英荷之間有關殖民地的爭執，到1824年雙方簽訂蘇門答臘協定後才解決。根據該協定，荷蘭把它在印度的商館和馬六甲移交給英國，英國則把它在蘇門答臘的據點，如明古連等移交給荷蘭。荷蘭從英國手裡接管印尼後，根據荷蘭憲法的規定，印尼的最高統治權屬於荷蘭國王。為了壓制印尼人對荷蘭重新統治的不滿，克服財政上的困難，荷蘭殖民者在政治和經濟方面，都採取了嚴厲的措施。對印尼封建蘇丹和土王，進一步剝奪他們的實權，只保留徒有其名的稱號，讓他們領取固定的薪俸，成為殖民政府的工具。在經濟方面，繼續推行強迫供應制和實物地租，強制人民種植咖啡，恢複貿易壟斷，對過去封建領主同英國商人簽訂的租借土地的契約，一律宣布無效。此外，殖民政府還實行了一系列名目繁多的苛捐雜稅，如在道路、橋樑、河口、市場等處設立關卡，進行徵稅，甚至連懷抱的小孩過關卡，也要納稅。中國的軍隊佔領了蘇門答臘島後，基本上繼承了荷蘭的殖民政策，但適度減免了一些苛捐雜稅。
聶士成率軍打下蘇門答臘後，又迅速帶兵攻佔帝汶島，切斷了爪哇海的各個通道，將德國、荷蘭、法國剩下的艦隊封鎖在爪哇海。為佔領爪哇，中國登陸部隊巡洋艦6艘、驅逐艦15艘和搭乘陸軍的36艘運輸艦從東西兩面向爪哇島推進。
爪哇島，在荷屬印尼殖民地政治上和經濟上均處支配地位，雖然只是印尼的第四大島，但擁有全國人口的一半以上。所以荷蘭遠東艦隊司令、海軍上將菲爾卡德魯和荷蘭海軍少將曼特沙爾特率領德國、法國、荷蘭聯合艦隊，其中巡洋艦5艘、驅逐艦10艘企圖阻止中國的軍艦在爪哇上陸。
爭奪爪哇島的激烈戰鬥，在海上打響。那天傍晚，中國艦隊穿過荷蘭海軍的布雷區。分成3艘巡洋艦在前面一字排開組成一道屏風，緊接著是一列，5艘驅逐艦。林泰曾指揮著另五艘巡洋艦出現在東面，帶著全部8英寸的大炮不斷來回擺動。在炮火最大射程即28000碼的邊緣線內，中國的軍艦就朝荷蘭旗艦「布里德羅德」號開火，重炮口爆發出大量赤褐色的火焰。
一顆幾百磅的炮彈呼嘯著衝進了「布里德羅德」號的甲板。發出巨大的爆炸和隆隆聲，接著在輪機艙引爆，炸死14人，大爆炸使8個鍋爐中，6個停止了轉動，戰艦像一隻受傷的鱷魚顫抖著，艦長菲爾茨少將趕緊指揮這艘巡洋艦退出戰鬥。荷蘭驅逐艦「克特斯爾特」號開始開炮還擊，一炮擊中了「蘇州」號的炮台，「蘇州」號的桅杆也被打斷。
「蘇州」號艦長林永升大怒，指揮炮火還擊，猛烈的炮彈呼嘯著飛向「克特斯爾特」號，一顆魚雷砰地鑽進了「克特斯爾特」號，這艘船立即被炸成兩截。消失在了海水中。它旁邊的驅逐艦「伊莎白拉二世」號也遭到了暴雨般炸彈的轟擊，船的底部從充滿汽油的水面翹了起來。船身不斷搖擺著，直到輪船的上部碰到了25英尺深的海底，最終沉沒了。接著輪船停止了顫動，就像一隻巨大的、停靠在海灘上的死鯨魚，靠近右舷的螺旋推進器突出在海面上。
一艘法國的軍艦「聖路易」號的前甲板中炮，燃起了熊熊大火：一枚炸彈穿過右舷在彈藥艙爆炸；另一枚則穿過甲板然後在底艙爆炸，引起了大火。戰艦一直在航行，但是艦首開始下沉並造成燃油外溢，大火吞沒了船的尾部，港口上冒起滾滾濃煙，這些油煙簡直令法國海軍窒息，死傷數百人。
戰鬥進行到午夜時分，中國的軍艦裝上了12枚超強威力的新式魚雷，全部發射了出去。荷蘭戰艦隨後陷入了一片火海之中。幾秒鐘之後，一聲爆炸振動了荷蘭「德島特科爾」號旗艦，然後一柱火光直衝夜空，在最後一次痙攣性的爆炸衝擊中，這艘荷蘭旗艦沉沒了，帶著荷蘭海軍上將菲爾卡德魯將軍和他的366名士兵。
西班牙「雷蒙德」號戰艦試圖通過介於爪哇和蘇門答臘島之間的巽他海峽，逃進印度洋。中國已經封鎖了那段海峽，並派部隊在巴達維亞附近的海岸線登陸，那裡是爪哇的首都。幾分鐘之後，一支中國艦隊趕來了，包括1艘巡洋艦和2艘驅逐艦，接下來發生的是一場簡短的、一邊倒的交火。4枚魚雷擊中「雷蒙德」號撕開了它的船體，並炸沉了它。
爪哇海域的一場混戰，交戰結果，中國海軍擊沉荷蘭、法國、西班牙巡洋艦4艘，和6艘驅逐艦，俘虜一艘巡洋艦和四艘驅逐艦，己方損失巡洋艦一艘和一艘三艘魚雷艇，荷蘭海軍官兵死傷二千多人，中國贏得了爪哇島海戰的勝利。
