薛素素本無心出家，削髮為尼不過嚴重姿態，薛家軍台灣主要將領官員請在皇宮見尼庵，薛素素自然是從善如流，並遵照長史楚翊建議，先暫住在御花園西側的臨海庭院里，與先期入住的如夢、若憐、雪兒、雲曦隔院為鄰，薛素素手段高明，不久就跟如夢、若憐、雪兒、雲曦四女親如姐妹，並跟薛雲的異國情侶荷蘭女王麗姬頻繁往來。
回到台灣的薛破虜立刻加緊了對呂宋的援助，使得逐漸走人低潮的反抗西班牙人的鬥爭，又掀起了一波高潮，崇禎八年年底，呂宋國王卡可他兵力擴大到盡十萬人，是呂宋幾十支武裝力量這最強的，使得西班牙人只能被動防守待援。
勸阻的鄭芝龍趁著薛家軍海軍遠征安南黎朝，控制了福建、廣東沿海海路，開始收取各國商船舶靠費用，儼然稱為閩南的領主與海上霸主自居，並對繳保護費給自己的商船給予鄭家的令旗；如不繳費而想經過芝龍海域的，恐怕難逃被劫的命運，僅崇禎七年至八年一年多，鄭芝龍歲入千萬計，以此富可敵國，自築城安平鎮。
鄭芝龍勢力發展很快，到崇禎八年時高達二十萬人的軍力，擁有超過三千艘大、小船的船隊，不過這些成就是建立在吞併自家兄弟十八芝換來的，昔日海上兄弟李魁奇、楊六、楊七、鍾斌已經被鄭芝龍消滅了。（李魁奇幹掉了楊天生、陳衷紀）
剩下的十八芝鄭之虎、鄭芝豹、鄭芝莞、鄭芝鳳、施大瑄、李國助、洪旭、甘輝都是心腹，何斌、郭懷一也雌伏在鄭芝龍的淫威之下，只有劉香還有跟鄭芝龍一爭高低的勇氣，可惜劉香跟鄭芝龍不是一個級別的對手，覆滅只是遲早的問題。
沒有了歷史上荷蘭東印度公司、西班牙人、葡萄牙人的介入，處於劣勢的劉香病急亂投醫，找上了台灣的薛家軍，從崇禎七年劉香就一直跟薛家軍長史楚翊聯繫，可惜薛家軍海軍遠在安南，而楚翊對鄭芝龍和劉香兩股海上勢力抱著坐山觀虎鬥的態度，後來杭州燕三娘來信明確表示支持劉香，楚翊開始向劉香提供低價的彈藥物資。
薛破虜一回台灣就接見了劉香的使者，表示必要的時候薛家軍海軍願意幫助劉香打敗鄭芝龍，不過條件是劉香將來在福建、廣東沿海的海上收益一半歸薛家軍，而薛家軍的商船在福建、廣東貿易劉香不得徵收任何費用。
薛破虜這個決定楚翊很不理解，在楚翊看來鄭芝龍只是強大一點，在對待薛家軍保護商船的態度上，劉香做得比鄭芝龍更過分，不必當年的楊六、楊七差，實在不明白薛破虜為什麼會替劉香火中取栗。
薛破虜說不贏楚翊這個文人，只好告訴楚翊這是主人薛雲的決定，而且這個決定的核心就是搞垮鄭芝龍，這個決定任何時候都不能改變，薛破虜表示自己當時也不明白，可是主人薛雲的意思是，理解要執行不理解也要執行。
薛雲的神奇之處沉吟是非常敬佩的，既然是薛雲的意思，楚翊自然無條件服從，只是不知道鄭芝龍什麼地方得罪了薛雲，活該鄭芝龍倒霉，不過話說回來，鋤強扶弱合符薛家軍的利益，只是楚翊希望薛家軍坐收漁人之利，而不是自己赤膊上陣。
崇禎八年五月，鄭芝龍以大明水師提督之職，攻打其海盜劉香，劉香八百艘戰艦與鄭芝龍戰於廣東海上，劉香與鄭芝龍大戰半天，損失一成戰船後率領手下海盜往北退去，鄭芝龍率領千餘艘戰艦窮追不捨，在離台灣高雄港兩百海里處大意中伏。
薛家軍海軍五大艦隊和護島戰艦共計八百餘艘參戰，鄭芝龍的艦船數量頓時不佔優勢，而大型的三桅戰艦隻有兩艘，在包圍圈完全是被動挨打，鄭芝龍是又驚又怒，他千思萬想都沒有想到，剛剛從安南返回台灣的薛家軍海軍會傾城而出參戰，鄭芝龍後悔自己的韜晦計策，讓薛家軍騰出手腳來對付自己。
薛家軍仗著數量眾多的三桅戰艦，對鄭芝龍艦隊施以遠程火力打擊，鄭芝龍的戰艦火炮射擊距離普遍不夠，完全是被動挨打的份，僅僅一個多時辰鄭芝龍的戰艦就沉沒了兩百多艘，鄭芝龍咬牙切齒下令突圍。
薛家軍和劉香的戰艦一路追殺，鄭芝龍最後只率領三百艘戰艦逃回泉州，之後陸陸續續逃回去了兩百艘戰艦，其他的一千戰艦不是被薛家軍和劉香的聯軍擊沉就是俘虜了，鄭芝龍還損失了近十萬人馬，弟弟鄭芝虎也被劉香捉住殺掉了。
鄭芝龍失去了大部分海上力量，對朝廷的依賴更加的強了，立刻去福州見右侍郎兼右僉都御史總督兩廣軍務兼巡撫廣東的熊文燦大人，希望利用熊文燦的力量說服朝廷對付仇人薛家軍，哪知道熊文燦正等著鄭芝龍說鄭芝豹擁兵不前一事。
