1909年9月17日，滿清朝廷正式發出退位詔書，立時震動天下。
「朕欽奉隆裕皇太后懿旨：前因廣東起事，南北響應，九夏沸騰，生靈塗炭，商輟於途，士露於野。徒以國體一日不決，故民生一日不安。今全國人民多傾向共和，人心所向，天命可知。予何忍因一姓之尊榮，拂兆民之好惡。是用外觀大勢，內審輿情，特將統治權公諸全國，近慰海內厭亂望治之心，遠協古聖天下為公之意。總期人民安堵，海宇乂安，仍合滿漢蒙回藏五族為領土完整之大中國。予與皇帝得以退處寬閑，優遊歲月，長受國民之優禮，親見郅治之告成，豈不懿歟。欽此。」
這封退位詔書的起草，徐世昌本來是要寫入龍謙的——擬由龍謙組建共和政府。但載灃堅決反對，只好作罷。另外，特意提到了「長受國民之優禮」字樣，算是為滿清朝廷爭一爭最後的待遇。
待遇如何，還要未來的當國者確認。人為刀俎，我為魚肉，滿清貴族不過是寄予一點希望而已。比如皇室的費用，比如居住地，隆裕仍想佔據皇宮，至少將頤和園給皇室。但這些要求是不能寫在詔書上的，只能等王士珍向龍謙討要了。不過，徐、段二人證實魯山大軍雖占京師，但未入皇宮並派兵嚴密保護，總算給流落在外的滿清貴族們幾分安慰。
但次日來自東南的一份通電令天下士民再次震驚。
孫文在上海就任中華民國臨時大總統。發自上海的通電聲明，「滿清退位乃順應民意之舉，中華民國臨時政府深表歡迎。為迅速結束內戰，提議全國各黨各派立即派遣代表至上海，商討建國大業。」
孫文通電一出，立即引發了國內各派勢力的劇烈反應。正在武昌因與蒙山軍和談破裂而心憂局勢的宋教仁、譚人鳳至為不滿，這叫什麼事？蒙山軍已定北方，京師已下，南方也佔盡優勢，這時候成立中華民國，龍謙會認？這不是自啟戰端嗎？
譚人鳳直截了當地說，「此乃無謀之舉！龍謙停大兵於湖南不動，又派人來武昌商談，已是先禮後兵。上海之舉，必致無可挽回之後果！」
而停留在直隸境內的北洋諸將則有些幸災樂禍。很想看看蒙山軍將如何應對突發的態勢。孫文此舉不啻是對龍謙最嚴厲的將軍，將蒙山軍逼至了死角。這邊清室剛剛發布了退位詔書，那邊就宣布成立中華民國臨時政府了，蒙山軍豈能善罷甘休？
全國及世界的目光立即全部投向了上海。同時密切關注著長沙的反應，所有人都等著蒙山軍表態，想知道蒙山軍是什麼態度。
蒙山軍總部及山東、北方兩軍一直沉默著。
9月19日，進抵蒲圻、咸寧以南休整待命的南方軍部隊開始北上，這是一個明確無誤的信號，蒙山軍不理會孫文，他們決心武力平定全國了！
果然，9月20日，蒙山軍總部發出通電，不承認中華民國臨時政府及孫文的臨時大總統，這份通電很有些霸道的意味。
「蒙山軍自建軍起，十餘年間卧薪嘗膽，整軍經武，唯以復興中華為最高目標。在此目標之下，我軍願意聯合國內各黨各派，協商成立共和政府，著手制定臨時憲法並組織成立中央政府，以團結我四萬萬同胞，為實現中華民族的偉大復興而努力奮鬥。
自『勘電』發出，蒙山軍南北諸軍迭番血戰，方致清廷退位，結束統治我中華數千年已腐朽沒落之封建政權。我國初現民主共和之曙光，實賴蒙山軍之應用奮戰。武昌舉義成功，實為我南方軍對清軍武力壓迫下的順理成章之舉。為表示我軍團結各派之誠意，我南方軍停止北上，派員聯絡武昌軍政府以協商解決軍事問題，足以表明我軍之誠意。國內某政治派別未與我軍商量，擅自成立旨在竊取蒙山軍奮戰成果之全國性政府，是對我蒙山奮戰犧牲的數萬將士的極大侮辱！對此，蒙山軍數十萬將士至為憤慨！今通電全國，勒令自即日起，取消偽中華民國臨時政府！否則蒙山軍將向東南進軍，實現全國的真正統一。」
蒙山軍的通電再次引發國內輿論的軒然大波。
次日，段祺瑞、馮國璋、曹錕等北洋將領發出了支持蒙山軍協商建國的通電，正式亮明了北洋的態度。
同日，中華民國臨時政府發出通電，對蒙山軍20日通電痛加駁斥，聲明國內有如此局面，是同盟會十數年奮鬥之結果。龍謙竊取革命成果，首鼠兩端，毫無廉恥，不配領導全國。號召全國軍民站在中華民國臨時政府一邊，聲討並抵抗蒙山軍的軍事威脅，「強權永遠不能戰勝公理！孫文堅信，正義必將戰勝邪惡，中華民國萬歲！」這封署名孫文的通電以高呼口號結束。
