轉眼三年已過，到了該拔本的時候，招商局的「商總」又出了花樣，以積欠旗昌洋行船價六十九萬兩，不能不先行拔還，「以免外人貽笑」的理由，請李鴻章出奏，以每年所運漕米應領水腳運費抵還。這就是說，如果各省漕米不交招商局承運，應拔官帑，即無著落。此外又有一個附片，一則說：「招商局之設，系由各商集股作本，按照貿易規程，自行經理」；再則說：「創辦之初，奏明盈虧全歸商認，與官無涉」；三則說：「商務應由商任之，不能由官任之，輪船商務，牽涉洋務更不便由官任之。」這樣反覆聲明「商辦」，就是為五年以後留餘地，只要每年有六十六萬石漕米北運，水腳運費抵還官帑，則到了光緒十年，官帑還清，整個招商局就都落入「商總」手中了。
但是到了六月間，兩江的局面有了變化，劉坤一調任江督兼南洋大臣。他是老湘軍的系統，當然不會象沈葆楨、吳元炳那樣聽李鴻章的話。於是，湘淮兩系的利益，在東南膏腴之地發生了衝突。
首先發難的是王先謙，官拜國子監祭酒，也是響噹噹的清流，奏摺之中有建言、有搏擊，筆鋒所及，盛宣懷首當其衝，王先謙替他下了八個字的考語：「營謀交通，挾詐漁利。」
「挾詐漁利」，即指收買旗昌輪船有瞞天過海的計謀在內；「營謀」當然是指百計取悅於李鴻章，得獲重用而言；「交通」二字，在這些地方常為「交通宮禁」、「交通近侍」的省略語，這例也不是無的放矢，而且王先謙本人也牽涉任內。盛宣懷走通了李蓮英的路子，常有「孝敬」，而王先謙據說用過李蓮英的錢，人言藉藉，大損清譽，然而並不影響他彈劾盛宣懷，尤其是因為其中有整頓招商局的建議，更不能不發交南北洋大臣處理。
這是光緒六年十月底的事，沈桂芬正攬大權，因而批複王先謙的諭旨，只令飭李鴻章和劉坤一，認真整飭。劉坤一主張徹查，李鴻章認為不必，只要分年拔還官帑一事有著落，即可奏復。正在相持不下時，除夕那天，沈桂芬一命嗚呼，等於盛宣懷失卻一座靠山，處境大為不利。
果然，只不過隔了半個月——光緒七年正月十五，劉坤一單銜復奏，說「王先謙所奏，未為無因」，指盛宣懷「蠹帑病公，多歷年所，現在乃復暗中勾串，任意妄為」，將他於「收購旗昌時每兩抽取花紅五厘，私自以七折收購旗昌股票，對換足額，以飽私囊」的內幕，和盤托出以後，嚴詞抨擊：「濫竽仕途，於招商局或隱或躍，若有若無，工於鑽營，巧於趨避，所謂狡兔三窟者！此等劣員，有同市儈，置於監司之列，實屬有玷班聯，將來假以事權，亦復何所不至？」因而請旨，「即將盛宣懷予以革職，並不准其干預招商局務」。
疆臣劾司道，很少有這樣嚴厲的措詞，只是等劉坤一來動手，為時已晚，盛宣懷已「成了氣候」。李鴻章因為一方面還要重用他來辦電報、開煤礦；一方面公私兩端都無形中受了他的挾制。私的不必說，公的上頭，李鴻章不知保過盛宣懷多少次，說他「心地忠實」，說他「志切匡時」，而結果為劉坤一罵得這等不堪，則如無一言辯解，自己又何以交代？向來保舉匪人，舉主連帶要受處分，果然盛宣懷革了職，自己亦脫不了干係。因此，李鴻章只好抹煞良心，硬起頭皮，為盛宣懷硬頂。
他是這樣為盛宣懷「辯誣」，說此人「在臣處當差有年，廉勤幹練，平日講求吏治，熟諳洋務商情，遂委以會辦之銜，往來查察。盛宣懷與臣訂明不經手銀錢。亦不領局中薪水，遇有要務，則與唐廷樞等籌商會稟。」談到旗昌一案，說是「即盛宣懷首發其議，亦於大局有功無過。況當日唐廷樞等於洋商已有成議，始邀盛宣懷由湖北前赴金陵，謁見沈葆楨。其事前之關說，事後之付價，實皆唐廷樞等主之也。」
這個奏摺實在不高明，言不順、理不直、氣不壯。收買旗昌輪船，要特地從湖北將盛宣懷邀到金陵去向沈葆楨陳述其事，反更顯得劉坤一原奏中，「或隱或躍、若有若無、工於鑽營、巧於趨避」這幾句話，形容入妙。尤其是李鴻章將盛宣懷下一個「廉」字的考語，京中傳為笑柄，說盛宣懷如果可當廉潔之稱：則八大胡同清吟小班的姑娘，個個可以建坊旌表貞節了。
不過，李鴻章包庇盛宣懷，所憑藉的本就是他的地位聲勢。由於保薦薛福辰是一件大功，慈禧太后對他真箇另眼相看，恭王正在支持李鴻章全力籌辦「師夷之長」的各項洋務，愛惜人才，不免曲予優容，因此，儘管劉坤一的理由充足，還是李鴻章佔了上風，盛宣懷竟得免議。
