於是一百多京官在會館集議，連上兩個公呈，第一個痛擊何璟和張兆棟，第二個專為張佩綸而發，由籍隸福建長樂的翰林院編修潘炳年領銜，請都察院代呈。
軍機處自然早有消息，為了平息公憤，在八月初一先下了一道上諭：「閩浙總督何璟，在任最久，平日於防守事宜，漫無處置，臨時又未能速籌援救，著先行革職。福建巡撫張兆棟，株守省城，一籌莫展，著交部嚴加議處。
船政大臣詹事府少詹事何如璋，守廠是其專責，乃接仗吃緊之際，遽行回省，實屬畏葸無能。著交部嚴加議處。翰林院侍講學士張佩綸統率兵船，與敵相持，於議和時屢請先發，及奉有允戰之旨，又未能力踐前言。朝廷前撥援兵，張佩綸輒以援兵敷用為詞。迨省城戒嚴，徒事張皇，毫無定見，實屬措置無方，意氣用事。本應從嚴懲辦，姑念其力守船廠，尚屬勇於任事，從寬革去三品卿銜，仍交部議處，以示薄懲。福州將軍穆圖善，駐守長門，因敵船內外夾攻，未能堵其出口，而督軍力戰，尚能轟船殺敵，功過尚足相抵。著加恩免其置議。
嗣後閩省防務，左宗棠未到以前，著責成穆圖善、楊昌濬、張佩綸和衷商辦，務臻周密。」
這道上諭是連張佩綸的原奏，一起明發的。福建京官，一看大嘩，因為張佩綸所奏報的情形，與各人家信中所說的情形，大不相符。
於是除了公呈以外，福建崇安籍的吏科給事中萬培因，單銜上奏，案由是「為閩省諸臣，諱敗捏奏，濫保徇私，仰懇收回成命，並請迅派大員，馳往查辦，按照軍律，亟置重典，以伸公憤」。其中指出「七可疑」：「初三之戰，以臣所聞，何如璋有隱匿戰事之事，張佩綸有不發軍火之事，又有遣魏瀚往緩師期之事，堵在照會以前，其可疑一也。
水陸各營之師，以臣所聞，輪船惟福星等四船，死戰屬實。藝新船小逸去，伏波自鑿，揚武並未開炮，余船縱火自焚。陸軍則方勛所部潮勇先潰，而黃超群一軍，乘亂入學堂、廣儲所、機器房等處，搶掠殆荊其可疑二也。
敵船被毀之數，以臣所聞，敵以八船入馬江，僅用三船來攻，開巨炮七，我船已相繼沉。惟福星曾擊壞其魚雷船一。
其可疑三也。
方勛、黃超群拒敵之事，以臣所聞，敵攻馬尾後，次日復擊船廠，轟壞鐵廠，煙筒半折，船槽微損，即下船出攻長門。是時，方勛不知何往？黃超群已於初三日退入後山，但竄而未潰耳！其可疑四也。
閩安、館頭等處之戰，以臣所聞，炮台各軍，聞炮即鳥獸散，敵遂上岸，用鏹水裂炮，擲火藥以燔民居。苟不上岸，炮何由裂？其可疑五也。
何如璋之回省，以臣所聞，何如璋預雇輿夫為逃計。六月初二日法人演炮，何如璋短衣大堂呼輿，眾白為空炮乃返。初三，聞炮即從後山遁，是夜奔快安，復奔南台洋行，晨始入城，以便服戴頂帽坐竹兜中，所到眾噪逐之，乃四齣狂竄。
其可疑六也。
張佩綸之駐廠，以臣所聞，初三日，張佩綸徒跣走雷雨中，夜奔鼓山下院宿，以葦薦席地坐。遲明奔出後彭田鄉，遣弁向城內巨紳家假絮被，匿累日不出。初四，敵攻廠時，張佩綸方由鼓山入彭田，何守廠之有？其可疑七也。」
這「七可疑」雖然傳聞異辭，但與潘炳年領銜的公呈合看，可信之處就多了。此外，萬培因也談到「洋人之論」：「臣聞洋人之論，謂法兵之闖馬江，駛入絕地，有必敗之道三，地本內港，只須以船摧船，法艦必全沉，此上策也。以四號炮船，護以夾岸陸軍，法兵盡為炮的，敵必不能上岸，此中策也。盡驅兵船以駐上流，只以本地小船，裝置火藥等物，順流蔽江而下，加以陸軍火罐火藥，夾岸拋射，法當大窘，此下策也。」
這些紙上談兵，不一定有人懂，但說張佩綸「陽主戰以排和，陰實望和而怯戰」，卻是一針見血之論。
不過參得雖然厲害，幫張佩綸講話的人也很多，這完全是二李——李鴻章和李鴻藻的關係。有人說，張佩綸屢有「先發」的建議，朝廷為保全和局，又恐誤傷他國兵船，引起意外糾紛，所以不曾允許。說起來，此人還是有才具的，人才難得，不妨責以後效。
又有人說，張佩綸到福建不久，情形不熟，布置欠周，情有可原。其中最有力的辯解，直接來自李鴻章，他說：「福建的炮台，兵輪不足以抵禦法軍，本在意料之中。福建的炮台，不知如何做法，聽說炮口完全向外，所以法國軍艦，可以由內而攻，這是「失勢』」。