在中國完全掌握制海權的情況下，王士珍的陸軍開始在爪哇南望地域上陸。在登陸之前，蔣百里的飛艇部隊對荷屬印度岸上的軍事目標實施了突擊，炮兵也進行了猛轟。老將聶士成指揮著軍隊搶先登陸，他身先士卒，親自上一線指揮，揮舞著指揮刀，一遍又一遍指揮著他的部下猛攻荷蘭士兵：「兄弟們，我們建功立業的機會到了！劉永福佔領過古巴，劉六麻子攻佔了菲律賓，我們新軍不能讓人家瞧不起，一定要拿下爪哇島！！」
爪哇崎嶇不平、叢林覆蓋的地區，好像是為中國的軍隊準備的，中國的軍隊使用坦克和具有強大效力的步兵團開闢公路。當他們碰到一個荷蘭陣地，中國的坦克就會衝過去摧毀它，緊接著步兵就會佔領它。如果坦克遇到障礙物停下了，步兵就將進攻這個陣地。接近障礙物的時候，步兵就會衝下公路進入密集的灌木叢林中，或者進入沿著公路兩邊的紅樹林中。在坦克的行進過程中，騎兵經常在前面偵察情況。接著，當敵人被擊潰的時候，坦克軍團繼續對撤退的敵軍保持著壓力。中國各個軍種分工有序，勇猛無比。
荷蘭陸軍也節節敗退，三千多人退到叢林里，但是，荷蘭軍隊最害怕的就是叢林，他們不堪忍受吸血的水蛭，或者是多刺的攀緣植物，更害怕爪哇島上的「吃人樹」，經常出現的混亂狀態，使他們的視線只能看到周圍幾英尺的範圍，晚上，黑暗降臨，叢林地區的恐怖，滲透進每個荷蘭敗軍的心中。大部分荷蘭士兵的腳上都纏著繃帶，他們把步槍和彈藥丟在一邊，不敢合上眼睛，飢餓和恐懼在他們心中蔓延。
中國的軍隊則士氣高昂，抓緊時間猛攻，在那一個星期里，在反覆不斷的爆炸聲中，瓜哇島的街道上輸電線路一團一團散落在地，電線杆被炸得粉碎，已經膨脹的沒來得及清理的屍體，被不斷蔓延的大火劇烈燃燒著。宋教仁、黃克強和部分光復會的會黨，也在荷蘭軍隊後方搗亂，組織華僑反抗荷蘭人，荷蘭人腹背受敵，苦苦支撐著。
在其他戰線，中國的軍隊也有序推進，喜訊一個接著一個。1904年1月14日，中國的軍隊攻下安汶島。接著，帝汶島處於能夠輕易打擊的範圍之內。在三天內，中國的軍內接連攻擊婆羅洲和西里伯斯島，這兩個島嶼的失陷指日可待。接著，中國陸軍在雅加達地域上陸，佔領雅加達，兩天後佔領泗水。1月25日，中國的軍隊攻下了巴達維亞，爪哇島唾手可得。
荷蘭印尼總督卡尼拉瓦爾，在要塞下面一間簡易的防空會議室里，召開了最後的軍事會議。卡尼拉瓦爾將軍和他的助手尼班特爾少將，分析了荷蘭軍隊面臨的形勢，發現印尼已經沒有挽救的希望，靜靜地並且帶點悲哀氣氛。
卡尼拉瓦爾在2月4日，作了一個艱難的決定，他對尼班特爾少將說：「我們別無選擇，只能向中國人投降了。」
尼班特爾少將點點頭說，「戰爭對我們來說，已經是噩夢！我們是該回老家了。」
2月5日上午7點30分，天已經大亮了，卡尼拉瓦爾帶著荷蘭的將領，舉著白旗，帶著最後的兩千荷蘭士兵投降，中國的軍隊的炮擊便停止了。聶士成召集了其他將領，接受了荷蘭人的投降。在收降的儀式上，中國士兵們情緒高昂，唱著新國歌，「巍巍崑崙，凝視華夏大地，滔滔江河，孕育古老文明，黎民當家作主，帝王離我們而去……堯舜時代，先人告誡，民有五族，不能分離……」熱烈的場面，就像當年鄭成功收復了台灣！
在莊重肅穆的受降儀式中，王士珍等中國將領們靜靜地舉起了簡陋的酒杯，面朝北京所在的方向，齊呼：「大總統萬歲！」
第二天，王士珍率軍在爪哇島上登陸，荷蘭正式放棄了他們的東印度群島，結束了他們在這個群島上300年的統治，爪哇島上最後的一條消息，通過一家無線電台傳回了荷蘭：「現在，我們被擊敗了，下一個美好的時代再見。」
不到兩個月的時間，中國就攻佔了印度尼西亞，把荷蘭人趕出了南洋。最後，荷蘭政府花了相當於六百萬銀元的荷蘭盾，把荷蘭戰俘贖回了國，印度尼西亞基本上成了中國和英國的地盤，中國又多了一個工業原料基地，還有眾多的廉價勞動力，工業化的基礎更加牢固了。
在中國人的文化典籍里，爪哇島是個遙遠縹緲之地，比如要說記性差，就說「早就忘到爪哇國去了」，印尼的最主要的城市雅加達、萬隆、三寶壟、泗水、日惹等都在這個島上，鄭和七次遠洋航海，每次都到訪印尼群島，足跡遍及爪哇、蘇門答臘