劉坤一大為不服，第二次上折嚴參，而且隱然指責李鴻章有意包庇盛宣懷，說「招商局收買旗昌輪船等項，糜費帑藏，以及收頭此項輪船後，折耗益甚，采諸物議，核諸卷宗，盛宣懷等實屬咎無可諉」，所以，「即將盛宣懷查抄，於法亦不為過，僅請予以革職，已屬格外從寬。」
到底劉坤一是兩江總督兼南洋大臣，在疆臣的地位中，僅次於直隸總督兼北洋大臣，同時有湘軍一係為後盾，並可望獲得清議的支援，因而劉坤一仍有信心，必能懲治盛宣懷這個劣員。誰知奏摺到京，正在慈安太后暴崩之後，國有大喪，而且暴崩的原因不明，舉朝惶惑，誰也沒有心思來管這件事。這給了盛宣懷和李鴻章一個絕好的機會。各方面疏通，大事化小，小事化無，劉坤一的奏摺雖如烈性的火藥一般，威力強大，無奈藥線受潮，竟沒有能炸得起來。
其時李鴻章又出了花樣，決心要將各省存在招商局的官帑，歸入北洋。他的辦法是，配合向德國訂造「鋼面鐵甲船」的海防計畫，奏准以招商局每年用漕米水腳為擔保，拔還各省的官帑，移充訂造鐵甲船款不足之數。這一來，等於扯斷了各省跟招商局的關係，以大部分官款所辦的招商局，竟越來越象「商辦」了。
這個金蟬脫殼與移花接木兩計合併而成的策略，相當成功，官帑營運的收益，都歸入商股，所以官帑還是一百多萬兩，且大半屬於北洋，而商股則由七十餘萬增至三百餘萬。但是，招商局畢竟為北洋大臣所創辦，總理衙門跟戶部亦可干預，這一點「官氣」脫不掉，無法化作一家一姓的事業。
那知道法國軍艦將會攻擊招商局輸船的消息，李鴻章與他的左右，在入耳驚心，苦思焦慮之下，竟「死棋腹中出仙著」，可以利用來作為一個讓招商局脫胎換骨，化公為私的大好機會。
這個脫胎換骨的秘計，是由唐廷樞所倡議。此人是英商輪船公司帳房出身，對船務比較內行。輪船如果怕為法國軍艦所劫奪，只有泊港不出，但那一來不但要蝕開銷，而且機器不用，必致損壞。除此以外，就只有改變船籍之一法。
這個辦法又稱為換旗。交戰國雙方的商船，如果改換中立國的旗幟，就可免予遭受攻擊，在萬國公法上有詳細的規定。這得請教律師，招商局聘僱得有現成的法律顧問，是英國的皇家大律師，名叫戴恩，認為此事可行，但有時效，如果一旦戰事爆發，換旗就不為法國所承認了。
當然這決不可能隨自己的意思，換那一國的旗就是那一國的旗，首先需要取得換旗國家的承認，這就只有一個辦法，將招商局的產業，賣給那個國家。
這就有疑問了，招商局到底不是唐廷樞的私產，說賣就賣，除非暫時賣出去，事定以後還能買得回來。不過，這也不是不可以談判的，所以唐廷樞一面向英商怡和洋行試探，一面密電北洋，請示機宜。
很快地，李鴻章派了一名道員到上海，主持其事。此人就是馬建忠，字眉叔，江蘇丹徒人，學貫中西，而且曾由北洋派赴駐外各使館學習洋務。回國以後，派在北洋當差，是李鴻章幕府中洋務人才的後起之秀。朝鮮之亂，李鴻章丁憂回籍，署理直隸總督張樹聲，派馬建忠與北洋水師提督丁汝昌率艦東渡觀變。定策為朝鮮平內亂，因而有吳長慶領兵三千東援之舉，及「誘執首亂之策」，將大院君李是應騙來，連夜送上兵艦，直航天津，這些都出於馬建忠的策劃。
李鴻章所以選派他來辦這樁差使，第一是因為他精通西洋的律例，第二也就因為他有魄力。果然，一到上海不久，他就跟戴恩商量決定，因為英國的法律繁雜，不如美國法律來得簡易，如果換旗以換「花旗」為妥。
美商中經營輪船最具實力的，還是旗昌洋行，一經接洽，旗昌洋行有意作這筆交易，議定招商局全部財產作價五百二十五萬兩銀子，移交旗昌洋行接管，旗昌洋行則開具美國銀行的支票交招商局收執。
一筆值數百萬兩銀子財產的移轉，就是那麼買蘿蔔青菜似的容易，合約由何人出面所訂，內容如何，原約保存在何處，什麼人都不知道。而且此事瞞得滴水不漏，連總理衙門都不知道。旗昌洋行的支票，一時自然還不敢兌現，脫胎換骨，總也要長大成人。
但是，招商局的輪船，忽然由黃龍旗換上星條花旗，卻是瞞不過人的，總理衙門接得報告，大為困惑，仔細一打聽，才知道招商局已經被出賣。雖說是為了防備法國奪船，但事先竟不奏聞，其心何居？實在費解。