五月初六，惲毓鼎的摺子遞了上去，慈禧太后沒有發下來。初七一早，傳諭獨召慶王奕劻。
「你看看這個摺子！」
奕劻極快地將惲毓鼎的奏摺看完，傴僂著身子將原件呈上御案，退到一旁。
「皇帝，你看怎麼辦？」
「請皇太后作主。」
「我自然有主意。我只問問你的意思。」慈禧太后的聲音極冷：「如果你要保全他，我可以改主意。」
皇帝大為惶恐，也相當困惑，不知道瞿鴻璣的事，怎麼又扯到自己身上？但慈禧太后的意思是很明顯的，已決定罷黜瞿鴻璣。既然如此，何故保全？
不但不能保全，還得罵瞿鴻璣幾句，因而移過原折來，一面看，一面說：「照他的劣跡『暗通報館，授意言官，陰結外援，分布黨羽』，就該革職查辦。」
「查是要查的！」慈禧太后的語氣緩和了：「革職，太不給他面子了。開缺吧！」
「是！」奕劻問道：「請旨，派什麼人徹查？」
「少不得有孫家鼐。」慈禧太后說：「另外一個，你們看，派誰好？」
再派一個自然要選滿員。查案的人至少應與被查的人資格相侔，若以瞿鴻璣協辦大學士、軍機大臣的官階來說，不妨在滿缺的大學士、協辦大學士世續、那桐、榮慶中挑選一個，但奕劻建議的，卻是陸軍部尚書鐵良。因為第一，藉此貶低瞿鴻璣的身分；第二，鐵良一向對漢人有存見，如果孫家鼐有衛護瞿鴻璣之意，加上一個鐵良便可制衡了。
「其實，也用不著查！」慈禧太后又說：「反正不能再用了，你倒擬旨來看。」
一聽這話，奕劻大喜過望，但立即便生警惕，這是極緊要的一刻，千萬要沉著，所以定定神想了一下才回答：「回皇太后的話，類似情形，軍機不便擬旨，歷來都用硃諭，以示進退大臣的權柄，操之於上。」
「我原是說硃諭的稿子。」慈禧太后將惲毓鼎的原奏發了下來。
「是，奴才即刻去辦。」
一退了下來，奕劻一面派護衛飛召楊士琦，一面遣親信跟李蓮英去說，請他代奏，回頭「遞牌子」時，請慈禧太后單獨召見，不必與皇帝相偕。
不一會楊士琦應邀而至，先在王公朝房等候，奕劻得到通知，屈尊就教，摒人密談：「這一狀告准了，勞你大筆擬一道硃諭。」
楊士琦笑了：「我猜到王爺找我必是這件事。」他從懷裡掏出一張紙來，「已經預備了。」
奕劻接過稿子，匆匆看了一遍，點點頭說：「很好！我馬上就遞上去。大概今天就可以見分曉了。」
「是！」
「你再替我擬個稿子，請開一切差缺。等硃諭一下來，緊接著就遞。」
「這，」楊士琦問道：「必得這麼做嗎？」
「這麼做比較妥當。」奕劻答說：「瞿子玖最近還請太后讓我退出軍機，我不能不有表示。」
楊士琦想了一下說：「也可以。」
於是，奕劻立即又遞牌子，果然只是慈禧太后一個人召見。看了硃諭的稿子，認為可以，便即喊道：「拿匣子來！」
伺候在殿外的李蓮英，隨即捧了個黃匣子，呈上御案。
慈禧太后親手將那個稿子放入匣內，再上了小鎖，吩咐送給皇帝。
小鎖的鑰匙，皇帝那裡也存著一把，開匣子看到稿子，自能意會，是用硃筆照抄一遍。
所以李蓮英不必多問，捧著匣子就走了。
「我真沒有想到，瞿鴻璣會這樣忘恩負義！」慈禧太后頗為憤慨，「我待他很不薄，他竟容不得我！這年頭兒，真是人心大變了！」
「幸虧發覺得早，還不成氣候。」奕劻說道：「皇太后當機立斷，弭大患於無形，奴才實在佩服。不過，軍機上只剩奴才跟林紹年兩個人，實在忙不過來。」
意思是要添人，慈禧太后便問：「你看誰合適啊？」
「奴才不敢妄保。只覺得總以老成謹慎為宜！」
「老成」自然忠於太后，「謹慎」是決不會搞什麼「歸政」的花樣。
慈禧太后想了好一會，才慢慢地說：「我自有道理！你先下去聽信兒。」
一回到軍機處，只見林紹年頗有局促不安的模樣；瞿鴻璣倒還沉靜，不過臉色凝重，想來他心內亦必不安。每天循例宣召軍機，何以至今尚無動靜，只見奕劻一個人進進出出，不知出了什麼變故？
