元宵節後，蔡元培攜家眷自濟南返回了北京。這個春節他是在濟南過的，自1903年赴濟南，六年里，一手創辦的山東師範大學雖不敢說枝繁葉茂，也算鬱鬱蔥蔥了。此次一別，就算是永遠地離開了那所傾注了他無數心血的師範學院，自然有很多好友要珍重惜別。另外，此次回濟南，蔡元培已然與昔日的校長身份迥異，肩負組建教育部而遴選人才，也需要一些時間。
蔡元培在去年（1909年）9月被「缺席」委任為民國的教育總長。但他沒有理會孫文的相召，依舊留在濟南做他的山東師範大學校長，根本不為所動。既是聽了濟南教育界老朋友們的相勸，也因為他看清了摒棄龍謙於外的民國政府在蒙山軍軍事壓力下根本就是一個笑話。他對濟南的幾位地位相當的朋友說，「孫先生太操切了！怎麼能無視廣州的存在呢？如果將總統之位留給廣州，民黨與廣州未必不能融合為一體，但這樣無視廣州的存在，可嘆。」
蔡元培口裡的廣州是代龍謙。其時，龍謙已不在廣州了，率軍拿下了長沙，正與武昌兵變組成的民軍第一師林述慶部對峙與汀泗鎮。
山東大學校長許文夫冷笑數聲，「天下之人，能抵禦權勢的有幾？好不容易熬到東南光復，且不管他強敵環伺，先過一過皇帝的癮嘛。亂鬨哄你方唱罷他登場，到頭來都是笑柄而已。」
山東工業大學校長馬茂宏是留英化學博士，山東工業大學也是濟南三所大學中成立最晚的，馬校長說，「孫先生反清久矣，聞名於世，此番佔據大義的高度，難不成山東兵還要對東南動手不成？」
許文夫放聲大笑，「遠圖（馬茂宏字）太不了解吾國政治之真意了，治亂循環本就是歷史的必然，早在五十年前，湘中大儒王闓運就對曾文正公預言清室必亡，時間不超過五十年。如今已入亂世，亂世之中，誰手裡有兵，誰就是老大。孫文十餘年博得的那點虛名又濟得什麼事？東南不動，或許還顧忌清議，現在東南無視蒙山軍的存在，正好給了他動手的理由！不信你就瞧著，不出十日，湖南之兵必定轉向東南！至於鶴卿兄所言之融合，更是書生之見！如今清廷退位，北洋覆亡，國內就是兩派爭雄，一派有雄兵十數萬，一派徒有虛名而已，如何融合？而且，自古便是天無二日，你們何曾見過中國歷史上有聯合政府？」
蔡元培曉得許文夫因小女之故對龍謙心生芥蒂，但這個秘密在濟南保守的極好，知悉的不過數人而已。馬茂宏就不曉得其中的牽連，所以也不欲多爭辯，只是笑笑而已。
馬茂宏便問蔡元培，「鶴卿兄真不去就任了？以鶴卿兄大才，出任教育總長真是再合適不過！」
「鶴卿的選擇是對的，與其圖那點虛名，不如在濟南實實在在做點實事！」許文夫倒是贊同蔡元培的選擇，「我看東南民黨，不過是釜底游魚而已，何苦趟那趟渾水？」
果然，孫文的民國政府只存在了一個半月就煙消雲散了。據說孫文在日本成立了流亡政府，不斷號召民黨起來反抗龍謙的暴政。但蔡元培相信，龍謙的蒙山軍算是真正站住腳了。在現實情況下，除非出現異國軍隊的大規模進攻，沒有人可以取代蒙山軍所主導的中央政府的成立了。列強會出兵干涉嗎？沒有任何的跡象。
陳超出乎意料地返回了濟南，出任了山東民政長。這位炙手可熱的新朝權貴拜訪了蔡元培，轉交了龍謙邀請蔡氏北上就任教育部長的親筆信函，並詳細口述了龍謙的建國主張，特別是龍謙對中樞機構設置的設想。蔡元培頗為心動。很難想像一個以軍功起家的武夫會如此的深謀遠慮。陳超坦言這些東西是龍謙要他轉告他的，而且，陳越之認為，龍謙的政體設想很多不切實際。恰恰是陳超認為不切實際的東西打動了蔡元培。於是，蔡元培在學期結束後正式辭掉了師範大學這所浸透了他心血的好學校，動身北上了。
蔡元培抵京後，龍謙設家宴款待了他。期間談到了教育部的組建及他對教育工作的基本設想。
龍謙說，教育部在現階段，姑且算作五年吧，主要是抓兩頭，一是普及五年制義務教育，另一頭是整頓、組建五十所大學及專科學校。對於普及五年制義務教育，蔡元培完全贊同，擔心的是這份宏偉的設想可能落空。龍謙的策略是義務教育全歸地方，由各省（含預定成立的北京、上海、濟南及廣州四個直轄市）教育廳負責，經費完全由地方財政負擔，限期三年，在完成全國人口調查的同時，建立全國性的義務教育體系，超過一定比例分適齡兒童如果不能入學接受義務教育，則追究當地政府主要負責人的責任，給予警告、降職、免職的處分。