鄭芝龍賭誓發咒自己會催促弟弟鄭芝豹進軍浙江金華剿滅逆賊，熊文燦投桃報李上奏朝廷清洗叛逆薛家軍，可是朝廷現在哪裡還有能力對付薛家軍啊，熊文燦的奏摺到了崇禎皇帝那裡就石沉大海了。
薛家軍和劉香俘獲了鄭芝龍部六百艘戰艦，兩軍平分這六百艘戰艦，薛家軍手裡俘獲的戰艦多達四百多艘，要交給劉香一百多艘戰艦，劉奔、武大海、武洋等將領都不願意交出，薛破虜曉以利害，薛家軍需要劉香這樣的勢力牽制鄭芝龍和福建、廣東的明軍。
劉香得到了薛家軍送來的一百多艘戰艦，不過鄭芝龍那六萬俘虜誰都沒有要，送到海里餵魚蝦了，然後薛家軍和劉香聯合進攻鄭芝龍的泉州海港，把停靠在海港里一千艘多大、小艦船付之一炬，從此之後鄭芝龍只能在福建、廣東海邊活動，昔日的海上霸主風光不在，從崇禎八年六月起，鄭芝龍就在泉州郊外卧病不起了。
至此福建、廣東一帶海上劉香稱雄，不過表面上留下海上遵守跟薛家軍定下的協議，即劉香在福建、廣東沿海的海上收益一半歸薛家軍，而薛家軍的商船在福建、廣東貿易劉香不得徵收任何費用；再就是盤踞在濠鏡澳（澳門）葡萄牙海軍實力不俗。
崇禎七年四月，林丹汗死在了青海的打草灘阿拉他拉，蘇泰大福晉的兒子察哈爾？額爾克孔果爾額哲被立為大汗，仍駐紮在河套地區，可是稚嫩額哲難以服眾，原來跟著林丹汗的部落紛紛散去，最後額哲只剩下一萬人人馬，大汗額哲和母親蘇泰大福晉企圖收回察哈爾部，可是察哈爾大部被娜木鐘控制，額哲和蘇泰大福晉沒有達成目的。
崇禎八年正月，娜木鐘之子薛燭正位察哈爾大汗，號「光明大汗」，娜木鐘身為王太后，蒙古各部競相朝賀，蘇泰大福晉、額哲以自己這方是林丹汗長子，又有蒙古王朝的傳國玉璽，斥責娜木鐘謀權篡位，可是蘇泰大福晉、額哲並無能力討伐娜木鐘。
除了林丹汗的蘇巴海福晉、俄爾哲圖福晉，弟弟粆圖台吉遺失草原之中，斯琴圖福晉、竇土門福晉、兀浪哈大公主、泰松公主、貴英恰（烏雲娜福晉的哥哥）都先後投向娜木鐘，娜木鐘封斯琴圖福晉、竇土門福晉、烏雲娜福晉三人為王太妃，後來都隨娜木鐘侍候薛雲，皆為薛雲的后妃，烏雲娜產下一女封公主。
蘇泰大福晉、額哲眾叛親離，對娜木鐘恨之入骨，暗中勾結建虜皇太極，以傳國玉璽為進身台級，投靠建虜皇太極，崇禎八年六月，皇太極命多爾袞、岳托、豪格領兵一萬女真精銳，偷偷前往鄂爾多斯迎接蘇泰大福晉、額哲，十月底蘇泰大福晉、額哲只帶著三千部族和傳國玉璽，隨多爾袞、岳托、豪格來到了金國盛京，皇太極納蘇泰大福晉為妃，封額哲額爾克孔果爾，安置在鴨綠江西岸靠近朝鮮義州的地方，後封額哲為親王，並將皇女馬喀塔格格嫁給了他。
得到傳國玉璽的皇太極認為天命有歸，積極籌備登基稱帝，代善、阿敏都暗中鄙視，阿濟格、多爾袞、多鐸都覺得時間不成熟，可是岳托、濟爾哈朗、豪格卻極力擁戴，八旗將領個個希圖從龍之功，漢臣李永芳、范家主等頻頻勸進。
大明崇禎九年四月十一日，愛新覺羅？皇太極在盛京稱帝，皇太極改女真族名為滿洲，建國號大清，年號崇德，是年為崇德元年，眾臣上尊號：「寬溫仁聖皇帝，然後是大封功臣，四月二十六日，崇德皇帝皇太極派多羅武英郡王阿濟格為首領等統八旗兵十萬伐明。」
阿濟格兵分三路入喜峰口、獨石口，大明巡關御史王肇坤拒戰兵敗陣亡，明軍退至昌平防守，清兵再侵居庸、昌平北路，京營總兵王朴馳援，傳說擊斬一千一百零四人，俘獲一百四十三人。
八天後建虜三路大軍會於北京延慶縣，連敗明軍七陣，俘獲人畜一萬三千多，七月初三日，北京全城戒嚴，清軍經延慶入居庸關，取昌平，守城總兵巢丕昌投降，明德陵被焚毀，大軍直逼北京西直門下。
崇禎皇帝大驚，急命文武大臣分守都城各門，命兵部尚書張鳳翼總督各鎮援兵，讓太監高起潛為監軍，然而各鎮勤王軍未到，即使有出擊的機會高起潛也不敢一戰，上層官員如此貪生怕死，難怪下面將士畏敵如虎，一遇清軍便望風喪膽退縮不前。
清軍無意攻打京師，依太宗方針，在京城周圍不斷劫掠，消耗明軍實力，七月清軍攻陷昌平後，又相繼攻下良鄉、圍攻順義。明順義知縣上官藎與游擊治國器、都指揮蘇時雨等