好不容易來宣召了，內奏事處派來的蘇拉平時大聲說一句：「王爺、各位大人，上頭叫起！」這天卻改了說法：「王爺、林大人的起！」
一聽這話，林紹年臉色大變，瞿鴻璣默不作聲，奕劻看了他一眼，轉身就走。
進殿行了禮，皇帝開口說道：「瞿鴻璣不能再在軍機了。
你們看這道硃諭！」
「是！」奕劻將硃諭接了過來，雙手捧著看了一遍，回身遞給林紹年。
林紹年亦復雙手高捧著看，一面看，一面手就有些發抖了。
林紹年的心思極亂。因為瞿鴻璣是他的「舉主」，而且就在不久以前，奕璣面奏以林紹年為度支部右侍郎，依新官制明定，除內務部以外，其餘各部大臣，「均不得兼充繁重差缺」，林紹年以候補侍郎補了實缺，便不得不奏請開去軍機大臣上行走的要差。這是奕劻乘機排擠的手法，亦虧得瞿鴻璣力爭，才有「林紹年著毋庸到任，所請開去要差，著毋庸議」的上諭。如今瞿鴻璣落得這個下場，自然應該為他乞恩保全。
可是他也知道，瞿鴻璣犯的是密謀歸政的嫌疑，中了慈禧太后的大忌，自己人微言輕，雖爭無用，說不定還會碰個大釘子，因而躊躇未發。
但此時此地，不容他細作考慮，慈禧太后已經在喊了：「林紹年！」
「臣在。」
「你說給瞿鴻璣，我已經格外保全他了！只要他以後安分守己，過兩年也許還會用他。」
「是！」
「你可以先回軍機，把硃諭拿給瞿鴻璣看。」
「是！」林紹年因為捧硃諭在手，無須跪安。站起身來，退後數步，轉身出殿，抹一抹額頭上的汗，急步回軍機處去宣諭。
於是奕劻又成獨對了。「外務部尚書，是個要缺，不便虛懸。」他說，「請皇太后、皇上簡派。」
「你看呢？可有什麼合適的人？」慈禧太后問道：「呂海寰怎麼樣？」
呂海寰是舉人出身，當過駐德公使，回國後當過工部尚書、陸軍部尚書。在老一輩的洋務人才，相繼凋零，後一輩的資歷尚未能任卿貳，青黃不接的此際，呂海寰的資格算是夠了。而且近年來的外交，以聯德為主，呂海寰的經歷，更為相當，所以奕劻不能不表示贊成。
「我想，外務部也不能全交給呂海寰。」慈禧太后又說：「你的精力怕也照顧不到，那桐又署著民政部，這該怎麼辦呢？」
外務部的編製與他部不同，奕劻是外務部總理大臣；瞿鴻璣是外務部會辦大臣兼尚書；再有一個會辦大臣，就是那桐。如果奕劻照顧，那桐又在民政部，則外務部的大權，便歸呂海寰獨攬。在滿漢猜忌日深之時，慈禧太后實在不能放心。
奕劻認為這很好辦，「請旨那桐不必兼署民政部尚書，專門會辦外務部好了。」
「好！」慈禧太后點點頭又問：「那麼民政部呢？」
「奴才保薦肅王善耆。」
這也是很允當的人選，慈禧太后毫不考慮地認可了。於是當天便下了三道上諭，一道是呂海寰與善耆的新命；一道是惲毓鼎奏參瞿鴻璣暗通報館，授意言官各節，著交孫家鼐、鐵良秉公查明，據實具奏。
再有一道便是硃諭，撮敘惲毓鼎的原奏以後，便是楊士琦的手筆：「瞿鴻璣久任樞垣，應如何竭忠報稱？頻年屢被參劾，朝廷曲予優容，猶復不知戒慎。所稱竊權結黨，保守祿位各節，姑免深究。余肇康前在江西按察使任內，因案獲咎，為時未久，雖經法部保授丞參，該大臣身任樞臣並未據實奏陳，顯系有心回護，實屬徇私溺職。法部左參議余肇康，著即行革職；瞿鴻璣著開缺回籍，以示薄懲。」
等這道硃諭發抄，震動朝班，但亦沒有人敢多作議論，或者為瞿鴻璣稍抱不平，因為「姑免深究」這四個字之中，包含著太多的文章。至於余肇康一案，無非欲加之罪而已。
奕劻自然躊躇滿志。美中不足的是，假惺惺奏請開去軍機大臣要差，雖蒙慰留，卻另有硃諭，派醇親王載灃在軍機大臣上學習行走，同時，鹿傳霖復起，補授軍機大臣。這很顯然的，加派載灃是分奕劻的勢，而鹿傳霖回軍機，則不獨表示後黨又復得勢，而且也因為鹿傳霖在軍機上，每每異調獨彈，成事雖不足，要掣奕劻的肘，卻是優為之的。