自從高桂英率領米脂高家軍勤王，高一功只能退守米脂境內，這使得盤踞府谷的橫天一字王王嘉胤如蛟龍脫困，崇禎二年年底，王嘉胤率部沿東攻入山西，取河曲、浦津縱橫一千五百里，轉戰陝西、陝西兩地，崇禎三年正月初，陝西三邊總督楊鶴招撫了圍攻韓城的王子順、苗美部三四千之眾，至此楊鶴專事招撫一事，神一魁、金翅鵬、過天星、獨頭虎、上天龍等流寇的相繼就撫。
這時駐守高家軍寨的高一功，得知巨賊張獻忠投了新任延綏招撫洪承疇，高一功通報巡撫胡廷宴，請求胡廷宴致函洪承疇擒拿反賊張獻忠，胡廷宴視高家軍為國之長城，自然的滿口答應，立刻發函延綏巡撫洪承疇，讓洪承疇押解張獻忠至西安受審。
洪承疇方收降張獻忠部，將張獻忠、馬元利、白文選編為部曲，張獻忠、馬元利、白文選奉命維謹，深得洪承疇的喜歡，洪承疇還道他們真心誠意投降，不妨援例主撫刻意籠絡，留在身邊恩過於威，使得其他正路官軍私下憤憤不平。
洪承疇得到陝西巡撫胡廷宴要求捉拿張獻忠的信函，親自詢問了張獻忠在陝西這幾年的活動，才得知張獻忠是得罪了米脂高家軍寨，洪承疇對米脂高家軍寨的來歷略知幾分，現在張獻忠直指高家軍寨參將高桂英是大同鎮薛雲的女人，洪承疇想起在杭州受到薛雲另一個女人燕三娘的羞辱，頓時是恨從心中起惡從膽邊生，不光是不交出張獻忠，更是對米脂高家軍寨動了歪念頭。
洪承疇以陝西巡撫胡廷宴的書信示張獻忠表示恩寵，張獻忠也表現得感激涕零，洪承疇大為滿意，拒絕了陝西巡撫胡廷宴捉拿張獻忠的請求，胡廷宴見洪承疇白埋自己的賬，轉而請求陝西三邊總督楊鶴出面說服洪承疇，哪知道楊鶴跟洪承疇聯繫之後，楊鶴反而指責胡廷宴破壞陝西的招撫大計，把胡廷宴狠狠斥責了一通，這樣高一功擒拿張獻忠的想法落空，後來張獻忠、馬元利、白文選復叛洪承疇歸順高迎祥，讓這位延綏巡撫十分難堪，為了遮掩自己的失察，洪承疇更是加緊了對高家軍寨和胡廷宴的報復。
陝西三邊總督楊鶴的主撫，因為不能解決歸順流寇的出路，釋放回鄉的流寇官兵，有三三兩兩聚集在一起，重新結夥造反，想來也是這個道理，這些流寇本來就是因為沒吃沒穿才起事，現在隨便打發兩錢回家，整個陝西都缺吃少穿，回到家鄉還不得餓死，已經習慣了打家劫舍殺人為生的流寇們，只好又重操舊業繼續干造反的買賣。
崇禎三年三月，進入山西橫天一字王王嘉胤，攻襄陵、吉州、太平、曲沃威震山陝，一些就撫的流寇首領蠢蠢欲動，王子順、苗美重新起事，因為事情敗露，苗美被清澗癢生李攀龍誘殺，王子順也被洪承疇搏殺，只是跑了後來成為闖王的李自成，隨著神一魁流寇等接連起事，從此起義烽火燃遍山陝，陝西三邊總督楊鶴專撫計畫徹底失敗了。
督師孫承宗對薛家軍懷柔，並沒有得到薛庄方面的積極響應，反倒是大同薛家軍二月底，在密雲城東殲滅了阿齊格的滿蒙聯軍一起多人，向督師孫承宗報捷，孫承宗迅速向崇禎皇帝上奏，為大同軍官兵請功。
這時的北京城周圍，已經有了包括石柱宣撫使兼總兵秦良玉在內的二十多萬勤王軍，崇禎皇帝對薛家軍的依賴已經大大下降，因此對孫承宗嘉獎大同軍的摺子留中不發，事情拖到三月中旬薛六留書一封給孫承宗，言及巨賊橫天一字王王嘉胤寇亂大同，率領大同軍全師西返大同鎮。
幾乎是大同軍撤軍的同時，作為薛家軍重要人物的倪虹霜和秦哲華雙雙失蹤，百勝堂的門徒也無影無蹤了，得到消息的崇禎皇帝驚怒不已，崇禎皇帝立刻召曹化淳、駱養性見駕，曹化淳、駱養性二人是噤若寒蟬。
崇禎皇帝問及倪虹霜和秦哲華二人，曹化淳、駱養性二人是無言以對，說不出倪虹霜、秦哲華二人是怎麼失蹤的，駱養性只好大包大攬承認疏忽大意，放鬆了對倪虹霜、秦哲華這樣重要人物的監視。
崇禎皇帝嚴厲地說道：「嚴查玩忽職守者，居然有人從皇宮、順天府同時救走人質，一定要查個水落石出，嗯，現在薛府的情況怎樣。」
曹化淳立刻開始表現：「皇上，薛睿、薛傲韌、薛綜、薛劼、薛博五人都在，奴婢已經加強了薛府的監視，再不會讓薛家一人漏網。」
