廣東之亂被迅速平定，清廷再次面臨獎賞第五鎮及龍謙的難局。慈禧在接到軍機處奏報後明確指示要給予獎賞，但在軍機處看來第五鎮平亂也忒容易了些，大兵一路推過去，就是簡單的行軍，只是在靈山打了不大不小的一仗，消滅了作亂的趙聲叛軍，巨寇黃興潛逃不知所終，戰事便結束了。這未免也太輕巧了些，而且結局算不上十分圓滿。而龍謙借趙聲之叛編遣廣東兩個費儘力氣組建的新軍標，更是典型的囂張跋扈行為。
由於鐵良等人的宣傳，軍機處的滿大臣中除了吃人嘴短的奕劻外，都對龍謙有了很深的戒心。世續受了鐵良的影響，在軍機會議上大肆詆毀第五鎮的戰功，抓住龍謙辦理郭人漳及解散廣東新軍諸事的中的跋扈之舉，認為廣州將軍孚琦昏聵軟弱，周馥放縱龍謙，有結黨營私之嫌。第五鎮不僅不予獎賞，應下旨切責，並將龍謙廣東提督及第五鎮統制官撤銷，調其回中樞另行安置。
漢大臣中，已經進入軍機處的張之洞是主張重賞第五鎮的。張之洞不僅辦實業是好手，練兵也不外行，在彰德秋操中鋒芒畢露的湖北新軍第八鎮即是他一手所建。他對那桐、世續等反對重賞第五鎮的軍機們說，可不要小看走路，能走的兵八成能打，但不能走的兵肯定不能打。第五鎮酷暑行軍，進軍神速，部署周詳，即便是跑了一個黃興，也不能掩其功勞。若是亂黨易平，又何必調第五鎮南下？不給獎賞，恐至將士寒心。至於編遣廣東新軍，換做自己，也會這樣做，出了趙聲那樣的大亂子，難道還不應當防範於未然嗎？
丟掉軍權主管外交事務的新晉軍機袁世凱贊同張之洞獎賞第五鎮的意見，他認為龍謙在廣東有功無過，當然應予獎賞。但鑒於其在山東的成績，證明龍謙此人在民政上甚為擅長，建議授予龍謙廣東巡撫之職，委其治理廣東民政之全權。當然，第五鎮統制官和廣東提督當然是不能再兼任了，可擇賢能接替龍謙的軍職。他接著推薦了人選，聞說龍謙手下協統周毅資格老且得軍心，可委其署理第五鎮統制，至於廣東提督嘛，那裡本來就有一個水師提督李准，可由李准代理。
袁世凱稱讚龍謙並建議為其陞官，當然沒懷什麼好意，純屬為自己著想。
但袁世凱的意見得到了那桐的讚賞，認為是老成謀國之言。
跟天高皇帝遠的龍謙相比，老袁的日子不太好過。他有些擔心身體每況愈下的慈禧晏駕之後朝局的走向，如果同樣是病歪歪的光緒收回君上大權，他很可能完蛋了，甚至連性命都保不住。因為他不止一次聽說了光緒因戊戌之變深恨自己。這種痛恨導致了保皇黨和清流們對他的痛恨，更影響了迅速崛起羽翼正在豐滿的年輕一帶權貴們，比如進入軍機處學習行走的光緒胞弟醇親王載灃。所以，這段時間袁世凱的主要精力是做他的本職工作，加強了與外國使節們的來往，特別是英國人，更是他刻意結交的對象。他堅定地認為，在帝國的皇位傳承一事上，列強有著不容忽視的發言權。這一點在庚子年已經被證明過了。而在諸多的列強中，大英帝國的聲音是最雄壯的。英國人的一貫做法就是尋找代言人，比起鋒芒畢露咄咄逼人的載灃鐵良溥偉等人，自己無疑是更為合適的人選。至於軍事工作，既然你們猜疑龍謙，那我就配合好了。其實，袁世凱藉機幹掉龍謙很大程度出於私心，他從一系列的事件中分析，認為第五鎮的戰力絕對不次於他一手練就的北洋精兵，如果在兵力相同的情況下，他的部隊並無戰而勝之的把握。特別是他在獲知第五鎮一舉平定粵西之亂後給契兄徐世昌的一封私信中便坦言第五鎮實乃宇內精銳第一，即便是有北洋第一之稱的第三鎮怕是也難以相比。朝廷那些糊塗蛋現在才意識到龍謙的威脅已經晚了，第五鎮羽翼已豐，將來與我北洋爭雄者，必是龍謙無疑。
現在有了奪其軍權的機會，老袁自然不會放過。
袁世凱還知道，因為王懷慶在山東乾的很糟糕，徹底辜負了鐵良的希望，因此更加加重了鐵良一系少壯派滿洲權貴對於龍謙勢力的擔憂。此時借封賞第五鎮戰功將龍謙來一個明升暗降，是符合鐵良等人的意願的。由此激化龍謙與中樞的關係對自己有百利無一害，正好可以讓朝廷將注意力轉移到山東及遠在廣東的第五鎮身上，說不得還得讓自己來掌管陸軍部呢。
至於提議周毅接替龍謙，則是袁世凱的一個秘密。當初彰德秋操見過此人後安排段香岩籠絡於他，此人貪財，接受了第一筆不大不小的好處。有了開頭就好辦了。後來曹錕密報周毅的內兄就在自己手下，因其內兄與龍謙有殺父之仇，多年來一直耿耿。袁世凱大喜，於是密令段芝貴全權運作此事。除了北洋極少數幾人，無人知道他和龍謙手下大將有著暗地裡的來往。
