相遇的王長老，力邀王長老留在河南彰德府，經過數千里轉戰幾乎崩潰