半年之後，忍者村裡面，開始出現了不祥的異變，很多忍者都是出去執行任務後，無法歸來，被村子判定為任務失敗列為失蹤人員而處理。
而對於這樣的事情，起初並沒有引起太多人的注意，因為忍者的工作，在高回報的同時，也都伴隨著巨大的危機和風險，而且忍者村的鐵血法則，為了任務的成功，寧可犧牲也決不能失敗，就是在這樣，有著無數的忍者為了任務而被埋葬在了忍者村這黑暗的歷史裡面。
可是，對於後來，失蹤的忍者是越來越多了，忍者村裡面的人是越來越少了，終於，開始引起了村子裡面的人們的議論，而就在這一片議論聲之中，忍者村發生了翻天覆地的劇變。
在全然沒有預兆的情況下，忍者村的時雨長老，挺身而出，發動了叛亂，然後在他以及跟隨他的忍者們的努力下，一夜之間，忍者村發生了叛亂，原村長被殺死，然後，那些支持人體改造實驗的其他長老們，也被捕問罪。
時雨長老把村長以及那些長老們所暗地裡干下的不可告人的秘密，都公之於眾，原來，這些年來，忍者村的忍者們，並不是在任務中犧牲或者失蹤，而是全部成為了這些村子的領導者們慾望的犧牲品。
因為這些年來的失敗，最後在無計可施之下，終於走上了極端的道路，開始不再使用那些體質弱小的孩童們坐改造實驗了，轉而把目標，定位那些已經訓練完畢的，身體能力遠高出常人的忍者們，他們相信肯定能夠經受得住，改造實驗所需要經過的那一段殘酷的過程。而這種事情，可以說是一種瘋狂的賭博行為。
但是可惜結果，他們的下場，同那些輸紅了眼的賭徒一樣，還是一個輸字。
而知道了忍者村變得這樣衰敗原因的廣大民眾們，終於醒悟了過來，開始不得不正視自己，以及這個村子所面臨的將來，他們也清醒的認識到，這所謂的人體改造，根本是一條瘋狂的毫無人道的消亡之路。
於是，時雨長老在所有民眾的擁護下，成為了新一任的忍者村村子，然後，時雨村長他也立志要改變忍者村現在衰敗的局面，以及更正忍者村那黑暗法則，不能夠再讓村子，再繼續走向那一條滅亡之路了。
重視生命的時雨村長，他徹底的改變了忍者村以往那種殘酷到近乎苛刻的訓練方式，對待訓練生，不再苛求訓練強度而訓練出優秀的忍者，而是以讓訓練生有自我保護，自我生存能力為目的的技能掌握性的訓練，並且要求訓練師傅要保證訓練生的生命安全為最優前提條件。
這樣子的改變，所帶來的好處，就是不會再有人犧牲在了這最初的，也同時是死亡率最高的訓練之中，但是有得必有失，這一項重大的改革，所帶來的直接影響，也是可以馬上預見到的，那就是訓練生的訓練水平的嚴重下降。
要是培養不出優秀的忍者來，那樣的話，那麼忍者村的將來又會變得怎麼樣了呢？那樣對於有人前來提供的高額但是又非常危險的委託，這樣子會有人能夠勝任完成嗎？
對於這一點，時雨村長他同樣是堅持著他的理念，那就是太危險的委託都會拒絕，一切都以保護村子裡面的忍者們為首要條件。
但是對於這一點，可是最重要的問題所在，要知道，在這人類生存資源缺稀的東方國度，多的是為錢賣命的人，而人們只是看上了忍者們那高超奇特的技藝，以及那種就算是死也絕對完成任務的名譽，那才肯出大價錢來的進行委託的，是委託選你，而不是你選擇委託。要是失去了這個忍者村從古至今一直傳承下來的名望頭銜，那長久下去，就不會再有人前來進行委託了。
同樣是生存問題，前一代人的錯誤，沒有辦法解決得了，如今這問題擺在了時雨村長的面前，這重擔同樣是壓迫得讓人難以呼吸，就在這樣的困境面前，時雨村子他依然繼續的帶領著新面目的忍者村的人們，繼續在這片黑暗之中，繼續探索前進著。
而影丸小櫻他們，以及服部半藏與時雨牙兩人之間的恩怨情仇的故事，也同樣在這樣的時間裡面繼續進行著，但是這故事，卻同樣是以悲劇而結束。
……
「啊這個，小櫻，快看啊，我今天帶回來的是什麼呀。」二年之後的影丸，現在已經是十一歲的大男孩了，可是，他的個頭卻依然沒見有多少變化提高，瘦小的他依然還是讓人感覺不到什麼男子漢的威嚴之氣勢，還是那樣，整天的粘在小櫻的身邊。
