進入九月，遼東開始秋收，登州的經濟戰也到了尾聲，整個北直隸和運河地區都被洗劫了一番，有商人賺錢，也有商人大虧，登州總共投入了二百四十萬兩銀子炒作糧價，平均採購價格二兩出頭，最後賣出的價格平均在四兩上下，最後剩下的十萬石糧食售價大概會低於採購價，但總體已經賺了近兩百萬兩銀子。
寧遠的糧價被突然打壓到了二兩，吳襄和祖大壽虧了五六十萬兩銀子，不過他們前面糧荒時候也賺了一筆，最終虧得最慘的是關寧地區的士兵和家眷，他們辛苦掙到手的軍餉又被各家瓜分了一次。
另外損失大的便是往關寧做糧食生意的行商，其中還包括很多中層京官的店鋪，他們手中屯了大量糧食，開始階段又沒有吳襄這些人賺得多，總體實力也遠不如祖家軍，遭受了致命打擊。
青州府和濟南府的兵亂之後，京師的不少科道御史將陳新視為與祖大壽一般的軍閥。這次糧荒，有些清貧的御史被害得不淺，四海商社的背景京官也有所耳聞，雖然他們看不到陳新的大棋局，但對於京師權貴參與哄抬京師糧價是能看出來的。
所以這次經濟戰結束之後，御史又掀起一次彈劾陳新的高潮，當然也包括祖大壽等人，連帶彈劾參與炒糧的京師權貴，彈章雪片一般飛入宮中，不過這些彈劾大多被皇帝留中不發。
因東廠聽記引起的登州的兵亂風波慢慢平息，王廷試上疏彈劾東廠大檔頭姜月桂欺壓將官引起兵亂，崇禎下旨斥責了姜月桂的行為，取掉了姜月桂家中世襲的錦衣衛百戶，算是服了登州的軟。隨後又發了一道安撫亂兵的聖旨，對此次參與兵亂者一律不追究，只是對領兵的耿仲明、范守業、代正剛等人罰俸了事。
安撫的聖旨下來之後，陳新見好就收，兩營戰兵很快返回駐地，耿仲明也從濟南府回來了，登萊又恢複了表面的平靜。
陳新沒有再繼續追究盧傳宗的事情，在朝廷這邊，就讓這事落個不明不白。對登州鎮內部傳達的，則是盧傳宗企圖投靠建奴，原因則是東廠姜月桂非禮其家眷，盧傳宗走投無路準備去遼東投建奴，雖是事出有因，但罪不可恕，整個事情定下的調調，都是朝廷的過錯造成的，但叛逃同樣會處死。其中的真相只有登州高層知道，高級一些的軍官也多少知情，也起到了警告全軍的效果。
政治上則是得失參半，此次登州鎮清除登萊內部的釘子劉澤清，又兵逼濟南府，給朝廷實實在在展示了一下軍威，讓皇帝和朝廷都只能做出讓步，以後他們不會再搞小動作來刺激登州。
壞處則是皇帝對登州戒心大增，據宮中的消息，皇帝又砸了些瓷器，雖然他在大臣面前認可了處罰姜月桂，但心中還是認定是陳新在背後指使，以後要那些官方的政策就不好要了。不過陳新也相信崇禎不敢斷自己的遼餉。
額外的好處也有，陳新拔除了王廷試的心腹劉澤清，那支奇兵營也被解除武裝，登州鎮內只有巡撫標兵的三個營頭不在登州鎮控制下。陳新藉此穩固了登萊形勢，朝廷的力量被完全驅逐出登萊鄉間，只有登州城內還有王廷試和呂直的勢力。
借著這次的機會，行動隊清除了不少青州府的縉紳，趟地虎也出來了幾趟，將原本不好處理的幾處地方掃平了，青州鄉間敢和登州作對的宗族勢力偃旗息鼓，登州的屯堡正在加速擴張。
登州鎮屯堡佔據的耕地面積總數達到了二百四十萬畝，這個數字已經能和那些藩王的紙面封地相比。在登州和萊州所屬鄉間完全佔據優勢。其中平度州佔地一百五十萬畝，佔了平度耕地面積的六成，在青州府的佔地達到了四十萬畝，設立屯堡八十餘個，並且在兵變之後加快了步伐。半獨立狀態的遼南則開發出七萬畝耕地，因為地處前線，屯堡設立的密度更大，達到了二十個，以形成依託屯堡的防禦縱深。
登州的屯堡總數為四百九十三個，人口一百零五萬人，除了這些屯戶之外，還有大批流民拿著屯戶戶籍進入登萊的各種工廠，各個屯堡去外圍也形成了一些社區，這些人靠運輸等臨時勞力為生，也有在屯堡周圍做從事服務業的人，登州各處繁榮的商業和充足的人口給他們創造了不少工作崗位。
登州鎮屬下的總人口已經達到一百四十餘萬人，每天依然有源源不斷的流民到來，登州依然需要更多的土地安置人口。
作為經濟戰附屬品的棉布大戰也結束了，棉花價格曾在八月下旬被壓到了最低，棉商損失慘重，收棉比較晚的棉農砸在了手上，劉民有為了不影響第二年的種植面積，九月又開始加大收貨數量，以免棉農盡數破產而使得來年山東棉花大量減產，那樣的話登州鎮就沒了原料供應地。
