就在龍謙連日研究軍隊整編的時候，全國軍事局勢再起變化。
10月9日，西南傳來好消息。
第二師出廣西後沒有先定貴州而是先進雲南，是因為就軍事力量而言，雲南強於貴州。另外，受孫文在兩廣武裝反清的影響，雲南的同盟會反清勢力也較強。雲南籍留日學生大批加入了同盟會，比較著名的有楊振鴻、羅佩金、唐繼堯、葉荃等，這些人回國後大批發展同盟會勢力，使得雲南成為政治上傾向孫文的省份之一。西南諸省中，雲南的軍事力量也是比較強的，在1909年初，雲南已成立了新軍第十九鎮，轄三十七、三十八兩協四標，雖然裝備訓練比起北洋六鎮差得多，但畢竟是一直成建制的軍隊了。
龍謙率第五鎮進佔兩廣後，即命情報處加強對雲南的工作。在1908年初即組建了昆明站，開始了對雲南各派力量的調查和滲透。而龍謙平息了新寧之亂，起兵反清後，反覆指示經略西南的第二師要穩紮穩打，先切實控制廣西後再西進雲南。所以，在山東、北方兩軍捷報飛傳，南方軍主力勢如破竹北伐的情勢下，第二師（當時只有一個完整的建制旅）一直停在廣西，一面招降清剿廣西清軍，一面組建訓練第六旅，第一師打下長沙，第二師尚在廣西停步不前。
長沙之戰後，第四旅歸建。藍心治上報了進軍西南的計畫：集中第二師主力自廣西挺進雲南，先不管貴州，第一步解決雲南問題。而第四旅不必折返廣西而是自長沙西進，經湘西叩四川之大門，相機奪取重慶。第四旅的任務不是攻略四川，而是牽制西南，為師主力奪取雲南創造條件。
該計畫經總部反覆研究後批准。但龍謙署名的電報指示藍心治，就軍事而言，第二師主力兩個步兵旅加上師直屬部隊並不戰局絕對的優勢，尤其要考慮第六旅這支剛組建的部隊嚴重缺乏戰爭的考驗，不堪大用，還要考慮周馮事件後對第二師的影響，加上過於遙遠的後勤補給路程，軍事解決雲南的難度是很大的。但云南問題的核心不在於軍事，而在於政治。要善於利用蒙山軍全國範圍內大勝的聲勢，並且將這種聲勢發揮到最大。促使其內部發生有利於我們的變化，要相信，雲南的地方勢力（主要是滿清勢力）及同盟會勢力在全國局勢巨變的情況下是會產生動搖的，要促成這種動搖，以利於軍事上的迅速解決。龍謙特彆強調，不管什麼人，只要願意與蒙山軍合作，一概給予團結，委以重任。
龍謙幾次跟司徒均、曹敏忠等人談起對第二師的擔心。其中就有對藍心治獨領一軍的擔憂。但彼時別無他策了。不過，藍心治在平定西南的過程中打消了龍謙的疑慮，這是他出任西南軍區司令官的主要因素。
跟蒙山軍高層預料的一樣，南方軍奪取長沙後，雲南終於亂了。七十四標統羅佩金、二營管帶劉存厚、一營管帶唐繼堯，七十三標三營管帶李鴻祥，炮十九標管帶劉雲峰等利用蒙山軍的聲勢發動了昆明事變，殺死了十九鎮統制官，奪取了昆明城，雲貴總督等滿清高官乘亂逃走，雲南成立了軍政府，羅佩金為都督，雲南脫離滿清宣告獨立。
按說雲南起義後應當在政治上表態站隊的，支持同盟會還是蒙山軍？必須做出明確的選擇。但奇怪的是雲南軍政府一直沒有這樣做，令蒙山軍總部十分的不解。當時龍謙生病，王之峰自作主張派員攜了偽造龍謙簽名的信函到昆明，轉交都督羅佩金，希望雲南加入蒙山軍陣營。王之峰這樣做是徵求了司徒均意見的，司徒均當時被龍謙的病嚇壞了，覺得這樣做也無所謂，沒什麼後遺症。等情報處特使去了昆明聽了昆明站的介紹，方曉得雲南在獨立後分成了兩派，一派以羅佩金為首，堅決支持孫文的民黨，這不奇怪，本來他們就是同盟會嘛。另一派以唐繼堯、劉存厚為首，卻認為蒙山軍大勢已成，決不能與蒙山軍為敵。兩派誰也說不服誰，越談越僵，漸有火併之勢。
這大概就是雲南雖然獨立，但卻在政治態度上模稜兩可的緣故。
於是，特使找上了劉存厚和唐繼堯，給他們看了偽造龍謙簽名的信函，表示既然羅佩金不識大體，蒙山軍總部一定支持劉、唐二人，希望他們切實控制手裡的軍隊，待蒙山軍第二師逼近昆明時做策應，將來自然跑不了開國元勛的待遇。
劉存厚和唐繼堯自然非常高興。表示一定按照龍大帥的指示辦事。這個時候，封國柱已經取得了汀泗戰役的勝利，武昌指日可下。劉存厚及唐繼堯正想怎麼聯絡蒙山軍呢。現在龍謙的人帶來了他的親筆信，自然讓決定改換陣營的劉、唐等人十分欣喜。