現在，國內矛盾轉為了蒙山軍與同盟會之間。
話題要從8月10日那次導致同盟會分裂的東京會議說起。會後，陶成章、宋教仁、譚人鳳等紛紛回國，各自選定自己的目標幹起來。而孫文仍滯留於東京，籌劃建立中華革命黨。
1909年對於孫文是極為不利的一年。同盟會策動的武裝起義連續失敗，特別是失去了兩廣這個孫文最寄託希望的根據地，國內的力量喪失殆盡，而山頭滿等一直傾力支持孫文在國內奪取政權的日人也開始失望起來，認為中國局勢漸趨明朗，將來或龍或袁，絕不會姓孫了。相比之下，日本人更願意選擇袁而不是龍，因為龍謙的反日情緒比袁世凱強烈的多，若是顯現越來越強烈的德美色彩的龍謙集團上台，日本的對華政策將困難的多，其在華利或益將受到重大損失。但目前情況下，日本人還不願意徹底站在袁世凱一方驅逐孫文，因為孫文畢竟在國內有著很強的影響力，孫文這張牌還沒有完全褪色，還可以再打一打，還對日本人有用。
日本人的冷淡是一方面，更令孫文惱火的是黨內的反對聲音越來越高，特別是陶成章為代表的光復會勢力和譚、宋為代表的原華興會勢力的分離趨勢越發明顯。8月10日的會議得到了驗證，同盟會事實上分裂了。
孫文當然痛苦。但性格堅毅的他頗有些愈挫愈奮的勁頭，思慮再三，孫文拿出的對策是改組組織，成立中華革命黨。
經他親手修訂的新黨成立宣言中頗有些封建意味的東西，「此次辦法，務在正本清源：一、屏斥官僚，二、淘汰假革命黨，以收完全統一之效，不致如第一次革命時代，異黨入據，以偽亂真。」
為此，孫文新成立的中華革命黨要求黨員入黨時必須按指模，立誓約，願意服從孫文的個人指揮。
孫文還對建國提出了三個時期的理論，及軍政、訓政和憲政三階段。軍政階段是以積極武力掃除一切障礙而奠定民國基礎，訓政階段是以文明法理，督率國民建設地方自治，等到自治完備之後，才創製憲法進入憲政時代。孫文認為，憲法頒布之日，即為革命成功之時。在此之前，都叫做革命期。
孫文明確強調，在憲政未成之前，一切軍國庶政，悉歸本黨負完全責任。他還異想天開地將黨員分為三等，明確他們不同的權利。在革命軍未起義以前入黨的為首義黨員，他們在革命時期都稱為元勛公民，享有一切參政執政之優先權利。革命軍起義後入黨的是協助黨員，在革命期間稱為有功公民，有選舉和被選舉的權利。等革命政府成立後入黨的是普通黨員，稱為先進公民，只享有選舉權了。
對於廣大的非黨員，在所謂的革命期之內，不得有公民資格。
國內局勢如火如荼，孫文則埋頭於東京寓所制定他的革命大綱。終於，上海傳來了光復的消息，陳其美這個死忠竟然一舉成功了。而且，武昌舉義成功，譚宋二人在長江中游竟然也干成了！緊接著，江蘇宣布光復，民主革命意識較強的江蘇巡撫程德全順應民心，促成了江蘇的異幟。這樣，長江下游的富庶地區全部被革命黨所掌控。
這下子孫文坐不住了！他急忙找到忍辱負重一直支持他的黃興，提出回國主持大局的建議。正好，陳其美也派人來了，請他速回上海。
權力欲極強的孫文當即與黃興回國。一到上海，立刻感受到了在日本完全感受不到的火熱氣氛。那是一種天下大變來臨的氣氛，連普通人都感受得到，何況是置身其中的政治家？孫文興奮異常，立即在陳其美的大力支持下接過了最高指揮權。他要做兩件事，一是派黃興赴武昌，組建武昌軍政府，出任軍政府大元帥，控制成分複雜的起義軍，堅決與龍謙的北伐軍打到底，決不能讓其佔領武昌這個重要的工業城市及南北交通樞紐！第二件就是抓緊成立中華民國臨時中央，佔據道義的高度以號令天下！
於是，在9月3日，孫文召集了上海、浙江及江蘇的革命領袖們齊聚上海，研究對當前局勢的應對之策。上海雖是江蘇轄區，但事實已然自成一體，所以，這次會議也叫做三方會議。
在會上，主持會議的孫文提出了自己的綱領，那就是建黨、建軍、建國兩大主張。
孫文說，無數先烈的鮮血早就了今天大好的革命局勢。各省風起雲湧的獨立運動證明了同盟會建立民國，驅除韃虜的主張已深入人心，滿清已經完了，北洋軍也完蛋了，