當務之急還是軍務，不是東南及西南戰局，而是部隊的整編。涉及到直隸境內近三萬北洋軍的存在，龍謙必須先處理此事。
10月7日下午，龍謙在自己所住的海晏堂底樓召集會議，研究軍事整編問題。參加會議的為龍謙在北京的核心班底，武將系統有魯山、寧時俊、石大壽、鄧清華、范德平、鄭雙慶、商鳳春、熊勛、程二虎、蔣存先，文官系統的陳超、方聲遠、洪粵誠，另有情報系統的江雲，軍法系統的曹敏忠及許公持，加上龍謙和歐陽中，共計十八人。
「時間很緊迫，大事很多，但要逐件辦理。」龍謙主持會議，「最要緊的是北洋軍的整編問題，我來了北京，再不辦此事有可能引起北洋諸將的疑心，所以要先研究此事。但不能單獨辦，要綜合考慮，將第一期整編問題一併考慮解決。今天我先說在武昌時與司徒總長商議的方案，大家琢磨一下有沒有不妥之處。」
龍謙喝了口水，從衣兜里摸出上午寫的一張條子，「部隊的整編涉及到政治、軍事體制問題，不單純是增加幾個師番號。考慮到國內的現狀，不可能一下子建立完備的政府機構，採用目前的軍事管制方式是適宜的，也是有效的。因此，決定在完善國防軍總部機構後，著手成立幾個大軍區，代行對地方的管理。在大軍區之下，逐步設立省級軍區，並編入相應的野戰部隊。」
龍謙讓大家消化一下自己所講的內容，「可能大家對軍區設立有所不解，不要緊，馬上你們就明白了。先說總部。我計畫將總部設在北京，因為我預定將首都設在北京了，這個大家先不要外傳。國防軍總部最終分為兩個系統，即軍政系統和軍令系統，前者的機關為國防部，後者的機關為總參謀部、總聯勤部以及兩總部之下的二級部。目前情況下，即政府機構未成立之前，國防部的職責由總政治部代行。也就是暫時以三總部形式管理全軍。總政治部主任，擬由曹敏忠任主任，總政的職責主要是人事、薪餉、監察、宣傳及獎懲，待國防部成立，還要研究國家的戰略問題。總參是軍隊的指揮機構，也是軍隊的大腦，是軍令系統的核心。總參謀長當然是司徒均了，擬以商鳳春、張玉林為副總長，協助司徒均抓好總參的工作。總參要成立和完善作戰、情報、動員、通訊等部門，還要設立兵種部，成立炮兵、工程兵、通信兵等二級司令部，以加強特種兵建設。還要設立航空局，大力研究發展航空事業。總參還要管軍事院校，現在我們手裡有三所，山東是軍官學校，廣州其實是一所士官學校，北洋手裡有一所保定軍校，一共三所。將來要調整、充實、擴建，建軍先建校，這是規律，更是經驗。各個專業軍種都要成立自己的軍校以培養人才。聯勤總部還是老宋，職責就是後勤的一大攤子，不止是被服、糧草，還有醫療系統的完善，還包括武器的採購，以及我們頭上股份的管理。軍事情報局負責全軍的情報工作，江雲還是局長，該局暫由我直接管轄，將來歸總參領導。軍情局脫胎於情報科，目前的業務比較雜，除了軍事情報外，其餘方面的情報也搞，這不行。將來還要成立新的情報機構，分離軍情業務，實現軍事情報的專業化。」
「總部的設置大的方面就是這樣，今後蒙山軍化身為國防軍，承擔著保衛祖國的神聖職責，軍隊建設是一個長久性的課題。我們慢慢來，但大家要適應軍隊轉型為國防軍後帶來的變化，要向正規化、專業化邁一大步。我們與北洋的戰爭，證明我們蒙山軍建軍之路是正確的，我們在裝備、訓練、情報等方面全面超越了北洋，但是跟列強軍隊相比，我們的差距很大，要認清差距，迎頭趕上。千萬不可沾沾自喜，夜郎自大。」
「下面我講一下軍區設立的初步方案。北方軍區：負責東三省及山西、內外蒙地區，擬由魯山為司令官，轄四個師，司令部設在長春，將來要將吉林省的省府遷至長春去，因為長春的地理位置優於吉林。西北軍區：負責陝西、甘肅以及新疆的防務，轄兩個師，擬由封國柱為司令官，司令部設蘭州。西南軍區：負責四川、貴州、雲南及西藏四省的防務，轄兩個師，擬由藍心治為司令官，司令部設成都；東南軍區：負責福建、浙江、江蘇、江西四省防務，轄兩個師，擬由王明遠為司令官，司令部設江寧；南方軍區：負責兩廣、兩湖防務，轄兩個師，擬由胡宗玉為司令官；中央軍區是策應四方的預備軍區，轄區有山東、河南、安徽三省，轄兩個師，擬由葉延冰為司令官，司令部設濟南。