棉布價格在緩慢回升，棉農又得以緩了一口氣，但並非每個地區都在回升，青州府南部也大量種植棉花，這裡離運河較遠，中間隔著袞州府，卻靠近萊州府靈山衛，往年有江南商人來採購，也有運河收棉的商人過來，去年還多出了靈山衛的登州棉布廠採購，是不愁銷路的。
但到了今年行情就不同了，運河棉布價格的波動影響到了江南和運河商人，這些商人都在謹慎觀望，青州府到運河路途較遠，成本原本就高出一截，棉商不願冒太大的風險，而登州棉廠也不來採購，劉民有刻意減少青州府的購棉價格，讓部分自耕棉農破產，不得已變成流民投入了登州屯堡，另一方面則是想減少青州府的種棉面積，如今天災一年比一年嚴重，劉民有需要在登萊青三府擴大糧食種植面積，經濟作物則依靠向外購買。
登萊各地九月開始種植冬小麥，又是一片忙碌，劉民有的民事部忙著這個最重要的事情，宋聞賢的外務司派出吏員拜訪山東各地地方官，消除兵亂之後各地對登州鎮的疑慮，另外也有專人去東江鎮各島。
陳新則忙著與王廷試和呂直修補關係，然後不斷視察軍隊系統，包括預備兵、集訓基地和駐紮登萊的四個戰兵營，新的三千新兵訓練完成後，原來缺編的兩個營全部滿員，在天津賴了三個月的最後一個千總部也到達登州，盡數返回駐地。這些戰兵平時都是分散駐紮，由各處屯堡分片供應後勤，能減少運輸損耗，減小後勤的困難，只有在進行合練和作戰時才會大規模集結。
算上祝代春的第五營，登州正規軍已經有三萬六千人，其中新兵不到五千人，全軍訓練有素，近三萬人具有作戰經歷，九邊雖號稱數十萬大軍，卻無一鎮能與登州這三萬人相提並論。登州鎮所有軍隊回歸駐地後，登萊穩如泰山，陳新也鬆了一口氣，亂七八糟的大半年總算要過去了。
遼南卻並未消停，登州鎮的秋收攻勢從八月底就展開，登州駐紮在復州的騎兵和龍騎兵大舉出擊，在蓋州附近與建奴游斗。復州至蓋州之間原有堡壘和驛站十餘處，後金兵放棄了大部分，後撤至榆林鋪布防，縮短自己的後勤供應線。登州鎮佔據這些廢棄的堡壘後，略微改建，便成為騎兵的臨時據點，兼做烽火台的作用。
有了這些臨時據點，登州騎兵獲得了簡單的依託，作戰方式更加靈活，哨騎不斷越過蓋州襲擊耀州堡以南地區，已經威脅到後金遼中的糧食產地，同時耀州還是建奴食鹽的供應地，一旦這裡丟失，建奴連鹽都要靠走私了。
除了蓋州之外，朱國斌出動了一個步兵千總部，與東江鎮配合，從岫岩出發沿草河河谷北上，一直攻擊到了連山關附近。東江鎮則重新佔據了鐵山，並重新佔據了建奴放棄的寬甸等地，還不斷派出分兵往北襲擊赫圖阿拉一線。
遼南和東面兩個防線的全線騷擾，逼得建奴進行了動員，正黃旗、正白旗、鑲紅旗和正藍旗出動了五千甲兵到最要緊的蓋州布防，另外四旗則防守東面的漫長防線，總共出動的兵力超過萬人，包衣超過一萬五千，甲兵和包衣都要自帶行糧和馬匹，加劇了後金糧食的消耗。
雙方在蓋州至復州之間的無人區反覆拉鋸，互有傷亡，建奴增兵至五千後，雙方暫時處於對峙狀態。遼西的關寧軍態度曖昧，祖大壽派出祖大樂，帶著一千騎兵到原來的大凌河附近轉了一圈，然後又回去了，誰也不知道他們要幹什麼。
到了九月十九日，陳新從遼南視察冬季防禦部署返回登州，剛到總兵府，副官就送來一封信件，陳新看完後喚過副官，讓他去請代正剛來見面。
代正剛就在登州，這次處置盧傳宗等陽谷系之後，侍從室和兵務司接管了第二營，代正剛依然是營官，只是只是臨時調回登州。陳新晾了他一段時間，等到了這封辭呈。
代正剛很快到了陳新的公事房，陳新一見面就道：「正剛，你的辭呈本官看了，不準。」
代正剛連忙站起來，陳新揮手讓他坐下，「本官知道你擔心什麼，盧傳宗的事情，是東廠弄出來的，現在人已經死了，姜月桂也死了。他們背後有什麼道道，本官也不想再問。盧傳宗是盧傳宗，你代正剛是代正剛，你不要給自己打上一個陽谷的標籤，徐元華也是陽谷來的，與盧傳宗的關係更近，本官照樣要用他，咱們不搞清洗那一套。」
代正剛沉默了一下道：「大人，這事確實與東廠