盧曉航攻佔了娘宮嶼之後立刻將島上的主要頭領抓了起來，然後便在娘宮嶼上面升起了大明的旗幟，並派人對澎湖嶼所有的海盜喊話。
「前些天，鄭森公子已經投靠大明朝廷，現在在去往京師的路上，如今鄭芝龍大帥也願意歸降朝廷，願意歸順的立刻放下武器赤手站在海灘之上，午時過後，沒有歸順的島嶼，雞犬不留！」
這個時候大明水師的小船已經將澎湖嶼外圍圍住了，想要跑是不太可能了，而且所有的海盜都有些灰心喪氣，大明朝廷的人說自己的大帥已經歸順了，甚至連小公子身死之事都是大帥在演戲，他們不免有些寒心。
不怪他們相信，如果不是早就商量好的，大明水師怎麼可能長驅直入，用了一個喝茶的功夫就把娘宮嶼攻陷了？島上一炮都沒有開，若說不是歸順了誰也不相信。況且鄭芝龍以前又不是沒有干過這種事情，明著抗擊到底，暗中出賣弟兄歸順朝廷。所以許多人已經相信了大明朝廷的話。
而且最重要的是鄭芝龍掌握了他們的糧草和全部底細，甚至每個島上都有鄭芝龍的人，自己要把這些人都殺了容易，但是殺了之後呢？守又守不住，跑又跑不了，回頭鄭芝龍看到自己斬殺了他的心腹，會是什麼後果？鄭芝虎的前車之鑒就在眼前，自己凡事應當三思而行。
就這樣，午時的時候澎湖嶼基本上所有的海盜都打起了白旗，只有一兩家鄭芝龍的心腹，覺得此時有蹊蹺，所以想沉一沉再說，誰知道午時一到，四艘大明水師的大船圍著這些小島開始開炮，數輪炮火之後，小島上面的土地都被炸沒了一寸之深，更別說人了。大明水師連後悔的機會都沒有給他們，就算他們中途舉起白旗也沒有停止炮擊。
這是盧曉航的命令，做出了選擇就要承擔選擇之後的後果，如果你半路反悔，還被放了一條生路，那麼其他的海盜是不是都得試一試，反正打不過再投降便是了，有沒有什麼損失，盧曉航要做的便是斷了他們這種投機的心思。
島上也有老弱，也有婦孺，但是盧曉航沒有辦法，這是一群縱橫南海多年的海盜，若是震懾不住他們，萬一他們發現了異常，拿起手中的武器開始抵抗，到時候死的可就不止這麼多人了，而且大明水師也會有損傷，在盧曉航看來大明水師才是自己人，生在亂世，哪有無辜之人，既然進了海盜窩，必然會有這麼一天。
一個半時辰連著轟平了兩座小島，整個澎湖嶼的海盜全都愣住了，這大明水師可不像往日的朝廷那麼仁義，竟然炮轟小島這種事。盧曉航只得心中苦笑：當年有一部黑社會電影很符合自己現在的心情，上面的人說，我們出來混的，一定要說話算數，說殺你全家，就一定要殺你全家。
兩座小島被轟平之後，本來還有些別的心思的海盜全都收起了心思，反抗？別開玩笑了，人家的大船還在哪裡等著呢，就算你把上島收編的人全都殺了，到時候人家把島轟平了誰能跑得了？
天色將暗的時候，收編工作已經進行得差不多了，澎湖嶼的海盜都被關在大船之上，運回了廈門、泉州等地，至於到了陸地上怎麼辦那就看袁宗第的本事了，若是他能訓出來這些海盜，盧曉航自然很樂意大明水師多了這麼多將士，但是若是這些海盜賊心不死，凶性不改，那袁宗第的劊子手也已經磨好了大刀。
運完了海盜之後，大明水師開始收繳鄭芝龍的家底了，鄭芝龍走得匆忙，這些年積累的家底可都便宜給盧曉航了，大明水師的人查點到天亮都沒有查點完到底有多少金銀財寶。
最後盧曉航下令先運到陸地上去再說，鄭芝龍畢竟是跑了，而且這個地方大明水師總歸是不如鄭芝龍熟悉，若是被他算計了可不好脫身，雖說他手下的大部分人都被俘虜了，但是狡兔三窟，難保其他地方鄭芝龍沒有老巢。
收繳金銀財寶這種工作自古以來便是最難做的，尤其是天色正暗，若是有人往兜里揣點私貨誰都發現不了，況且這金玉之類的東西都不是很大，一個成年男子足以藏好。
為此左良玉親自上陣，立下軍令：「貪墨金銀十兩以上剁手剁腳逐出軍營！」
大明水師有一半的人都是他帶出來的部下，許多人都知道老帥這場仗是在賭自己的前程和家族的未來，若是手底下這些弟兄讓老帥在皇上面前丟人了，那可就是壞了老帥的前程。左良玉雖然在歷史上名聲不是很好，但是那是因為他身為一個武將被文官欺辱了太久，所以才會對南明朝廷桀驁不馴，但是對手底下的將士從來沒有虧待過，所以即使他和朝廷對著干，手底下的將士也願意跟著他干。
所以手底下的將士都知道大帥著急了，很少有人下手，而且他們在大明的軍營裡面日子過得不錯，軍餉從未拖欠過，為了眼前蠅頭小利放棄了長遠的營生並不是很好的選擇。但是總有人財迷心竅，趁著別人不注意想要發一筆財，周圍的人都在盯著防止有人給老帥添麻煩，所以基本上沒有成功的，倒是海岸邊多了十幾個斷手斷腳的，全是左良玉親自動的手。
路過的人看著他們一點憐憫的意思都沒有，心狠的還會吐上一口唾沫罵上一句：「不爭氣的東西！」
至於大明水師其他的部分，是和鄭和有關的人和巢湖水匪，鄭氏後人的目的從來都不是為了發財，否則海上最大的海盜便輪不到鄭芝龍來做。巢湖水匪也沒有這種心思，他們的家人現在住的是南京城外，家裡面是南京城最好的田地，每個人不缺吃不缺穿，拿了銀子都不知道該做什麼，他們對現在的生活很滿足，當水匪的時候再多的銀子都看過，能拿的銀子雖然不少，但是他們看不上眼。
就這樣忙活到第二天正午，島上的金銀財寶基本上都被盧曉航搬空了。