萬曆二十五年正月十三日，加藤清正率領兩百多條戰船、一萬陸軍從對馬島出發，於十四日抵達竹島，與竹島的日本留守部隊匯合，從釜山東側的機張登陸，當天前鋒便攻陷了釜山以北的重鎮梁山。
他的這次行動，標誌著暫停了四年的明日戰爭再度爆發。萬曆二十五年是丁酉，因此中國與朝鮮稱之為丁酉再亂；而日本則用當年的天皇年號，稱之為慶長之役。
這一次與壬辰之戰不同的是，加藤清正的番號，不再是第二軍團，而是第一軍團。這份榮耀，既是秀吉對他在伏見城奮不顧身救主的褒獎，也是小西行長失去信任的直接體現。
到了十五日，小西行長——現在他是第二軍團了——的一萬四千人進入釜山外洋，並在豆毛浦登陸。相比起第一軍團的張揚，第二軍團的再臨十分低調，登陸以後沒有急於打仗，而是在釜山城內外深挖洞，高築牆，搞起了工程建設。
小西行長也沒辦法，他之前那個錯誤犯的太大了，大到一直到現在他摸摸自己脖頸都涼嗖嗖的。他之所以還能以第二軍團的身份再度出征，一方面是因為他的軍團擁有豐富的對朝作戰經驗，秀吉不會忽視這一點；另外一方面，小西行長走了夫人路線，拚命討好淀姬。淀姬為秀吉生下秀賴，地位紅得發紫，她稍微吹了吹枕邊風，便讓秀吉打消了讓小西切腹的念頭。
加藤清正和小西行長登陸以後，各自給朝鮮人發了一道告示，告示的內容大同小異，基本上用一句話能概括：「我胡漢三又回來了。」
不過第一、二軍團登陸以後，除了佔領梁山以外，暫時沒有採取其他動作。加藤清正屯兵西生浦，小西行長返回釜山城，表現得很安生，與上一次登陸的張狂完全不同。
上一次登陸，狂妄的日軍根本沒把大明和朝鮮看在眼裡，滿心打算兩三個月靠閃擊戰滅亡朝鮮再進攻北京。經過一年的正面作戰和四年的對峙，日本人對明軍的實力和明軍保衛朝鮮的決心都有了清楚的了解，早已放棄不切實際的幻想，腳踏實地，認認真真要和明軍打一場拉鋸戰。
第一、第二軍團的總兵力達到了兩萬多，但這些兵力還遠遠不足以與大明抗衡。
因此，加藤清正和小西行長的首要任務，是鞏固日軍在釜山附近的防守，確保後續部隊渡海登陸的安全。等到諸軍齊至，糧草與裝備都儲積完畢，日軍才會徐徐展開，開始進攻。
二月二十二日，秀吉下達了總動員令。於是除了加藤清正、小西行長以外，陸續趕赴朝鮮戰場的還有小早川秀秋（代替已隱居的養父小早川隆景）、黑田長政、鍋島直茂、毛利秀元（代替了已患病的養父毛利輝元）、宇喜多秀家、島津義弘、蜂須賀家政等西國大名。日軍的入朝總兵力約十二萬人，要少於壬辰之戰的十五萬人。
就是這十二萬人，秀吉也沒法一下子湊出來，必須得分批次前往朝鮮。島津軍團在五月一日才正式駐屯加德島；小早川秀秋軍團一直拖到五月二十二日才從大阪出發，抵達釜山已是七月十七日；毛利秀元、宇喜多秀家兩個大軍團合計有四萬人，到了七月二十七日才開始渡海。跟壬辰戰爭跨海時一氣呵成的銳氣相比，這次派兵的效率簡直就是山羊拉屎——稀稀拉拉。
截止到丁酉年六月，日軍的部隊配置在西生浦（加藤部）、釜山（小早川秀秋、宇喜多秀家、毛利秀元部）、加德城（島津部）、安骨浦（毛利吉成部）、竹島城（鍋島父子）和熊川城（小西部），日軍主力鏖集於沿海列島。
從這兩次出徵兵力的數量差異和動員效率，很容易便能推想出日本已是力不從心，自身經濟很難再支撐一場大規模跨海戰爭——何況他們要面對的，是實力百倍於日本的大明。除了那個自大狂秀吉以外，從東國霸主德川家康到豐臣家心腹石田三成，沒人看好戰爭的前景。
秀吉也知道東國和近畿大名的不滿，所以這一次沒有勞動他們，主力部隊完全由豐臣嫡系和毛利、島津兩系部隊組成。
這一次出征陣容之中，特別值得注意的是島津家。島津家在壬辰之戰中隸屬於第四軍毛利吉成，毛利吉成這次不知道為什麼沒來，島津家一萬三千人成為一支獨立作戰兵團，由家主島津義弘統率。這個小小的人事變化，後來卻成為了決定丁酉再亂的一個關鍵因素，這個容後再說。
這一次出征陣容之中，特別值得注意的是島津家。島津家在壬辰之戰中隸屬於第四軍毛利吉成，毛利吉成這次不知道為什麼沒來，島津家一萬三千人成為一支獨立作戰兵團，由家主島津義弘統率。這個小小的人事變化，後來卻成為了決定丁酉再亂的一個關鍵因素，這個容後再說。