待第二師進入雲南，逼近昆明，唐繼堯和劉存厚設計，以大敵當前，雲南部隊應精誠團結共度時艱為由，邀請羅佩金、劉雲峰等人到唐繼堯家裡商議大局。羅佩金不虞有詐，不聽劉雲峰勸告欣然赴會，被扣。唐繼堯本來是要殺掉羅佩金的，但劉存厚不忍，只是將人給扣了下來。於是忠於唐、劉的部隊猝然發難，包圍羅佩金、李鴻祥的部隊，將其強行繳械。然後派出聯絡官，引導第二師第五旅進入了昆明城。
蒙山軍不戰而平定雲南。整個事件藍心治第二師沒有戰死一人，倒是雲南部隊死了十幾個，李鴻祥在事件中被殺。
這是10月8日的事。消息傳至北京已是次日了。剛妥善解決北洋軍改編的龍謙聞報大喜，立即以蒙山軍總部的名義授予雲南起義部隊第二十二師的番號，任命唐繼堯為第二十二師師長，劉存厚為雲南都督。
這樣憑空又多了一個師。儘管這個師的實力尚不清楚，更不能馬上使用。但第二師主力兵不血刃解決雲南，使得兵力本來捉襟見肘的西南方面立即變得寬裕起來，即使預定投放四川的曹錕第十三師不上去，第二師已有餘力進軍貴州，從南面威脅四川，促其轉變了。
此時，挺進湘西的第四旅沿辰州、永順已至酉陽，一路上倒是打了幾仗，當地的防營怎麼會是正規軍的對手？第四旅目前已經進入川東，在酉陽、石柱間休整，準備向重慶進軍。留守武昌統攬南方戰局的司徒均下令第四旅暫緩前進，他認為雲南問題解決後，貴州已是囊中之物。命令進入昆明的藍心治相機派出不少於一個旅的部隊北進貴州，逼迫四川做出最後的站隊。
現在西南問題只剩了一個四川了。司徒均自武昌連發電報，建議在武昌補充休整的第三旅結束休整，沿長江西進，接應第二師向四川的進軍。
此時各大軍區已經成立，軍區配屬部隊已經明確，但司徒均似乎不等曹錕師南下了，認為依靠原南方軍現有兵力即可解決四川問題了。
在北京的龍謙將司徒均的電報轉給了藍心治。藍心治迅速回電，不同意總參的意見，認為目前第二師主力仍需留駐雲南，其第五旅可以北出貴州，但駐武昌之第三旅在東南問題尚未徹底解決，黎元洪第十四師未曾整編南下兩廣前不可輕動，建議曹錕之十三師立即南下，歸西南軍區直接指揮。即使曹師不能全師出動，至少應在數日內先期開動一個旅，該旅乘火車抵漢口後，立即裝船，逆長江而上，攻擊四川。此為萬全之策。
龍謙同意藍心治的意見。這份電報鞏固了藍心治的地位，龍謙認為其具備一個戰區司令應有的全局觀念。於是龍謙親自擬寫了關於西南戰局的電文，發西南軍區的同時轉總參，強調西南問題應穩步解決，不可存了畢其功於一役的想法。
龍謙再次召見尚未返回衡水大營的曹錕，介紹了西南局勢並轉達了西南軍區司令官藍心治對使用十三師的意見後詢問曹錕，可否在七至十日內完成一個旅的整編並統軍南下？曹錕表示可以。提出了以原第三鎮改編為十三師第三十七旅的意見，建議吳佩孚統領該旅先期北上，以完成總部對四川的軍事計畫。但曹錕提出了對原第三鎮兩個協統的安排要求，龍謙答應了曹錕的要求，答應將二人調回總部侯用，但龍謙強調三十七旅南下曹錕應當親自統率，三十八旅及師部的組建，曹錕可委託蔡鍔實施，具體問題可以電報指示。
曹錕領命後當日便與蔡、吳二人離京返回了衡水。
安頓了西南，龍謙將目光轉向了西北。
再說西北。西北諸省以陝西為第一，西北的中心城市是西安，也是中原進入西北的門戶。早在袁世凱發出歸蒙山軍的通電後，陝西省便通電擁護，但其過程也是一波三折，充滿了戲劇性。
陝西雖為西北政治軍事的中心。但兵力並不強。1906年，陝西巡撫李鴻勛將前任巡撫升允組建的常備軍改編為陝西新軍第二標，他自己又招募青壯千餘人組建了第一標。算是搭起了一個協的架子。次年，即1907年，新任陝西巡撫恩壽奉旨編擴新軍一鎮，他委派道台王毓江主辦其事，但錢糧被姓王的貪污，軍隊也沒有編成。直到龍謙起兵反清，陝西的所謂正規軍也就是兩個裝備訓練均很差的步標，朝廷也沒有授予番號。
陝西軍事力量極差，但會黨及隨後發展勢力的革命黨力量卻原來越強，各級官員對中樞越來越失望。宣統元年（1909年），西安街頭便有民謠，「不用掐，不用算，宣統不過兩年半。」新軍軍官