首都設衛戍區，負責北京、天津以及直隸的防務，轄兩個師，其中一個師負責天津至山海關的防務，擬由石大壽為司令官。這樣，全軍要編十六個師。我們目前的情況是，南方軍三個師，北方軍三個師，其中含張作霖的二十一師。山東軍兩個師，只有八個師。所以要擴出八個師出來，否則難以應對現實情況。我跟司徒總長在武昌研究的意見是，由南北洋系統的軍隊整編三個師，由我們三個方面軍現有部隊再擴編出五個師出來。整編後的師分甲乙兩種，甲種師轄三旅九團，配足炮兵、工兵等部隊，是我們對外作戰的主力軍，乙種師編兩旅六團，特種兵相應減少一些，為承擔守備任務的部隊。擬以第1、2、3、6、7、9、10共七個師為甲種師，其餘為乙種師。以上方案，請大家討論，包括人事配備，都可以充分發表意見。在座的都是我們蒙山軍的核心骨幹成員，大家要站在國防建設的高度去研究討論，不要過多地將自己擺進去。」
參加會議的人員拚命紀錄龍謙所講的內容。
龍謙接著講，「大家注意到了沒有安排寧時俊的工作，我考慮讓時俊籌建海軍。職務是海軍總司令。上面講的都是陸軍建設，但海軍是必須成立的，哪怕我們手裡沒有一條船，海軍也要上！我們花三十年的時間，在我們這一代人手裡，一定要建設一支足以抗衡世界的大洋海軍。但海軍建設的難度非常大，不止是錢的問題，更主要是人才的積累和培養。海軍司令部成立後跟國防部、總參是什麼關係？我初步的設想是在國防部之下設立陸軍司令部和海軍司令部兩個大司令部，陸軍司令部不另設了，就由國防部長兼任。但海軍司令部要充實起來，業務上接受國防部和總參的領導，因為海軍也要服從全國的國防戰略嘛。但海軍要建立自己的指揮參謀機構和後勤保障系統，聯勤部暫不管海軍。這就是我對於軍隊整編的總體設想，我們一件件定，先說海軍吧，時俊，你來干海軍，如何？」
其實，龍謙已經與寧時俊吹過風了，但此刻寧時俊激動的滿臉通紅，「我願意干海軍！」
「好。這就定了。你們其實不知道，時俊本姓方，寧是他的母姓，時俊的前輩曾是北洋海軍的高級將領，也算家學淵源吧。我們為第一任海軍司令官的產生鼓掌吧。時俊，我覺得你可以恢複本姓了。」
大家熱烈鼓掌。除了龍謙，其他人真不知道寧時俊本姓方，更不知道他的先人曾是北洋水師的將領。洪粵誠、方聲遠立即想到了方伯謙，估計寧時俊是方伯謙後人。方伯謙因臨陣退縮被李鴻章處斬，方氏後人為此改姓也是情理中事。
「哈哈，時俊，想不到咱倆五百年前是一家呢。」方聲遠笑著說。
「第二件就是擴充八個師的方案。大家先討論這個。先說南洋和北洋軍，我計畫北洋編兩個師，南洋新軍殘留部隊及河南混成旅起義部隊編一個師，共計三個師。先說北洋，時俊你先說。」因為北洋軍是敗在山東軍手裡的，龍謙先點了寧時俊的名。
「我基本同意。北洋系統部隊目前有衡水的二、三、四鎮殘部及段祺瑞帶回京的第六鎮殘部以及河南、山西兩個沒有打過仗的混成旅。就兵力而言已不足四萬人，編兩個師比較適宜的。但考慮到穩定局勢，三個師也可以。關鍵是人選及部隊的使用。我倒覺得將其拆散編入其他師更為妥當。」寧時俊道。
「不妥。」方聲遠道，「大帥顯然是考慮到北洋的感受，編四個旅到不同的師和單獨編兩個師對於北洋諸將的感受是不同的，我同意大帥的意見。但兩個師配屬哪個軍區要好好研究，師長的人選也要好好研究，下面的旅團長絕不能搞成北洋清一色。」
「魯山，你說說。」龍謙點魯山發言。
「我同意司令的意見。北方軍區可以接納其中的一個師，方向嘛，用於東北即可！」
「其他人的意見？」
均無意見。
「關於人選，只能產生於北洋。不然就沒意義了。我考慮了兩個人，馮國璋、曹錕。大家考慮下。」龍謙繼續深入。
「我覺得曹錕能力一般。」魯山道。曹錕算是蒙山軍的老對手了，龍謙掌軍的第一仗就是跟曹錕打的。
「可以出任師長的北洋系將領不少，但眼下只有馮、曹、段、李四人為妥。」龍謙緩聲道，「段祺瑞我另有考慮，李純大局觀不如曹錕，如將馮國璋調北方軍區，曹錕調西南或南方軍區，那裡暫時沒大仗打，能力不是大問題，能穩定軍心就好。」龍謙解釋道。
「那也是可以的。」魯山同意了。
「這樣吧，以北洋第四鎮及第二鎮合編