如果周毅能接掌第五鎮，或許能將這支精銳帶入北洋系也說不定。那是多大的收益？一百萬？便是一千萬也值得。當然袁世凱拿不出一千萬白銀。但如果第五鎮倒向北洋，袁世凱的地位將徹底改變確實不須懷疑的事實。
但張之洞和奕劻都不同意袁世凱的意見。張之洞的理由很簡單，廣東不設巡撫已是成例，現在授龍謙巡撫之職必然疊床架屋，令其生疑。何況此人一直帶兵，不習民政，恐有不妥。奕劻則乾脆說出了為不使第五鎮生亂，龍謙第五鎮統制一職絕不可免掉。
擔心免掉龍謙軍職會使第五鎮出亂子是兩位重臣共同的理由，張之洞說的委婉，奕劻則很直接。張之洞是出於公心，奕劻則出於私利。因為正在上升的滿洲權貴們幾乎一致認為奕劻昏庸貪腐，不遺餘力地抓住一起機會攻擊奕劻。奕劻認為，有龍謙領軍在外，自己的位子反而安全的多。
議到這裡，話題就很沉重了。免掉龍謙會不會出現叛亂？誰也不好說。現成的例子擺在這裡，袁世凱就是。如今老袁雖然被逐出了新軍，但其影響猶在。接管了新軍指揮權的鐵良、良弼都感覺到新軍將佐中還是以老袁的眼色行事。而直接管軍的滿洲老將軍鳳山乾脆說，除了第一鎮外，其餘諸鎮根本就指揮不動，除非將段祺瑞、馮國璋、吳鳳嶺、王占元、趙國賢、段芝貴、李純、曹錕、陳光遠等一幫大將全部趕走，否則北洋四鎮還是老袁說了算。
段、馮、吳、趙、王等都是北洋軍骨幹，怎麼能一下子全部免掉？那不是開玩笑嗎？現實就殘酷地擺在面前，軍機處不得不正視這個現實了。所以，袁世凱的意見被擱置，不再計議就此免掉龍謙軍權，但也不給龍謙陞官了，既然太后要賞，那就給點銀子好了。
於是，軍機處拿出了呈報慈禧的意見：授龍謙三等伯，賞銀2000兩；獎賞第五鎮官兵有功官佐白銀兩萬兩。
上奏慈禧，慈禧基本表示同意，但說上次給龍謙個人萬兩銀子，這次卻降至兩千兩，不妥，還是按湘贛成例辦吧。慈禧雖然身體不好了，但腦子還是很清楚，要軍機處下旨切責廣州將軍孚琦。當然是因為其工作不力，若是廣東軍力足以平定亂黨，何必調第五鎮南下？同時，慈禧對面奏的奕劻及張之洞說，第五鎮是不是要調出來？調到哪裡為好，要軍機處妥為籌議。
奕劻感到老太后已經對龍謙生疑了。上次她還關注對龍謙個人的封賞，這次卻比較冷淡。從一等子到三等伯其實沒什麼意思，這不是開國之初了，沒有人將不值錢的爵位當回事了，尤其是手握實權的疆臣們。看看吧，老佛爺竟然提出要考慮將第五鎮調出來，這不是一個明確的信號嗎？
其實，慈禧最近的注意力已經從廣東移開了。當她得知靈山一戰擊破了黃興主力後便放了心，不再關注粵西戰事了。對於軍事，慈禧也說不清從什麼時候就對龍謙有了極大的信心。覺著只要有龍謙在前敵指揮，軍事上就萬無一失了。對於鐵良等人的顧慮，慈禧心如明鏡。第五鎮已經是一支不容小視的軍事存在，這顯然不符合朝廷長治久安的利益。但第五鎮賣力清剿亂黨又是不容詆毀的事實，所以，慈禧必須好好想一想如何解決潛在的威脅了。最好的辦法當然是將這支精兵抓在朝廷手裡。歷史上的經驗教訓擺在那裡，晚唐及五代藩鎮割據的教訓，宋代控制軍權致使將不知兵導致亡國的教訓，讓慈禧鬱悶異常。廣東是個要緊的所在，第五鎮留在廣東不過是權宜之計，最好的辦法是將第五鎮調回，將龍謙調至中樞，離開他一手打造的第五鎮，那樣的話，龍謙得以保全，因第五鎮為其一手所建，這支軍隊的忠誠度也提高了，兩面都好。慈禧並不想除掉龍謙，相比袁世凱，慈禧似乎更信任龍謙一些。人才難得，沒有什麼大錯便罷免其官職慈禧是不考慮的，但該給他一個什麼位子呢？慈禧卻沒想好。而且，第五鎮的駐防之地也頗費躊躇，山東是不能回的，到哪裡為好？慈禧還要仔細想一想。
慈禧目前的難題已經不是廣東亂黨舉事了。她遇到了比同盟會更為棘手的問題。那便是自徐錫麟秋瑾案件帶來的影響。幾乎全國的輿論都在譴責朝廷，指責朝廷活剖人心的殘暴，指責朝廷秘密殺害了秋瑾卻推脫被同黨所救。一時間輿論洶洶，聯繫起朝廷立憲步驟之遲緩，讓朝廷幾乎沒有辯解之處。以《申報》為首的民辦報紙抓住徐秋案件