一半由於袁世凱覺得大事化小，小事化無為妙，一半因為趙秉鈞、楊以德等人，發現革命黨不怕死，逼急反會遭受報復，所以謀炸五大臣一案，將張榕下獄，便不了了之了。
考察政治之事，自然照常進行，只是紹英嚇破了膽，託病告假，再也不肯出洋，徐世昌亦復如此。不過，他的手段高妙，利用議設巡警部的機會，活動奕劻保他為尚書，等上諭一下，奕劻復又面奏：「巡警設部，官制、章程均待釐訂。」此外，科舉已准袁世凱、張之洞等人奏請，自丙午科起，永遠廢止，以前舉貢生員，須分別籌謀出路。再則，日俄和議已成，中日已需會議，訂立接收東三省條約，軍機處事務正繁，徐世昌不宜遠離。就此豁免了他這個出洋考察的差使。
朴次茅斯條約成立，日本國內大嘩，在東京竟致發生暴動，小村壽太郎成為眾矢之的。
在嚴密保護下，回國不久，即又奉派來華，談判東三省交接事宜。
日本全權代表一共兩人，除小村外，另一名由駐華公使內田康哉充任。中國的全權代表是慶親王奕劻、軍機大臣瞿鴻璣、北洋大臣袁世凱，另派唐紹儀為參議，可在會中發言。
第一次會議，彼此校閱了全權證書，由小村與袁世凱作了一番開場白，奕劻隨即站起來說：「本人年紀大了，事情又多，不能常川出席，一切由瞿、袁兩位全權處理。」說完哈一哈腰，退出會常於是正式開議。小村首先發言：「這次日俄不幸開戰，且在中國領土之內，日本政府深表歉疚。日俄和約已成，俄國讓給日本的旅大租借權，以及東清鐵路由長春到奉天一段，又在中國領土之內，所以特地來請求中國政府承認。應該訂立的條約，只此一項，至於日本自俄國獲得的戰利品不必列入條約。議定事項由雙方全權在會議錄上簽字，與條約有同等效力，或換文亦可。請選定一種方式。」
照預先的約定，中國方面應該由袁世凱作答覆。奕劻曾經面奏：「歷來對外交涉，都由北洋大臣出面，而且關於東三省的軍事、政事及地方情形，以及對日本的政情，袁世凱都很熟悉，所以這一次會議，不妨由袁世凱去應付。倘或發言有失，瞿鴻璣以『軍機大臣外務部尚書會辦大臣』的身分，猶可及時糾正。」這個說法頗切實際，而又不貶損瞿鴻璣的地位，所以慈禧太后表示同意。奕劻一到會即託病，原因亦即在此。但此時袁世凱還在考慮如何作答時，瞿鴻璣卻違反了這個不成文的規定，作了明確的答覆。
這亦因為各人的處境不同，才有想法的相異。袁世凱從瞿鴻璣還在當翰林，做考官時，便已跟日本人打過不可開交的交道，深知小村壽太郎這一次在朴次茅斯搞得灰頭土臉，失之東隅，定要收之桑榆。在這次會議中，自要想種種辦法，佔盡便宜，回國才有交代，所以他步步為營，必得先體味出話中真意，才談得到如何應付。
瞿鴻璣則是熟于軍機辦事的規制，知道用「換文」一法，必須奏請上裁，已成之議，或許就能推翻。即使本意無改，辭句之間無謂的推敲，必不可免，麻煩甚多，避免為宜。
這樣想著，不由得便點點頭答說：「簽字於會議錄，彼此省事，就照這個辦法好了。」
這一下，袁世凱自然有話也不能說了。但不管他的意見對不對，約定違反了，所以當晚便向奕劻以發牢騷為「抗議」。
「瞿玖公這樣子勇於任事，我就變成多餘的了。而且，他說話也欠考慮，萬一將來有喪權辱國的承諾，我既不能贊成，又不能反對，與其到頭來陪他一起受處分，不如急流勇退，明哲保身，請王爺面奏上頭，准我回任！」
「這一層你別煩！我自有處置的法子。」奕劻想了一下說：「我有兩個稿子，你倒看一看，有什麼意見？」
他取出來兩個上諭稿子，第一個與立憲有關，寫的是：「……前經特簡載澤等出洋考察各國政治，著即派政務處王大臣設立考察政治館，延攬通才，悉心研究，擇各國政法之與中國體制相宜者，斟酌損益，纂訂成書，隨時進呈，候旨裁定。所有開館一切事宜，著該王大臣妥議具奏。」
