吳昌時是在吏部衙門公房被錦衣衛直接帶走的，當著吏部一眾官吏的面。緊接著，吳昌時京中的宅第也被查封。
吳昌時被錦衣衛抓走後，立即被關入了北鎮撫司詔獄之中。
周延儒聽到這個消息後，立即慌神了。他親自過問此案，可錦衣衛指揮使劉僑絲毫不給他面子。
劉僑親自坐鎮詔獄審訊吳昌時，僅半天，吳昌時就熬不過錦衣衛的刑具，全盤供認，在罪狀上畫押簽字。
劉僑將供狀呈交皇帝與總理處，吳昌時大小罪狀數十條，其中最重要的罪狀則有四條，一是能內，也就是結交內侍。而按明制，交結內侍者斬。其二，吳昌時大肆貪污，收受賄賂、賣官。其三，毒殺張溥，其四，勾結首輔周延儒、煽動京軍鬧餉，謀逆做亂。
這四條大罪之餘，還有許多條罪狀。
但僅這四條，每一條都夠吳昌時死一次了。
朱慈烺看過之後，立即召劉鈞、劉宗周、吳甡入見，出示供詞，然後令他們召集都察院、大理寺、刑部三司會審，東廠和錦衣衛協助偵輯，嚴查周延儒的涉案之事。
「陛下，三司會審，廠衛協查，已經取得確切證據，首輔周延儒確實是京軍鬧餉幕後之主謀，其貪污等事，也一一查明，都是屬實。據查，周延儒僅復出任吏部尚書後到如今，短短兩年時間，就已經貪污贓銀累計一百三十餘萬塊銀元之多……」
朱慈烺年紀雖輕，可也十三歲了，對於向來信任的首輔周延儒如此之事，氣憤萬分，將狀子向御案上用力一摔，狀子掉到地上，他還上去用腳猛跺，咬牙切齒的說道，「先帝如此信賴他，兩度任用他為首輔，臨終還以他為顧命大臣，卻不料，此人品性敗壞如此，短短兩年，居然貪污一百三十多萬塊銀元，簡直是國之蛀蟲。劉僑！」
劉僑跪下。
「立即去把周延儒帶來，朕要當面詢問，看他做何解釋！」
「是，臣遵旨。」
劉僑轉身離開，出去的時候從劉鈞身邊擦身而過，兩人目光隱秘的交流。
周府。
周延儒自早上起一直坐在書房裡，整個人臉色蒼白如紙。今天早上，周府就已經被錦衣衛給圍起來了，一個人也出不去，一個人也進不來。連個買菜的奴僕都出不去，周延儒出門上朝，也被攔住了。
周延儒當時就有種天塌下來的感覺，他知道，這次他出事了。
吳昌時出事的第一時間，他就擔心事情最終會燒到他身上來，現在果不其然，事情最終燒上身了。
老管家慌忙的跑進來。
「大人，錦衣衛闖進來了。」
管家的話未落，錦衣衛已經踢開了書房的門。周延儒轉頭，「劉僑！」
劉僑掃視了一遍書房，然後對身邊的錦衣衛使了個眼色，頓時幾名校尉上前將管家推了出去，並把書房門關了起來。
「周先生，陛下有旨。」
周延儒忙站起身來，整理下衣服。
「不必擺香案了，就在這裡聽旨。」劉僑道。
周延儒跪下接旨，身體不可抑制的顫抖起來。
「皇上有旨，首輔周延儒多貪臟不法，甚失朕望，姑念其往日功勞，不約公開處置，著即令自縊，保其全屍。欽此！」
周延儒伏在地上，連謝恩都說不出來了。
「周延儒接旨吧。」
「臣謝恩。」周延儒叩頭，聲音打戰。
劉僑將三尺白綾扔在周延儒的面前。
周延儒撿起白綾。
「不！」
周延儒突然高呼，「不，我不相信這是陛下的旨意，我要面聖，我要見駕，我要親自面見陛下。」
劉僑冷哼了一聲，「周老先生，你還是配合點，莫要讓我為難。」
「這一定是矯詔，是劉鈞的意思，對不對？」
「是又如何，不是又如何？」
「我要面君，我要告訴陛下，劉繼業也不是什麼好人，當年老夫謀劃復出，劉鈞業也湊了幾萬兩銀子送入宮中給王承恩和曹化淳。我要把這一切都告訴陛下，我還要告訴陛下，先帝之死，劉繼業他逃不脫嫌疑！」
劉僑臉色一變，突然沖了過去，撿起白綾就一把勒在了周延儒的脖頸上。
他雙手用力，越勒越緊，周延儒拚命掙扎，可在身高一米九以上的劉僑手裡，他的掙扎毫無作用，臉越脹越紅，呼吸艱難。
「周先生，你若是能識時務點，又何至於有今日？」