誰來核查呢？龍謙提了一個問題。那就是地方議會。凡是此類問題的監督者就是地方議會。
如果中央真的認真嚴厲到如此地步，全國性的掃盲運動將取得非常可觀的成績。蔡元培在山東數年，對於各府各縣推行小學教育是做了調查的，其資金耗費並沒有他想像的那樣高，蓋由於地方鄉紳一般對於家鄉建立小學校表示支持，捐款捐物的情況比較普遍，而且，還有私塾等一些教育設施可資利用。
關鍵是師資。龍謙說，這就要雙管齊下了，一方面組建一些中等師範學校培養師資，另一方面則要將社會上的知識分子利用起來，科舉制度下還是培養了一大批知識分子的，為什麼不能用？五年制義務教育的一個主要目的就是掃除文盲嘛。
當蔡元培指出可以參照山東的做法時，龍謙認為山東固然有相對成熟的經驗，但其中的先天不足必須糾正。其一，山東小學校使用的教材不行。囿於當時的情況，使用的都是三字經千字文百家姓一類的童蒙類讀物，現在國家成立了，滿清推翻了，教育部要編纂印製統一的教材，由各省教育廳登記訂購。不要小看教材的作用，它將影響一代乃至數代人的道德修養。孑民先生從事教育多年，但更多的是大學教育，我不敢說您不懂小學教育，但可能存在盲區。教育從娃娃抓起，國家需要什麼樣的青年，教材就編纂什麼樣的內容。教材講什麼？一是愛我們的國家，二是愛自己的父母親人。傳統的東西我不反對繼續使用，但愛國守法的內容必須加進去。愛國要從小教育才行，要讓孩子們知道什麼是祖國，國家跟自己有什麼關係？大一點的孩子就要加入憲法民法方面的內容，從小教育培養公民意識，擺脫奴性，塑造完整的公民人格。其二呢，就是要加入科學內容，比如數學、自然方面的內容，光是識字不行。這方面我們手裡那些童生秀才們怕是有些差距，所以要編撰統一的教材。
蔡元培對此極為讚賞。
蔡元培指出了一個現實的問題，普及義務教育將徹底消除文盲，這件善政的功德無量，怎麼估計都不過分。但是，適齡兒童怎麼確定？比如十六歲的青年，事實上已經在工作養家了，但很多還是文盲，這種情況怎麼辦？
龍謙認為要靈活處理。怎麼靈活處理呢？第一，適齡兒童的年限，建議規定為七歲至十二歲，這是接受教育的最好年紀。超過這個年齡的少年或者青年，願意接受教育的，學校不得將其拒之門外。但由於家庭關係不能進校念書的孩子呢，不做勉強，但可以用夜校一類的機構掃盲，這個由企業或者鄉村解決。
接著談到五十所大學或專科學校的設立和整頓，龍謙談了自己的設想。
「工業化是我們必須走的路子。而且時間急迫，越快越好。但工業化的推進就需要大量的專業人才了，所以要設立大學和專科學校，不只是資金和師資力量的問題，更多的是專業的適用性。現在我就是要搞實用主義，學校和專業的設立必須服從我工業化的需要。當然還要考慮全國的布局，要在中部和西部多設立幾所大學，帶動中部和西部的崛起。
大學以及專科學校與義務教育最大的不同有二，第一是辦學資金來自中央，由中央財政完全負擔。要測算一下需求，規定一個比例，比如將全國財政的4%或者5%拿出來做教育經費，由教育部支配使用。大學的分類要仔細研究，確定名單，比如綜合性的大學，比如比如山東大學，就是綜合性大學，按照我的設想，每個省至少要設一所綜合性大學，可以以省命名，比如山東大學就很好。但目前情況不一定具備條件，可以慢慢來。比如山東工業大學、山東師範大學，就是專門的學校了，這一類學校要注意專業的設置，因為我們要集中力量培養一批國家急需的人才。冶金、化學、機械製造、熱處理、材料科學、電力、採礦、紡織、製藥……凡是國家急需的，都要想法設法開辦專業……教育部可以組織一批人，由您帶隊出國訪問一次，看一看別的國家大學是如何辦的，另外就是要大力招收華僑學者回國，承諾給予特別優厚的待遇。所有大學的選址，校長的聘用，辦學經費諸多問題，都是教育部的職權範圍。說到經費，當初為了儘快將山東的教育搞上去，我定的教師待遇是很高的，現在看來有些不平衡了，這個，請蔡先生統籌考慮，最好制訂全國性的標準，考慮到地區經濟的不平衡性，一個標準貫穿全國是不適宜的，可以分等分級。教育部要加