崇禎皇帝心說這薛睿、薛傲韌、薛綜、薛劼、薛博五人就沒有準備走，要是這五人準備走，現在早就走得無影無蹤了，不是曹化淳、駱養性這兩個笨蛋能夠監視得住的，崇禎皇帝隱隱覺得心中不安。
「薛庄方面有什麼動靜。」崇禎皇帝說道。
曹化淳回道：「回皇上，面前還沒有發現薛庄方面的異動，奴婢已經加派了人手監視。」
就在這時有廣渠門守將快報傳來，薛庄方向已經燃起熊熊大火，暫不清楚是薛庄是失火還是有人縱火，崇禎皇帝聽了心裡發涼，壞了，薛家軍已經破釜沉舟跟朝廷決裂了，留在薛府的薛睿、薛傲韌、薛綜、薛劼、薛博五人被拋棄了。
崇禎皇帝久久的坐在龍椅上，曹化淳、駱養性嚇得長氣都不敢出一口，過了好一陣崇禎皇帝才說道：「傳旨，京營總兵王朴相機追剿薛逆。」
王承恩立刻把崇禎皇帝的口諭傳了出去，崇禎皇帝想了想命王承恩帶了一批宮中貢品去薛府探望，曹化淳、駱養性驚疑不定，莫非皇上對薛家是分而治之，哎，這怎的一個亂字了得。
果然薛庄被焚燒的時候，薛家軍三路人馬已經過了武清縣，京營總兵王朴只率領五千人馬追趕，到了保定附近的信安鎮，王朴的人馬終於追上了薛家軍的大隊人馬，憤怒異常的陳小姐整兵以對，王朴見勢不妙立刻後撤，薛家軍大軍一開拔，王朴又如影隨形跟上。
隨後趕來的內閣大學士次輔錢龍錫、兵部尚書喻安性勸說薛家軍北歸，薛家軍已經走到這一步，自然不會再聽錢龍錫、喻安性的巧言令色，而薛雲夫人陳氏當著錢龍錫、喻安性的面，對薛睿、薛傲韌的信一字未看就付之一炬。
由於王朴沒有等到天津方面的明軍夾擊，連錢龍錫、喻安性也畏懼薛家軍的彪悍，跟蹤至滄州北面的興濟，發生了蒙古籍千總查乾巴日率部百餘人投靠薛家軍事件，這讓王朴、連錢龍錫、喻安性等驚魂未定，對京營官軍的忠誠度產生了懷疑，於是收縮隊伍再不敢向薛家軍靠近一步。
薛家軍在滄州大營休整了三天，三月二十三日薛家軍包括蒙古吉喇西、查乾巴日部軍民二萬四千多人繼續南下，由真定府進入大名府，薛家軍在大名府進行了分兵；高桂英、馬鳴、李知州一路、王平兩千精銳加入高家軍，蒙古吉喇西部三千人和查乾巴日部，近八千人走河南彰德府進入山西，然後轉回陝西米脂，而蒙古吉喇西、查乾巴日部最後的出路，由薛雲的另一個夫人哈日珠拉負責安置。
陳小姐、吳慧、梅香、迎春、倪虹霜都在南下杭州的隊伍里，這支隊伍由薛四率領的薛庄軍民、喬國梁所部，以及薛家的各商鋪的僱傭人員和秦哲華百勝堂的殘部，共計一萬一千多人組成，而薛五所部的五千人馬留在了大名府和彰德府的邊境一帶。
在大明京畿沒有佔到多少便宜的皇太極，得知薛家軍全數退出北直隸，於是率領八旗精銳進攻京城，在宣武門與石柱宣撫使兼總兵秦良玉的白桿兵血戰，皇太極的八旗兵損失不小，在大明境內耽擱的時間已久，害怕朝鮮境內的薛家軍和察哈爾林丹汗搞事，終於下決心退出大明境內。
可是皇太極捨不得到手的勝利果實，派八旗兵與降將把守灤州、遷安、永平、遵化四城，已經接替袁崇煥總管山海關各部遼東軍的孫承宗於崇禎三年五月初四日，派總兵馬世龍屯豐潤作預備；總兵朱梅、游擊靳國臣取遷安；參將將王維城等合攻灤州，以牽制遷安之敵南援；中軍何可綱等分雙望各山，牽永平之敵；義軍游劉法，守備劉啟職等三萬人屯灤州之蓮泊為奧援，督師孫承宗率進駐撫寧，主力遼東祖大壽各部參與收復灤州、遷安、永平、遵化四城十二堡，並俘獲建虜知府張養初、都御史馬思恭、兵道賈維鑰、知州楊熠、都督李際標、守備呂及第等多人。
崇禎皇帝得報大喜，對有功將士大加褒獎，並對迷途知返的祖大壽倍加勉勵，只是對祖大壽提出以功勞健美袁崇煥罪責沒有理會，最後對各路勤王兵馬論功行賞時，連薛睿、薛傲韌、薛綜、薛劼、薛博五人都得了實惠，唯獨對正牌的薛家軍不聞不問聽之任之。
這時崇禎皇帝把目光放到了山陝的流寇上面，崇禎皇帝對農民軍降而復叛失去了耐心，開始由專一支持陝西三邊總督楊鶴就撫，逐漸認同了延綏宣府洪承疇的主剿，於是山陝大地開始了又一輪腥風血雨。