周延儒拚命的踢著腳，眼睛瞪著老大，這一刻，他確實充滿後悔。為何就要與劉鈞不死不休呢，為何？
掙扎漸漸停了下來。
劉僑看了他一眼，試了下他的鼻息，然後嘆息一聲。
「一路走好！」
白綾被掛上屋棱。
劉僑從書房中走出來，守在門外的錦衣校尉們望過來。
「周先生自知罪孽深重，愧對先皇與陛下，無顏面君，已經自縊了。」
劉僑令錦衣衛守住周府和周延儒的屍體，然後離府入宮復命。
「什麼？周延儒自縊了？」
皇帝驚訝，連吳甡和劉宗周也一臉震驚，劉鈞也露出了驚訝之色。
「是的陛下。臣往周府宣旨之後，周先生說要靜思一會，然後過了許久也不見他出來。臣便讓人去請他，結果發現周先生已經自縊而亡了。」劉僑道，「都是臣辦事不力，請陛下責罰。」
「算了，這事不能怪你。」朱慈烺有些意興索然。
劉鈞道，「陛下，既然周閣老已經自縊，人死罪消，還望陛下能夠寬恕他的家人。若是陛下能夠寬恕，還請不再追究周閣老身後之罪。就當周閣老病逝吧，若陛下還能給予一些哀榮，大家都會稱讚陛下的仁慈的。」
「可以給他保留幾分身後名，也不再追究他的罪責，但周家必須主動把周延儒這些年貪污的臟款主動上交朝廷，若敢有半分隱藏，到時朕絕不會再給第二次機會。」
「謝陛下寬恕。」劉鈞道。
「陛下仁慈。」吳甡和劉宗周也一起道。兩人對於劉鈞這個時候還替周延儒說話，都有些意外，也有些感激。畢竟周延儒的那些事情，證據確切，沒什麼可懷疑的。周延儒貪污之內的，都算是官場慣例了，哪個官不貪污？就靠大明官員們那點極低的俸祿，連生活都過不下去。
但周延儒幕後煽動京軍鬧餉，卻明擺著是沖著劉鈞去的。劉鈞現在反而還替周延儒說話，確實難得。
不過這個時候，給周延儒留個身後名，也不僅僅是劉鈞仁慈，而是目的已經達到，幹掉了首輔後，現在要的不是趁勝追擊，大搞清洗，弄的人心惶惶，而是要盡量把這次事情的影響先降低。
周延儒的死，對外宣稱是病逝。但京師上下，都知道周延儒是上次京軍鬧餉的幕後之人，因事情暴露後，畏罪後自縊而亡。
周延儒一死，顧命大臣便剩下了三人，內閣首輔的位置也空缺。
「陛下，臣提議由次輔接替首輔之職。」劉鈞提議。
朱慈烺想了想，「准。」接著他又道，「次輔之位就由劉宗周接任，另外，皇兄也一同入閣。」
這個提議出乎眾人意料之外，劉鈞主動表態不入閣，劉宗周也接著表示不入閣。
可最終朱慈烺卻堅持自己的意見，「你們都是朕的顧命大臣，入閣之後，更好辦事。此事就這麼定了。」
「臣謝陛下厚恩。」劉鈞接受了。
劉宗周想想也接受了。反正他們都在總理處了，再入內閣也沒太大關係。
如此一來，首輔就成了吳甡，劉宗周為次輔，接下來四位群輔，劉鈞、程國祥、方逢年、蔡國用。
內閣依然維持了六人的數量，首輔吳甡加中極殿大學士兼禮部尚書，次輔劉宗周加建極殿大學士兼工部尚書、劉鈞加文華殿大學士兼直隸總督、程國祥加武英殿大學士、方逢年加文淵閣大學士、蔡國用加東閣大學士。
吏部尚書鄭三俊、兵部尚書陳新甲、戶部尚書李邦華、刑部尚書金光宸。
首輔吳甡兼任禮部尚書、次輔劉宗周兼任工部尚書。
原工部尚書調任樞密使，原禮部尚書則調任左都御史。
同時，吳甡進太師、劉宗周進太傅、劉鈞進太保。
吳昌時一案，把首輔周延儒扯下水，他一死，朝廷的格局再次改變。剩下的三位顧命大臣全都入閣，朝廷的核心變成了總理處、內閣、司禮監，這其實就相當於隋唐之時的中央三省，中書、門下、尚書三省。
總理處相當於中書省，司禮監相當於門下省，內閣相當於尚書省。總理處決策、司監審核、內閣執行，六部庶政。
外朝有大理寺、刑部、都察院三法司，內朝則有東廠和錦衣衛。
兵部也進行了一波波調整，軍機處、兵部、樞密院。兵部有陸軍司、海軍司、海軍陸戰司三個兵種司令部，以及總後勤司、總裝備司，負責的是軍政後勤