左良玉苦笑一聲：「皇上，水軍可不是一朝一夕就能練成的，皇上總要給老臣一點水軍的種子，要不然老臣可是壓不住各路水匪。」
「怎麼？左大帥治下也有水匪嗎？」
「皇上說笑了，如今恰值亂世，那些窮苦的百姓沒飯吃只能落草，老臣剿過幾次，可是一來剿不幹凈，二來都是些活不下去的心，全都擺出了搏命的架勢，老臣覺得為了他們損失我水軍精銳十分不值，就沒動手。」
「左大帥，看來你活的只剩下野心了，你也算得上一方諸侯，管轄之下竟然不能保證百姓安居樂業，朕看是沒用心吧。」
「老臣慚愧，皇上說的一點都沒錯，老臣只顧著打造左家軍，哪有空理會那些事情。」
「朕勸你回去之後還是關注一下治下百姓的死活，否則到時候人心向背，百姓暴起作亂，你就等著遺臭萬年吧。」
「老臣這些日子想了不少事，經過了這幾場慘敗也明白了一個道理。左家軍再厲害也有敗得那一天，老臣明白皇上的意思，回去之後便動手做，只希望不會太晚。」
盧曉航站起身來：「傳旨，封左良玉為兩湖巡撫，麾下再無左家軍，賜名大明忠武軍，由左良玉統轄。左家軍水軍編入大明水師。」
隨著旨意傳到左家軍大營的還有左良玉的一封親筆書信，看到左良玉的書信，眾位將領算是安下了心。
左夢庚心裡卻是五味雜陳，自己的父帥終於要被放回了，可是卻不是因為自己仗打得好，而是自己仗打的太爛，想必父帥已經觀過戰，才會用犧牲水軍的方式換來左家軍的太平。自己想必很令他失望吧。
在左良玉的請求之下，盧曉航給他留下了水軍種子，然後將水軍全部編入大明水師，水師整編完成之後，左良玉乘一葉扁舟，向著已經退軍一百里的左家軍而去。
臨別之前，盧曉航曾對他說：「左大帥，希望我們不會有刀兵相見的一天。」
左良玉知道，若是真的打起來，自己現在已經占不到一點便宜了，於是苦笑著向盧曉航躬身行了一禮，上了船。
盧曉航只用了五天便解決的南京城的困局，南京城中潛伏的勢力還未來得及動手便已經失去了最好的機會，黑暗中一個黑影暗自罵道：「左良玉真不爭氣，本以為他是一世英豪呢，想不到也是一個熊包。」
盧曉航現在的聲望已經達到了歷史新高，新朝廷的諸位官員紛紛收起了小覷之心，開始正視這位大明的新皇帝，懷有二心的一部分人人也開始收起了自己的二心，但是還有一部分人將自己的二心隱藏的更加深了，他們知道盧曉航註定是一個很難對付的敵人。
盧曉航卻沒空理會這些，他已經開始著手組建新的大明水師。
巢湖水軍雖然人也殘了，船也殘了，但是這個旗號不能廢。於是盧曉航給黃龍下了一道旨意：「只要你能找來合格的水軍，大船要多少有多少！」
黃龍心潮澎湃，他自然知道，經過了這一戰，自己已經徹底成為了大明水師的一員。這與之前的巢湖水軍是完全不同的，如果說之前只是一項簡單的交易，現在自己這些人已經有了被信任的資本。這是他們用命賭回來的。
至於左家軍的水軍，盧曉航並不能完全信任他們，將他們的將領全部送給了左良玉帶走，只留下了水軍，雖然這些將領本領高超，但是他們都是左良玉一手栽培的，盧曉航絕對不會放心將這些水軍交到他們的手裡。
至於練兵的方法，程三奇手裡有不少，隨便找一個能力出眾的將領便能帶著這支水軍，盧曉航將目光放在了顧奎身上。
按道理來說，顧奎和黃龍是一派的，雖然有程三奇制約，但是勢力還是太大了。安排顧奎和黃龍掌控大明水師絕大部分力量實在是有風險。
史可法也在暗中勸了盧曉航，盧曉航卻笑了笑：「用人不疑，疑人不用，就這樣吧。」
就這樣，左家軍水軍一分為二，一部分交到了程三奇的手中，編入了鄭氏水軍。另一大部分交給了顧奎和黃龍平分，盧曉航的旨意是，三個月內要兩支水軍比試，一較長短。
顧奎接到旨意之後心潮澎湃，他萬萬沒想到自己竟然能夠得到皇上的青睞，掌控一支水軍，而盧曉航給這支水軍親自賜名定海軍更是讓這支水軍站在了風口浪尖上。
黃龍志得意滿的等著三個月後和顧奎的較量，雖然兩支水軍站在同一起跑線上，但是黃龍的手下畢竟人多，指揮起來也方便，所以黃龍信心十足。
至此，大明水師屬下三隻水軍雛形已成，至於以後他們能發展成什麼樣子，盧曉航很期待。
此次安定下來之後，盧曉航特意在南京城外找了一大塊土地給巢湖水軍安排家人。
黃龍和顧奎安排好手下的練兵事宜便帶著人去巢湖接家人，程三奇雖然沒有接到比試的旨意，也在暗中使力，畢竟他們可是鄭氏水軍的後裔，若是輸給了這幫水匪，就把祖宗的臉全丟光了。
這一天盧曉航正在書房看書，突然史可法走了進來：「皇上，前兩天有個人給臣送了一個信物和一封信要臣交給皇上，送信的人說，此事對皇上十分重要，當時事務繁忙，臣差點將這事給忘了。」
說著史可法拿出了一把拂塵和一封信：「臣不知道此事是不是重要，但是那人信誓旦旦說是洛陽人，臣怕耽誤了大事，就將東西送了過來。」
看到了眼前的浮塵，盧曉航心中一喜：「這宋先生終於有消息了！」
史可法心中疑惑不解：「不知這宋先生到底是何人？」
「這宋先生本名宋獻策，乃是朕手下第二大謀士，當日京師大戰自願前去敵營遊說李自成，自此之後蹤跡全無，想不到終於出現了。」
「那皇上便看看這封信上說的是什麼便好了。」說著史可法便拆開了信封遞給盧曉航。
盧曉航打開信封只見上面寫著四個字：「皇上救我！」