總之日軍這一次的襲來，看似氣勢洶洶，實則中氣不足，虛得很。他們登陸之後只死死咬住一個字：拖。一定要拖到主力登陸，千萬不能讓日軍聚齊之前，被明軍和朝軍率先進攻，各個擊破。
對於日軍的再度襲來，朝鮮人這次反應倒是很快，加藤清正一登陸，附近的守軍便連滾帶爬地跑回漢城去彙報。
經過那場幾乎亡國的戰爭以後，朝鮮君臣對日本和朝鮮軍事實力也有了足夠清醒判斷，知道朝鮮兵根本靠不住，大明在朝鮮半島的那點兒駐軍也不夠使，還得指望大明像上次一樣發大軍前來才行。為此，朝鮮採取了一個方略，拖。一定要拖到明軍入朝，千萬不能讓日軍先發起攻擊，再演一次從漢城逃亡的悲慘經歷。
於是李昖半點猶豫都沒有，立刻派遣使者前往遼東和北京求救。在慶尚道，朝鮮人花了四年時間修了數道防禦工事，希望能夠層層阻截日軍，遲滯他們的進攻速度——朝鮮人著實是被上次小西與加藤的大暴走給嚇怕了。
與此同時，他還請僧兵之祖休靜大師的繼承人惟政前往西生浦，跟加藤清正談判，能拖日本人一陣算一陣。
惟政作為第二代「八道僧兵總管」，在壬辰戰爭中也浴血奮戰過，根本不怵加藤清正。兩人在西生浦見了面，各說各的話，加藤說朝鮮人沒誠意，惟政說日本人沒道義，誰也說服不了誰。說到最後，加藤也不想正經談了，隨口問惟政朝鮮國有什麼寶貝。惟政回答說有啊，就是將軍您的腦袋，您舍給我算啦……
而大明此時在幹什麼呢？
就像前頭我們說的那樣，大明那時候還沒從沈惟敬的「國際玩笑」中回過神來，正忙著捋清「封貢」背後到底有多少貓膩。一直到朝鮮人的陳奏使把日本入侵的戰報送過來，朝廷才如夢初醒，
不過這一次大明出兵的決定速度，比壬辰戰爭前那一波三折的磨難快太多了。在沈惟敬的騙局敗露之後，萬曆皇帝立刻委派郉玠、楊鎬、麻貴三人籌備援朝事宜。
這次人事安排能看得出萬曆是煞費苦心。上次援朝明軍的領導班子是宋應昌與李如松一文一武，等級差不多，誰也制不住誰，石星又遠在背景，結果搞得文武互相鬥法，烏煙瘴氣，險些誤了大事。萬曆吸取了上次的教訓，在經略和提督上頭增設了總督。經略負責後勤統籌，提督負責前方作戰，總督負責管著經略和提督，不許他們鬧矛盾——可惜這個設計後來沒有完全得到實現。
開戰之前，大明在朝鮮半島的駐軍已經所剩無幾。前線只有楊元駐南原的三千人馬，還有吳惟忠為數不多的南兵。派兵勢在必行，而且不能少派。
可動員軍隊是一件極耗時間的事，從決定出兵到真正出兵，中間不知要多少時日。因此大明在這期間的方略也只有一個字：拖！一定要拖到明軍完成動員，大軍入朝，糧草都運過去，千萬不能等到朝鮮亡國了，再讓明軍從平壤從頭打起……
於是在萬曆二十五年的朝鮮戰場，出現了這樣一番有趣的場景：儘管戰爭在一月十四日已經開始，可參戰的三方誰都不希望戰爭進度太快，大家都很默契地保持著克制，源源不斷地積蓄著力量，使得丁酉再亂的前半年時間，顯得相當和平與安詳，很有後世歐洲「靜坐戰」的風範。
其實北京還有另外一個構想，就是在朝鮮屯田。壬辰戰爭期間明軍吃夠了糧草不足的苦頭，朝鮮人又不擅治劇，四年積蓄以來，糧草積儲仍舊不足。懲於這種原因，在明廷決定出兵以後，內閣提出一個建議，希望能在開城、平壤開府，按照大明地方選派官員進行管理，進行屯田。
換句話說，就是成立開城與平壤經濟特區，交給明朝官員按照明朝規矩託管，等到戰事結束以後，再交還朝鮮。這個建議從實效來說，能夠極大改善後勤狀況，很有吸引力——可是地方政權更迭涉及到主權問題，太過敏感，所以萬曆特意寫信給李昖，解釋了一下，表明大明沒別的意思，就為種點糧食，只要打完仗就還給朝鮮。
李昖接到這個請求，悄悄叫來柳成龍商量。柳成龍一聽，當即斷然表示拒絕：「元朝設征東省於昌原，而久留貽弊；今此奏文，不須斷然防之，只陳難行之事可矣！」居然拿大明與元朝相比，可見所謂的「小中華」，對大明也不是全然信賴，心裡還在打著自己的小算盤，生怕被吞併。至於屯田帶來的好處，他們不在乎或者