小櫻他比影丸大一歲，十二歲的她，現在已經是經歷過了女孩子發育成長的高峰期，已經是有一份亭亭玉立少女的初顯模樣了，而且小櫻她的心智可遠比她的年齡要成熟得多了。
小櫻她可沒有對影丸他拿來的東西感到大驚小怪的：「嗯？這是什麼啊？黑黑的，長長的，而且嘛，味道聞起來……啊，影丸你幹什麼啊，快把這東西拿開去啊。」小櫻剛才聞了聞，然後很慌張的趕緊跑開了。
影丸：「咦？這個，可是村子裡面捕魚大叔給我的，說是很少見，很好吃的海鮮呢。」
小櫻：「這麼難聞，又黑漆漆的東西，怎麼會是海裡面的東西呢，我才不要它靠近我呢。」
影丸：「捕魚大叔不會騙我才對啊，這是我幫他送禮物給他的妻子，他答謝我才給予我的啊。」
小櫻：「真是的，影丸，我說你呀，總是那麼的老好人，別人拜託什麼你都答應，多點用功學好點忍法，那才是正事才對啊。」
小櫻她身為時雨村長的孫女，她很明白到自己爺爺所承擔的壓力，所以她一直都很刻苦的修行，想要讓自己到時候能夠完成忍者初級測試，能夠當上一名真正的忍者，好替自己的爺爺分擔壓力。
而影丸他天性善良，不喜歡爭鬥，這些年來，通過與同伴們的和諧相處，他變得開朗了很多，不再會是以前那種自閉害怕的樣子了。而現在對於訓練，並沒有以前那麼的殘酷，也不強求訓練生們進行高強度的訓練，所以影丸他覺得這樣的日子，非常的愉快，而且希望能夠一直這樣子下去就好了。
可惜，真的是天不憐人，對於還這樣還在年少成長時期的孩子們，馬上就要面臨重大的艱難抉擇了。
影丸和小櫻兩人還在那裡互相嬉鬧之際，有人慌慌張張的一路跑來，見到兩人，立刻告訴了他們一個讓人驚詫的噩耗：「不好了，大事不好了，時雨村長他，他遇害了！」
「什麼！這不會是真的！爺爺他怎麼會出事啊？」小櫻聽到這個噩耗，差點就暈了過去，半天都沒有能夠定下心來，她絕不願意相信這一事情。
影丸也同樣跟小櫻一樣著急：「請問，這究竟是怎麼一回事啊？這樣的事情，可不能夠開玩笑啊。」
來報之人肯定道：「不，我沒有亂說，這確實是真的，現在村子裡面都變得很亂，長老們也都在緊急商議這一次的事件。」
影丸：「啊，竟然會是這樣……時雨村長，他可是我們村子裡面，忍法最高強的忍者了啊，竟然村長他會被人給殺害了，究竟是什麼人……」影丸突然想到了，在這村子裡面，還有人的忍法，可以跟時雨村長一樣的厲害，而那個人的名字，影丸他因為有著不好的預感而說不出口來。
小櫻她整個人，則還是那樣，無力的半蹲在路邊，眼睛不停的顫動，心智精神極不安穩，而影丸看著小櫻這個樣子，心裡也很難受，可是，他不知道該說什麼來安慰小櫻為好。
影丸於是想辦法再多了解事情的來龍去脈，向那人繼續追問：「那個，兇手是否已經被抓住了呢？」
來報那人對這個問題，沒有立刻回答上來，支支吾吾地說道：「呃，這個，那實在是，有點……」
終於有讓小櫻她精神恢複集中過來的新的目標了，小櫻她突然站了起來，對著那人拚命的大聲的追問道：「究竟是誰，那麼殘忍的，殺死了我的爺爺，為什麼沒有抓住那樣的壞人？兇手現在逃到哪裡去了？」
一連串的問題，來報之人本來就難以開口，現在更是半天都無法回答上來。
「你快點說啊！」小櫻拚命的喊了出來，然後她的眼眶已經有淚水泛出來了。
「兇手是一名……名為服部半藏的本村忍者……」來報之人終於是說了出來。
「啊！這怎麼會！」本來想要通過追問兇手的身份來轉移自己悲傷的情緒，可是沒想到，聽到的這個名字，反而讓小櫻她更感到傷心絕望。沒想到，自己所最尊敬，最愛戴的人，會是殺害自己最愛的爺爺的兇手？一下子身心受到了雙重的打擊，小櫻她徹底的崩潰了，整個人癱坐在了地上，她此刻腦袋裡面一片的空白。
果然，影丸那不好的預感還是成真了，此時影丸在旁邊不斷的安慰小櫻，可是小櫻她都沒有半點回應，小櫻她把自己整個人都封閉了起來，這也或許是小櫻她不想要再聽到任何更大打擊的事情而做出的下意識的自我保護。
看著小櫻她這樣子難過，影丸他也很難受，然後影丸他下定了決心，要把這事情，完完全全的給弄明白，於是問道：「拜託，你能夠告