炮台不能轉動，是他的同年何璟的「七年經營」，李鴻章早就知道，故意說是「不知如何做法」，無非為了庇護張佩綸，只好「嫁禍」老同年。
他又說：「中國兵輪開辦未久，船不如人家的精堅，操練不如人家的純熟，斷難抵敵是中外盡人皆知的事。」這段話既為張佩綸卸責，亦為他自己解釋，何以必須委屈求知？
談到醇王所一直主張並希望的「誘敵登岸，設伏出奇」，他認為必須有後膛槍、後膛炮才談到此。而各省都沒有後膛槍，「後膛輕炮」亦很少，徒恃肉搏，難有把握。而置備後膛槍炮，甚費財力，北洋累年經營，勉強算有了規模。這意思是不可深責閩軍守廠不力。
以下又論南洋的戰備，說長江水寬而深，是用水師之地，吳淞、江陰等處炮台，亦堅固可用，但是「敵船雖或受炮擊損，其機器皆在水線下，仍可駛行。」接著他引用前兩年由北洋衙門翻譯印刷的一本《防海新論》，其中所敘美國南北戰爭的戰例，證明他不是欺騙沒有見過兵艦的人。
至於談到布設水雷，確為「阻河」最得力的利器，但馬江寬至十餘里，甚至數十里，何能遍設。總而言之，他的意思是，馬江戰敗，不是張佩綸的責任。而就此刻來說，什麼地方也不能阻止外國軍艦侵入，更不能與外國軍艦對敵。
就為了這些理由，使得慈禧太后除了黯然長嘆以外，無話可說。當然，張佩綸的責任不能不追究，左宗棠就要到福建去了，正好派他就近查辦。
議和的事，倒象有轉機了。楊約翰特地由北京到天津去看李鴻章，說接到美國京城來的電令，法國已要求美國出面調停。美國的意思，中國如果肯讓步，法國亦必採取同樣的步驟，在相互讓步之中，總可以想出一個顧全彼此體面的辦法。楊約翰又表示，他是專誠為此事而到天津來的。言外之意，中國須看調人的面子。
中國如果讓步，自然多少要賠兵費，而煌煌上諭，已經剴切告誡，凡有主張賠償的，一定治罪。所以李鴻章的電文中，根本不敢提兵費二字。
總理衙門當然不敢轉奏。同時對法國求和的誠意，亦很懷疑，因為據上海、香港、福州等地來的電報，孤拔可能顧慮馬江沉船塞口，歸路斷絕，不敢在福州登陸，卻有窺取基隆的模樣，增援的船隻之中，有一艘載有挖煤機器，更為意在基隆煤礦的明證。
果然，八月十三，孤拔第二次攻擊基攏
第一次是在馬尾之戰二十天前的六月十四。孤拔率領戰艦六艘，載陸軍三千，直到基隆，分艦三艘，窺台灣四大港之一的滬尾——淡水港。
台灣的防務，共分五路，大甲溪到蘇澳為北路，由提督曹志忠領兵四千防守，最近增防，調福建陸路提督孫開華率領所部三營，專責防守台北府。此外又有章高元的淮軍，楊金龍的湘軍，章、楊二人亦都是提督，加上劉銘傳一共是五顆紅頂子守台北到基隆這一線。
六月十五，孤拔一面開炮轟擊，一面派兵一千登陸，曹志忠、章高元力戰卻敵，陣斬法軍中隊長一員，士兵一百多，奪獲聯隊旗兩面。法國陸軍後退登艦時，掉在水中溺死的亦不少。於是孤拔請稅務司出面，邀請劉銘傳登艦相會，劉銘傳峻然拒絕，第一次攻台之戰，不了了之。奏報到京，特發內帑三千兩犒賞。
劉銘傳幕府中有個專管海關，兼與洋人打交道的洋務委員，名叫李彤恩，人很能幹，認為淡水港水道寬闊，「紅毛城」上的五尊舊炮，毫不管用，等於無險可守，因而提出塞口的主張。
駐淡水的英國領事，得到消息，提出堅決的反對，他的理由是秋茶已經上市，如果港口封塞，船隻無法出入，秋茶不能出口，影響英國的商務。
李彤恩不是輕易能讓洋人嚇倒的人，當反覆爭辯，不得要領時，李彤恩要求英國領事擔保，法國軍艦不會從淡水港入口。這下算是難倒了對方，照原定的計畫，沉下幾條船，塞住了淡水港口。
就因為這明智的一著，孤拔捲土重來，就不容易佔到便宜了。
法國兵艦十一艘，由原駐馬祖澳的孤拔，親自率領，是八月十二到基隆外海的。清晨兩點鐘，法軍五百人由仙洞地方登岸，與曹志忠的重慶中營相遇，展開激戰。章高元接到報告，率領兩百多人赴援，法軍不敵，因為道路迷失，被困至日中，又死了一百多。
這時的劉銘傳，正在基隆炮台督戰。相持不下之際，諜探來報，法國兵艦五艘將到淡水。劉銘傳下令收兵，回救離台北三十里