李鴻章料事很准，要趙舒翹死，真是不大容易。
首先，慈禧太后就不以為他有死罪，當十二月二十五第三次改定懲辦禍首罪名時，她就說過：「其實，趙舒翹並沒有附和拳匪，只是當初跟剛毅從涿州回來複命的時候，不該以『不要緊』三個字搪塞我。」
這話傳到趙舒翹耳中，大為欣慰，自度必可免死。及至朝命已下，定為斬監候的罪名，先交臬司看管，他還言笑自如，不以為意。他的家人亦很放心，因為有個極大的奧援在！
這個奧援就是趙舒翹的母舅薛允升。此人是翁同譞的同年，刑部司官出身，由主事到郎中，歷時二十二年之久，官運是蹭蹬極了，但卻歷練成了一位律學名家。大概從清朝開國以來，刑部的書辦不但不敢欺侮司官，而且心悅誠服的，只有薛允升一個人。
到了同治十二年，薛允升方始外放為江西饒州府，自此一帆風順，升道員、擢監司、署漕督，光緒六年內召為刑部侍郎，在禮、兵、工三部轉來轉去，轉到光緒十九年，終於升為刑部尚書。其後因為他的侄子薛濟勾結刑部司官，說合官司，連累乃叔，降三級調用，做了一年的宗人府府丞，告老回到西安。
等趙舒翹一出事，刑部尚書開缺，就地取材，順理成章地召薛允升復起，補了他外甥的遺缺，而同時也就要辦外甥的罪。他說過一句話：「趙某人如果斬決，是無天理！」因此，趙家的親屬戚友，都認為薛允升一定會保住趙舒翹的一條命，而況依律本就沒有死法。
無奈洋人的話，比聖旨還重要，李鴻章根據英國參贊所傳達的意見，急電西安。
由軍機處傳出風聲之後，西安城內的士紳攘臂而起，做了一個「公稟」，具名的三百餘人之多。除夕黎明，送到軍機處，軍機章京不敢收受，僵持到中午，並無朝旨，以為不要緊了，方始各散。
大年初一無事，初二召見軍機，為的是商議初三宣布第四次懲辦禍首的上諭，從早晨六點鐘開始，到十一點鐘，猶無結論。
其時西安城裡最熱鬧的鼓樓附近，已經人山人海，群情洶洶，有的要罷市，有的要劫法場，有的主張要挾，如果慈禧太后殺了趙舒翹，就請她回京城去。
然而以巡撫衙門為行宮的慈禧太后，畢竟與軍機大臣作成了決定，趙舒翹不能免於一死，賜令自盡。英年同科，但不煩睿憂，從十二月二十五被看管那天起，就晝夜哭泣，反覆不斷所說的一句話是：「慶王不該不替我分辯！」這樣到了年初一深夜，哭聲忽停，家人還忙著過年，沒工夫理他。到第二天一早，也就是行宮議罪未定之際，發現他已經氣絕了。
自裁的方法聞所未聞，是以污泥塞口，氣閉而絕。
年初三，已死未死禍首十一人均定死罪的上諭，終於發布，而就在這一天，早就奉命監視庄王載勛自盡的戶部侍郎署理左都御史葛寶華，一早到了蒲州。因為他是欽差的身分，所以到了載勛所住的「行台」，驛官照例放炮致敬。
載勛還高卧未起，驚醒了罵人：「無緣無故放什麼炮？」
「欽差葛大人到了！」聽差告訴他。
「莫非是為我的事而來的？」載勛瞿然而起。
聽差騙他，說是欽差過境，特來拜訪。見了面，照規矩先請聖安，然後敘話。載勛殷殷問起行在的情形，葛寶華略略敷衍了幾句，隨即起身告辭，轉往蒲州府衙門。
蒲州知府惠格，首縣永濟知縣項則齡，早就在待命了。葛寶華已看好了一處地方，行台後面有座久無香火的古廟，下令在那裡作為載勛畢命之地。
於是項則齡親自帶人到古廟去布置，惠格則帶領親兵在行台周圍警戒彈壓。一切就緒，葛寶華到達古廟，派項則齡去傳載勛來聽宣上諭。
載勛倒也很氣概，換上全套親王的公服，大踏步走了來，一見葛寶華，用手摸著頸後問道：「要我的腦袋？」
葛寶華不答，只高聲喊道：「有旨！」
聽得這一聲，載勛及在場的官員吏役，一齊下跪，靜聽欽差宣讀上諭。
上諭是年前十二月二十五所發：「已革庄親王載勛，縱容拳匪圍攻使館，擅出違約告示，又輕信匪言，枉殺多命，實屬愚暴冥頑，著賜令自盡。派署左都御史葛寶華前往監視。」
賜死亦是恩典，照例應該謝恩。不過，載勛卻想不起這套儀注了，站起身來，漲紅了臉說：「我早知必死。恐怕老佛爺亦活不長了！欽差，跟我家裡人還可以見個面吧？」
一言未畢，廟門外哭聲震天，一個旗裝中年婦人，帶著一個十六七歲的少年，踉蹌奔來，這就是載勛的側福晉與他的獨子溥綱。
母子倆撲進門檻，抱住載勛的腿，哭得越凶，載勛亦是淚流滿面，一把拉起溥綱，嗚咽著說道：「你總要報效國家，咱們大清朝的江山，萬萬不能送給洋人！」
溥綱只是哀哀痛哭，也不知他聽進去了沒有？她那母親更是失了常度，撲倒在地打了個滾，便即昏厥。當然，這不會影響載勛的「終生大事」，一面有人抬走了他的側福晉，一面有人引著他到了後面的一間空屋。
屋子是特意鎖上的，開鎖推門望進去，空宕宕地只有中間有張踏腳凳，上方由樑上垂下來簇新的一條白綢帶，顯得異常刺目。
「王爺請！」葛寶華低著頭，擺一擺手，作個肅客的姿態。
「欽差辦事真周到，真爽快！」載勛拱拱手說：「來生再見了！」
毓賢本來發配新疆，走到蘭州，有朝旨追來，就地正法，派按察使何福堃監斬。藩司李廷蕭本是由山西調來的，此時署護陝甘總督的關防，心裡在想，監斬應該派他而竟派了何福堃，必是因為他在山西承毓賢之命殺了許多西洋教士之故，看起來遲早不免！於是，跟英年一樣，大年初一結果了自己的性命，是吞金屑自殺的。
毓賢從起解之時，便已有病，聽說定了死罪，更是神智恍惚，奄奄一息，所以正月初四綁上法場，不似載勛那樣死得生氣勃勃。不過，一死之後，卻傳出兩副自挽的對聯，一副是：「臣死國，妻妾死臣，誰曰不宜？最堪悲老母九旬，嬌女七齡，耄稚難全，未免致傷慈孝治；我殺人，朝廷殺我，夫復何憾！所自愧奉君廿載，歷官三省，涓埃無補，空嗟有負聖明恩。」
另一副是：「臣罪當誅，臣志無他！念小子生死光明，不似終沉三字獄；君恩我負，君憂誰解？願諸公轉旋補救，切須早慰兩宮心！」
有人說，這兩副自輓聯，文字雖淺，但怨而不怒，其鳴也哀，不似毓賢的為人，而氣息僅屬之際，亦未必能從容構思，應該是幕友所捉刀。