研究陸軍編製調整的會議加入了海空軍的內容，演變為對國防總體戰略的研討了。
方時俊、商鳳春、薩鎮冰等人參加了後續的會議。
先說空軍。在山東戰役大放異彩的航空兵得到了陸軍的承認，戰爭結束後，陸軍收起了對航空兵的輕視，承認「動於九天之上」的飛機具有極大的威力。在山東戰役期間，航空兵部隊取得了不俗的戰果，估算斃傷日軍在五千人左右，其作用已經相當於一個陸軍師，承擔了極重的戰鬥任務的第16師，從龍口起打到了最後，該師統計確認的戰果為斃傷日軍6400餘人，俘134人。雖然16師的戰果無法跟中央軍區的另一支老部隊第6師相比，但16師的戰果也算顯赫了，竟然跟航空兵差不多，不能不令在戰後獲得晉陞中將軍銜的16師師長高虎子將軍氣餒。
航空兵在山東戰役期間除了執行對敵軍（主要是登陸場、集結地）進行轟炸掃射等戰鬥任務外，還擔負了偵察、通訊及瓦解敵軍的宣傳工作，發揮了獨特的作用。航空兵對己方士氣的鼓舞作用很大，每當飛機出現在戰場上空，都能引發陸軍部隊的歡呼。戰役的後半程，陸軍各師都在爭取航空兵的支援，主要就是考慮到提振士氣。
從建國前就開始的航空事業的巨大投入終於換來了回報。飛機所展現的威力不僅被中日兩國所重視，而且受到了德、英、法等國的研究。他們發現自己對於飛機的運用已經落後於中國了，不約而同地加強了航空兵建設，依照其遠勝中國的工業實力，趕超中國空軍是輕而易舉的事情。
可以這樣說，山東之戰就戰術方面改變了第一次世界大戰的歷史。根據軍情局、外交部及國安總局掌握的情報，日本在戰後高度重視航空兵，在陸軍參謀本部及海軍軍令部都增設了相應了部門，研究、引進最新的航空技術，可以想見，在不遠的將來，日本航空兵將成為中國航空兵的勁敵。
1916年3月上旬召開的國防會議關於空軍的建設編組問題就是在這種情況下展開的。首先由商鳳春空軍上將介紹了已經核實的各國航空兵的發展情況，在歐洲戰場，航空兵的規模已經很可觀了，德法英三國參戰飛機總數超過了1500架，在戰役中發揮了越來越重要的作用。
在進入彙報的主要部分後，商鳳春上將建議國家繼續大力扶持航空業的建設，建立更多的研究所和航校，研製更多的飛機，培養更多的飛行員並擴大空軍現有的編製，「現在的情況已經印證了總統對於航空的預言，我們領先的優勢正在喪失，這取決於我們工業基礎的薄弱。但正因為這樣，我們必須繼續大力發展空軍，至少要在東亞要建立空中優勢才行。」商上將在談到空軍編製時說，「在海軍航空兵司令部組建後，空軍與海航的關係要明確，承擔的任務也要明確。我認為，掩護並支援海軍的任務應歸海航，但其餘的事情就是空軍的了。」商鳳春認為空軍應當建立空軍司令部——航空隊——聯隊——大隊——中隊——小隊的戰鬥編製，每小隊編機4架，每中隊12架，每大隊36架。聯隊則不等，或轄3個大隊，或轄4個大隊，根據任務來調整確定。每個航空隊轄數個聯隊，聯隊分為戰鬥機聯隊、轟炸機聯隊及其他特種任務聯隊。
在空軍設定的編製中，航空聯隊相當於陸軍的軍，航空隊則相當于軍區了。所以，商鳳春為航空隊司令官申請的軍銜為中將，聯隊長為少將。
年輕的共和國空軍在山東戰役中大放異彩，但損失也很大，戰役期間戰損飛機17架，因故障毀損11架、停飛修理23架。戰後經大力補充，飛機總數在1915年底突破了400架，其中四分之一被劃歸了海航，空軍實有作戰飛機不足300架，按照空軍擬定的新編製，編為三個航空聯隊，司令部分駐廣州、瀋陽及濟南。航空隊暫時不設了，因為戰機太少了。目前可以總裝飛機的有西安、上海兩地，如果開足馬力，產量加起來每月可達50架，這是理想化的最高產能了，實際情況因受制於部件的影響，每月能生產40架飛機就不錯了。飛機不似大炮，涉及的東西太多了，除了飛行員之外，還須機場、維修站等地面設施的支持和難以一下子解決的高發的故障率，使得現役軍機約四分之一總處於維修狀態。
中日山東戰爭結束後，兵工總署成立了航空局，統一協調飛機部件及總裝的生產。根據兵工總署的意見，目前的當務之急不是擴建總裝廠，而是充實加強配件廠的產能。計畫將南昌、廣州、西安、上海、洛陽五地打造為航空配件的生產基地，計畫總投資8900萬華元，時間為四年，目標是新建11個廠，改造和擴建17個廠。計畫的後半段將擴建上海及西安的總裝廠。計畫全部完成後，飛機的月產量將突破100架大關。