第二個亦與立憲有關，等於說明了立憲的目的，在安撫百姓。上諭中說：「我朝自開國以來，政尚寬大，朝野上下，相與久安，近復舉行新政，力圖富強，乃竟有不逞之徒，造為革命排滿之說，煽惑遠近，淆亂是非。察其心跡，實為假借黨派陰行其叛逆之謀，若不剴切宣示，嚴行查禁，恐侜張日久，愚民無知，被其蒙惑，必至人心不靖，異說紛歧，不特於地方有害治安，且於新政大有阻礙。著各將軍督撫，督飭地方該管文武官吏，明白曉諭，認真嚴禁。自此次宣諭之後，倘再有怙惡不悛，造言惑眾者，即重懸賞格，隨時嚴密訪拿，詳細訊究，除無知被誘，不預逆謀，准其量予末減，及改過自首，並能指拿魁黨者，不惟免罪，並予酌賞外，其首從各犯，應按謀逆定例，盡法懲治。如有拿獲首要出力之員弁，准擇尤優獎，惟不得株連無辜，致滋擾累。倘該文武瞻徇顧忌，緝訪不力，由該將軍督撫據實嚴參，以期杜絕亂萌而維大局。」
等袁世凱看完，視線離開紙面，奕劻方始開口道明緣由：「現在南邊鬧得很厲害，說要還政於民，派人去考察，可又無緣無故來個炸彈。上頭詫異得很，不知道百姓到底要什麼？
有人上個奏摺，說百姓是好的，無非望治而已，都是革命黨在胡鬧。所以瞿子玖出這麼一個主意，一面安撫百姓，一面申明約束。上諭擬了上去，上頭說要拿給你看看，因為立憲是你領銜奏請的。」
聽得這話，袁世凱一則以喜，一則以懼。喜的是慈禧太后對他的看重，懼的是「領銜奏請立憲」這句話，隱隱然視之為「新黨」魁首了！
別樣風頭好出，這個風頭出不得！好在奕劻面前說話不須顧忌，當即加以辯白：「王爺，對立憲最熱心的是張香濤，只為直隸總督忝居疆臣領袖，所以在名義上領銜，這件事除了老而天真的張香濤以外，也沒有那個熱心。開館纂書，亦無不可，不過我有個拙見，此館的提調，切需慎選，莫讓康梁之徒混進來，散播邪說。」
「嗯，嗯！」奕劻深深點頭，「我明白，我明白。你的心跡，上頭一定嘉許。」
「只要上頭能知道臣下的心跡，累死亦無話說。不過……，」袁世凱遲疑了一會，終於說了出來：「除王爺以外，頗有幾位親貴對我不諒。這一點，提起來叫人泄氣。」
奕劻閉著嘴不作聲，吸了半天的水煙，才慢條斯理地說：「不儘是親貴，也不儘是旗人，雙目盯緊了你看的，大有人在！」
袁世凱把每一個字都聽進去了。「不儘是親貴」，意指還有鐵良等壽，「不儘是旗人」更為明顯，漢人中相嫉的也很多。
「雙目」自然是指瞿鴻璣。袁世凱心想，有此人當政，終是自己的一大隱患，如果要假手奕劻以攻瞿，先得切齒於瞿。這有一個人可以利用。
於是他說：「王爺的話，真是入木三分。不過光是外頭有人跟我為難，我不怕，說句狂話，同為督撫，做了些什麼事，是有目共睹的，就怕裡頭有人在發號施令，勾結起來蒙蔽上頭，那就危乎殆哉了！」
「啊！」奕劻睜大了眼問：「你是說那條瘋狗的亂咬，是有人指使的？」
奕劻口中的「瘋狗」是指岑春煊，所謂「有人」彼此也都能默喻。袁世凱看話已生效，反不肯明白承認，只說：「王爺多留點兒心就是了！」
奕劻緊閉著嘴想了好一會，突然一拍茶几，「不錯，怪不得！就說周榮曜那件事好了，頭一天見上諭，當天瘋狗就上折參了，也不能這樣子快法，明明是先通了消息，早就擬好了奏稿在那裡的！」
原來周榮曜是奕劻一手扶持，以候補三品京堂，任為駐比國公使。丹詔晨頒，白簡夕至，說周榮曜原為粵海關管庫的書辦，侵蝕公帑，積資數百萬，在廣東與官紳往還，儼然大人先生。當譚鍾麟督粵時，與不肖官吏勾結，益自驕縱，因而納賄京朝，廣通神氣。接著列舉周榮曜蠹國病盲之罪，奏請革職查抄。
電奏一到，瞿鴻璣力主嚴辦，周榮曜求榮反辱，做了未出國門的幾天公使，反落得個傾家蕩產的結局。瞿鴻璣最陰損的一著是，周榮曜簡派為公使，由外務部奏保，他以外務部尚書的身分，坦承失察，自請處分。其實，這是奕劻以外務部總理大臣的資格，所作的決定，瞿鴻璣這麼說，等於指槐罵桑。雖然「上頭」並無處分，但奕劻這下子搞得灰頭土臉，也就很夠受了。
「這條瘋狗，原來是有人放它出來亂咬的。」奕劻氣得直吹鬍子：「走著瞧吧！」
「王爺別動氣！若鬧意氣，有損無益。」袁世凱突然問道：「廣西剿匪的車費，聽說已經銷了？」
「是啊！報銷三百多萬。」
「按說，三年工夫，花三百多萬也不多。不過報銷總是報銷，要報了才能銷。」
這話中就有深意了。按常情來說，軍費報銷是例案，只要戶、兵兩部打點好，照例規送上一筆為數可觀的「部費」，軍費報銷就無有不準