兵工總署的計畫得到了政務院的批准。今年才是計畫實施的第二年。空軍及海航要求提供新飛機很迫切，但實際情況是，戰爭結束後到現在，實際提供給軍隊的飛機不足250架。原因是在1915年在上海召開的航空建設的專題會議上，龍謙對發展航空提出了一系列新思路，強調研製新飛機的重要性，認為航空是一個嶄新的領域，進步日新月異，搞那麼多技術落後的飛機純屬浪費。當前要抓緊的是研究領域的加強，特別是飛行理論的研究要立足自身，不能依賴仿製。龍謙特彆強調了航空發動機的研究，認為是重中之重。為此，國家加大了人才引進的步伐，主要從美國招聘了大量的機械及航空領域的科學人才，建立了一系列的實驗室和研究所。使得航空研究所的數量達到了七個。並在上海和西安建立了大型的飛行實驗室。使得戰後對航空建設的投入超過了計畫，到1915年底，實際投入的資金已經15800萬元了。兵工總署那份關於航空業基礎建設投資的計畫至少翻了一番。
1915年春的航空建設專題會議上龍謙提出了組建民用航空的建議，起初與會官員認為過於超前了，但經龍謙的解釋，大家明白了民用航空是支撐軍用航空發展的基石。戰爭的時光總是少於和平歲月，不發展民用航空，國家很難一直對軍用航空高投入下去。於是促成了中國民用航空總公司的成立。
進入1916年，中國加入歐戰迫在眉睫。至少在軍內對於加入歐戰的呼聲高起來。戰爭是一個吞金怪獸，吞噬著和平時期積攢的巨額財富，但帶來的好處也是巨大的。日本盤踞冀東的中國駐屯軍被迫撤走了，天津、漢口等地的日租界被收回，對日本的庚子賠款取消，便是實實在在的好處。而且，戰爭帶動了經濟的發展，山東戰役便拉動了全國經濟，開設了更多的工廠，增加了稅收。這真是個奇怪的現象。
迅速收回國家利益還要靠打仗已經是決策層絕大多數人的看法，如果中國擇機加入歐戰並獲得勝利，其收穫將遠超山東之戰。光是關稅自主一條就足以打動人心了。1915年關稅總額高達7500萬元，如果翻上一番，財政憑空多出七八千萬，能辦多少事？這不止是一個面子問題，而是實實在在的好處。另外，無論加入哪一方，理論上不需要再支付庚子尾款了，這也是一大筆錢，特別是對俄國（辛丑條約中俄國比例最大是日本的三倍有餘），無論如何不用再付這筆令人氣惱的款子了。
戰爭當然要花錢，但這次加入歐戰不會在自己國土上進行了。戰費很大程度上將由別國負擔，何況還有戰後的若干好處。所以，在1916年3月召開的最高層軍隊編製研討會上，商鳳春提出的擴編空軍的建議得到了批准。空軍將成立三個航空隊，司令部分設天津、長春及廣州。番號分別是第一至第三航空隊。其中第一、第二各編三個航空聯隊（戰鬥機2，轟炸機1），第三航空隊編兩個（戰鬥及轟炸各1），按照這個編製，空軍將迎來一輪大發展。
這個結果彰示了中國即將投身歐戰的決心。
上海將成為海軍航空兵司令部的所在地，海航的編製問題納入了海軍的一攬子方案中。
相比於空軍的大發展，海軍在建國後特別是山東戰役後的發展的緩慢的。共和國海軍力量就是滿清留下的那點薄弱的老底子，無論是艦艇還是人才，相比東面那個惡鄰都不值一提。建國後成立了海軍總部，委任龍謙的老參謀長方時俊為海軍總司令，開始了對海軍力量的整頓。方時俊根據龍謙的指示，首先請出了嚴復、薩鎮冰等海軍名宿，甚至將滿清貴胄載澤也啟用了。像李准等早已「投靠」蒙山軍的滿清海軍將領更不在話下。方時俊用很長時間調研了海軍的實力，對海軍不同於陸軍的特點有了清晰的認識，認為就國家現有情況，在短時間內大力發展海軍使其能夠與日本相抗衡是不現實的。於是確定了積蓄力量長期發展的方針，計畫用20年的時間打造一支可以匹敵於日本的海上力量。
方時俊以及他組建的海軍班子將日本海軍視為了假想敵。彰示了海軍的勃勃雄心。提出這個戰略性的目標在海軍內部是有爭議的，即使如因建國後日新月異而對海軍發展充滿信心的薩鎮冰副總司令，也認為將日本作為趕超對象有些狂妄了。但方時俊為首的蒙山軍派卻堅持